L’étude de la voirie antique du site archéologique de Saint-Romain-en-Gal (Rhône), menée depuis vingt-cinq ans, a permis de mettre en lumière le rôle essentiel de la rue du Portique dans le développement de ce quartier de Vienne antique, situé sur la rive droite du Rhône. Traversant la plaine d’ouest en est, cette rue qui s’interrompait brutalement sur la berge du Rhône en face du cœur ancien de la capitale des Allobroges, a soulevé la question du franchissement du fleuve. Le nombre des ponts attribués à l’époque romaine a connu des évolutions au fil du temps. Une recherche historiographique importante a donc été menée afin d’établir la connaissance effective des indices prouvant la présence d’un ou de plusieurs ouvrages d’art antiques à la hauteur de Vienna, duplex urbs. Mais pour comprendre leur logique d’implantation, il a fallu également suivre la genèse d’installation des points de franchissement plus récents qui ont été soumis aux mêmes contraintes topographiques et urbaines que les ouvrages antiques. Il ressort de cette étude que deux ponts peuvent être attribués à l’époque romaine. Le troisième, plus monumental, le pont de pierre, considéré dans la mémoire collective comme le Pont Romain de la ville, semble toutefois remonter au Haut Moyen Âge. / The study of the ancient road to the archaeological site of Saint-Romain-en-Gal (Rhône), conducted for twenty-five years, helped to highlight the essential role of the Portico street in the development of this area of Antique Vienna, on the right bank of the Rhône. Across the plain from west to east, the street would strop abruptly on the bank of the Rhône opposite the ancient heart of the capital of the Allobroges, raised the issue of crossing the river. The number of bridges attributed to the Roman era has seen changes over time. An important historiographical research has been conducted to determine actual knowledge clues proving the presence of one or more works of ancient art at the height of Vienna, duplex urbs. But to understand their logic implementation, it took also follow the genesis of installing newer crossing points that were subject to the same topographical and urban and ancient books constraints. It appears from this study that two bridges can be attributed to the Roman era. The third, more monumental, stone bridge, seen in the collective memory as the roman bridge in the city, however, seems to go back to the High Middle Age.

Les fonctions cognitives reposent sur la communication dynamique de régions cérébrales interconnectées. Dans la maladie d’Alzheimer (MA), les travaux antérieurs suggèrent que le processus neuropathologique cible de façon précoce un ou plusieurs systèmes anatomo-fonctionnels spécifiques. La dysfonction du réseau par défaut a été objectivée de façon consistante. Cependant, ses relations avec les symptômes cliniques et avec l’atteinte des régions du lobe temporal interne qui lui sont fonctionnellement connectées restent à clarifier. L’IRM fonctionnelle de repos est une technique pertinente pour caractériser in vivo chez l’Homme la connectivité cérébrale.Par une approche des systèmes neuraux, ce travail de thèse a pour objectif de caractériser la réorganisation fonctionnelle neuronale dans la MA, ses corrélats cliniques, ainsi que l’influence de l’âge de début des symptômes. Par le recueil et l’analyse des données neuropsychologiques, en IRMf de repos et en IRM structurale, acquises chez des sujets avec des troubles de la mémoire et avec une forme mnésique légère de MA, notre travail apporte des éclairages : i) sur l’implication du réseau temporal antérieur dans la mémoire déclarative décontextualisée et ses modifications dans le cours de la MA ; ii) sur les similitudes et spécificités des systèmes anatomo-fonctionnels ciblés dans les deux formes cliniques distinctes - à début précoce et tardif - de la MA ; iii) sur la réorganisation de l’organisation topologique cérébrale dans son ensemble de ces deux formes de la maladie. / Cognitive functions rely on the dynamic interplay of connected brain regions. Previous studies suggest that in Alzheimer disease (AD), early pathological changes target one or several specific anatomo-functional networks. Dysfunction of the default mode network is a consistent finding. However, its relationship with clinical symptoms and interconnected medial temporal regions remains to be clarified. Resting state functional MRI (fMRI) is an emerging method aimed at characterizing in vivo brain connectivity in the Human.Using a neural system approach, the aim of this thesis was to characterize neuronal functional reorganization in AD, its clinical correlates, and to determine the influence of age at onset. Neuropsychological data, structural and fMRI were obtained in subjects with early memory impairment and mild “amnestic” AD. This work provides new insights into : i) the functional role of the anterior temporal network in context-free declarative memory and its changes throughout the course of AD; ii) the common and specific features in targeted anatomo-functional networks between early and late onset AD ; iii) the reorganization of whole brain topological properties in the two forms of the disease.

