Made available in DSpace on 2014-06-12T16:01:15Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo7278_1.pdf: 2063761 bytes, checksum: eaeb6780fe875052548e747b8a3af1a9 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2005 / A regulação gênica está intimamente ligada com a transcrição de proteínas, e esse mecanismo é muito importante para o desenvolvimento dos seres vivos, pois é através dele que os organismos conseguem sintetizar proteínas. Um interessante problema da biologia moderna é o entendimento de mecanismos da regulação da transcrição. Muitos aspectos dessa regulação envolvem fatores de transcrição (proteínas ligantes ao DNA). Esses fatores regulam a expressão gênica pela conexão em posições específicas de regiões do genoma (conjunto de genes de uma espécie) que podem estar próximas ou não, como veremos em maiores detalhes oportunamente. Os fatores de transcrição conectam-se a subseqüências especificas de DNA, os promotores, que podem, com dificuldade, ser determinados por análises biológicas. Esse alto grau de dificuldade motiva os cientistas a procurarem meios computacionais mais rápidos e eficientes para solucionar o problema da busca pelos sítios de ligação dos promotores. O crescente aumento da disponibilidade de seqüências completas de genoma motiva tentativas de entender e modelar o mecanismo regulatório através de análises computacionais. A identificação de sítios de ligação envolve duas etapas principais: aprender modelos de sítios de ligação e buscar sítios em novas seqüências. Parte do trabalho foi desenvolver uma ferramenta para auxiliar os cientistas na busca por essas regiões especiais, os motifs, no genoma. Como desenvolvemos essa ferramenta usando Java, combinamos o fonema inglês da letra "J" com o sufixo "nom" da palavra "genom" para compor o nome da ferramenta e a chamamos de Jnom. A primeira tarefa é aprender modelos de sítios de ligação em potencial em um dado genoma. Usam-se exemplos de sítios de ligação verificados biologicamente e tenta-se encontrar sítios similares em outras regiões promotoras. Em seguida, é necessário descobrir uma seqüência de motifs em uma coleção de longas seqüências que são supostamente ligadas pelo mesmo fator. Neste caso, um motif encontrado indica um possível fator desconhecido que regula o conjunto de genes. A natureza combinatória dos fatores de transcrição é o mecanismo pelo qual as células dos seres superiores (eucariotes) atuam para controlar a expressão de conjuntos inteiros de genes. A intenção deste trabalho é investigar essa natureza combinante e tentar utilizar esse fato para melhorar o desempenho em relação a ferramentas existentes. O principal objetivo dessa pesquisa é construir uma ferramenta capaz de considerar a ação combinada dos fatores de transcrição através da seqüência de genes para encontrar novos motifs a partir de alguns já conhecidos

Orientador : Antonio Carlos Boschero / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-01T20:11:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Arantes_VanessaCristina_M.pdf: 2202517 bytes, checksum: 96df5e7928eb9ee77b90e029f2b8e569 (MD5) Previous issue date: 2002 / Resumo: Em animais, a desnutrição intra-uterina exerce efeitos marcantes sobre o desenvolvimento fetal e pós-natal. Além disso, baixo peso ao nascer está associado à secreção alterada de insulina, resistência à insulina e área diminuída da ilhota pancreática. Neste trabalho, verificamos a expressão do fator de transcrição PD X-I, a área da ilhota e a secreção de insulina em ilhotas de ratos neonatos e recém-desmamados (28 dias de vida), mantidos durante o período fetal e da lactação com uma dieta normoprotéica (17% de proteína) ou hipoprotéica (6% de proteína). Esses parâmetros também foram avaliados em ratos com 28 dias, recuperados da desnutrição intra-uterina. Após o desmame, a secreção de insulina em ilhotas isoladas em resposta 2,8 e 16,7 mmol/L de glicose foi reduzida em ratos desnutridos. Ao nascer e após 28 dias, a área da ilhota e a expressão protéica do PDX-1 também foram diminuídas, enquanto os níveis de mRNA em ilhotas de ratos desnutridos recém desmamados foram semelhantes aos níveis encontrados em ratos controles. A expressão protéica do PDX-1 e a área da ilhota, bem como a secreção de insulina, foram restauradas em ratos recuperados, enquanto o mRNA do PDX-l foi maior do que em ratos controles. Esses resultados sugerem associação entre expressão protéica do PDX-l diminuída, redução no tamanho da ilhota e secreção diminuída de insulina em ratos desnutridos. A reintrodução de dieta normal, logo após o nascimento, restaurou todos os parâmetros avaliados / Abstract: Intra-uterine and early postnatal malnutrition has profound consequences on fetal and postnatal development, both in humans and animals. In addition, low birth weight has been reported to be associated with impaired insulin secretion, insulin resistance and diminished area of pancreatic islets. To assess the expression of the transcription factor pancreatic and duodenal homeobox gene 1 (PDX-l) in pancreatic B-cells, and to examine the islet area and glucose-induced insulin secretion by islets from rats maintained on a low protein diet. PDX-l expression and islet area