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Previous issue date: 2010-06-23 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Ontocancro is an ontology stored in a knowledge database designed to be a source of
information to integrate transcriptomics and interatomics data involved in gene pathways of
genome maintenance/stability mechanisms (GMM). Genome maintenance mechanisms are
shown to be critical for cell homeostasis since their malfunctioning can predispose to cancer.
Repair, apoptosis and chromosome stability pathways comprise the cornerstone of GMM. The
information about these pathways are disseminated in various databases as NCI-Nature,
BioCarta, KEGG, Reactome, Prosite, GO and others. Ontocancro was created with the
intention of integratin the information of genes involved in GMM from several curated
databases. This data integration is difficult for biological data lack a unified vocabulary and
need constant update what is provided by Ontocancro. Additionally, it allows the integration
of transcriptome data provided by some Affymetrix microarrays platforms with interactome
data from the STRING database, which has information about protein interactions. So, this
work shows the integration of data from biological information systems using the ontology
paradigm, in order to integrate transcriptomics and interatomics data involved in gene
pathways of genome stability. / A Ontocancro é uma ontologia armazenada em um banco de dados de conhecimento projetada
para ser a fonte de informação referente a integração de dados de interatoma e transcriptoma
envolvidos em vias metabólicas de mecanismo de manutenção do genoma humano (GMM).
Esse mecanismo de manutenção são críticos para homeostase celular desde o seu mau
funcionamento, o que pode causar câncer. O reparo, a apoptose e as vias de estabilidade
cromossômicas compreendem o cerne do GMM. A informação sobre essas vias metabólicas
são disseminadas em vários bancos de dados, como o NCI-Nature, o BioCarta, o KEGG, o
Reactome, o Prosite e o GO, entre outros. A ontologia Ontocancro foi criada com a intenção
de integrar a informação sobre os genes envolvidos em GMM a partir de diversos bancos de
dados curados. Essa integração de dados é complexa pela falta de um vocabulário sobre os
dados biológicos e a necessidade constante de atualização destes dados. Para sanar essas duas
dificuldades, a Ontocancro foi criada. Adicionalmente, ela permite a integração de dados
oriundos de transcriptoma obtidos a partir da plataforma Affymetrix com os dados de
interatoma obtidos a partir do banco de dados chamado STRING, o qual possui informação
sobre as interações entre as proteínas. Portanto, este trabalho apresenta a integração de dados
obtidos de sistemas de informação biológicos usando o paradigma ontológico, de forma a
integrar os dados envolvidos em interatoma e transcriptoma em vias metabólicas de
estabilidade do genoma.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:tede.universidadefranciscana.edu.br:UFN-BDTD/295 |
| Date | 23 June 2010 |
| Creators | Cabral, Heleno Carmo Borges |
| Contributors | Librelotto, Giovani Rubert |
| Publisher | Universidade Franciscana, Mestrado Acadêmico em Nanociências, UFN, BR, Biociências e Nanomateriais |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Repositório Institucional Universidade Franciscana, instname:Universidade Franciscana, instacron:UFN |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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