La première partie de cette thèse porte sur l'étude du no-reflow ou obstruction microvasculaire en IRM cardiaque. Dans une première étude, nous avons mesuré l'incidence du no-reflow dans une population de 25 patients pris en charge pour infarctus du myocarde sans sus-décalage du segment ST. Nous avons trouvé que 32% de ces patients présentaient un no-reflow et que la présence de no-reflow était associée à une taille d'infarctus significativement plus importante ainsi qu'une élévation plus importante des enzymes cardiaques. Dans une deuxième étude nous avons comparé la performance diagnostique du myocardial blush grade (MBG) pour le diagnostic du no-reflow avec l'IRM cardiaque sur les séquences de rehaussement tardif post-gadolinium. Cette étude a été réalisée dans une population de 39 patients pris en charge pour un premier épisode de STEMI. Nous avons trouvé que le MBG sous-estimait la présence de no-reflow à la phase aiguë de l'infarctus après reperfusion optimale en comparaison avec l'IRM. La deuxième partie de cette thèse concerne la quantification de l'infarctus du myocarde en IRM cardiaque de rehaussement tardif post-gadolinium. Nous avons comparé une technique d'évaluation semi-quantitative visuelle rapide avec la planimétrie manuelle classique sur une population de 103 patients pris en charge pour syndrome coronarien aigu. La taille de l'infarctus était évaluée par ces deux méthodes en IRM cardiaque réalisée 4 jours après admission. Nous avons trouvé une excellente corrélation et un bon niveau de concordance entre les deux méthodes d'évaluation de la taille d'infarctus, avec des temps de posttraitements beaucoup plus courts pour l'analyse visuelle rapide. Enfin, la troisième partie de cette thèse aborde le sujet de l'utilisation de l'IRM cardiaque comme outil de mesure dans les essais thérapeutiques sur la reperfusion myocardique. Nous avons utilisé l'IRM cardiaque pour évaluer l'efficacité de l'utilisation de la cyclosporine A à la phase aigüe de l'infarctus reperfusé et son effet sur remodelage ventriculaire à 6 mois. Dans cette étude 28 patients ont été étudiés en IRM cardiaque 5 jours et 6 mois après un infarctus du myocarde. Nous avons trouvé une persistance de la réduction significative de 23% de taille de l'infarctus à 6 mois dans le groupe traité par cyclosporine par rapport au groupe contrôle. Il n'y avait pas d'effet négatif de la cyclosporine A sur le processus de remodelage ventriculaire gauche / We assessed the presence and extent of microvascular obstruction (MVO) and its relationship with infarct size and left ventricular (LV) functional parameters after acute non-ST elevated myocardial infarction (NSTEMI). 25 patients with first acute NSTEMI underwent a complete cardio magnetic resonance (CMR) study 72 hours after admission. MO was detected in 32% of patients and was significantly associated with a larger infarct size. There were no significant difference between both groups for the LV functional parameters but patients with MO showed a higher troponin-I and CK release. We studied the relation between Myocardial Blush Grade (MBG) and gadolinium-enhanced CMR for the assessment of MVO in 39 patients with acute ST elevated myocardial infarction (STEMI) treated by primary PCI. No statistical relation was found between MBG and MVO extent at CMR (p=0.63). MBG underestimates MVO after an optimal revascularization in AMI compared to CMR.We compared the performance and post-processing time of a global visual scoring method to standard quantitative planimetry and we compared both methods to the peak values of myocardial biomarkers. 103 patients admitted with reperfused AMI to our intensive care unit had a complete CMR study 4±2 days after admission. There was an excellent correlation between quantitative planimetry and visual global scoring for the hyperenhancement extent’s measurement (r=0.94; y=1.093x+0.87; SEE=1.2; P<0.001) and there was also a good concordance between the two approaches with significantly shorter mean post-processing time for the visual scoring method. There was also significant levels of correlation between the enzymatic peak values and the visual global scoring method. The visual global scoring method allows a rapid and accurate assessment of the myocardial global delayed enhancement. This study examined the effect of a single dose of cyclosporine A used at the time of reperfusion, on LV remodeling and function by cardiac magnetic resonance (CMR) in the early days and 6 months after AMI.28 patients of the original cyclosporine A study had an acute (day 5) and a follow-up (6 months) CMR study. There was a persistent 23% reduction of the absolute infarct size at 6 months without any dementrial effect in the cyclosporine A group compared with the control group of patients. Cyclosporine A used at the moment of AMI reperfusion persistently reduces infarct size and does not have a detrimental effect on LV remodeling