were assessed in rats maintained on a low (6%) or normal (17%) protein diet during fetal life. PDX-I protein and rnRNA levels, as well as insulin secretion and islet area were also measured after 28 days of life in normal, 10w protein, and recovered rats which received a normal protein diet after birth. Insulin secretion by isolated islets in response to 2.8 and 16.7 mmol glucose/L was reduced in 28-day-old low protein rats (P < 0.0001). At birth and after 28 days of life, the islet area and PDX-l protein expression were also reduced (P < 0.01). In contrast, PDX-l rnRNA levels in islets from 28-day-old low protein rats was similar to normal rats. PDX-l protein expression in B cells, the area of islets and insulin secretion were restored in recovered rats, whereas PDX-l rnRNA was higher than normal rats (P < 0.05). These results suggest a link between diminished PDX-l protein expression, a reduction in islet area and impaired insulin secretion in low protein rats. The reintroduction of a normal diet early in life restored islet area and cell physiology / Mestrado / Fisiologia / Mestre em Biologia Funcional e Molecular

O eucalipto é a arbórea mais cultivada no mundo para a exploração comercial de madeira. No Brasil, a principal espécie do gênero Eucalyptus utilizada é E. grandis, cujo cultivo, principalmente de híbridos com outras espécies, é voltado para a produção de celulose e papel. A relevância econômica do eucalipto para o Brasil e para vários países do mundo tem estimulado avanços científicos e tecnológicos, desde a área de biologia molecular até a silvicultura e a indústria de processamento da madeira. Entre os tópicos de interesse em biologia molecular estão genes e proteínas responsáveis pelo crescimento, pela qualidade da madeira e pela resposta vegetal a estresses ambientais. A família de proteínas Dof (DNA binding with one finger) compreende fatores de transcrição exclusivos de plantas, caracterizados pela presença do domínio Dof de ligação ao DNA, que contém uma estrutura semelhante ao domínio “dedo-de-zinco”. Esses fatores estão relacionados à ativação e à inibição de promotores de genes envolvidos nos mais variados fenômenos metabólicos das plantas tais como desenvolvimento do endosperma, metabolismo de carboidratos, germinação de sementes, desenvolvimento vascular e resposta a fitormônios. Pelo presente trabalho, visou-se caracterizar os fatores de transcrição Dof de E. grandis realizando-se análises filogenéticas com ferramentas de bioinformática, além de ensaios de RT-qPCR para se determinar perfis de expressão relativa dos genes Dof de E. grandis em folhas, caules e raízes de plantas sob diferentes tratamentos bióticos e abióticos que incluíram ABA, NAA, KIN, NaCl e seca. As análises filogenéticas permitiram a identificação de dez pares de genes parálogos no genoma de E. grandis, além de 13 grandes clados e nove pequenos grupos de genes ortólogos entre E. grandis, Arabidopsis thaliana e Populus trichocarpa. Os resultados permitiram-nos sugerir funções aos fatores de transcrição Dof de E. grandis. Os perfis de expressão relativa exibidos levaram-nos a concluir que os genes Dof são expressos em diversos órgãos e apresentam diferentes graus de acúmulo de mRNAs sob diferentes tratamentos. / Eucalypt is the most widely cultivated tree in the world for commercial logging. In Brazil, the main species of the Eucalyptus genus used is E. grandis, whose cultivation, mainly done with hybrids, is geared primarily for the production of pulp and paper. The economic relevance of eucalypts in Brazil and many countries worldwide has stimulated scientific and technological advances, from molecular biology to forestry and wood processing industry. Among the topics of interest in molecular biology are genes and proteins responsible for growth, the quality of wood and the plant response to environmental stress. The Dof (DNA binding with one finger) family of proteins comprehends plant exclusive transcription factors characterized by the presence of the DNA binding Dof domain, which is similar to the zinc finger domain. Dof transcription factors are related to the activation and inhibition of the promoters of genes involved in various plant metabolisms such as endosperm development, carbohydrate metabolism, seed germination, vascular development and response to phytohormones. In this study, we aimed to characterize the Dof transcription factors of E. grandis through phylogenetic analyzes using bioinformatic tools, in addition to RT-qPCR assays to determine the relative expression profiles of E. grandis Dof genes in leaves, stalks and roots of plants under different biotic and abiotic treatments that included ABA, NAA, KIN, NaCl and drought. Phylogenetic analysis allowed the identification of 10 pairs of paralogous genes in the genome of E. grandis, in addition to 13 major clusters and 9 small groups of orthologous genes between E. grandis, Arabidopsis thaliana and Populus trichocarpa, which allowed us to suggest functions for the E. grandis Dof transcription factors. The relative expression profiles showed that the Dof genes are expressed in various organs and display different degrees of mRNA accumulation under different treatments.

