Transplantation is based on a satisfactory matching of the patient and donor genes for Human Leukocyte Antigen (HLA), which increases the chance of a successful transplantation. HLA gives individual cell surface markers. The Major Histocompatibility Complex (MHC) region, encoding HLA in humans, is the most polymorphic in the human genome. The genes are located on chromosome six and consists of 200 genes. Those genes encode protein products essential for the acquired immune system. MHC molecule’s role is to represent foreign substance for B- and T-lymphocytes. MHC is an important system as it contributes to the activation of the immune system to combat viruses, bacteria, parasites and cancer cells. HLA-typing is determined through certain antigens in the HLA system. The classical transplantation antigens are HLA-A, -B, -C, -DR, -DQ and -DP. By amplifying the DNA with sequence specific primers in the Polymerase Chain Reaction (PCR), the amplicons can be detected and alleles present in the patient genome can be determined. The purpose of this study was to compare occurrence of non-specific DNA binding using master mix where Ampli Taq DNA polymerase is added and master mix with polymerase included in the PCR. Samples from 16 patients were tested with both master mix- solutions. The analyses were performed with primer plates for HLA-A, HLA-B and HLA-DRP1. The results showed that the master mix with Taq polymerase included should be applied, because it gave clearer specific band, better image quality and gave weaker and approximately 30% fewer non- specific DNA binding compared to the master mix with added Taq polymerase.

This study investigates the analyses and clustering of Campylobacter spp., Listeria monocytogenes and Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) at Livsmedelsverket. Livsmedelsverket is a control authority in Sweden. They work with eating habits, what food contains and safe food and good drinking water, where outbreak investigations of the above-mentioned bacterial types is a part of the work. For the investigations Livsmedelsverket uses a pipeline that is written in the programming language Python. The purpose of this project is to add identification of virulence genes and analysis of the STEC bacterium to the script. But also to develop the existing method to be able to cluster more isolates without losing information, enable the user to adjust parameters in the pipeline and write an ethical analysis to the work that is done. Our study shows the analysis and clustering of the three different types of bacteria, clustering of the samples from the analysis, both adaptively and statically, and that it can determine serotype, sequence type and virulence genes. We therefore conclude that STEC can be added to outbreak investigations at Livsmedelsverkets in-house pipeline. The clustering method has also been modified to be able to use more of the information given from the samples with the restriction of having lower accuracy.

Omnia HR är en HR-plattform utvecklat för Microsofts SharePoint. I denna artikel beskrivs hur en liten del av plattformen är skapad – onboardingen. När en ny person anställs på ett företag bör det göras förberedelser inför den nyanställdes första dag, det är vad onboardingen handlar om. I detta projekt skapades förutsättningar för att administrera och hantera dessa förberedelser.   Projektet skrevs i Microsoft-utvecklade programmeringsspråket TypeScript, en påbyggnad på JavaScript. TypeScript transpileras ned till JavaScript och har stöd för de senaste funktionerna. I rapporten diskuteras fördelarna samt nackdelarna med att använda TypeScript för ett projekt, hur vida det faktiskt underlättar arbetet eller om det går lika bra att använda vanlig JavaScript. / Omnia HR is a HR-platform developed for Microsoft SharePoint. In this article, the creation of a smaller part for the platform – the onboarding – is described. When a new employee is hired, the company need to do some tasks before the new employees first day, that’s what the onboarding is all about. In this project conditions to administrate and handle these tasks were made.   The project was written in the programing language TypeScript, developed by Microsoft. TypeScript is superset of JavaScript and is transpiled down to pure JavaScript with support for the latest functions. In this rapport pros and cons by using TypeScript for a project is discussed, and if it actually makes the process easier or if it’s just as good to use regular JavaScript.

Den här rapporten behandlar ett projekt utfört i kandidatkursen TDDD96 - Kandidatprojekt i programvaruutveckling. Projektet är utfört av åtta studenter från datateknik- ochmjukvaruteknikprogrammen på Linköpings universitet (LiU) för kunden från institutionen för medicinsk teknik (IMT) på LiU. Syftet med projektet var att ta fram en prototypmed ett grafiskt gränssnitt för uppvisning och simulering av hur kroppen påverkas av t.ex.träning, sömn och kostintag. Modellerna som simulerats är framtagna av forskningsgrup-pen integrativ system biologi för institutionen för medicinsk teknik LiU och resultatet är i form av dataändringar och grafer i programmets gränssnit.

