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Previous issue date: 2014-02-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / We studied patterns of gene expression in two closely related species of fruit flies of the genus Anastrepha (Diptera: Tephritidea), A. fraterculus and A. obliqua, with the goal of finding candidate genes related to the recent differentiation process between these species. In order to do this, we used the Next-generation sequencing (NGS) with RNA-Seq methodology in head tissues of the two species of flies at different stages of the reproductive life for both sexes. After processing and removal of low quality reads we retained over 140 million paired-end reads. These sequences were assembled into individual transcriptomes for each species and a pooled transcriptome, with 154,787 contigs, representing both species. Based on the results of the assemblies, annotation and mapping we prepared two separate manuscripts, one describing the libraries for each species and a combined analysis and a second that investigate the contigs involved with species differences and their patterns of expression. These data reveal 1991 genes with differential expression in at least one comparison among different reproductive stages. It is noteworthy that we observed twice as many genes with differential expression when contrasting males than with females. Several of these genes were associated to odour, such as Odorant Binding proteins and visgum, suggesting that behavioral changes in food sources, mating choice, or breeding and oviposition sites might be involved with species differences.We also identified two large sets of genes that are differentially expressed between the species, one being underexpressed in A. obliqua and overexpressed in A. fraterculus and the other that had a reverse pattern. We used a differentiation index of SNPs per contig () and pairwise tests of positive selection between the sequences, and analysis of the substitution amino acid type caused by SNPs to identify 7 genes there are candidates to be related to the speciation process between A. fraterculus and A. obliqua. / Investigamos os padrões de expressão gênica em tecidos cefálicos de duas espécies de moscas-das-
frutas do gênero Anastrepha (Diptera: Tephritidea), A. fraterculus e A. obliqua,
proximamente relacionadas, identificando SNPs com alto grau de diferenciação entre as espécies
e realizando análises evolutivas com o objetivo de encontrar genes candidatos relacionados ao
recente processo de separação dessas espécies. Para isso, utilizamos as novas tecnologias de
sequenciamento em larga escala (NGS) com a metodologia de RNA-Seq em tecidos cefálicos
das duas espécies de moscas em diferentes fases da vida reprodutiva dos dois sexos. Após
processamento e retirada das sequências com baixa qualidade utilizamos mais de 140 milhões de
sequências paired-end para montarmos um transcriptoma conjunto das espécies, com mais de
154 mil contigs, e outros dois separados por espécie. Estes resultados estão apresentados em dois
manuscritos distintos, um primeiro que descreve as bibliotecas produzidas para as diferentes
espécies e um segundo que investiga padrões de expressão e genes envolvidos na diferenciação
das espécies. Estes dados revelaram 1991 genes com expressão diferencial em pelo menos uma
comparação de fase de vida reprodutiva entre as espécies, sendo que encontramos duas vezes
mais genes com diferença na expressão entre as espécies em machos do que em fêmeas. Diversos
destes genes foram associados a genes relacionados ao olfato, como a família gênica das Obps
(odorant-binding protein) e o gene visgun, o que pode indicar uma mudança comportamental na
preferência por alimento, parceiros ou sítios para cópula e oviposição. Encontramos também dois
conjuntos de genes que são diferencialmente expressos entre as espécies, sendo um conjunto
super-expresso em A. obliqua e sub-expresso em A. fraterculus e outro conjunto com um padrão
revertido. Análises de padrão de seleção nestes genes sugerem sete que apresentam indícios de
seleção positiva e ao menos um SNP com altos índices de diferenciação entre as espécies.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.ufscar.br:ufscar/7618 |
| Date | 28 February 2014 |
| Creators | Rezende, Victor Borges |
| Contributors | Brito, Reinaldo Otávio Alvarenga Alves de |
| Publisher | Universidade Federal de São Carlos, Câmpus São Carlos, Programa de Pós-graduação em Genética Evolutiva e Biologia Molecular, UFSCar |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UFSCAR, instname:Universidade Federal de São Carlos, instacron:UFSCAR |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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