Orientador: Yoko Bomura Rosato / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-03T15:37:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Coltri_PatriciaPereira_M.pdf: 3758357 bytes, checksum: b876e9040dade148f4a3a7007b1c76e8 (MD5) Previous issue date: 2003 / Mestrado

A caracterização em larga escala do transcritoma de diferentes organismos revelou um cenário complexo da expressão gênica, levando a identificação de inúmeros transcritos produzidos ao longo dos genomas de eucariotos e procariotos. Esse fenômeno recebeu o nome de transcrição pervasiva e tem sido fonte de estudos na busca de novos RNAs com importâncias regulatórias e também transcritos envolvidos na tradução de proteínas ainda não caracterizadas. A abundância de dados de transcritômica e proteômica, além de informações completas a respeito do genoma, fazem do extremófilo halofílico Halobacterium salinarum, um organismo modelo ideal para os estudos da transcrição pervasiva. Esse micro-organismo pertence ao grupo Archaea, o último dos três domínios da vida a ser descrito e com características compartilhadas entre bactérias e eucariotos. Através do uso da técnica de differential RNA-seq (dRNA-seq), a qual permite a distinção entre transcritos primários e processados, identificamos 179 TSSaRNAs em H. salinarum, esses pequenos RNAs estão associados ao início de transcrição e ainda não haviam sido descritos em archaea. A aplicação do dRNA-seq em amostras de RNA extraídas ao longo da curva de crescimento permitiu a identificação de 4540 TSS no genoma de H. salinarum NRC-1. Parte desses inícios de transcrição está localizada upstream a genes conhecidos, permitindo a identificação de inícios de transcrição em 1545 genes. 59,2% desses inícios de transcrição estão localizados até 10 pb. de distância do códon de início de tradução, confirmando a ausência de regiões UTRs em grande parte dos genes. A análise de expressão, em diferentes condições, das regiões relacionadas a inícios de transcrição antisense a genes revelou que a maioria dessas regiões apresenta um perfil de expressão correlacionado com os genes na fita oposta, indicando um possível papel regulatório desses transcritos. De forma similar, a análise da expressão de inícios de transcrição intergênicos permitiu a identificação de 132 regiões diferencialmente expressas e que não estão relacionadas a nenhum outro elemento no genoma de H. salinarum NRC-1. A análise comparativa com dados de proteômica revela que algumas dessas regiões podem estar envolvidas com a produção de pequenas proteínas. Além disso, a identificação de 1365 inícios de transcrição internos a genes sugere que a produção de transcritos intragênicos (intraRNAs) seja um fenômeno amplamente distribuído no genoma desse halófilo. Experimentos de Northern blot confirmaram a produção de um transcrito correspondente a porção final do gene VNG_RS05220, e experimentos de Western blot revelaram que a tradução desses intraRNAs é responsável pela produção de pequenas proteínas correspondentes a domínios proteicos individuais, com importante papel funcional em condições específicas de crescimento. A análise de inícios de transcrição upstream a regiões codificantes de domínios similares em bactérias e outras archaea sugere que a produção de intraRNAs codificantes é um fenômeno amplamente distribuído em procariotos e pode ser responsável pelo aumento da diversidade do proteoma através da geração de isoformas de proteínas a partir de um único gene. Por fim, a análise de dados de RNA-seq, em conjunto com a busca por assinaturas conhecidas de término de transcrição em archaea, permitiu a identificação da posição final de 58 genes. Os dados obtidos a partir dos experimentos e análises realizados ajudam a traçar um panorama mais completo do transcritoma de H. salinarum NRC-1 e revelam a presença de novos transcritos que podem ser amplamente distribuídos em procariotos e apresentar importantes papéis funcionais. / The large-scale transcriptome characterization of different organisms revealed a highly complex scenario of gene expression, leading to the identification of numerous transcripts in the genomes of eukaryotes and prokaryotes. This phenomenon has been named pervasive transcription and has been an important source for the search of new RNAs with regulatory functions or involved in the translation of unknown proteins. The abundance of transcriptomic and proteomic data, as well as complete information regarding the genome, allowed the halophilic extremophile Halobacterium salinarum to be an ideal model organism for studies of pervasive transcription. This microorganism belongs to the Archaea group, the last one of the three domains of life to be described, which presents shared characteristics with bacteria and eukaryotes. The use of differential RNA-seq (dRNA-seq) approach, which allows the distinction between primary and processed transcripts, allowed the identification of 179 TSSaRNAs, small RNAs associated with the transcription initiation in H. salinarum. The application of dRNA-seq in RNA samples collected along the growth curve allowed the identification of 4540 transcription start sites (TSS) in H. salinarum NRC-1. Some of these transcription initiation are located upstream to known genes, enabling the identification of TSSs for 1545 genes. 