Submitted by André Luiz Almeida Ramos Jesus (andre_arj@hotmail.com) on 2017-04-18T16:43:07Z No. of bitstreams: 1 Processos de transcrição para violão - Final.pdf: 3056003 bytes, checksum: 3671d8b0458f1990795f797f65334fe1 (MD5) / Approved for entry into archive by Nilson Nascimento Souza (nilson@ufba.br) on 2017-06-06T20:36:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Processos de transcrição para violão - Final.pdf: 3056003 bytes, checksum: 3671d8b0458f1990795f797f65334fe1 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-06T20:36:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Processos de transcrição para violão - Final.pdf: 3056003 bytes, checksum: 3671d8b0458f1990795f797f65334fe1 (MD5) / Neste trabalho apresento os procedimentos e recursos por mim utilizados nas transcrições para violão solo de cinco peças para piano do compositor Ernesto Nazareth. Mudança de afinação (scordatura), contornos melódicos, alteração rítmica e uso de digitação e dedilhados são alguns dos recursos utilizados em três gêneros musicais: valsa, polca e tango brasileiro. As peças são: ‘Eponina’ (Valsa), ‘Guerreiro’ (Tango brasileiro), ‘Coração que Sente’ (Valsa), ‘Pipoca’ (Polca) e ‘Furinga’ (Tango brasileiro). O leitor encontrará exemplos musicais comparativos do piano e do violão mostrando os procedimentos acima citados. Na edição das transcrições adicionei sugestões de andamentos e uso de ligaduras técnicas, dentre outras. Há também dois artigos direcionados para o mesmo tema e relatórios referentes às disciplinas de práticas supervisionadas realizadas durante o mestrado. / This paper presents the procedures and resources used in the transcriptions from piano to solo guitar of five pieces by composer Ernesto Nazareth. Change of tuning (scordatura), melodic contours, rhythmic alteration and use of left-hand fingering and right-hand fingering are some of the resources used in three musical genres: waltz, polka and brazilian tango. The pieces are: 'Eponina' (waltz), 'Guerreiro' (brazilian tango), 'Coração que Sente' (waltz), 'Pipoca' (polca) and 'Furinga' (brazilian tango). Comparative musical examples of piano and guitar for the above procedures are shown in the paper. In the edition of transcripts suggestions of movements and use of technical bonds were added, among others. There are also two articles addressed to the same subject and reports on the disciplines of supervised practices carried out during the master's degree.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-06-14T15:37:09Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1034565 bytes, checksum: c504a98dadccf295255bca92bfe49d24 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-14T15:37:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1034565 bytes, checksum: c504a98dadccf295255bca92bfe49d24 (MD5) Previous issue date: 2005-04-28 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Os genes WRKY codificam proteínas de ligação ao DNA que reconhecem a seqüência conservada de nucleotídeos (T)(T)TGAC(C/T) (W box), presente em promotores de genes de defesa relatados em plantas. As proteínas WRKY podem ser divididas em grupos e subgrupos distintos, com base nas características do domínio WRKY de ligação ao DNA altamente conservado entre os membros dessa família e de pequenos domínios adicionais conservados. Esse trabalho objetivou caracterizar, mediante a obtenção da seqüência completa, dois fatores de transcrição WRKY relacionados aos clones de cDNA MG.LE.EB.A3.0208D3 e MG.LE.EB.A3.0209E3 que foram expressos na linhagem resistente NC-EBR-2 de tomateiro (Lycopersicon esculentum Mill.) 36 horas após a inoculação com o fungo Alternaria solani. A triagem efetuada por PCR de uma biblioteca de fosmídeos da linhagem NC- EBR-2, utilizando-se oligonucleotídeos derivados das seqüências dos clones MG.LE.EB.A3.0208D3 e MG.LE.EB.A3.0209E3, resultou na identificação de um clone fosmídeo correspondente a cada clone. Por meio do seqüenciamento shotgun desses clones, foram obtidas duas ORFs (open reading frame, sequência aberta de leitura) denominadas de LeWRKY1 (fator de transcrição WRKY 1 de L. esculentum) com 1.165pb e LeWRKY2 (fator de transcrição WRKY 2 de L. esculentum) com 1.570pb, correspondente aos clones MG.LE.EB.A3.0208D3 e MG.LE.EB.A3.0209E3, respectivamente. A proteína codificada por LeWRKY1, que apresenta similaridade de seqüência com a proteína NtWRKY3 de Nicotiana tabacum, possui em sua seqüência de 328 aminoácidos um domínio WRKY de ligação ao DNA, um motivo dedo de zinco do tipo Cys 2 His 2, um motivo conservado denominado domínio 1 que constitui um sinal de localização nuclear e um domínio conservado que inclui a região C de ligação a calmodulina. Essas características permitem classificar LeWRKY1 no grupo II, subgrupo d, dos fatores de transcrição WRKY. Esta proteína apresenta também um domínio N-terminal de 41 aminoácidos com função ainda desconhecida. Na região promotora de LeWRKY1 foi observada a presença do elemento promotor TATA