L'otite moyenne est une condition fréquente chez le veau et peut parfois être subclinique, rendant difficile son diagnostic à la ferme. L'objectif de cette étude est d’estimer la sensibilité et la spécificité de l'échographie des bulles tympaniques pour le diagnostic d'otite moyenne clinique et subclinique et de déterminer sa répétabilité. Quarante veaux âgés entre 19 et 50 jours ont été sélectionnés dans une ferme de veaux de grain, en fonction des résultats de l'échographie réalisée à la ferme (A). L'échographie a été réalisée une seconde fois par le même échographiste (A') et par un second échographiste (B), et le diagnostic noté pour chaque bulle tympanique comme étant négatif, suspect ou positif. Les images ont été enregistrées pour relecture et le diagnostic noté. Les veaux ont été euthanasiés, soumis en nécropsie et l'histologie a été utilisée comme méthode de référence. À l'histologie, 45 bulles tympaniques étaient atteintes d'otite moyenne et 35 bulles tympaniques étaient saines. Selon l'échographiste et la classification des bulles tympaniques suspectes, la sensibilité de l'échographie variait de 32% à 63% et la spécificité variait de 84% à 100%. La répétabilité était modérée, avec des valeurs de kappa de 0,53 entre A' et B, de 0,48 entre A et A', et de 0,58 et 0,75 pour la relecture de leurs images par A' et B respectivement. / Otitis media is a common disease in calves but can remain subclinical, making diagnosis challenging on the farm. The objective of this study is to estimate the sensitivity and specificity of the ultrasound imaging technique of tympanic bulla for the diagnosis of clinical and subclinical otitis media, and to determine its repeatability. Forty calves 19-50 days of age were selected from a veal calf farm, on the basis of results of ultrasound examination performed on the farm (A). Ultrasound examination was performed a second time by the same ultrasonographer (A') and by another ultrasonographer (B), and diagnosis was recorded for both tympanic bulla as negative, suspicious or positive. Images were recorded for further re-reading. Calves were euthanized and submitted for necropsy, and histopathologic diagnosis was used as gold standard. Based upon histology, 45 bullae were affected with otitis media and 35 bullae were unaffected. Depending on ultrasonographer and on classification of suspicious bullae, sensitivity varies from 32% to 63% and specificity varies from 84% to 100%. Repeatability is moderate, with kappa values of 0.53 for A'-B, 0.48 for A-A', and 0.58 and 0.75 for re-reading of A' and B, respectively.

Les bovins sont porteurs de souches d'Escherichia coli entérohémorragiques (EHEC), pathogènes pour l'homme et également de souches d'E. coli résistantes aux antibiotiques. Dans un premier temps, nous avons évalué la fréquence de ces souches dans les effluents de station d'épuration des eaux usées de deux abattoirs, l'un de bovins adultes et l'autre de veaux de boucherie. Les pourcentages d'E. coli antibiorésistantes et porteuses d'intégrons de résistance de classe 1 étaient significativement plus élevés dans les effluents et boues d'abattoirs de veaux (87,5%, 56,2%) par rapport aux bovins adultes (5,0%, 0%). Ces pourcentages n'étaient pas modifiés par le traitement épuratoire. Le traitement épuratoire n'a également eu aucun impact sur les pourcentages de souches d'E. coli productrices de shigatoxines (STEC). Une souche STEC O157:H7 hautement pathogène a été isolée des boues destinées à l'épandage agricole dans la station d'épuration d'abattoir de bovins adultes. Ces résultats ont confirmé qu'il existe des risques de dissémination environnementale d'E. coli antibiorésistantes et/ou pathogènes via les effluents d'abattoir de bovins et ont mis en évidence que ce risque était différent selon la catégorie de bovins abattus. Dans un deuxième temps, nous avons évalué la résistance de souches STEC du top 5 (O26:H11, O103:H2, O111:H8, O145:H28 et O157:H7) isolées de fèces de bovins adultes. Sept des 39 souches STEC testées étaient résistantes, dont 6 à au moins 3 classes d'antibiotiques. Les souches non-STEC et aEPEC du top 5 d'E. coli de la flore fécale de ces mêmes bovins étaient toutes sensibles, indiquant un possible lien génétique entre gènes de résistance et virulence. Nous avons mis en évidence que le gène ehxA, marqueur