On dénombre divers modèles de simulation de la mouche du chou (Delia radicum L.), mais plusieurs comportent d’importantes lacunes au niveau des différences génotypiques de l’insecte et des paramètres utilisés. L’objectif principal de ce projet est de rassembler les informations manquantes afin de créer dans le futur un modèle bioclimatique permettant de simuler efficacement la dynamique des populations de ce ravageur. L’effet de la température et de l’humidité du sol a été mesuré sur les œufs et les larves de la mouche du chou. L’humidité n’influence la survie des œufs qu’en dessous de 25% [m/m]. L’exposition graduelle des œufs à des températures élevées au dessus de 33°C affecte également la survie. La survie des larves augmente avec la hausse des températures et de l’humidité. Nous croyons que la mouche du chou est bien adaptée aux conditions des sols organiques au Québec, et nous recommandons l’intégration de la température du sol pour les stades au sol plutôt que de l’air dans l’élaboration d’un nouveau modèle. La ponte a également été étudiée à partir de différents critères préétablis pour chacun des génotypes hâtifs et tardifs, à différentes températures. Excepté pour la pré-oviposition qui est plus longue chez les hâtifs, aucune différence n’a été observée entre les génotypes. La majorité des critères, excepté la durée d’un épisode de ponte et la mortalité des œufs, a réagit à la température. Les nouvelles informations serviront à l’élaboration ou le perfectionnement d’un modèle de simulation de la dynamique de la ponte de la mouche du chou. / Few simulation models for the cabbage maggot (Delia radicum L.) had been seen, but several include significant weaknesses for the insect genotypic differences and parameters used. The main objective of this project is to collect the missing information to create, in the future, a bioclimatic model that will efficiently simulate the dynamics of the populations of this pest. The effect of soil temperature and moisture had been measured on eggs and larvae of the cabbage maggot. Humidity affects egg survival below 25% [w/w]. Gradual exposure of eggs to high temperature above 33°C also affects survival. Under tested conditions, larvae survival increases with rising temperatures and humidities. We believe that the maggot is well adapted to muck soil in Quebec, and we recommend to incorporated soil temperature rather than air temperature for above-ground stages into the development of a new model. Egg-laying activity has also been studied from various pre-established criterions for each of the early- and late-emerging genotypes, at different temperatures. Except for the pre-oviposition which is longer for the early genotype, no differences were observed between genotypes. The majority of criterions, except for the duration of oviposition bouts and egg mortality, responded to temperature. The new information will be used for the preparation and development of a simulation model of the egg-laying dynamic of the cabbage maggot. / Réalisé en cotutellle avec Gaétan Bourgeois et avec la participation de Guy Boivin, d'Agriculture et Agroalimentaire Canada, du Centre de Recherche et Développement en Horticulture à Saint-Jean-sur-Richelieu, QC J3B 3E6, Canada

Des preuves archéopalynologiques directes appuient maintenant l’hypothèse d’une lente adaptation horticole durant la néolithisation amérindienne de la région de Montréal. Les sites archéologiques Hector-Trudel (BhFl-1a) de Pointe-du-Buisson et Séminaire de Saint-Sulpice (BjFj-18) dans le Vieux-Montréal ont été retenus pour élaborer une méthodologie archéopalynologique d’étude des sols archéologiques. Cela a permis de caractériser l’impact de la présence humaine sur l'environnement végétal des sites et d’identifier des indices de culture et de gestion de plantes allogènes et indigènes. Un complexe horticole de production à petite échelle de maïs (Zea mays), de tournesol (Helianthus annuus) et de petit tabac (Nicotiana rustica) et une forme de gestion des arbustes à petits fruits sont identifiés au site Hector-Trudel durant le Sylvicole moyen tardif (500 à 1000 A.D.). Ces cultigènes sont aussi identifiés au site du Séminaire pour la fin du Sylvicole supérieur ancien (1200 à 1300 A.D.), dans des proportions toutefois plus importantes, et une activité de gestion forestière au profit des arbres à noix et du tilleul d’Amérique (Tilia americana), reflet des pratiques d’entretien des champs cultivés, témoignent d’une évolution dans les comportements / Direct archaeopalynological proof now supports the hypothesis of a slow horticultural adaptation during the Native American neolithisation of the Montreal area. Archaeological sites Hector-Trudel (BhF1-la) of Pointe-du-Buisson and Séminaire de Saint-Sulpice (BjFj-18) in Old Montreal were retained to elaborate an archaeopalynological methodology of archaeological soil study. This has allowed to characterize the impact of human presence of a vegetal environment on the sites and to identify signs of cultivation and management of alien and indigenous plants. A horticultural complex producing corn (Zea mays), sunflower (Helianthus annuus) and native tobacco (Nicotina rustica) on a small scale and a form of fruit-bearing shrubs management are identified at the Hector-Trudel site during the Late Middle Woodland (A.D. 500 to 1000). These cultigens are also identified at the Séminaire site for the end of the Early Late Woodland (A.D. 1200 to 1300), though in bigger proportions, and a woodland management activity benefiting nut trees and the American basswood (Tilia americana), reflecting cultivated field maintenance practices, are evidence of an evolution in behaviors.