box a –55pb e duas regiões W box a – 89pb (WA) e a –76pb (WB) do sítio de início da transcrição. Análise de Southern blot revelou que esse gene está presente em mais de uma cópia no genoma do tomateiro. A proteína codificada pelo gene LeWRKY2 apresentou similaridade de seqüência com a proteína tWRKY4 de Nicotiana tabacum e possui uma seqüência de 291 aminoácidos constituída de um domínio WRKY de ligação ao DNA e um motivo dedo de zinco Cys 2 HisCys, sendo classificada como membro do grupo III dos fatores de transcrição WRKY. A análise por meio de Southern blot indicou que o gene LeWRKY2 está presente em única cópia no genoma do tomateiro. A comprovação e a quantificação da contribuição desses genes na resistência do tomateiro a Alternaria solani depende, entretanto, de estudos de expressão e análise funcional. / The WRKY genes codify to DNA binding proteins that recognize the conserved nucleotide sequences (T)(T)TGAC(C/T) (W box) present in promoters of plant defense genes. The WRKY proteins can be divided in distinct groups and subgroups, based on characteristics of the DNA binding WRKY domain and on additional conserved small domains. This work aimed to characterize, by means of sequencing, two WRKY transcription factors related to cDNA clones MG.LE.EB.A3.0208D3 and MG.LE.EB.A3.0209E3 expressed in the resistant tomato lineage NC-EBR-2 36 hours post inoculation with the fungus Alternaria solani. Genomic DNA fragments that contained the genes correspondent to each cDNA clones were identified by PCR screening of NC-EBR-2 fosmid genomic library making use of primers derived from MG.LE.EB.A3.0208D3 and MG.LE.EB.A3.0209E3 sequences. Two ORFs (open reading frame) were obtained by sequencing clones from the shotgun library of these fosmids. They were designated as LeWRKY1 (L. esculentum WRKY transcription factor 1, correspondent to MG.LE.EB.A3.0208D3) and LeWRKY2 (L. esculentum WRKY transcription factor 2, correspondent to MG.LE.EB.A3.0209E3), having 1.165bp and 1.570bp, respectively. The protein codified by LeWRKY1 that is similar to the protein NtWRKY3 of Nicotiana tabacum and has 328 amino acids with one WRKY DNA binding domain, one Cys 2 His 2 zinc finger motif, one conserved nuclear localization signal, and one conserved domain that included the calmodulin binding region C. These characteristics classify LeWRKY1 into group II, subgroup d of WRKY transcription factors. This protein also presents an N-terminal domain that comprises 41 amino acids of unknown function. One TATA box element at –55 bp and two W box regions at –89 bp (WA) and –76 bp (WB) at the transcription start position were observed in promoter region of LeWRKY1. Southern blot analysis indicated that more than one copy of this gene is present in the tomato genome. The protein codified by LeWRKY2 presented sequence similarity to tWRKY4 protein of N. tabacum and has 291 amino acids sequence that consists of WRKY DNA binding protein domain and one Cys 2 HisCys zinc finger motif, being classified as group III member of WRKY transcription factors. Southern blot analysis indicated that of LeWRKY2 is a single copy gene. / Dissertação antiga

Mycoplasma hyopneumoniae é o agente causador da pneumonia enzoótica suína, uma enfermidade de distribuição mundial responsável por consideráveis perdas econômicas. Em organismos procariotos, a organização das ORFs em UTs e os mecanismos de regulação da expressão gênica são bem caracterizados. No entanto, no gênero Mycoplasma existem poucas informações relacionadas a transcrição gênica. Em M. hyopneumoniae, mesmo com os dados de sequenciamento de três genomas completos, poucos são os estudos englobando transcrição, bem como organização das unidades transcricionais. Este trabalho teve como objetivo caracterizar a distribuição e organização gênica em M. hyopneumoniae através da análise in silico e determinação experimental, pela técnica de RT-PCR, das unidades de transcrição. As análises in silico das UTs foram realizadas utilizando dois critérios: inicialmente, foi estabelecido como distância intergênica máxima, um tamanho de até 100 pb; posteriormente, foi utilizado o critério de genes organizados na mesma fita de DNA, independente das distâncias entre eles. Primers localizados entre a região 3´ de uma ORF e a região 5´ da ORF adjacente foram empregados, na técnica de RT-PCR, para demonstrar a co-transcrição de ORFs. As análises in silico determinaram a presença de 112 UTs, sendo que 21 destas UTs foram confirmadas experimentalmente. O tamanho e a composição das UTs são extremamente variáveis, assim como, as distâncias das regiões intergênicas entre as ORFs e os produtos codificados por elas. A partir dos resultados deste trabalho é possível sugerir que, em M. hyopneumoniae, a transcrição ocorre de forma contínua na mesma fita de DNA, formando assim, extensas UTs, as quais são interrompidas quando da presença de UTs ou ORFs individuais na orientação oposta. / Mycoplasma hyopneumoniae is the agent of enzootic