fiable du plasmide de virulence des EHEC, et les gènes de résistance blaTEM, strA-strB, tet(A), sulII étaient localisés sur un même plasmide de grande taille pour 4 souches STEC (1 O26:H11, 1 O103:H2 et 2 O111:H8). Cette association génétique soulève la problématique de la sélection clonale de ces souches pathogènes lors du traitement des bovins porteurs avec des antibiotiques. / Cattle are known to be reservoir of enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC), pathogenic for humans and antibiotic resistant E. coli as well. In a first stage, we assessed frequencies of these strains in two bovine slaughterhouse wastewater treatment plants, one slaughtered only adult cattle and the other only veal calves. Percentages of resistant and class 1 integron-bearing E. coli were significantly higher in veal calves effluents and thickened sludges (87.5%, 56.2%) compared to those of adult cattle (5.0%, 0%). These percentages were not impacted by treatment process. The treatment had no impact on percentages of Shiga toxin-producing E. coli (STEC) either. A STEC O157:H7 highly pathogenic for humans was isolated from the thickened sludge of the adult cattle slaughterhouse, intended to be spread on agricultural lands. These results confirmed that bovine slaughterhouse effluents might contribute to the environmental dissemination of antibiotic resistant and/or pathogenic E. coli and underlined that the risks of dissemination differ according to slaughtered bovine category. In a second stage, we assessed the antibiotic resistance of top 5 STEC (O26:H11, O103:H2, O111:H8, O145:H28 and O157:H7) isolated from adult cattle fecal samples. Seven of the 39 top 5 STEC were resistant, of which 6 resistant to at least 3 classes of tested antibiotics. Non-top 5 STEC and aEPEC E. coli strains from fecal flora of the same bovine carriers were all susceptible to the tested antibiotics, indicating a possible link between EHEC-associated virulence genes and antibiotic resistance genes. We showed that ehxA gene, which is a reliable marker of the EHEC virulence plasmid, and antibiotic-resistance genes blaTEM, strA-strB, tet(A), sulII were located on a same large plasmid in 4 antibiotic-resistant top 5 STEC strains (1 O26:H11, 1 O103:H2 and 2 O111:H8). This genetic association raises the concern about the clonal selection of such pathogenic strains by antibiotic use in bovine carriers.

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Dans le contexte où la consommation de viande de lapin et de veau de grain est variable et relativement faible comparativement à d'autres viandes comme celle du bœuf, du porc et du poulet, la présence de ces viandes sur le marché demande de maintenir ou d'améliorer leur qualité. La qualité de la viande peut être influencée par plusieurs facteurs, dont la gestion pré-abattage (temps de jeûne, la durée du transport et le temps d'attente à l'abattoir). Une gestion pré-abattage inadéquate peut exposer les animaux à un stress incontrôlé avant l'abattage, pouvant mener à d'importants défauts de qualité de la viande. Cette qualité est bien définie dans la littérature pour certaines espèces animales telles que le porc et la volaille, mais pour le lapin et le veau de grain, les connaissances sont limitées. Ainsi, l'objectif de cette thèse était d'évaluer l'impact des différents défis et conditions particulières de la gestion pré-abattage spécifique au lapin et au veau de grain sur la physiologie et la qualité de la viande. Une attention particulière a été mise sur le jeûne pré-abattage pour le lapin et sur le transport pour le veau de grain en réponse aux besoins spécifiques de chaque secteur. Les résultats des trois premières études ont permis de démontrer qu'un temps de jeûne de 18 h serait optimal pour permettre une vidange gastrique adéquate et une excrétion limitée d'Enterobacteriaceae dans les fèces sans impact majeur sur la qualité de la viande de lapin tant en conditions expérimentales que commerciales. La première étude a tout d'abord permis de démontrer qu'un jeûne pré-abattage inférieur à 24 h, sans les effets de la mise en cage et du transport des animaux, n'est pas particulièrement stressant pour les lapins en contexte expérimental. Néanmoins, un jeûne de 18 h serait optimal, car la présence d'Enterobacteriaceae a été observée dans