59.2% of these positions are located up to 10 bp away from the translation initiation codon, confirming that most of genes are leaderless. The expression analysis of regions related to antisense TSS under different conditions revealed that most of these regions have a correlated expression profile with genes in the opposite strand, indicating a possible regulatory role. Similarly, analysis of the expression of intergenic TSS allowed the identification of 132 differentially expressed regions that are not related to any other element in H. salinarum NRC-1 genome. Integration with proteomic data reveals that some of these regions may be involved in the production of small proteins. The identification of 1365 TSS located within genes suggests that the production of intragenic RNAs (intraRNAs) is a widely distributed phenomenon in H. salinarum NRC-1 genome. Northern blot experiments confirmed the production of a transcript corresponding to the final portion of VNG_RS05220 gene and Western blot experiments also revealed that the translation of intraRNAs is responsible for producing small proteins corresponding to individual protein domains with important functional role in specific growth conditions. Analysis of TSS upstream to the coding regions of similar protein domains in bacteria and other archaea suggests that the production of coding intraRNAs is a widely distributed phenomenon in prokaryotes and may be responsible for the increased proteome diversity through the generation of protein isoforms from a unique gene. Finally, the RNA-seq data analysis, combined with a search for known signatures for transcription termination in archaea, allowed the identification of the final position of 58 genes. The present work help to give a more complete picture of H. salinarum transcriptional landscape and reveals the presence of new transcripts that can be widely distributed in prokaryotes, with important functional roles.

In nature, biofilm is a complex structure resulted of multicellular bacterial communities that provide important nutritional functions and the acquisition of protective traits such as antibiotics resistance and horizontal gene transfer. The development from the planktonic, lonely bacteria, to the mature multilayered biofilm structure consists of three main phases: motility, attachment and biofilm maturation. At cellular level, the process is controlled by several genes such as flhD, fliA, rpoS, csgD, adrA, cpxR all acting as master regulators. Additionally, the global regulators CRP, IHF, Fis, and others in less frequency, have been related to biofilm formation, although blurry information has been provided. In this thesis we used synthetic, molecular and cellular biology approaches to understand the effect of CRP, IHF and Fis in the transcriptional regulatory network in the bacterium Escherichia coli. In the first chapter, we employed network analysis to reconstruct and analyze part of the entire regulatory network described to modulate the flagella-biofilm program. With this analysis we identified some critical interactions responsible for the planktonic-biofilm transition. Next, we selected the top ten effectors nodes of the network and cloned the promoter region of those genes in a reporter system. As extensively explained in chapter II, this system allowed us to validate as well as suggest new interactions in the network. Additionally, the measurement of the promoter activity during bacterial development show that CRP, IHF and Fis differentially modulate most of the surveyed genes suggesting that those Global Regulators participate to modulate gene expression in different phases of the planktonic-biofilm development. At chapter three, to get a better overview of the entire process, we performed motility, adherence/early biofilm and mature biofilm assays. We describe the intrinsic ability of E. coli to perform motility, adherence and mature biofilm at 37?C. In contrast, the absence of ihf, fis as well as Carbon Catabolite Repression (CCR), lead to altered phenotypes at both motility and biofilm development. At the end, we discussed how the changes of promoter activity of target genes, together with our network analysis, could explain part of the altered phenotypes observed. For instance, we observed changes at the main stress responders rpoS and rpoE that, in combination with alterations at specific genes such as fliA, can explain the enhanced motility in the E. coli ?ihf strain. Altogether, in this thesis, we provided evidence that CRP, IHF and Fis control the activity of the promoter regions of genes involved in the planktonic-biofilm development. / Na natureza, o biofilme é uma estrutura complexa resultante de comunidades bacterianas multicelulares que fornece importantes funções nutricionais e a aquisição de traços de proteção como resistência a antibióticos e transferência horizontal de genes. O desenvolvimento das bactérias planctônicas solitárias para uma estrutura de biofilme maduro consiste em três fases principais: motilidade, fixação e maturação do biofilme. Ao nível celular, o processo é controlado por vários genes tais como flhD, fliA, rpoS, csgD, adrA, cpxR, todos agindo como reguladores mestre. Além disso, os reguladores globais CRP, IHF, Fis e outros em menor freqüência, têm