pneumonia, a chronic respiratory disease present in the majority of swine herds throughout the world being considered an important pathogen in the swine industry. In prokaryotic organisms the ORFs arrangement in UTs and the gene expression regulation are well characterized. However, in the Mycoplasma genus there is little information related to gene transcription. Three complete genomes of M. hyopneumoniae were sequenced, but there are few studies encompassing transcription and organization of UTs. This work aims to characterize the distribution and gene organization in M. hyopneumoniae genome by in silico and experimental analyze of the UTs. The in silico analysis of the UTs were performed using two criteria: first, was established up to 100 bp as a maximum size of the intergenic distance and, later we used the criterion of genes arranged in the same DNA strand, regardless of the distances between them. To demonstrate the co-transcription of two ORFs the RT-PCR technic was used with primers located between the 3' region of an ORF and the 5' region of the adjacent ORF. The in silico analysis showed 112 UTs. Twenty-one UTs were experimentally confirmed by RT-PCR. The size and composition of the UTs are extremely variable, as well as the distances of the intergenic regions between the ORFs, and the products encoded by them. The findings of this study can suggest that in M. hyopneumoniae transcription occurs continuously in the same DNA strand, thus forming large UTs, which are disrupted in the presence of UTs or individual ORFs in the opposite orientation.

Mycoplasma hyopneumoniae é o agente causador da pneumonia enzoótica suína, uma enfermidade de distribuição mundial responsável por consideráveis perdas econômicas. Em organismos procariotos, a organização das ORFs em UTs e os mecanismos de regulação da expressão gênica são bem caracterizados. No entanto, no gênero Mycoplasma existem poucas informações relacionadas a transcrição gênica. Em M. hyopneumoniae, mesmo com os dados de sequenciamento de três genomas completos, poucos são os estudos englobando transcrição, bem como organização das unidades transcricionais. Este trabalho teve como objetivo caracterizar a distribuição e organização gênica em M. hyopneumoniae através da análise in silico e determinação experimental, pela técnica de RT-PCR, das unidades de transcrição. As análises in silico das UTs foram realizadas utilizando dois critérios: inicialmente, foi estabelecido como distância intergênica máxima, um tamanho de até 100 pb; posteriormente, foi utilizado o critério de genes organizados na mesma fita de DNA, independente das distâncias entre eles. Primers localizados entre a região 3´ de uma ORF e a região 5´ da ORF adjacente foram empregados, na técnica de RT-PCR, para demonstrar a co-transcrição de ORFs. As análises in silico determinaram a presença de 112 UTs, sendo que 21 destas UTs foram confirmadas experimentalmente. O tamanho e a composição das UTs são extremamente variáveis, assim como, as distâncias das regiões intergênicas entre as ORFs e os produtos codificados por elas. A partir dos resultados deste trabalho é possível sugerir que, em M. hyopneumoniae, a transcrição ocorre de forma contínua na mesma fita de DNA, formando assim, extensas UTs, as quais são interrompidas quando da presença de UTs ou ORFs individuais na orientação oposta. / Mycoplasma hyopneumoniae is the agent of enzootic pneumonia, a chronic respiratory disease present in the majority of swine herds throughout the world being considered an important pathogen in the swine industry. In prokaryotic organisms the ORFs arrangement in UTs and the gene expression regulation are well characterized. However, in the Mycoplasma genus there is little information related to gene transcription. Three complete genomes of M. hyopneumoniae were sequenced, but there are few studies encompassing transcription and organization of UTs. This work aims to characterize the distribution and gene organization in M. hyopneumoniae genome by in silico and experimental analyze of the UTs. The in silico analysis of the UTs were performed using two criteria: first, was established up to 100 bp as a maximum size of the intergenic distance and, later we used the criterion of genes arranged in the same DNA strand, regardless of the distances between them. To demonstrate the co-transcription of two ORFs the RT-PCR technic was used with primers located between the 3' region of an ORF and the 5' region of the adjacent ORF. The in silico analysis showed 112 UTs. Twenty-one UTs were experimentally confirmed by RT-PCR. The size and composition of the UTs are extremely variable, as well as the distances of the intergenic regions between the ORFs, and the products encoded by them. The findings of this study can suggest that in M. hyopneumoniae transcription occurs continuously in the same DNA strand, thus forming large UTs, which are disrupted in the presence of UTs or individual ORFs in the opposite orientation.