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Cette thèse porte sur la caractérisation cardiaque, qui représente un enjeu méthodologique et clinique important, à la fois pour améliorer le diagnostic des pathologies et optimiser les moyens de traitement. Des méthodes de recalage et de fusion de données sont proposées pour amener dans un même référentiel des images IRM, scanner, échographiques et électro-anatomiques et ainsi décrire le cœur suivant des caractéristiques anatomiques, électriques, mécaniques et tissulaires. Les méthodes proposées pour recaler des données multimodales reposent sur deux processus principaux : l'alignement temporel et le recalage spatial. Les dimensions temporelles des images considérées sont mises en synchronisées par une méthode de déformation temporelle dynamique adaptative. Celle-ci permet de compenser les modifications temporelles non-linéaires entre les différentes acquisitions. Pour le recalage spatial, des méthodes iconiques ont été développées pour corriger les artefacts de mouvements dans les séquences ciné-IRM, pour recaler les séquences ciné-IRM avec les séquences d'IRM de rehaussement tardif et pour recaler les ciné-IRM avec les images scanner. D'autre part, une méthode basée contours, développée dans un précédent travail, a été améliorée pour prendre en compte des acquisitions échographiques multi-vues. Ces méthodes ont été évaluées sur données réelles pour sélectionner les métriques les plus adaptées et pour quantifier les performances des approches iconiques et pour estimer la précision du recalage entre échographies et ciné-IRM. Ces méthodes sont appliquées à la caractérisation de cardiomyopathies hypertrophiques (CMH) et d'asynchronismes cardiaques. Pour la CMH, l'objectif était de mieux interpréter les données échographiques par la fusion de l'information de fibrose issue de l'IRM de rehaussement tardif avec l'information mécanique issue de l'échographie de speckle tracking. Cette analyse a permis d'évaluer le strain régional en tant qu'indicateur de la présence locale de fibrose. Concernant l'asynchronisme cardiaque, nous avons établi une description du couplage électromécanique local du ventricule gauche par la fusion de données échographiques, électro-anatomiques, scanner et, dans les cas appropriés, d'IRM de rehaussement tardif. Cette étude de faisabilité ouvre des perspectives pour l'utilisation de nouveaux descripteurs pour la sélection des sites de stimulation optimaux pour la thérapie de resynchronisation cardiaque. / This work concerns cardiac characterization, a major methodological and clinical issue, both to improve disease diagnostic and to optimize its treatment. Multisensor registration and fusion methods are proposed to bring into a common referential data from cardiac magnetic resonance (CMRI), dynamic cardiac X-ray computed tomography (CT), speckle tracking echocardiography (STE) and electro-anatomical mappings of the inner left ventricular chamber (EAM). These data is used to describe the heart by its anatomy, electrical and mechanical function, and the state of the myocardial tissue. The methods proposed to register the multimodal datasets rely on two main processes: temporal registration and spatial registration. The temporal dimensions of input data (images) are warped with an adaptive dynamic time warping (ADTW) method. This method allowed to handle the nonlinear temporal relationship between the different acquisitions. Concerning the spatial registration, iconic methods were developed, on the one hand, to correct for motion artifacts in cine acquisition, to register cine-CMRI and late gadolinium CMRI (LGE-CMRI), and to register cine-CMRI with dynamic CT. On the other hand, a contour-based method developed in a previous work was enhanced to account for multiview STE acquisitions. These methods were evaluated on real data in terms of the best metrics to use and of the accuracy of the iconic methods, and to assess the STE to cine-CMRI registration. The fusion of these multisensor data enabled to get insights about the diseased heart in the context of hypertrophic cardiomyopathy (HCM) and cardiac asynchronism. For HCM, we aimed to improve the understanding of STE by fusing fibrosis from LGE-CMRI with strain from multiview 2D STE. This analysis allowed to assess the significance of regional STE strain as a surrogate of the presence of regional myocardial fibrosis. Concerning cardiac asynchronism, we aimed to describe the intra-segment electro-mechanical coupling of the left ventricle using fused data from STE, EAM, CT and, if relevant, from LGE-CMRI. This feasibility study provided new elements to select the optimal sites for LV stimulation.