les fèces des lapins mâles après 18 et 22 h de jeûne. De plus, moins d'espèces totales ont été observées et celles-ci étaient moins uniformément réparties dans le microbiome fécal des lapins ayant des jeûnes plus longs. Toutefois, le nombre limité d'Enterobacteriaceae détectée dans les fèces des lapins suggère un risque d'excrétion plus faible comparativement à d'autres espèces animales telles que le porc et la volaille. Les résultats de la deuxième étude ont démontré que, lorsque les temps de transport et d'attente à l'abattoir sont courts (30 min chacun), un jeûne de 18 h permet une vidange gastrique adéquate sans effets majeurs sur la qualité de la viande. Le sexe des lapins a aussi eu un effet limité sur la qualité de la viande lorsque les lapins étaient abattus à un poids vif inférieur à 2,65 kg. Pour la troisième étude, le jeûne ayant donné les meilleurs résultats lors du deuxième essai (18 h) a été testé en conditions commerciales en en comparaison au jeûne effectué normalement par le producteur (23 h). Les résultats ont montré que les deux temps de jeûne pourraient être adéquats, compte tenu de l'impact minimal sur la qualité de la viande ainsi que sur les microbiomes du cæcum et des fèces. Pour les veaux de grain, comme des périodes relativement longues sont nécessaires chez les bovins pour observer des effets négatifs du jeûne sur la qualité de la viande, le besoin de recherche était plutôt au niveau de la longueur et des conditions de transport des animaux jusqu'à l'abattoir. La dernière étude a permis d'observer que la qualité de la viande des veaux de grain est acceptable pour un usage commercial, mais que certains facteurs intrinsèques reliés à l'animal et les conditions pré-abattage ont des impacts importants sur la qualité de la viande. Plus particulièrement, le sexe était le paramètre mesuré ayant eu le plus d'impact sur la qualité de la viande et que, pour le longissimus et le pectoralis, le pH ultime (pH ) était plus u élevé pour les mâles. De plus, pour les veaux de grain transportés entre 8 et 307 min, une durée d'attente à l'abattoir inférieure à 120 min est préférable afin d'obtenir un pH du u longissimus plus faible. Finalement, cette dernière étude a révélé que les paramètres pré-abattage étudiés ont eu un impact plus important sur la qualité de la viande du longissimus que sur celle du pectoralis. / Given the variable and relatively low consumption of rabbit and grain-fed calf meats compared to others like beef, pork, and chicken, maintaining or improving their quality is crucial to maintain their presence in the market. Meat quality attributes can be influenced by pre-slaughter management such as feed withdrawal time, transport duration and lairage time at the slaughterhouse. An inadequate pre-slaughter management can expose animals to uncontrolled stress before slaughter, potentially leading to meat quality defects. While pre-slaughter management is well-defined in the literature for some animal species like pigs and poultry, knowledge is limited for rabbits and veal calves. Therefore, the objective of this thesis was to evaluate the impact of different challenges and specific pre-slaughter management conditions for rabbits and grain-fed calves on blood and gastrointestinal tract parameters as well as meat quality. Particular attention was given to pre-slaughter feed withdrawal for rabbits and transport conditions and duration for grain-fed calves, addressing the specific needs of each sector. The results of the first three studies suggest that an 18 h feed withdrawal time (FWT) can allow the gut to empty properly and limits the excretion of Enterobacteriaceae in feces with limited effect on rabbit meat quality under both experimental and commercial conditions. The first study demonstrated that a preslaughter FWT shorter than 24 h, without the effects of crating and transport, is not particularly stressful for rabbits. However, an 18-h FWT would be optimal, as the presence of Enterobacteriaceae was observed in the feces of male rabbits after 18 and 22 h of FWT. Additionally, fewer total species were observed, and these were less evenly distributed in the fecal microbiome of rabbits with longer FWT. Nevertheless, the limited numbers detected suggest a lower risk of fecal shedding for rabbits compared to other animal species such