Les acides nucléiques riches en guanines ou en cytosines peuvent se replier sur eux-mêmes et former des systèmes tétramériques tels que les G-quadruplexes (G4) ou les i-motifs. Ces motifs, abondamment représentés dans certaines régions du génome humain semblent contribuer à la régulation cellulaire et suscitent depuis plusieurs années un intérêt grandissant. Ils sont notamment présents dans la région télomérique, mais aussi dans les promoteurs d’oncogènes ou au sein des génomes viraux et sont impliqués dans certaines pathologies humaines. Ils représentent ainsi des cibles thérapeutiques et diagnostiques potentielles. Cependant, les G4 adoptent in-vitro des topologies variées qui compliquent le développement de ligands spécifiques et affins. Dans ce contexte, le laboratoire a développé le concept du TASQ pour ‘‘Template Assembled Synthetic G-Quadruplex’’ dans le but d'accéder à des G4 se structurant en une topologie définie.Le premier chapitre décrit l’assemblage de mimes de motifs G4 contraints en une topologie unique. En utilisant un gabarit cyclodécapeptide rigide et différentes méthodes de conjugaison, nous avons assemblé des motifs G4 ARN parallèle et hybride ADN/ARN dérivant de la séquence télomérique ainsi qu’un motif G4 d’ADN présent dans la séquence promotrice du VIH-1. L’utilisation du concept TASQ nous a également permis de préparer un motif G-triplexe (G3), intermédiaire à la formation des motifs G4. Nous avons montré une forte stabilisation de tous les édifices G4 contraints ainsi préparés.Le second chapitre concerne les études de caractérisation et de sélection de ligands vis-à-vis des motifs G4 et G3 contraints. La caractérisation repose sur l’évaluation de l’affinité et de la sélectivité de différentes familles de ligands pour ces édifices, par résonance plasmonique de surface ou par interférométrie bio-couche. La sélection de ligands a été réalisée par la méthode SELEX dans le but d’obtenir des aptamères affins et spécifiques d’un motif G4 contraint. / Guanines or cytosines rich nucleic acids can fold into tetrameric G-quadruplexes (G4) or i-motifs structures. G4 motifs are found within the human genome and should contribute to cellular regulation. In particular G4 are found at telomeric region and also in promoters of oncogenes or within viral genomes. They are suspected of participating in the regulation of human pathologies and have therefore been envisioned as potential therapeutic and diagnostic targets. However, the intrinsic conformational polymorphism of G4 motifs complicates the development of specific and affine ligands. In this context, the laboratory has developed the TASQ concept for "Template Assembled Synthetic G-Quadruplex" with the aim to obtain a defined G4 topology.The first chapter reports on the assembly on the peptide template of RNA and DNA:RNA hybrid G4 structures that derive from the human telomeric sequence as well as of DNA G4 structure found within the HIV virus promoter. G-triplex (G3) motif which is supposed to be an intermediate during the formation of the G4 motifs has also been prepared. By using appropriate ligations of the oligonucleotide strands on the peptide template we were able to control the folding of G-quadruplex motifs and stabilize them.The second chapter reports the studies for the characterization and the selection of ligands against G4 and G3 motifs. The evaluation of the affinity and selectivity of different families of ligands for these constrain motifs was performed by using surface plasmon resonance or by bio-layer interferometry. The selection of ligands was carried out by the SELEX method in order to obtain affine and specific aptamers of a constrained G4 motif.

La détection d’antigènes à large échelle s’avère être un enjeu majeur dans le secteur de la production alimentaire. Le défi persistant encore à ce jour est la détection spécifique et quantitative des protéines allergènes dans les produits commercialisés, comestibles, cosmétiques ou autres. La technique la plus répandue en industrie pour la détection de matériel biologique spécifique est le test enzyme-linked immunosorbent Assay (ELISA). ELISA permet un dosage de diverses protéines au sein d’un échantillon, mais ne détecte qu’un seul antigène à la fois, ce qui est couteux et peu efficace. La hausse des réactions allergiques notées chez la population de divers pays demande à ce qu’une technique plus efficace et moins couteuse soit développée. Dans le cadre de ce mémoire, une méthode alternative au test ELISA pour la détection d’allergènes de noix sera présentée. Cette nouvelle méthode appelée RIISA (Raman imaging immunosorbent assay), fait intervenir les propriétés de diffusion Raman de nanostructures de carbone, tel que les nanotubes et les nanocornes de carbone, pour les adapter comme sonde optique. L’objectif de ce travail est d’adapter cette méthode pour la détection triplex, permettant la reconnaissance RIISA entre trois couples d’antigène-anticorps, soit d’amande, de cachou et de noisette. Les sondes sont fonctionnalisées d’anticorps permettant la reconnaissance avec la protéine et comportent aussi un colorant encapsulé dans la cavité interne, ce qui permet la différenciation des couples. Le système de détection est couplé à l’imagerie Raman pour permettre une sensibilité plus aigüe du système. Un phénomène de réaction croisée entre les anticorps et les antigènes empêche toutefois de réaliser une détection en triplex. La preuve de concept sera donc démontrée en utilisant les trois monoplexes, et ce, avec divers colorants mettant en évidence la polyvalence du système de détection présenté. / Large scale antigen detection is a major issue in the food production sector. The challenge that still persists nowadays is the specific and quantitative detection of allergenic protein products on the market, whether edible, cosmetic or otherwise. The most widely used technique in the industry for the specific biological detection of allergens is the Enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). This assay detects various proteins in a simple sample. The ELISA test can detect only one allergen at a time and its quantitative detection is limited. In addition, the increase in allergic reactions observed in the population of various countries require a more efficient and less expensive technique to be developed. As part of this master’s thesis, an alternative method to the ELISA assay to detect nut allergens will be presented. This assay, called Raman imaging immunosorbent assay (RIISA), uses carbon nanostructure based nanoprobes consisting of carbon nanotubes and nanohorns. The objective is to develop a triplex detection system using RIISA, that selectively recognizes between three antigen-antibody pairs, namely almond, cashew, and hazelnut. The dye encapsulated nanoprobes are functionalized with antibodies recognizing the protein and for simultaneously differentiating the couples. The presented detection system is coupled with Raman imaging and allows a more acute sensitivity of the system. However, cross reactions between the antibodies and the antigens prevent the triplex detection. The proof of concept will be demonstrated using the three monoplex couples with various dyes that highlight the versatility of the developed system.