La malaria causada por Plasmodium vivax es la más predominante en los diferentes casos
reportados en el Perú, siendo característico las infecciones asintomáticas y las muestras
con baja parasitemia. La poca cantidad de ADN parasitario que se recupera de muestras de
baja parasitemia de P. vivax (sub-microscópicas) limita la inclusión de esta población
parasitaria en estudios de genética y genómica de poblaciones. La subestimación de la
diversidad genética sesga el entendimiento de la transmisión de P. vivax, especialmente en
condiciones de baja endemicidad, donde las infecciones sub-microscópicas son
predominantes. Diferentes métodos han sido desarrollados para sobrellevar este problema,
siendo la Amplificación selectiva del genoma completo (SWGA) una herramienta promisoria.
Sin embargo, su efectividad aún no ha sido reportada en muestras de baja parasitemia de
P. vivax. El objetivo de la tesis fue optimizar y estandarizar preliminarmente el método SWGA
en muestras sub-microscópicas o de baja concentración de ADN de P. vivax. Para ello, se
modificaron las condiciones del ciclado y componentes del método propuesto por Cowell et
al. (2017) para mejorar el enriquecimiento de ADN parasitario, se calculó la cantidad mínima
de ADN para una amplificación genómica exitosa, se evaluó la fidelidad del SWGA y se
aplicó el método optimizado en ADN almacenado (-20°C) de 20 muestras de campo. Primero
se modificaron diferentes componentes y parámetros del método SWGA, se cuantificó el
ADN parasitario y humano por PCR tiempo real antes y después de la amplificación
genómica; así se calculó el enriquecimiento del ADN parasitario. El método optimizado
permitió que las muestras del panel (muestras simuladas) incrementaran su concentración
de ADN parasitario (>805 veces) y porcentaje de ADN parasitario (>218 veces) en
comparación a su estado inicial. La concentración mínima de ADN parasitario, para generar
una amplificación genómica exitosa de más 1200 moléculas/µL, fue 1.29 moléculas/µL.
Luego de la aplicación del método SWGA optimizado, el 97.22% de todos los alelos no
presentaron diferencias en sus tamaños y solo hubo una pérdida de datos del 3.57%. El
80% de la muestras de campo tuvieron una amplificación genómica exitosa. Se demostró
que el método optimizado mejoró su desempeño en el enriquecimiento del ADN de P. vivax
a partir de ADN total, provenientes de muestras de baja densidad parasitaria, y así permitió
una mayor cobertura de las muestras para ser incluidas en los análisis genéticos. / International Center of Excellence for Malaria Research / VLIR-UOS / Universidad Peruana Cayetano Heredia (Lima) / Tesis
| Identifer | oai:union.ndltd.org:Cybertesis/oai:cybertesis.unmsm.edu.pe:20.500.12672/11726 |
| Date | January 2020 |
| Creators | Aguirre Huamaní, Mac Pholo |
| Contributors | Ramírez Sergio, Pablo Sergio, Manrique Valverde, Paulo César |
| Publisher | Universidad Nacional Mayor de San Marcos |
| Source Sets | Universidad Nacional Mayor de San Marcos - SISBIB PERU |
| Language | Spanish |
| Detected Language | Spanish |
| Type | info:eu-repo/semantics/bachelorThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Repositorio de Tesis - UNMSM |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess, https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/ |
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