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Previous issue date: 2018-02-23 / O papilomav?rus humano (HPV) ? um pequeno v?rus de DNA de dupla fita circular,
caracterizado como um dos mais comuns agentes sexualmente transmiss?veis no
mundo, cuja detec??o e genotipagem acuradas s? s?o poss?veis por meio de t?cnicas
de biologia molecular. Diferentes propriedades biol?gicas t?m sido reportadas dentre os
mais de 170 tipos j? caracterizados, de maneira que um grupo particular de HPVs est?
fortemente relacionado a infec??es persistentes, les?es intraepiteliais de diferentes
graus e progress?o para c?nceres tais como cervical, anal, vulvar, vaginal, orofar?ngeo
e de p?nis. No presente trabalho foram realizadas an?lises de variabilidade gen?tica
e evolu??o molecular nos genomas dos principais HPVs de import?ncia cl?nica. Reconstru??es
filogen?ticas e an?lises dos perfis de assinatura gen?tica nos genomas de
cada gen?tipo sugeriram a presen?a de subgrupos de HPVs definidos por diferen?as
nas sequ?ncias dos genes E1, E6, L1 e L2. Testes de evolu??o em n?vel de DNA
revelaram uma atua??o mais forte da sele??o natural em c?dons espec?ficos, mais
frequentemente nos genes E1, E2, L1 e L2. A partir dos dados obtidos nas an?lises de
variabilidade, foi desenhado um novo conjunto de primers para a detec??o e genotipagem
dos HPVs de import?ncia cl?nica por meio da t?cnica de rea??o em cadeia da
polimerase (PCR). O gene E1 foi escolhido como alvo molecular devido a presen?a de
uma regi?o conservada com tamanho vari?vel entre gen?tipos. O sistema proposto teve
sua efici?ncia avaliada in vitro e foi comparado ao protocolo de PCR mais utilizado para
detec??o do HPV em amostras cl?nicas. Utilizando a amplifica??o de ?cido nucleico
de forma semianinhada (seminested), o sistema proposto foi capaz de detectar com
boa sensibilidade alguns dos principais HPVs de alto risco oncog?nico e mostrou
melhor especificidade em rela??o aos primers gen?ricos GP5+/6+, mesmo aplicando
uma temperatura de anelamento consideravelmente maior. A an?lise do tamanho dos
fragmentos amplificados usando a separa??o por eletroforese em gel de agarose pode
favorecer a identifica??o do tipo de HPV presente nas amostras, permitindo a discrimina??o
entre aqueles mais prevalentes na popula??o e a redu??o do tempo e do custo
necess?rios para a identifica??o do agente. Opcionalmente, a separa??o dos produtos
em matrizes de alta resolu??o e o sequenciamento direto podem ser usados para a
tipagem, possibilitando a identifica??o de uma ampla variedade de gen?tipos de HPV
descritos. / Human papillomavirus (HPV) is a small circular double-stranded DNA virus, characterized
as one of the most common sexually transmitted agents in the world, whose
accurate detection and genotyping is only possible through molecular biology techniques.
Different biological properties have been reported among the more than 170
types already characterized, so that a particular group of HPVs is strongly related
to persistent infections, intraepithelial lesions of different degrees and progression to
cancers such as cervical, anal, vulvar, vaginal, oropharyngeal and penis. In the present
work, analyzes of genetic variability and molecular evolution were performed in
the genomes of the main clinically important HPVs. Phylogenetic reconstructions and
analyzes of genetic signature profiles in the genomes of each genotype suggested
the presence of subgroups of HPVs defined by differences in the E1, E6, L1 and L2
gene sequences. Evolution tests at DNA level have shown a stronger acting of natural
selection at specific codons, more often in the E1, E2, L1 and L2 genes. From the
data obtained in the analyzes of variability, a new set of primers was designed for the
detection and genotyping of HPVs of clinical importance by polymerase chain reaction
(PCR) technique. E1 gene was chosen as the molecular target due to the presence
of a conserved region of variable size among genotypes. The proposed system had
its efficiency evaluated in vitro and was compared to the most used PCR protocol for
HPV detection in clinical samples. Using the seminested nucleic acid amplification, the
proposed system was able to detect some of the major oncogenic HPVs with good
sensitivity and showed a better specificity than the generic primers GP5+/6+, even
applying a considerably higher annealing temperature. The analysis of the size of the
amplified fragments using agarose gel electrophoresis may favor the identification of
the HPV type present in the samples, allowing the discrimination between those more
prevalent in the population and the reduction of the time and cost necessary for the
identification of the agent. Optionally, the separation of products into high resolution
matrices and direct sequencing can be used for typing, enabling the identification of a
wide variety of HPV genotypes described.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.ufrn.br:123456789/24993 |
| Date | 23 February 2018 |
| Creators | Cavalcante, Gustavo Henrique Oliveira |
| Contributors | 05372896663, Cobucci, Ricardo Ney Oliveira, 73728322091, Dalmolin, Rodrigo Juliani Siqueira, 94020035091, Lanza, Daniel Carlos Ferreira |
| Publisher | PROGRAMA DE P?S-GRADUA??O EM BIOQU?MICA, UFRN, Brasil |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UFRN, instname:Universidade Federal do Rio Grande do Norte, instacron:UFRN |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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