Dans un contexte de réchauffement climatique, la fonction puits de carbone des tourbières à sphaignes est susceptible d'être altérée en raison d'une modification des interactions sphaignes-microorganismes, responsables de l'accumulation de carbone. L'objectif de cette thèse a été (1) d'identifier les interactions chimiques entre les polyphénols des sphaignes et les communautés microbiennes des sphaignes et (2) d'évaluer l'impact du réchauffement climatique sur ces relations.Un dispositif expérimental (Open Top Chambers) simulant in situ une hausse modérée des températures (+ 1°C) a été installé sur la tourbière de Frasne (25). La hausse des températures a provoqué une modification du réseau alimentaire microbien avec l'augmentation de la biomasse des bactéries et une baisse importante (-70%) de la biomasse des prédateurs (amibes à thèque). Le réchauffement climatique a également induit une baisse de la production de polyphénols, diminuant ainsi leur effet inhibiteur sur les microorganismes. En parallèle à cette baisse, une hausse des activités enzymatiques phénoloxydases a également été enregistrée. Le réchauffement a ainsi modifié les relations polyphénols - phénoloxydases, deux éléments essentiels du cycle du carbone des tourbières.Les différents changements induits par le réchauffement climatique (polyphénols, phénoloxydases, réseau trophique microbien) ont aussi conduit à une modification des relations " sphaignes-microorganismes " via une accélération potentielle du recyclage des nutriments, ce qui pourrait influencer sur le long terme le fonctionnement de l'écosystème tourbière.

Dans un contexte de réchauffement climatique, la fonction puits de carbone des tourbières à sphaignes est susceptible d’être altérée en raison d’une modification des interactions sphaignes-microorganismes, responsables de l’accumulation de carbone. L’objectif de cette thèse a été (1) d’identifier les interactions chimiques entre les polyphénols des sphaignes et les communautés microbiennes des sphaignes et (2) d’évaluer l’impact du réchauffement climatique sur ces relations.Un dispositif expérimental (Open Top Chambers) simulant in situ une hausse modérée des températures (+ 1°C) a été installé sur la tourbière de Frasne (25). La hausse des températures a provoqué une modification du réseau alimentaire microbien avec l’augmentation de la biomasse des bactéries et une baisse importante (-70%) de la biomasse des prédateurs (amibes à thèque). Le réchauffement climatique a également induit une baisse de la production de polyphénols, diminuant ainsi leur effet inhibiteur sur les microorganismes. En parallèle à cette baisse, une hausse des activités enzymatiques phénoloxydases a également été enregistrée. Le réchauffement a ainsi modifié les relations polyphénols – phénoloxydases, deux éléments essentiels du cycle du carbone des tourbières.Les différents changements induits par le réchauffement climatique (polyphénols, phénoloxydases, réseau trophique microbien) ont aussi conduit à une modification des relations « sphaignes-microorganismes » via une accélération potentielle du recyclage des nutriments, ce qui pourrait influencer sur le long terme le fonctionnement de l’écosystème tourbière. / Carbon stocks of Sphagnum-peatlands are likely to be altered by climate warming due to important changes in “Sphagnum-microorganisms” relationships which are responsible for carbon sequestration. The objectives of the thesis are (1) to identify the chemical interactions between Sphagnum-polyphenols and Sphagnum associated microbial communities and (2) to understand the impact of warming on these relationships.An experimental design using Open-Top-Chambers (OTC) was used to simulate an increase of air temperatures (+1°C) on a peatland situated in Jura Mountains (Frasne, 25). Temperature increase induced a modification of the microbial food web with an increase of the biomass of bacteria and a strong decrease of the biomass of top-predators (-70%), i.e. testate amoebae. Warming also induced a decrease of Sphagnum-polyphenols, diminishing their inhibitory effect on microbial communities. In parallel, an increase of phenoloxidase enzymatic activities was recorded in OTC. Climate warming thus modified polyphenol-phenoloxidase interplay, two crucial components of carbon cycle in peatlands. Warming effects on the different components – i.e. polyphenols, phenoloxidases, microbial food web – induced a modification of Sphagnum-microbial communities interplay, favoring carbon and nutrient recycling, which could alter peatland functioning in long-term.