Mycoplasma hyopneumoniae é o agente causador da pneumonia enzoótica suína, uma enfermidade de distribuição mundial responsável por consideráveis perdas econômicas. Em organismos procariotos, a organização das ORFs em UTs e os mecanismos de regulação da expressão gênica são bem caracterizados. No entanto, no gênero Mycoplasma existem poucas informações relacionadas a transcrição gênica. Em M. hyopneumoniae, mesmo com os dados de sequenciamento de três genomas completos, poucos são os estudos englobando transcrição, bem como organização das unidades transcricionais. Este trabalho teve como objetivo caracterizar a distribuição e organização gênica em M. hyopneumoniae através da análise in silico e determinação experimental, pela técnica de RT-PCR, das unidades de transcrição. As análises in silico das UTs foram realizadas utilizando dois critérios: inicialmente, foi estabelecido como distância intergênica máxima, um tamanho de até 100 pb; posteriormente, foi utilizado o critério de genes organizados na mesma fita de DNA, independente das distâncias entre eles. Primers localizados entre a região 3´ de uma ORF e a região 5´ da ORF adjacente foram empregados, na técnica de RT-PCR, para demonstrar a co-transcrição de ORFs. As análises in silico determinaram a presença de 112 UTs, sendo que 21 destas UTs foram confirmadas experimentalmente. O tamanho e a composição das UTs são extremamente variáveis, assim como, as distâncias das regiões intergênicas entre as ORFs e os produtos codificados por elas. A partir dos resultados deste trabalho é possível sugerir que, em M. hyopneumoniae, a transcrição ocorre de forma contínua na mesma fita de DNA, formando assim, extensas UTs, as quais são interrompidas quando da presença de UTs ou ORFs individuais na orientação oposta. / Mycoplasma hyopneumoniae is the agent of enzootic pneumonia, a chronic respiratory disease present in the majority of swine herds throughout the world being considered an important pathogen in the swine industry. In prokaryotic organisms the ORFs arrangement in UTs and the gene expression regulation are well characterized. However, in the Mycoplasma genus there is little information related to gene transcription. Three complete genomes of M. hyopneumoniae were sequenced, but there are few studies encompassing transcription and organization of UTs. This work aims to characterize the distribution and gene organization in M. hyopneumoniae genome by in silico and experimental analyze of the UTs. The in silico analysis of the UTs were performed using two criteria: first, was established up to 100 bp as a maximum size of the intergenic distance and, later we used the criterion of genes arranged in the same DNA strand, regardless of the distances between them. To demonstrate the co-transcription of two ORFs the RT-PCR technic was used with primers located between the 3' region of an ORF and the 5' region of the adjacent ORF. The in silico analysis showed 112 UTs. Twenty-one UTs were experimentally confirmed by RT-PCR. The size and composition of the UTs are extremely variable, as well as the distances of the intergenic regions between the ORFs, and the products encoded by them. The findings of this study can suggest that in M. hyopneumoniae transcription occurs continuously in the same DNA strand, thus forming large UTs, which are disrupted in the presence of UTs or individual ORFs in the opposite orientation.

Mycoplasma hyopneumoniae é o agente etiológico da pneumonia enzoótica suína (PES), uma doença crônica, caracterizada pela alta morbidade e baixa mortalidade, e que infecta 200 milhões de suínos anualmente, gerando milhões de dólares de perdas em todo o mundo. M. hyopneumoniae adere-se aos cílios das células do epitélio traqueal, causando a redução do movimento ciliar, predispondo o animal a patógenos secundários. É uma das menores bactérias presentes na natureza, apresentando um genoma reduzido, sem parede celular e com alto conteúdo de guanina+citosina. Atualmente, estão disponíveis as sequências dos genomas de três linhagens de M. hyopneumoniae, duas patogênicas (7448 e 232) e uma não patogênica (J), porém pouco se sabe a respeito das sequências que regulam e controlam a expressão gênica em espécies de Mycoplasma ou das proteínas que ligam ao DNA, que desempenham um papel fundamental em todos os aspectos genéticos do organismo, como transcrição, replicação e reparo. Tipicamente, 2-3% de um genoma procariótico e 6-7% de um eucariótico codificam proteínas que ligam ao DNA. A interação mais comum entre proteína e DNA ocorre entre uma alfa-hélice da proteína com a cavidade maior do DNA, sendo que aproximadamente 84% dos fatores de transcrição de um componente utilizam o motivo hélice-volta-hélice para a ligação ao DNA Sendo assim, a hélice-volta-hélice assume um papel central na regulação da trancrição e, portanto, torna-se um excelente alvo para análises in silico. Não há relatos de trabalhos de identificação de proteínas que ligam ao DNA de M. hyopneumoniae utilizando métodos experimentais e predições in silico. Neste trabalho foi empregado um método de cromatografia de afinidade DNA-celulose para obter amostras enriquecidas com proteínas de superfície, onde foram identificas 32 proteínas, sendo que muitas delas são conhecidas e estão realmente envolvidas em processos que requerem a ligação ao DNA. Além da análise experimental, uma análise utilizando o genoma de M. hyopneumoniae 7448 foi realizada, utilizando vários algoritmos designados a encontrar genes