Introdução: O sequenciamento completo do genoma humano foi finalizado em 2003, tornando-se responsável por uma revolução na prática médica, geralmente referenciada como a era da genômica e da medicina personalizada. O aumento na demanda por testes genéticos e a introdução de novos métodos de sequenciamento em larga escala tem gerado um inevitável crescimento no número de variantes raras mapeadas. Tal fato levou à expansão de áreas do conhecimento necessárias, tanto para uma adequada avaliação do real significado clínico desses achados, como para uma indicação mais criteriosa da investigação genética. Devido a isso, torna-se necessário otimizar os processos, desde a seleção dos casos sob suspeita até a coleta, armazenamento e análise dos dados clínico-laboratoriais e moleculares obtidos, visando a uma melhor acurácia no diagnóstico, tratamento e aconselhamento genético. Uma obtenção e interpretação adequada dos achados genético-moleculares, aliados a critérios clínicos de seleção adequados, resultaria no que hoje constitui a análise genética multifatorial ou integrada. Objetivo: O presente trabalho teve como objetivo implementar a análise genético-molecular integrada ao processo de investigação de pacientes com diagnóstico clínico de MODY (Maturity-Onset Diabetes of the Young). Materiais e métodos: A prevalência dos dois subtipos mais frequentes de MODY (MODY-GCK e MODY-HNF1A) foi investigada em uma grande coorte de famílias brasileiras. Todas as variantes identificadas como relacionadas ao fenótipo foram criteriosamente classificadas quanto a suas reais evidências de patogenicidade por meio da implementação das mais recentes diretrizes de obtenção e interpretação de achados genéticos. Resultados: Cento e nove probandos foram investigados, 45% (49/109) com suspeita clínica de MODYGCK e 55% (60/109) de MODY-HNF1A, além de 94 familiares, o que resultou na identificação de 25 variantes únicas candidatas no gene GCK em 30 probandos (61% - 30/49), além de 7 em 10 indivíduos com suspeita de MODYHNF1A (17% - 10/60). Dos 87 familiares sob risco rastreados, 43 eram portadores da mesma variante da família (37 - GCK e 6 - HNF1A). Um provável efeito fundador foi identificado com relação a uma deleção/inserção do tipo frameshift, presente em três probandos com MODY-GCK oriundos da mesma região do país. A implementação dos critérios da ACMG (The American College of Medical Genetics and Genomics) de avaliação de evidências de patogenicidade resultou na classificação de uma grande parcela das variantes como patogênica (36% - GCK / 86% - HNF1A) e provavelmente patogênica (44% - GCK / 14% - HNF1A), restando 16% com uma associação ainda incerta com o fenótipo investigado. Quatorze novas variantes foram identificadas (12 - GCK / 2 - HNF1A), ampliando, assim, o espectro de alterações associadas a MODY. Conclusões: Esta abordagem investigativa nos permitiu não apenas esclarecer a etiologia genética de inúmeros casos com diagnóstico clínico de MODY, como também determinar a classificação de patogenicidade das variantes de uma maneira mais detalhada, reforçando, principalmente, a provável relação com o fenótipo dentre aquelas ainda não descritas / Introduction: The full sequencing of the human genome was completed in 2003, becoming responsible for a revolution in medical practice, generally referred to as the era of genomics and personalized medicine. The increase in demand for genetic testing and the introduction of new methods of large-scale sequencing has raised an inevitable growth in the number of mapped rare variants. This fact led to the expansion of areas of knowledge required for a proper evaluation of the real clinical significance of these findings, as to a more solid indication of genetic research. Because of this, it is necessary to optimize the processes, from the selection of cases under suspicion until the collection, storage and analysis of the clinical laboratory and molecular data obtained, aiming a better accuracy in diagnosis, treatment and genetic counseling. A proper collection and interpretation of the molecular genetic findings, coupled with clinical criteria for appropriate selection would result in what today is the multifactorial or integrated genetic analysis. Objective: This current study aimed to implement the integrated molecular genetic analysis to the investigation process of patients with clinical diagnosis of MODY (Maturity Onset Diabetes of the Young). Materials and methods: The prevalence of the two most common MODY subtypes (MODYGCK and MODY-HNF1A) was investigated in a large cohort of Brazilian families. All variants identified as related to the phenotype were carefully classified to their actual evidence of pathogenicity by implementing the latest guidelines for obtainment and interpretation of genetic findings. Results: 109 probands were investigated, 45% (49/109) with clinical suspicion of MODY-GCK and 55% (60/109) of MODY-HNF1A, plus 94 family members under risk, which resulted in the identification of 25 unique variants candidates in the gene GCK in 30 probands (61% - 30/49), and also 7 in 10 individuals with suspected MODYxvi HNF1A (17% - 10/60). Of the 87 family members under risk, 43 were carriers of the same variant of the family (37 - GCK and 6 - HNF1A). A probable founding effect was identified, related to a frameshift deletion/insertion, present in three probands with MODY-GCK from the same region of the country. The implementation of the ACMG guidelines (The American College of Medical Genetics and Genomics) of evidence of pathogenicity assessment resulted in the classification of a large portion of the variants as pathogenic (36% - GCK / 86% - HNF1A) and likely pathogenic (44% - GCK / 14% - HNF1A), leaving 16% with a still uncertain association with the investigated phenotype. Fourteen new variants were identified (12 - GCK / 2 - HNF1A), broadening the spectrum of modifications associated to MODY. Conclusions: This investigative approach allowed us to not only clarify the genetic etiology of numerous cases with clinical diagnosis of MODY, as well as determine the pathogenicity classification of variants in a more detailed way, reinforcing the likely relationship with the phenotype among those not yet described
| Identifer | oai:union.ndltd.org:usp.br/oai:teses.usp.br:tde-16112017-082924 |
| Date | 04 September 2017 |
| Creators | Santana, Lucas Santos de |
| Contributors | Bezerra, Milena Gurgel Teles, Jorge, Alexander Augusto de Lima |
| Publisher | Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP |
| Source Sets | Universidade de São Paulo |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | Dissertação de Mestrado |
| Format | application/pdf |
| Rights | Liberar o conteúdo para acesso público. |
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