L'ovulation est le processus de rupture du follicule ovarien qui conduit à la libération d'un ovocyte dans l'oviducte pour la fécondation. Le processus ovulatoire est initié par un pic de LH qui conduit à l'activation du récepteur EGF (EGFR) dans les cellules de la granulosa (CG) qui stimule par conséquent l'expression de plusieurs gènes pré-ovulatoires essentiels. Environ 15% de l'infertilité chez les vaches est due à la présence de kystes ovariens qui se développent normalement à partir de follicules pré-ovulatoires qui n'ovulent pas. Chez les femmes et les rongeurs, alors que l'activité physiologique des effecteurs de signalisation Hippo semble essentielle pour la signalisation de l'EGF dans les CG, leur dérégulation peut jouer un rôle important dans les troubles kystiques anovulatoires. À notre connaissance, aucune étude n'a rapporté les rôles physiologiques ou physiopathologiques des effecteurs de la voie Hippo liés à l'ovulation ou à la formation de kystes ovariens chez les bovins. Les principaux objectifs de la présente thèse étaient donc (1) d'élucider l'importance de l'activité physiologique des effecteurs de signalisation Hippo dans la cascade pré-ovulatoire et dans l'ovulation chez les ruminants, et (2) de déterminer si la dérégulation de YAP dans le CG bovin est impliquée dans la pathogenèse de la maladie kystique des ovaires (MKO). Les résultats sont séparés en 2 articles. Dans le premier article, nous avons d'abord utilisé un système de culture de CG préovulatoire bien défini pour montrer que la signalisation YAP est essentielle pour l'expression de l'EGFR et des gènes cibles en aval EREG, EGR1 et TNFAIP6. Plus important encore, en utilisant un système d'injection folliculaire guidée par ultrasons, nous avons également montré que l'inhibiteur classique de la signalisation Hippo, la vertéporfine, inhibe l'ovulation induite par la GnRH in vivo chez les bovins. Dans le deuxième article, nous avons utilisé un modèle bovin de MKO spontanée pour montrer que l'abondance de l'ARNm et des protéines de YAP est significativement plus élevée dans les cellules de la granulosa et de la thèque (CT) isolées des follicules kystiques (structures folliculaires d'au moins 20 mm de diamètre) par rapport aux types de cellules respectifs isolés à partir de grands follicules non kystiques (≥12 mm). De plus, le schéma de phosphorylation de YAP et l'abondance accrue d'ARNm codant pour les gènes cibles YAP-TEAD classiques suggèrent que l'activité transcriptionnelle de YAP est augmentée dans les CG des kystes folliculaires par rapport aux grands follicules non kystiques. Ensemble, ces résultats montrent pour la première fois que la voie Hippo est essentielle à la cascade ovulatoire chez les bovins et que sa dérégulation peut jouer un rôle clé dans la pathogenèse de la maladie kystique des ovaires chez cette espèce. / Ovulation is the process of rupture of the ovarian follicle, which leads to the release of an oocyte into the oviduct for fertilization. The ovulatory process is initiated by a surge of LH that leads to the activation of the EGF receptor (EGFR) in granulosa cells (GC) which consequently stimulates the expression of several essential ovulatory genes. About 15% of infertility in cows is due to the presence of ovarian cysts that generally develop from pre-ovulatory follicles that fail to ovulate. In women and rodents, in addition to the essential physiological activity of Hippo signalling effectors for the EGF signalling in GC, their deregulation also plays an important role in anovulatory cystic disorders. To the best of our knowledge, no studies report physiological or pathophysiological roles of Hippo pathway effectors related to ovulation or ovarian cyst formation in cattle. The main objectives of the present thesis were, therefore, (1) to elucidate the importance of the physiological activity of Hippo signaling effectors in the pre-ovulatory cascade and in ovulation in ruminants and (2) to determine whether dysregulation of YAP in bovine GC is implicated in the pathogenesis of the cystic ovarian disease (COD). The results are separated into 2 articles. In the first article, we employed a well-defined preovulatory GC culture system to show that YAP signaling is essential for expressing EGFR and the downstream target genes EREG, EGR1 and TNFAIP6. Most importantly, using an ultrasound-guided follicular injection system, we have also shown that the classic Hippo signaling inhibitor verteporfin inhibits GnRH-induced ovulation in vivo in cattle. In the second article, we employed a bovine model of spontaneous COD to show that YAP mRNA and protein abundance are significantly higher in granulosa and theca (TC) cells isolated from cystic follicles (follicular structures of at least 20 mm in diameter) compared to the respective cell types isolated from large non-cystic follicles (≥12 mm). Moreover, the phosphorylation pattern of YAP and the increased abundance of mRNA encoding classical YAP-TEAD target genes suggest that the transcriptional activity of YAP is increased in GC of follicular cysts compared to large non-cystic follicles. Together, these results show for the first time that the Hippo pathway is critical to the ovulatory cascade in cattle and its dysregulation may play a key role in the pathogenesis of cystic ovarian disease in this species.