sido relacionados à formação de biofilme, embora tenham sido fornecidas informações nao conclusivas sobre esse processo. Nesta tese foram utilizadas abordagens de bioinformática, assim como de biologia molecular e celular para entender o efeito de CRP, IHF e Fis na rede reguladora da transição de motilidade para biofilme na bactéria Escherichia coli. No primeiro capítulo, utilizamos a análise de rede para reconstruir e analisar parte da rede regulatória descrita para modular o programa flagelo-biofilme. Com esta análise identificamos algumas interações críticas responsáveis pela transição planctônica-biofilme. Em seguida, selecionamos os dez principais nós efetores da rede e clonamos a região promotora desses genes em um sistema repórter. Conforme explicado amplamente no capítulo II, este sistema nos permitiu validar e sugerir novas interações na rede. Adicionalmente, a medição da atividade do promotor durante o desenvolvimento bacteriano mostra que a CRP, a IHF e a Fis modulam diferencialmente a maioria dos genes analisados sugerindo que estes Reguladores Globais participam para modular a expressão génica em diferentes fases do desenvolvimento de estado planctónico para biofilme. No capítulo três, para obter uma melhor visão geral de todo o processo, realizamos ensaios de motilidade, aderência / biofilme precoce e biofilmes maduros. Descrevemos a capacidade intrínseca de E. coli para realizar motilidade, adesão e biofilme maduro a 37 °C. Em contraste, a ausência de ihf, fis, bem como o fenômeno de Repressão de Catabolite de Carbono (CCR), levam a fenótipos alterados, tanto na motilidade como no desenvolvimento do biofilme. No final, discutimos como as mudanças da atividade do promotor de genes alvo, juntamente com a nossa análise de rede, poderia !xi explicar parte dos fenótipos alterados observados. Por exemplo, observamos mudanças nos principais respondedores de estresse rpoS e rpoE que, em combinação com alterações em genes específicos como fliA, podem explicar a motilidade aumentada na estirpe de E. coli ?ihf. Em conjunto, nesta tese, apresentamos evidências de que CRP, IHF e Fis controlam a atividade das regiões promotoras de genes envolvidos no desenvolvimento planctônico-biofilme.

Os Sei solo â Violino senza Ba&#223;o accompagnato de Johann Sebastian Bach (BWV 1001-1006) têm sido transcritos para violão em movimentos isolados desde o final do século XIX e a transcrição (1934) da grandiosa Ciaccona pelo espanhol Andrés Segovia (1893-1987) tornou-se uma peça central no repertório para violão, sobretudo porque que a escrita para violino sofreu um redimensionamento na adaptação do violonista. Por outro lado, as abordagens do ciclo completo no violão têm se aproximado cada vez mais da escrita original para violino. Kazuhito Yamashita (1989), autor da primeira gravação do ciclo completo no violão, se mostra ainda influenciado pela prática segoviana de transcrição, mas Frank Bungarten (1988 - Sonatas/2000 - Partitas) chega a rechaçar a transcrição BWV 1006a, em que o próprio compositor adiciona baixos e preenchimentos harmônicos; Elliot Fisk (2001) segue o exemplo de Bungarten, realizando linhas de baixo apenas ocasionalmente e Timo Korhonen (2009- 2010) leva esse tipo de abordagem ao ápice, não fazendo adição alguma. Contrariando a tendência atual, a única referência coeva que temos de J. S. Bach tocando seus solos de violino é ao clavicórdio, adicionando quanta harmonia ele julgasse necessário, segundo seu aluno Johann Friedrich Agricola. Transcrições dele e de seus contemporâneos nos mostram que a prática de transcrição sempre envolvia a modificação da escrita original para violino tendendo uma maior elaboração polifônica da obra segundo os recursos da nova instrumentação (normalmente teclado ou alaúde). Ao se transcrever os Sei solo para o violão, a prática da época revela que uma pretensa fidelidade ao texto original é tão equivocada do ponto de vista estilístico quanto seria a versão de Segovia se essa fosse julgada fora dos padrões de sua época. Por outro lado, há gravações parciais dos Sei solo ao violão que seguem em maior ou menor grau as práticas de transcrição e de execução barrocas, além de várias gravações do ciclo completo por alaudistas e cravistas que não hesitam em transfigurar a textura original da escrita para violino, para a adequação da escrita aos seus instrumentos. O presente estudo visa estabelecer os fundamentos de uma prática de transcrição para violão dos Sei solo com base nas técnicas de transcrição e de execução do período da composição sem a pretensão de autenticidade ou fidelidade, mas como fonte de recursos de instrumentação (pela reelaboração da textura polifônica com adições de linhas de baixo e preenchimentos harmônicos) e de expressão (pela adaptação de recursos estilísticos essenciais como as articulações e os ornamentos). Em segunda instância, o estudo apresenta uma nova transcrição para violão dos Sei solo como exemplo de aplicação dos fundamentos de adaptação dessas obras. / The Sei solo â Violino senza Ba&#223;o accompagnato by Johann Sebastian Bach (BWV 1001-1006) have been arranged for guitar as isolated movements since the end of the 19th century and the transcription (1934) of the great Ciaccona made by the Spaniard Andrés Segovia (1893-1987) became a