as pigs and poultry. Nonetheless, longer FWTs could still present the risk of fecal shedding of those undesirable organisms and contaminate the carcass at slaughter. The results of the second study showed that when transport and lairage times are short (30 min each), an 18 h FWT can allow the gut to empty properly with limited effect on rabbit meat quality. Additionally, the impact of sex on meat quality is limited when rabbits are slaughtered at a live weight lower than 2.65 kg. For the third study, the FWT that yielded the best results in the second trial (18 h) was tested under commercial conditions in comparison to the FWT normally practiced by the producer (23 h). The results showed that both FWT could be adequate, considering the minimal impact on meat quality as well as on the cecum and feces microbiomes. For grain-fed calves, as relatively long periods are necessary for observing negative effects of feed withdrawal on meat quality, we focused on the duration and conditions of transport to the slaughterhouse. The fourth study observed that the meat quality of grain-fed calves is acceptable for commercial use, but certain intrinsic animal-related factors and pre-slaughter conditions have significant impacts on meat quality. More specifically, gender had the most significant impact on pectoralis and longissimus meat quality and meat ultimate pH (pH ), for both muscles, was higher for male calves compared u to females (P < 0.001). Additionally, for calves transported between 8 and 307 min, a lairage time at the slaughterhouse shorter than 120 min is preferable to achieve a lower longissimus pH. Finally, the preslaughter parameters evaluated in this study had a lesser impact on the u pectoralis compared to the longissimus muscle.

Une morbidité et une mortalité néonatales élevées limitent l’efficacité du clonage somatique chez les bovins. Des malformations myoarthrosquelettiques, des anomalies ombilicales, des problèmes respiratoires et de la faiblesse ont été fréquemment observés chez les veaux clonés nouveaux-nés. Cette étude rétrospective porte sur 31 veaux clonés. Ses objectifs étaient de décrire les problèmes respiratoires rencontrés, leur évolution au cours du temps, les traitements instaurés pour soutenir la fonction respiratoire et la réponse aux traitements. Vingt-deux veaux ont souffert de problèmes respiratoires. La tachypnée, l’hypoxémie et l’hypercapnie sont les signes cliniques les plus fréquemment observés. L’analyse des gaz sanguins a été un outil essentiel dans le diagnostic et le suivi de la fonction respiratoire. La radiographie a permis une évaluation globale du poumon. L’oxygénothérapie intranasale et la ventilation mécanique ont permis de limiter la mortalité due à une insuffisance respiratoire à 18% (4/22). Cette étude a permis d’émettre des hypothèses quant à l’origine des problèmes respiratoires chez les veaux clonés. Plus d’une maladie semblent affecter les veaux clonés. La déficience en surfactant, l’hypertension pulmonaire persistante et le retard de résorption du fluide pulmonaire figurent parmi les entités pathologiques les plus probables. / High morbidity and mortality decrease the efficiency of somatic cell nuclear transfer. The main abnormalities observed in neonatal cloned calves are skeletal malformations, enlarged umbilical vessels, respiratory problems and weakness. This retrospective study involved 31 cloned calves. The objectives of this study were to describe the respiratory problems suffered by cloned calves during neonatal period, to assess their evolution, and to determine the possible causes. Secondary objectives were to describe the techniques used to assess and support respiratory function and the calves’ response. Respiratory problems affected 22 calves. Tachypnea, hypoxemia and hypercapnia were the most frequently observed signs. Arterial blood gas analyses and chest radiographs were precious to identify and assess respiratory problems. Intranasal oxygen and mechanical ventilation were efficient to limit mortality due to respiratory failure to 18% (4/22). It is plausible that more than one disease affect cloned calves. Delayed resorption of pulmonary fluid, persistent pulmonary hypertension and surfactant deficiency, or a combination of these factors, are among the most probable pathological entities.

