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Previous issue date: 2005-03-14 / Universidade Federal de Sao Carlos / The comparison of genome sequences from different organisms is one
of the computational application most frequently used by molecular
biologists. This operation serves as support for other processes as, for
instance, the determination of the three- dimensional structure of the
proteins. During the last years, a significative increase has been observed
in the use of Genetic Algorithms (GA) for optimization problems as, for
example, dna or protein sequence alignment. GAs are search techniques
inspired in mechanisms from Natural Selection and Genetics. In this work,
a GA was used to development a computacional tool for the sequence
alignment problem. A benchmark comparison of this program with the
bl2seq tool (from Blast package) is showed using some sequences, varying
in similarity and length. In some cases the GA overhelmed the bl2seq tool.
This work contributes to the Bioinformatic field by the use of a novel
methodology that can use as an option for sequence analysis in genome
projects and to enhance the results of other tools such like Blast. / A comparação de seqüências de genomas de organismos é uma das
aplicações computacionais mais utilizadas por biólogos moleculares. Esta
operação serve de suporte para outros processos como, por exemplo, a
determinação da estrutura tridimensional de proteínas. Durante os últimos
anos, tem- se observado uma grande expansão na utilização de Algoritmos
Evolutivos, especialmente Algoritmos Genéticos (AGs), para problemas de
otimização, como os de alinhamento de seqüências de dna e proteínas. Os
AGs são técnicas de busca inspiradas em mecanismos de seleção natural
e da genética. Neste trabalho, um AG foi utilizado para o desenvolvimento
de uma ferramenta computacional para o problema de alinhamento de
pares de seqüências. Uma comparação foi realizada com o uso da
ferramenta bl2seq (do pacote de ferramentas Blast) afim de se checar a
desempenho do AG. Utilizou- se para isso seqüências de diversos tamanhos
e graus de similaridade. Os resultados demonstraram alguns casos
específicos onde o AG superou a ferramenta bl2seq. A principal
contribuição deste trabalho está na área de Bioinformática, com o
emprego de uma nova metodologia, que posteriormente possa ser
utilizada como mais uma opção para análises de seqüências em projetos
genomas e para refinamento dos resultados obtidos por outras
ferramentas usualmente utilizadas, como o Blast.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.ufscar.br:ufscar/5528 |
| Date | 14 March 2005 |
| Creators | Ogata, Sabrina Oliveira |
| Contributors | Galetti Júnior, Pedro Manoel |
| Publisher | Universidade Federal de São Carlos, Programa de Pós-graduação em Genética Evolutiva e Biologia Molecular, UFSCar, BR |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UFSCAR, instname:Universidade Federal de São Carlos, instacron:UFSCAR |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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