central work on the repertory, mainly for he remodeled the violin writing when adapting it for guitar. In the other hand, more recent approaches of the cycle have been became progressively simpler and closer to the original writing for violin. The first recording of the cycle on guitar, made by Kazuhito Yamashita (1989), still shows influences of Segovia, but Frank Bungarten (1988 - Sonatas/2000 - Partitas) rejects even Bach\'s own transcription of the 3rd Partia, BWV 1006a, where the composer adds bass lines and harmonies; Elliot Fisk (2001) follows Bungarten\'s example, with few bass additions; Timo Korhonen (2009-2010) goes further and does not add any notes, relying just on the violin score. In opposition to today\'s tendency on guitar, the only reference we to Bach himself playing the violin Solos is on the clavichord, adding as much harmony as he considered necessary, as reports his student Johann Friedrich Agricola. Bach\'s and his contemporaries\' arrangements clearly show us that the change of the medium in a composition (usually violin or cello) always involved the modification of the original writing, generally having more polyphonic elaboration after the resources of the new instrument (normally keyboard or lute). The period\'s practice reveals that an intentioned fidelity to the original musical text in a guitar arrangement is as misplaced as it would be the Segovia\'s version when judged by today\'s standards. In the other hand, there are partial recordings of the Sei solo on the guitar that seek to follow the baroque\'s arrangement and performance practices. There are also several recordings of the whole cycle made by lute and harpsichord players that do not hesitated about changing the original writing for violin in order to adequate the works for their instruments. The present study aims to establish the adaptation principles of the Sei solo for guitar based on period\'s arrangement and performance practices with no pretention of reaching neither authenticity nor fidelity, but simply as instrumentation resources (when rewriting of polyphonic texture with additions of bass lines and harmonies) and expression resources (when adapting stylistic essentials like articulations and ornaments). The secondary purpose of this research is to exemplify an application of the adaptation principles by presenting a new arrangement of the Sei solo for guitar.

Mycoplasma hyopneumoniae é uma bactéria de tamanho diminuto, caracterizada por um genoma pequeno, com baixo conteúdo GC. Está associada com doenças respiratórias de suínos, resultando em prejuízos produtivos e econômicos na indústria animal. A presença de sequências de DNA repetitivas, que ocorrem em grandes quantidades em células eucarióticas, vem sendo cada vez mais identificadas em genomas de procariotos, sendo também associadas a um potencial papel regulador. Uma vez que a regulação da transcrição nesses organismos ainda é pouco entendida, o objetivo do presente estudo foi realizar uma busca in silico por elementos repetitivos nas regiões intergênicas do genoma de M. hyopneumoniae linhagem 7448. Dois tipos de repetições foram selecionados para a busca inicial: tandem e palindromes. Regiões intergênicas de até 500 pb a montante do sítio de início da tradução de todas as CDSs do genoma de M. hyopneumoniae linhagem 7448 foram utilizadas para a predição. Para cada tipo de elemento dois programas computacionais independentes foram utilizados. As predições in silico resultaram em 144 repetições em tandem e 1.171 palindromes. O DNA repetitivo se encontra distribuído a montante de 86% das unidades transcricionais de M. hyopneumoniae linhagem 7448. Análises comparativas entre genomas de micoplasmas demonstraram diferentes níveis de conservação dos elementos repetitivos entre linhagens patogênicas e não-patogênicas. Linhagens patogênicas revelaram uma conservação de 59%, enquanto que a não patogênica, somente de 46%. Através de ensaios de amplificação quantitativa de DNA, foi observado diferentes níveis de expressão em genes codificantes para importantes proteínas, como glicina hidroximetiltransferase, lipoproteína, adesinas e proteína ligadora de GTP. Os genes codificantes para essas proteínas divergiam no número de repetições palindromes e tandens na sua respectiva região intergênica. Além disso, repetições encontradas em 206 genes já descritos como regulados em diferentes condições em M. hyopneumoniae linhagem 232 mostraram aproximadamente 80% de conservação em relação à linhagem M. hyopneumoniae linhagem 7448. Todos esses resultados sugerem um potencial papel regulador das repetições de DNA em tandem e palindromes em Mycoplasma. / Mycoplasma hyopneumoniae is a diminutive bacterium, characterized by a small genome with a low GC content. It is commonly associated with swine respiratory diseases, resulting in productivity and economic losses in the animal industry. Repetitive DNA, which occurs in large quantities in eukaryotic cells, has been increasingly identified in prokaryotic genomes, and has been associated with a potential regulatory function. Once transcription regulation in these organisms is still poorly understood, the aim of the current study was to perform an in silico search of repeat elements in the genomic intergenic regions of M. hyopneumoniae