La mycotoxine déoxynivalénol (DON) et son métabolite déépoxy-déoxynivalenol (DOM-1) ont des effets significatifs sur la modification de la fonction des cellules thècales de l’ovaire bovin. L'objectif de cette étude était d'identifier les différentes voies de signalisation impliquées dans le mécanisme d'action de DON et DOM-1 par la spectrométrie de masse. Méthodes: Les cellules thécales de l'ovaire bovin ont été récoltées à partir des vaches adultes, indépendamment du stade du cycle œstral, et ont été cultivées à une densité de 500000 cellules viables dans 1 ml de milieu de McCoy pendant 5 jours. Les cellules ont ensuite été traitées au jour 5 de la culture avec 1 ng/ml de DON ou DOM-1 pendant 30 minutes et des échantillons cellulaires de protéins totales ont été préparés pour spectrométrie de masse. Résultats: la spectrométrie de masse a montré que DON et DOM-1 induisent une surexpression simultanée de ERK1/2, MAPK14 (p38alpha) et MAPK13 (p38delta). La spectrométrie de masse a également indiqué que 94 peptides ont été surexprimés tels que GNGT1, EDN1 et YWHAB. Ils régulent la plupart des voies de prolifération des cellules et sont impliqués dans la biosynthèse des lipides et des glucides. Néanmoins, 255 peptides ont été régulés à la baisse, tels que CALR3, PTGES3, RAD21, ACVR2B et TGFBR1 dont leurs activités sont principalement l'activation ou la désactivation des processus apoptotiques, et le métabolisme du glucose et de la choline. Nos résultats montrent que DON et DOM-1, à une dose de 1 ng/ml, ont le potentiel de stimuler la surexpression de MAPK distinctes et réguler négativement les voies de signalisation spécifiques qui stimulent la prolifération les cellules de la thèque de l’ovaire de bovin. / The mycotoxin deoxynivalenol (DON) and its metabolite deepoxy-DOM-1 have significant effects on bovine ovarian theca cell function. The objective of this study was to identify different signaling pathways involved in the mechanism of action of DON and DOM-1 by mass spectrometry. Methods: bovine ovarian theca cells were harvested from adult cows independently of the stage of the estrous cycle, and were cultured at a density of 500000 viable cells in 1 ml McCoy’s medium for 5 days. The cells were then treated on day 5 of culture with 1 ng/mL DON or DOM-1 for 30 minutes and total cell protein was collected for mass spectrometry. Results from mass spectrometry showed that both DON and DOM-1 induce simultaneous upregulation of ERK1/2 , MAPK14 (p38alpha) and MAPK13 (p38delta). Mass spectrometry also indicated that 94 peptides such as GNGT1, EDN1 and YWHAB were upregulated. They mostly regulate cell proliferation pathways and are involved in biosynthesis of lipid and carbohydrates. Nevertheless, 255 peptides such as CALR3, PTGES3, RAD21, ACVR2B and TGFBR1 were downregulated whose activities are mainly activation or deactivation of apoptotic processes, and glucose and choline metabolism. Our findings show that both DON and DOM-1 at least at a low dose (1 ng/ml) have the potential to stimulate upregulation of distinct MAPKs and downregulate specific signaling pathways that stimulate bovine ovarian theca cell proliferation.