que codificam proteínas que ligam ao DNA, sendo que 59 proteínas foram preditas como ligantes a DNA. Da sobreposição dos dados obtidos in silico e experimentalmente foram identificadas sete proteínas, sendo duas hipotéticas. A identificação destas proteínas disponibiliza um grupo de proteínas-alvo para futuros estudos de regulação e controle da expressão gênica de M. hyopneumoniae. / Mycoplasma hyopneumoniae is the etiological agent of Enzootic Pneumonia (EP), a chronical disease, characterized by high morbidity and low mortality that infects 200 million pigs every year causing hundreds of millions of dollars of loss for swine farmers worldwide. M. hyopneumoniae attaches to the cilia of the tracheal epithelial cells, causing a reduction in the ciliary action, predisposing the swine to secondary pathogens. M. hyopneumoniae is one of the smallest bacteria present in nature with a small genome, no cell wall and high guanine/cytosine content. Published genome sequences of three M. hyopneumoniae strains, two pathogenic (232 and 7448) and one nonpathogenic (J) are available, but little is understood about the sequences that regulates and control gene expression in Mycoplasma species and its DNA-binding proteins (DBPs), that plays a central role in all aspects of genetic activity within an organism, such transcription, replication and repair. Typically 2-3% of a prokaryotic genome and 6-7% of a eukaryotic genome encodes genes that codify DBPs proteins. The common protein-DNA interaction region in bacteria occurs between an alpha-helix present in the protein and the major groove of DNA. Among the bacterial one-component transcription factors (TFs), up to 84% of the output domains comprise a DNA-binding helix–turn–helix (HTH) region. Therefore, the HTH motif assumes a central role in the transcription regulation and becomes a main target to in silico predictions. There have been no reports of the in silico and experimental identification of DBPs in M. hyopneumoniae. In this work we employed a method of DNA-cellulose column chromatography to obtain a DBPs enriched sample, for later mass espectrometry analysis, were we identify 32 proteins, many of which are involved in biological processes that require DNA binding. In addition to the proteomic approach, genomic analysis of the M. hyopneumoniae 7448 genome was performed in silico with several algorithms designed to identify genes that encoded DBPs and we have characterized 59 proteins predict as DBPs. The overlap analyzes between bioinformatics and proteomics has resulted in the identification of seven proteins, two of which are hypothetical proteins. The identification of these proteins has provided a valuable set of proteins that may be used in the studies to analyze the regulation and control of the gene expression in M. hyopneumoniae.

A caracterização do repertório de proteínas expostas na superfície celular do Mycoplasma hyopneumoniae, agente etiológico da pneumonia enzootica suína (PES), é essencial para o entendimento dos processos fisiológicos associados a capacidade de infecção bacteriana, sobrevivência no hospedeiro e patogênese. Análises in silico indicam que aproximadamente um terço dos genes bacterianos codificam proteínas de superfície. Entretanto, até momento poucas proteínas de M. hyopneumoniae tiveram sua expressão e localização na superfície celular confirmadas experimentalmente, fazendo-se necessária a prospecção experimental destas proteínas utilizando ferramentas de proteômica, aumentando assim a confiabilidade dos dados obtidos in silico. Neste contexto, nós desenvolvemos uma abordagem experimental baseada na marcação in vivo da superfície celular com biotina seguida pela identificação por espectrometria de massas, associada à predições in silico, que nos possibilitou a identificação de proteínas expostas na superfície do M. hyopneumoniae. Como resultado, obtivemos 167 identificações proteicas, correspondendo a 59 proteínas não reduntantes, na abordagem proteômica experimental. A análise in silico resultou na identificação de 292 proteínas transmembrana e de 25 lipoproteínas. A análise comparativa revelou que 39 proteínas (66%) identificadas experimentalmente por espectrometria de massas como expostas na superfície celular, também foram preditas in silico com tal, sendo representadas principalmente por proteínas relacionadas com adesão, lipoproteínas e proteínas hipotéticas. As outras 20 proteínas (34%) correspondem principalmente a proteínas tradicionalmente relacionadas ao metabolismo, porém com várias delas previamente descritas atuando na superfície celular, participando de processos como interação patógeno-hospedeiro. Os resultados obtidos nesta tese fornecem uma visão geral da composição proteíca da superfície celular do M. hyopneumoniae, permitindo a seleção de alvos para futuros estudos funcionais visando melhorar o entendimento dos processos de patogenicidade bacteriana, além do desenvolvimento de drogas, vacinas e testes diagnósticos mais eficientes. / The characterization of the repertoire of proteins exposed on the cell surface by Mycoplasma hyopneumoniae, the etiological agent of enzootic pneumonia (EP) in pigs, is critical to understanding physiological processes associated with bacterial infection capacity, survival and pathogenesis. It is predicted that about a third of the genes in the M. hyopneumoniae genome code for surface proteins, but so far, just a few of them have experimental confirmation of their expression and surface