strain 7448. Two types of repeats were selected for initial search: Tandem and Palindromic. Intergenic regions up to 500 bp upstream from start codon of M. hyopneumoniae strain 7448 CDSs were used as input for the software’s prediction. For each type of repeat sequence, two independent software packages were used. Computational analysis results in 144 tandem repeats and 1,171 palindrome elements. The repeats were distributed in the upstream region of 86% of transcriptional units of M. hyopneumoniae strain 7448. Comparative analysis between distinct mycoplasmas, demonstrate different indices of repeat conservation among pathogenic and non-pathogenic strains. Pathogenic strains revealed 59% conservation, while non-pathogenic only 46%. Through assays of quantitative amplification of DNA, different levels of expression in genes coding important proteins have been demonstrated, as glycine hydroxymethyltransferase, lipoprotein, adhesins and GTP-binding protein. These protein coding genes differ in number of palindromes or tandem repeats in respective upstream regions. In addition, repeats found in 206 genes already described to be regulated in different grow conditions in M. hyopneumoniae strain 232 showed almost 80% of conservation in relation to M. hyopneumoniae strain 7448. All these findings, suggests a potential regulatory role of tandem and palindrome DNA repeats.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico. Programa de Pós-Graduação em Engenharia Química, Florianópolis, 2008. / Made available in DSpace on 2012-10-23T18:30:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 260132.pdf: 10785256 bytes, checksum: 912ddddb476f30986d78b06f3e710074 (MD5) / A Síndrome do X Frágil (SXF) é a forma de retardo mental herdado mais comum encontrada, afetando um entre 4000 homens e uma entre 8000 mulheres. Ela é causada devido a alterações do nível de transcrição e tradução do gene FMR1, que nos humanos e em vários outros mamíferos se encontra na região Xq27.3 do cromossomo X humano. Este gene codifica a proteína FMRP, cuja falta de expressão está associada ao retardo mental e a outros fenótipos característicos da SXF. A função da proteína FMRP no organismo ainda não é totalmente conhecida, porém acredita-se que ela esteja intimamente ligada ao transporte de mRNA do núcleo para o citoplasma dos neurônios e na sua condução até os ribossomos, onde faz parte dos complexos de ribonucleoproteínas (RNP) e controla a tradução de determinados mRNA. Diante deste contexto, este trabalho tem o objetivo de contribuir para a compreensão dos elementos reguladores da expressão do gene FMR1 e também incrementar os estudos sobre as funções desempenhadas pela proteína FMRP. Uma análise da região à montante do códon de início do gene FMR1, utilizando técnicas de genômica comparativa, gel shift e espectrometria de massa mostrou potenciais sítios de interação para proteínas de transcrição. Foram identificadas várias proteínas que interagiram com os segmentos de DNA conservados estudados in vitro, com especial significância para as proteínas Pur-a, Pur-b e as ribonucleoproteínas heterogêneas A2/B1 (hnRNP A2/hnRNP B1). O papel da Pur-a e Pur-b como elemento na regulação da transcrição do gene FMR1 nunca foi demonstrado, sendo esse o primeiro trabalho que propõe esta relação. No estudo sobre a função da proteína FMRP utilizou-se análise de fluxos metabólicos para calcular os fluxos intracelulares dos complexos envolvidos na regulação da tradução de mRNA nos dendritos neuronais, onde a FMRP é uma proteína chave. O uso de modelos estequiométricos das reações ou interações e a aplicação de balanços de massa permitiram a estimativa de alguns fluxos importantes no papel biológico da FMRP em nível celular. Esses resultados poderão auxiliar no diagnóstico e tratamento da Síndrome do X-Frágil e doenças relacionadas. / Fragile X Syndrome (FXS) is the most common form of inherited mental retardation with the incidence of 1:4000 in males and 1:8000 in females. The syndrome occurs as an effect of the lack of expression of the fragile X mental retardation protein (FMRP) codified by the FMR1 gene located in the q27.3 region of the X chromosome. Absence of the FMRP results in mental retardation and other characteristics of the Fragile X phenotypes. Some FMRP functions in the organism are still unknown; however, structural evidences of the protein suggest that it is involved in nuclear export, cytoplasmic transport, and/or translation control of target mRNA. In this work, we combined in silico comparative genomics tools with proteomic analysis to investigate regulatory elements in the upstream region of the FMR1 gene transcription start site. We identified proteins that interact with studied DNA conserved sequences, particularly Pur-a, Pur-b and heterogeneous nuclear ribonucleoproteins A2/B1 (hnRNP A2/hnRNP B1). To our acknowledge this is the first work that correlate those proteins to the FMR1 gene transcription. We used Metabolic Flux Analysis (MFA) to estimate turnovers of molecules and complexes involved in mRNA transport to dendrites and its translation at synapses. Stoichiometric models of biochemical reactions or interactions and mass balances may be useful in diagnosis and future treatment of the Fragile X Syndrome and related diseases.