La plasticité comportementale et les interactions entre organismes sont connues pour avoir une influence sur l’utilisation de l’espace, notamment la sélection de l’habitat de chasse. Dans l’Atlantique Nord-Est, les phoques gris et veaux marins vivent en sympatrie. Ces deux espèces sont réparties dans différentes colonies où les interactions entre organismes (liées à la taille de la colonie et à la présence simultanée ou non des deux espèces) ainsi que la disponibilité de l’habitat (et donc des proies) varient localement. L’objectif de cette thèse était d’étudier l’utilisation spatiale et la sélection d’habitat de chasse à l’échelle locale de ces deux espèces dans des situations contrastées de dynamique de colonies. Pour cela, plusieurs individus de différentes colonies situées en Irlande, en Écosse et en France ont été équipés de balises GPS/GSM. Les données récoltées ont permis de caractériser leurs trajets en mer ainsi que d’identifier les zones de chasse permettant par la suite la sélection d’habitat. Contrairement aux veaux marins, qui ont réalisé des déplacements restreints aux alentours des colonies, la plupart des phoques gris se sont déplacés entre différentes colonies. Ainsi, l’étude de la sélection d’habitat à l’échelle individuelle pour les individus se déplaçant entre différentes colonies a mis en évidence l’influence de la plasticité comportementale et suggéré celle de la personnalité de l’animal. A l’échelle de la colonie, chez les deux espèces, les résultats ont mis en évidence l’influence de la disponibilité de l’habitat (et indirectement de la disponibilité des proies) ainsi que des interactions intra-spécifiques (liée à l’effet de densité dépendance) sur l’utilisation spatiale et la sélection de l’habitat de chasse. Cependant, la sélection de l’habitat de chasse était principalement liée à la distance au reposoir et la bathymétrie. Ces deux paramètres sont liés aux caractères de chasseur à place centrale et benthique des phoques. Cette étude a également mis en évidence, pour les sites où les deux espèces étaient présentes, une certaine ségrégation spatiale et des différences de sélection d’habitat entre les deux espèces. / The behavioural plasticity and the interactions between organisms are known to influence foraging habitat selection and spatial usage. In the Northeast Atlantic, greyand harbour seals live in sympatry. These two species are spread into different colonies where interactions between organisms (linked to the colony size et and the presence of one or both species) and habitat availability (linked to the prey distribution) vary locally. The objective of this PhD was to study the spatial usage and foraging habitat selection of these two species at the local scale, in contrasted situations of population dynamics. Several individuals were tagged with GPS/GSM tags in different colonies located in Ireland, Scotland and France. Telemetry data was used to characterize the seals’ trips at sea and to identify their foraging areas in order to model foraging habitat selection. While harbour seals only performed trips restricted around their haulout sites, grey seals moved between colonies. Studying habitat selection at the individual scale, for individuals moving between colonies, highlighted the influence of behavioural plasticity and suggested the influence of individual personality. At the colony scale, for both species, results highlighted the influence of habitat availability (indirectly linked to prey availability) and intra-specific interactions (linked to density dependence effects) on spatial usage and foraging habitat selection. However, the foraging habitat selection was mainly explained by the distance from the last haulout and the bathymetry. These two parameters are linked to the central place forager and benthic feeder characteristics of the seals. Furthermore, this study also highlighted, for study sites where both species occur, a spatial segregation and differences in foraging habitat selection between grey and harbourseals.