localization. An experimental proteomic survey of a surface protein enriched sample is necessary to better define the M. hyopneumoniae set of proteins exposed to the host, adding confidence to in silico predictions. In this work, we developed an experimental approach based on cell surface labeling followed by mass spectrometry coupled to an in silico analysis, which enabled us to survey the surface exposed proteins in M. hyopneumoniae. A total of 167 protein identifications corresponding to 59 different protein species were identified in proteomic approach. An in silico survey of M. hyopneumoniae transmembrane proteins and lipoproteins results in the prediction of 292 and 25 proteins, respectively. A comparative analysis revealed that 39 proteins (66%) experimentally identified in surface were also in silico predicted as transmembrane proteins or lipoproteins and are represented mainly by adhesion related proteins, lipoproteins and hypothetical proteins. The other 20 proteinas (34%) comprise mainly proteins traditionally related to metabolism, but some of them were previously suggested to be involved in bacterial-host interactions and pathogenicity of Mycoplasma species. The obtained results provided a better picture of the M. hyopneumoniae cell surface that will help in the understanding of processes important for bacterial pathogenesis, selection of targets for further functional studies and development of more efficient drugs, vaccines and diagnostic tools for EP treatment, prevention and control.

Devido ao constante ataque à camada de ozônio, as plantas, nos próximos anos, terão que lidar cada vez mais com uma maior quantidade de luz UV atingindo a atmosfera terrestre. O arroz é considerado uma planta modelo para as monocotiledôneas por possuir um genoma relativamente pequeno (aproximadamente 390 Mb) e devido a sua grande sintenia com outros cereais. Recentemente, as proteínas E2F foram descritas, especialmente em vertebrados, como fatores transcricionais que podem estar envolvidos com a resposta ao dano de DNA. Tendo como objetivo principal estudar como a família de fatores transcricionais E2F responde ao dano genotóxico em arroz, experimentos com luz UV-B foram conduzidos para avaliar o envolvimento destes com as respostas ao dano de DNA. Além disso, foram realizadas análises filogenéticas dessa família gênica com representantes de plantas. Em arroz, estudos prévios de nosso grupo identificaram seis genes pertencentes à família E2F, sendo quatro E2F típicos e dois E2F atípicos. Em resposta à luz UV, dois dos quatro genes que codificam E2F típicos e os dois genes de E2F atípicos, tiveram a expressão relativa aumentada após o estresse em relação a plantas mantidas em condição controle. Nesse experimento, além dos genes E2F e dos genes de reparo, também foram avaliados os níveis de transcritos de genes sabidamente envolvidos com ciclo celular e apoptose, permitindo-se verificar se o aumento de expressão dos genes E2F em resposta ao estresse está efetivamente relacionado com a resposta a danos no DNA e não a estes dois outros processos celulares. As análises filogenéticas revelaram que um desses dois E2F típicos, que apresentou sua expressão diferencial nas condições testadas, provavelmente atue como um repressor de transcrição. Esta afirmação está baseada em estudos comparativos com sequências da planta modelo para as dicotiledôneas, Arabidopsis thaliana. O conjunto de resultados obtidos sugere que alguns membros da família E2F de arroz estão envolvidos especificamente com as repostas ao dano ao DNA, além de permitir a proposição de um possível mecanismo de ação. / Due to the constant attack to the ozone layer, the plants, in the coming years, will have to deal with an increasing amount of UV light reaching the earth's atmosphere. Rice is considered a model plant for monocots due to its relatively small genome (approximately 390 Mb) and because its high synteny with other cereals. E2F proteins have recently been reported, especially in vertebrates, as transcriptional factors involved in the response to DNA damage. To study how the family of transcription factors E2F responds to genotoxic damage in rice, experiments with UV-B were conducted to evaluate their involvement with the responses to DNA damage. In addition, phylogenetic analyzes of this gene family in plants were performed. In rice, previous studies of our group identified six genes belonging to the E2F family, four typical and two atypical E2F. In response to UV light, two of four genes encoding typical E2F and the two atypical E2F genes increased their relative expression after stress compared to the plants grown in the control condition. In this experiment, in addition to the E2F gene and repair genes, we have also analyzed the transcriptional level of genes known to be involved with cell cycle and apoptosis, in order to verify if the increases in E2F gene expression, in response to stress, are actually related to the response to DNA damage, rather than to other two cellular processes. Phylogenetic analysis revealed that one of these two typical E2F, which showed differential expression under the conditions tested, probably acts as a transcriptional repressor. This analysis is based on comparisons with sequences from the model plant for dicots, Arabidopsis thaliana. These set of results suggest that some members of the E2F family of rice are involved specifically with responses to DNA damage and allowed the proposition of a possible mechanism of action.

