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Diseño y síntesis de péptidos para el diagnóstico de la infección por el virus de la hepatitis G (GBV-C/HGV)Pérez Escoda, María Teresa 30 May 2007 (has links)
El virus de la hepatitis G (GBV-C/HGV) es un virus ARN perteneciente a la familia Flaviviridae. Su prevalencia, basada en la positividad del ARN, oscila entre el 1 y el 4% en la población general. Sin embargo este porcentaje aumenta hasta el 20-30% en los individuos expuestos a sangre o sus derivados, en individuos infectados por el virus de la hepatitis C o por el virus de la inmunodeficiencia humana (HIV), hecho que indica que se transmite principalmente por vía parenteral. Aunque no está claro su potencial patogénico, los estudios más recientes sugieren que la infección por este virus reduce la mortalidad en los pacientes infectados por el HIV, de ahí el interés en disponer de una herramienta que permita el diagnóstico de la infección por GBV-C/HGV de un modo rápido y sencillo. Desde hace años, los péptidos sintéticos se vienen utilizando en sistemas de diagnóstico para muchas enfermedades, sin embargo, los péptidos lineales que mimetizan epítopos B son débilmente reconocidos por los anticuerpos, y por ello, existe la tendencia de utilizar combinaciones más complejas que permitan mejorar tanto la sensibilidad como la especificidad de los ensayos.En esta tesis se han diseñado y sintetizado, utilizando la metodología de síntesis en fase sólida, construcciones peptídicas en las que se combinan regiones de proteínas de envoltura y no estructurales. Se han sintetizado tanto péptidos quiméricos, que contienen más de un epítopo (lineales y ramificados), como péptidos cíclicos en los que los epítopos sufren restricción de movilidad. La capacidad antigénica de las construcciones sintéticas se ha evaluado utilizando principalmente la técnica del enzimoinmunoensayo (ELISA) aunque también se ha investigado la utilidad de la técnica de la resonancia del plasmón de superficie (SPR) para detectar la presencia de anticuerpos anti-GBV-C/HGV en muestras de suero de individuos pertenecientes tanto a los grupos de riesgo como en la población sana. Además, se ha realizado un estudio conformacional con la finalidad de establecer una correlación entre la estructura secundaria adoptada por los péptidos y su capacidad antigénica. Finalmente, se ha estudiado la capacidad inmunogénica de las construcciones peptídicas en animales de experimentación. Los resultados obtenidos muestran, por un lado, que las construcciones en las que se combinan varios epítopos son las que presentan una mejor precisión diagnóstica, y por otro lado, que la introducción de restricción de movilidad permite incrementar la sensibilidad mostrada por la molécula precursora lineal. / "Design and synthesis of peptides for serodiagnose of the hepatitis G virus (GBV-C/HGV) infection". The GB virus C, so called hepatitis G virus (GBV-C/HGV), is a single-strand RNA virus belonging to the Flaviviridae family. The prevalence rate of GBV-C/HGV in healthy blood donors is 1-4% in worldwide and about 20-35% in high risk populations, thus indicating that this virus is transmitted via the parenteral route. Although controversial data exit concerning the potential to cause hepatitis in humans recent studies suggest that coinfection with HIV is associated with prolonged survival. For this reason it would be interesting to find an easy tool to diagnose this apparently non-pathogenic virus. In recent years, synthetic peptides that mimic specific epitopes of infectious agents have been used in diagnostic systems for various diseases. The main drawback of this approach is that peptides representing topographic B-cell epitopes are poorly recognised by antibodies. There is a tendency toward using chimeric to avoid those problems and to improve the sensitivity and specificity of the assays.In this thesis, new putative epitopes located both in envelope and in nonstructural proteins of GBV-C/HGV were synthesized using solid-phase chemistry. The corresponding synthetic peptides, obtained in linear, multimeric and cyclic forms, were used as antigens in ELISA and in real-time bioespecific interaction measurements (SPR) to detect GBV-C/HGV-specific antibodies in different panels of human sera. Furthermore, CD and FT-IR have been used in conjunction to characterize the conformational changes therein with synthetic constructs that could explain their different antigenicity.The results obtained showed, on one hand, that the combination of different antigens seems to be necessary to ensure good sensitivity and more specificity and, on the other hand, that cyclic compounds show higher ability to recognize anti-GBV-C/HGV antibodies than its parent peptide. Our results offer a new approach to develop new diagnostic peptide based biosensors for serodiagnosis of GBV-C/HGV infection.