O sistema colinérgico muscarínico desempenha uma função central na memória, mas o papel de cada subtipo de receptor é pouco compreendido separadamente. As toxinas muscarínica (MTs) extraídas da peçonha das serpentes Dendroaspis sp são ferramentas farmacológicas seletivas aos diferentes subtipos de receptores muscarínicos. O subsistema M4 muscarínico modula os processos de consolidação e evocação. Recentemente, tem se dado atenção aos processos subseqüentes à evocação e vários trabalhos demonstraram que a reconsolidação e a extinção da memória compreendem etapas importantes na formação do processo. O objetivo desse trabalho é investigar o envolvimento do subsistema M4 colinérgico muscarínico hipocampal na consolidação, evocação, reconsolidação e extinção da memória, além de investigar os receptores M4 da amígdala basolateral na consolidação e reconsolidação. Em trabalhos anteriores, foi demonstrado que os receptores M4 mudavam seu papel modulatório entre a consolidação e evocação, portanto, neste trabalho investigamos, também, em que momento do processo de consolidação ocorre essa mudança e se essa alteração é dependente de transcrição gênica. A toxina MT3, antagonista seletiva ao receptor M4, e a escopolamina, antagonista inespecífico, foram as ferramentas farmacológicas utilizadas e seus efeitos foram estudados na tarefa de condicionamento aversivo contextual (CAC) e esquiva inibitória (EI). Quando infundidos no hipocampo antes do treino CAC, ambos os fármacos foram amnésicos sobre a consolidação, entretanto, somente MT3 foi efetiva quando infundida antes do teste, sendo o efeito oposto, facilitatório. Além disso, somente a MT3 intra-hipocampal foi facilitatória sobre a reconsolidação e bloqueou a extinção da tarefa de CAC. Infundidas na amígdala basolateral os antagonistas foram amnésicos sobre a consolidação e a reconsolidação de CAC. Os experimentos com a esquiva inibitória demonstraram que a MT3 intra-hipocampal é amnésica somente quando infundida imediatamente após o treino. Porém, modifica seu efeito quando administrada 90 e 180 minutos após o treino, passando a ser facilitatória. A administração de um inibidor de transcrição gênica (DRB) imediatamente após o treino de EI reverte o efeito facilitatório da MT3 pré-teste. Os resultados sugerem uma modulação positiva do sistema colinérgico muscarínico hipocampal durante a consolidação e a extinção da memória de CAC, porém, uma ação contrária é observada durante a evocação e reconsolidação. Os resultados em conjunto sugerem que os receptores M4 hipocampais sofram alterações plásticas durante o processo de consolidação passando a controlar negativamente a atividade excitatória dos neurônios glutamatérgicos, fenômeno que parece não ocorrer na amígdala basolateral. / The cholinergic muscarinic system plays a central role in learning and memory, yet little is known about the specific roles of each receptor subtype. Muscarinic toxins (MTs) from Dendroaspis snakes venom are selective for muscarinic receptor subtypes. The hippocampus M4 subsystem, for instance, was shown to take part in the modulation of memory consolidation and retrieval. The memory phenomenon, by its turn, is being recently unveiled as a much more complex set of processes than previously thought, encompassing post-retrieval situations such as reconsolidation and extinction, each with its particular mechanisms. The scope of this study is to explore the involvement of the hippocampal cholinergic M4 muscarinic subsystem on the consolidation, retrieval, reconsolidation and extinction of memories, moreover to investigate the role of M4 subsystem of basoalteral amygdala on the consolidation and reconsolidation. Last works shown a different modulatory role of hippocampal M4 receptors about consolidation and retrieval processes, therefore This work aims to investigate the muscarinic cholinergic modulation at hippocampal circuits by M4 receptors, along different periods of memory consolidation for an inhibitory avoidance task, and verify if the change effect of pre-test MT3 are dependent of mRNA synthesis. MT3, a very selective M4 antagonist, and the less selective antagonist scopolamine were infused bilaterally into the rat CA1 area, and their effects studied in a contextual fear conditioning task (CFC) and inhibitory avoidance task (IA). When infused immediately after training, both treatments caused disruption of the memory consolidation, however, only MT3 was effective when infused before the test session, and the effect, was the opposite, i.e., memory facilitation. Moreover, only MT3 enhanced the reconsolidation of CFC following its infusion into the hippocampus or blocked its extinction. Infused into the basolateral amygdala, muscarínic antagonists shown an amnestic effect about the consolidation and reconsolidation of CFC memory. In the IA experiments, MT3 infused immediately after training was amnestic upon the consolidation process, while an “opposite effect” –memory facilitation– was observed in the 90-180min time window. The DRB was amnestic too upon the consolidation, showing that the transcriptional process is essential to the memory. Moreover, the DRB reverted the facilitatory effect of pre-test MT3. These results suggest an endogenous positive modulation of the cholinergic muscarinic system present during the consolidation or the extinction of an aversive memory, but an opposite action during memory retrieval or memory reconsolidation. Moreover, these results suggest that M4 receptors are likely expressed at different hippocampal localizations where they underlie different processes and plasticity events, may be over expressed upon glutamatergic excitatory cells.