Mycoplasma hyopneumoniae é o agente etiológico da pneumonia enzoótica suína (PES), uma doença crônica, caracterizada pela alta morbidade e baixa mortalidade, e que infecta 200 milhões de suínos anualmente, gerando milhões de dólares de perdas em todo o mundo. M. hyopneumoniae adere-se aos cílios das células do epitélio traqueal, causando a redução do movimento ciliar, predispondo o animal a patógenos secundários. É uma das menores bactérias presentes na natureza, apresentando um genoma reduzido, sem parede celular e com alto conteúdo de guanina+citosina. Atualmente, estão disponíveis as sequências dos genomas de três linhagens de M. hyopneumoniae, duas patogênicas (7448 e 232) e uma não patogênica (J), porém pouco se sabe a respeito das sequências que regulam e controlam a expressão gênica em espécies de Mycoplasma ou das proteínas que ligam ao DNA, que desempenham um papel fundamental em todos os aspectos genéticos do organismo, como transcrição, replicação e reparo. Tipicamente, 2-3% de um genoma procariótico e 6-7% de um eucariótico codificam proteínas que ligam ao DNA. A interação mais comum entre proteína e DNA ocorre entre uma alfa-hélice da proteína com a cavidade maior do DNA, sendo que aproximadamente 84% dos fatores de transcrição de um componente utilizam o motivo hélice-volta-hélice para a ligação ao DNA Sendo assim, a hélice-volta-hélice assume um papel central na regulação da trancrição e, portanto, torna-se um excelente alvo para análises in silico. Não há relatos de trabalhos de identificação de proteínas que ligam ao DNA de M. hyopneumoniae utilizando métodos experimentais e predições in silico. Neste trabalho foi empregado um método de cromatografia de afinidade DNA-celulose para obter amostras enriquecidas com proteínas de superfície, onde foram identificas 32 proteínas, sendo que muitas delas são conhecidas e estão realmente envolvidas em processos que requerem a ligação ao DNA. Além da análise experimental, uma análise utilizando o genoma de M. hyopneumoniae 7448 foi realizada, utilizando vários algoritmos designados a encontrar genes que codificam proteínas que ligam ao DNA, sendo que 59 proteínas foram preditas como ligantes a DNA. Da sobreposição dos dados obtidos in silico e experimentalmente foram identificadas sete proteínas, sendo duas hipotéticas. A identificação destas proteínas disponibiliza um grupo de proteínas-alvo para futuros estudos de regulação e controle da expressão gênica de M. hyopneumoniae. / Mycoplasma hyopneumoniae is the etiological agent of Enzootic Pneumonia (EP), a chronical disease, characterized by high morbidity and low mortality that infects 200 million pigs every year causing hundreds of millions of dollars of loss for swine farmers worldwide. M. hyopneumoniae attaches to the cilia of the tracheal epithelial cells, causing a reduction in the ciliary action, predisposing the swine to secondary pathogens. M. hyopneumoniae is one of the smallest bacteria present in nature with a small genome, no cell wall and high guanine/cytosine content. Published genome sequences of three M. hyopneumoniae strains, two pathogenic (232 and 7448) and one nonpathogenic (J) are available, but little is understood about the sequences that regulates and control gene expression in Mycoplasma species and its DNA-binding proteins (DBPs), that plays a central role in all aspects of genetic activity within an organism, such transcription, replication and repair. Typically 2-3% of a prokaryotic genome and 6-7% of a eukaryotic genome encodes genes that codify DBPs proteins. The common protein-DNA interaction region in bacteria occurs between an alpha-helix present in the protein and the major groove of DNA. Among the bacterial one-component transcription factors (TFs), up to 84% of the output domains comprise a DNA-binding helix–turn–helix (HTH) region. Therefore, the HTH motif assumes a central role in the transcription regulation and becomes a main target to in silico predictions. There have been no reports of the in silico and experimental identification of DBPs in M. hyopneumoniae. In this work we employed a method of DNA-cellulose column chromatography to obtain a DBPs enriched sample, for later mass espectrometry analysis, were we identify 32 proteins, many of which are involved in biological processes that require DNA binding. In addition to the proteomic approach, genomic analysis of the M. hyopneumoniae 7448 genome was performed in silico with several algorithms designed to identify genes that encoded DBPs and we have characterized 59 proteins predict as DBPs. The overlap analyzes between bioinformatics and proteomics has resulted in the identification of seven proteins, two of which are hypothetical proteins. The identification of these proteins has provided a valuable set of proteins that may be used in the studies to analyze the regulation and control of the gene expression in M. hyopneumoniae.