Une morbidité et une mortalité néonatales élevées limitent l’efficacité du clonage somatique chez les bovins. Des malformations myoarthrosquelettiques, des anomalies ombilicales, des problèmes respiratoires et de la faiblesse ont été fréquemment observés chez les veaux clonés nouveaux-nés. Cette étude rétrospective porte sur 31 veaux clonés. Ses objectifs étaient de décrire les problèmes respiratoires rencontrés, leur évolution au cours du temps, les traitements instaurés pour soutenir la fonction respiratoire et la réponse aux traitements. Vingt-deux veaux ont souffert de problèmes respiratoires. La tachypnée, l’hypoxémie et l’hypercapnie sont les signes cliniques les plus fréquemment observés. L’analyse des gaz sanguins a été un outil essentiel dans le diagnostic et le suivi de la fonction respiratoire. La radiographie a permis une évaluation globale du poumon. L’oxygénothérapie intranasale et la ventilation mécanique ont permis de limiter la mortalité due à une insuffisance respiratoire à 18% (4/22). Cette étude a permis d’émettre des hypothèses quant à l’origine des problèmes respiratoires chez les veaux clonés. Plus d’une maladie semblent affecter les veaux clonés. La déficience en surfactant, l’hypertension pulmonaire persistante et le retard de résorption du fluide pulmonaire figurent parmi les entités pathologiques les plus probables. / High morbidity and mortality decrease the efficiency of somatic cell nuclear transfer. The main abnormalities observed in neonatal cloned calves are skeletal malformations, enlarged umbilical vessels, respiratory problems and weakness. This retrospective study involved 31 cloned calves. The objectives of this study were to describe the respiratory problems suffered by cloned calves during neonatal period, to assess their evolution, and to determine the possible causes. Secondary objectives were to describe the techniques used to assess and support respiratory function and the calves’ response. Respiratory problems affected 22 calves. Tachypnea, hypoxemia and hypercapnia were the most frequently observed signs. Arterial blood gas analyses and chest radiographs were precious to identify and assess respiratory problems. Intranasal oxygen and mechanical ventilation were efficient to limit mortality due to respiratory failure to 18% (4/22). It is plausible that more than one disease affect cloned calves. Delayed resorption of pulmonary fluid, persistent pulmonary hypertension and surfactant deficiency, or a combination of these factors, are among the most probable pathological entities.

La résistance aux antimicrobiens (RAM) est un problème de santé publique mondial avec des répercussions importantes en médecine vétérinaire et humaine. Elle est classiquement associée à une surutilisation des antimicrobiens. Les bactéries commensales des animaux et des humains, tel Escherichia coli, sont souvent utilisées comme bactéries indicatrices pour surveiller la RAM. Parmi les mécanismes de résistance de E. coli, la production de β-lactamases à spectre étendue (BLSE) ou de type AmpC est particulièrement inquiétante. Ces enzymes peuvent inactiver une classe d’antimicrobien de très haute importance en santé humaine également utilisée en médecine vétérinaire : les céphalosporines de 3e génération. La prévalence générale de la RAM ainsi que la présence de E. coli producteur de BLSE/AmpC dans les troupeaux laitiers québécois sont inconnues. De plus, la transmission de ces bactéries résistantes et les facteurs de risque associés à leurs excrétions par les bovins laitiers sont actuellement peu documentés. L’objectif général de cette thèse était d’explorer la RAM par une étude transversale observationnelle sur des fermes québécoises de bovins laitiers sélectionnées aléatoirement (n = 101). La première étape du projet constituait à décrire la prévalence de cette RAM pour la bactérie E. coli isolée des matières fécales des animaux (vaches en lactation, veaux pré-sevrage) et de l’environnement (fosse à fumier). La prévalence de RAM observée pour les E. coli indicateurs était faible (<5%) pour les antimicrobiens de très haute importance en médecine humaine (céphalosporines de 3e génération et fluoroquinolones). Cependant, il y avait une prévalence élevée (85%) de fermes avec la présence d’au moins un E. coli