Hemolytic disease of fetus or newborn (HDFN) är en komplikation där foster eller nyföddas erytrocyter förstörs för tidigt. HDFN uppstår när det föreligger blodgruppsinkompatibilitet mellan moder och barnet. Komplikationerna/ symptomen kan variera allt från mildare symptom till fosterdöd. HDFN orsakas framförallt av antikropp D (RhD-immunisering) och på grund av detta utförs det typning av fetalt RhD i maternell plasma. Utöver RhD-immuniseringar kan svåra fall av HDFN ibland orsakas av andra blodgruppssystem som c (Rh) och K (Kell). Fetal RhD-typning görs idag som screening på alla RhD-negativa gravida mödrar och utförs i Stockholm och Lund. Metoden som används är baserad på realtids-PCR och har använts sedan 2009. Fetal typning av c och K görs när höga titrar av anti-c respektive anti-K påvisas i mammans plasma. För fetal typning av c och K skickas prover från Huddinge till Lund respektive Amsterdam. Motsvarande immunisering mot erytrocytantigen kan även bildas mot trombocytantigen främst Human Platelet Antigene (HPA-1a) som uttrycks hos fostret och leda till fetal neonatal alloimmun trombocytopeni (FNAIT). En next generation sequencing (NGS) baserad metod för genomisktypning av alla kliniskt relevanta blodgruppssystem finns idag på Karolinska universitetssjukhuset. Denna metod är dock inte anpassad för fetal blodgruppstypning där cell-fritt foster- DNA (cffDNA) analyseras. Syftet med det här projektet var att optimera designade oligonukleotider (oligos) anpassade för fetal blodgruppstypning med NGS-metodik. Design av oligos utfördes innan examensarbetet påbörjades. Dessa inkluderade primer- par som amplifierar upp alla blodgruppssystem som kan orsaka HDFN och FNAIT. Utöver det inkluderade designade oligos markörer som amelogenin-XY (Amel-XY) som är könsspecifika markörer och insertion/deletion markörer (Indel-markörer). Med Amel-XY markörerna kan könsspecifika Y-genen påvisas i provet, vilket kommer att fungera som en kontroll på att foster-DNA har analyserats (fungerar endast vid manligt foster). Designade Indel-markörer består av 2 - 3 bp insertioner/deletioner där olika markörerna används till att skilja DNA från foster och modern i framtiden. De designade oligonukleotiderna undersöktes för om de ger tillräckligt bra amplifiering av sökta sekvenser med NGS genom att analysera två slumpmässigt valda försöksprover (genomisk DNA 2 ng/ μL) från en man och en kvinna. Resultatet visade att tillräckligt bra amplifieringar/signaler erhålls från samtliga markörer som ingår i studien. Den totala signalen för samtliga markörer blev 114234 läsningar (”reads”) vilket gav ett medelvärde på 3939 läsningar. För att mäta amplifieringsförmågan hos varje enskild markör beräknades procent av medelvärdet på 3939 läsningar. En signal på 20 – 180 % av medelvärdet ansågs vara godkänt för varje markör. Alla undersökta primer-markörer uppvisade en signal på minst 45 % av medelvärdet vilket var godkänt (godkänt intervall 20 – 180 %). Efter optimering av oligos som ger tillräckligt bra amplifiering genotypades 32 slumpmässigt valda DNA prover från 21 män och 11 kvinnor med hjälp av NGS. Efter NGS-körning och analys av fastQ-filer med hjälp av mjukvaruprogrammet R erhölls resultat i form av signaler. Signaler för respektive markör över 50 läsningar ansågs vara en positiv signal det vill säga att den sökta genen har påvisats. Signal-värde under 50 innebar att det förekom bakgrundssignal då önskat signal-värde vid avsaknad av sökt gensekvens är 0 (åsatt gränsvärde <1 % av högst uppmätta positiva signalen för varje markör). Samtliga undersökta markörer visade låg bakgrundssignal (<1 % ). Bakgrundssignalen beräknades för att veta vilken tillförlitlig nivå varje markör ska ligga på för att kunna detektera känsligt foster-DNA i framtiden. Resultaten i denna studie visade att de optimerade oligos kan användas till genotypning av cffDNA i framtiden eftersom markörerna uppvisade låga bakgrundssignaler vilket indikerar att metoden är tillräckligt effektiv för att kunna detektera känsligt foster-DNA i framtiden.