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Le virus de la paralysie chronique de l'abeille : contribution à l'étude de la caractérisation de protéines viralesChevin, Aurore 10 September 2012 (has links)
Le virus de la paralysie chronique de l'abeille (Chronic bee paralysis virus, CBPV) est l'agent étiologique d'une maladie infectieuse et contagieuse des abeilles adultes (Apis mellifera L.), appelée la paralysie chronique. Le CBPV est un virus à ARN simple brin positif qui contient 2 fragments d'ARN majoritaires. L'ARN 1 (3674 nt) et l'ARN 2 (2305 nt) codent respectivement 3 et 4 cadres ouverts de lecture (ORF). La séquence d'acides aminés de l'ORF 3 de l'ARN 1 partage des similitudes avec l'ARN polymérase ARN dépendante (RdRp) des virus des familles Nodaviridae et Tombusviridae. Par analogie avec ces familles virales, il a été suggéré que l'ARN 1 coderait les protéines non-structurales tandis que l'ARN 2 coderait les protéines structurales. Cependant, la réalité de ces protéines virales doit être démontrée expérimentalement afin d'étudier leurs fonctions, de mieux décrire ce virus et sa position taxonomique ainsi que d'améliorer les outils de diagnostic. Dans ce but, différentes approches expérimentales ont été utilisées. Une comparaison des protéomes d'hémolymphe d'abeilles non-infectées et infectées par le CBPV a été effectuée. Les protéines différentiellement exprimées ont été identifiées par empreinte peptidique massique (peptide mass fingerprint, PMF). Cette étude a permis d'identifier des protéines de l'abeille dont certaines contribueraient à une réponse immunitaire antivirale, mais aucune protéine virale n'a été identifiée par cette approche. Les ARN extraits du CBPV ont été utilisés dans des expériences de traduction in vitro. Malgré plusieurs essais réalisés en faisant varier les conditions expérimentales, cette approche s'est révélée infructueuse. / Chronic bee paralysis virus (CBPV) is the etiological agent that causes an infectious and contagious disease in adult bees (Apis mellifera L.), called chronic paralysis. CBPV is a positive single-stranded fragmented RNA virus which contains 2 major viral RNA fragments. RNA 1 (3674 nt) and RNA 2 (2305 nt) encode 3 and 4 putative open reading frames (ORFs), respectively. The amino acid sequence of ORF 3 on RNA 1 shares similarities with the RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) of virus families Nodaviridae and Tombusviridae. By analogy with these viral families, it has been suggested that RNA 1 encodes non-structural proteins and RNA 2 encodes structural proteins. However, the reality of viral proteins needs to be experimentally demonstrated in order to study theirs functions, to describe CBPV biology and its taxonomic position and to improve diagnostic tools. With this aim, different experimental strategies have been used.A comparison of hemolymph proteomes between uninfected bees and bees infected with CBPV was performed. Differentially expressed proteins have been identified using peptide mass fingerprint method (PMF). This study allowed only identifying proteins of bees which could contribute to an antiviral immune response but viral proteins were not identified using this approach. Extracted CBPV RNAs were used for in vitro translation experiments. Despite several assays in varying experimental conditions, this approach has been unsuccessful. Another approach was to generate antibodies directed against different proteins or parts of viral proteins.
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