producteur de BLSE/AmpC. La RAM était particulièrement importante pour les E. coli isolés chez les veaux pré-sevrage. Pour la deuxième étape, cette RAM était analysée au niveau génétique par le séquençage du génome entier des E. coli les plus résistants. La grande majorité de la RAM (>95%) était expliquée par des mutations ou des gènes de résistance. Certains de ceux-ci étaient à proximité l’un de l’autre et leur configuration laissait supposer qu’une partie de ces gènes étaient présents sur des éléments génétiques mobiles. De plus, il y avait une dissémination clonale de E. coli résistant entre les fermes. La dernière étape constituait à déterminer des facteurs de risque (utilisation des antimicrobiens ou pratiques à la ferme) de la RAM. Grâce à des analyses multivariées utilisant l’intelligence artificielle, il a été possible d’observer des facteurs de risque significatifs associés à la taille de la ferme et à la santé des animaux. Bref, un portrait de la situation de la RAM est maintenant établi dans les troupeaux de bovins laitiers du Québec pour 2017. Il s’agit d’un phénomène complexe qui ne se limite pas simplement à un lien direct avec l’utilisation des antimicrobiens. Ces travaux serviront de bases pour suivre l’évolution temporelle de la RAM. De plus, des études prospectives pourraient être réalisées afin de confirmer les impacts des observations notées dans cette thèse. L’ensemble de ces informations seront déterminantes en vue d’établir des mesures concrètes pour tenter de limiter cette importante problématique. / Antimicrobial resistance (AMR) is a global public health problem with major repercussions in both veterinary and human medicine. It is classically associated with the overuse of antimicrobials. Animal and human commensal bacteria, such as Escherichia coli, are often used as indicator bacteria to monitor AMR. Among the resistance mechanisms of E. coli, the production of an extended-spectrum β-lactamase (ESBL) or AmpC-type is of particular concern. These enzymes can inactivate a class of antimicrobials of great importance in human health also used in veterinary medicine: third-generation cephalosporins. The overall prevalence of AMR and the presence of ESBL/AmpC-producing E. coli are unknown in Québec dairy herds. Furthermore, the transmission of these resistant bacteria and the risk factors associated with their excretion by dairy cattle are currently poorly documented. The overall objective of this thesis was to explore AMR through an observational cross-sectional study on randomly selected Québec dairy farms (n = 101). The first step of the project was to describe the prevalence of AMR for E. coli isolated from animal feces (lactating cows, pre-weaned calves) and the environment (manure pit). The prevalence of AMR observed for indicator E. coli was low (<5%) for antimicrobials of very high importance in human medicine (third-generation cephalosporins and fluoroquinolones). However, there was a high prevalence (85%) of farms with at least one ESBL/AmpC-producing E. coli. AMR was particularly high for E. coli isolated from pre-weaned calves. In the second step, AMR was analyzed at the genetic level by whole genome sequencing of the most resistant E. coli isolates. The vast majority of AMR (>95%) was explained by mutations or resistance genes. Some of these were in close proximity to each other, and their configuration suggested that some of these genes were present on mobile genetic elements. In addition, there was clonal dissemination of resistant E. coli between farms. The final step was to identify risk factors (antimicrobial use or farm practices) for AMR. Using artificial intelligence methods for multivariate analyses, it was possible to identify significant risk factors associated with farm size and the health of animals. In summary, our results provide a portrait of the AMR situation in Québec dairy herds. This complex phenomenon is not simply limited to a direct link with antimicrobial use. This work will serve as a baseline for monitoring the temporal evolution of AMR. In addition, prospective studies could be carried out to confirm the impacts of the observations noted in this thesis. All this information will be decisive in establishing concrete measures to try and limit this major problem.