As proteínas Dof (ligação ao DNA com um dedo, do inglês, DNA binding with One Finger) compreendem uma família de fatores de transcrição exclusiva de plantas, caracterizadas pela presença de um domínio de ligação ao DNA semelhante ao domínio ‘dedo-de-zinco’. Estas proteínas estão associadas a diferentes processos biológicos vegetais como germinação, florescimento e outros. O objetivo principal do presente trabalho foi a caracterização funcional de três fatores de transcrição Dof de Eucalyptus grandis a fim de avaliar a função dos mesmos na biogênese do sistema vascular desta planta. Baseado em resultados prévios do nosso grupo, foram escolhidos três genes (EgD01698, EgD00607 e EgK00405) que apresentaram um perfil de expressão significativo em tecidos vasculares de caules de E. grandis e, também, alta homologia a genes Dof previamente caracterizados em tecidos vasculares de outros vegetais. As regiões codificadoras desses genes foram amplificadas por PCR e clonadas no vetor de entrada pENTR/D-TOPO (Invitrogen). Por recombinação, os genes foram transferidos para o vetor pH7WG2D (VIB) para expressão em Arabidopsis thaliana. Os genes Dof também foram clonados no vetor pGEX-4T-1 (GE Healthcare) para a expressão heteróloga em Escherichia coli Plantas de A. thaliana foram transformadas com os vetores binários pelo método de imersão floral e as sementes foram selecionadas com o antibiótico higromicina. Apenas duas plantas para o gene D00607 e duas para o gene K00405 foram obtidas. As plantas transgênicas estão atualmente sob cultivo para serem geradas linhagens homozigotas e, assim, caracterizadas molecularmente. Além disso, a localização subcelular foi verificada pela expressão transiente de Dof::GFP em folhas de Nicotiana benthamiana. A expressão de GFP foi detectada difusa no citoplasma e no núcleo. Entretanto, esses ensaios deverão ser repetidos para confirmação dos resultados. Em paralelo, células de E. coli BL21 (DE3) pT-GroE foram transformadas com os vetores pGEX-4T-1-D01698 e pGEX-4T-1-D00607. A expressão gênica foi induzida durante 20 h a 20oC com 1 mM IPTG. As proteínas foram detectadas na fração solúvel por SDS-PAGE e western blot e, posteriormente, purificadas por cromatografia de afinidade. A expressão bem sucedida das proteínas Dof em E. coli permitirá a produção dessas proteínas para futuros estudos de caracterização funcional. / DNA binding with one finger (Dof) proteins comprehend a family of plant exclusive transcription factors characterized by the presence of the Dof DNA binding domain whose structure is similar to the zinc finger domain. They are associated with diverse biological plant processes such as germination, flowering and many others. The aim of this work was to functionally characterize three Dof genes from Eucalyptus grandis in order to evaluate their role in the biogenesis of vascular system. Based on previous results related to the E. grandis Dof gene family studies obtained by our group, we chose three genes (D01698, D00607 and K00405) with higher expression profile in vascular tissues of E. grandis stalk, as well as with higher homology to Dof genes previously characterized as critical to the genesis of vascular tissues. The CDS of these genes were amplified by PCR and cloned into pENTR/D-TOPO entry vector (Invitrogen). Via recombination, Dof genes were then transferred to the pH7WG2D binary vector (VIB) for the expression in Arabidopsis thaliana. They were also cloned into the pGEX-4T-1 vector (GE Healthcare) for Escherichia coli recombinant gene expression. A. thaliana plants were genetically transformed with recombinant binary plasmids by the floral dip method and seeds were selected by hygromycin resistance Only two plants for the D00607 gene and two plants for the K00405 gene were obtained. Plants are being cultivated in order to obtain homozygous individuals and they will be molecularly characterized. Additionally, subcellular localization was verified by transient expression of Dof::GFP in Nicotiana benthamiana and the expression of GFP was detected at the cytoplasm and nucleus. However, these assays need to be repeated in order to confirm the previous results. In parallel, E. coli BL21 (DE3) pT-GroE cells were transformed with pGEX-4T-1- D01698 and pGEX-4T-1-D00607. Gene expression was induced for 20 h at 20 oC with 1 mM IPTG for protein production. Proteins were detected in the soluble fraction by SDS-PAGE and western blot analysis and then were purified by affinity chromatography. The successful expression of Dof proteins in E. coli provides a way to produce these proteins for future functional characterization studies.