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Previous issue date: 2009-07-03 / Molecular markers have been successfuly applied in genetic mapping and marker
assisted selection as an auxiliary tool for plant breeding and transfer of genetic
information among related species. In this sense, the understanding of genome
elements occurring in important crop species such as wheat, rice and maize can be
used towards the improvement of basic knowledge in orphan grass species. Rice,
after the completion of its genome sequence, has been proposed as a genetic model
in the grasses. Among the different types of molecular markers, microsatellites have
been indicated as the preferred class for such studies. In general, the strategy of
transposing molecular markers between species still poses some
questions/difficulties regarding the most conserved microsatellite patterns among
plant species, genera and families. This study had as objective to use bioinformatic
tools to characterize microsatellites from rice and other Grass species of economical
importance, enabling the prediction of microsatellite patterns that are most promising
in transfer strategies. Three studies were performed. The first was concerned about
developping and validating a microsatellite searching tool plus primer design and
PCR simulation. A database containing 28,469 fl-cDNA sequences originating from
japonica rice genome was used. From a total of 3,907 microsatellite loci, 3,329
primer pairs were designed and tested using the simulated PCR feature showing that
only 2,397 (72%) of pairs amplified in specific regions. The second study had as
objective to describe the occurrence of microsatellites in expressed regions
originating from ten species from three different plant families. The results indicated
the frequency and patterns of occurrence of microsatellites within and between the
different families. The third study had as objective to characterize the complete
occurrence of microsatellites in the rice genome. The results showed a different
pattern of occurrence of microsatellites for the different chromosomes and which
arrangements are most abundant. Inferences on which elements allow better
genome coverages are discussed. / Marcadores moleculares têm sido utilizados com sucesso em mapeamento genético
e seleção assistida como uma ferramenta auxiliar para o melhoramento de plantas e
transferência de informações entre espécies relacionadas. Neste sentido, o
entendimento da ocorrência de microssatélites no genoma nas diferentes espécies
melhoradas como trigo, arroz e milho pode ser utilizado no sentido da melhoria do
conhecimento básico das espécies gramíneas descritas como “orfãs”. O arroz, após
a conclusão do seqüênciamento do seu genoma, tem sido proposto como modelo
genético entre as gramíneas. Dentre os diferentes tipos de marcadores moleculares,
os microssatélites são indicados como a classe preferida para estes estudos. De
maneira geral, as estratégias de transposição de marcadores moleculares entre
espécies ainda apresentam algumas dificuldades e questionamentos referentes os
padrões mais conservados de microssatélites entre espécies, genêro e famílias
vegetais. Este estudo teve como objetivo, o uso de ferramentas de bioinformática
para caracterizar microssatélites oriundos do genoma do arroz e outras espécies,
possibilitando predizer padrões de microssatélites mais promissores na
transferência. Três estudos foram realizados. O primeiro consistiu no
desenvolvimento e validação de uma ferramenta para localização de microssatélites,
desenho de iniciadores e simulação da PCR. Foi utilizado um banco de dados
contendo 28.469 seqüências fl-cDNA de arroz japonica. Do total de 3.907 loci
encontrados, foram desenhados 3.329 conjuntos de iniciadores e testados pela
simulação da PCR, mostrando que somente 2.397 (72%) iniciadores amplificaram
regiões específicas. No segundo estudo foi analisada a ocorrência de microssatélites
em regiões expressas de dez espécies de três diferentes famílias de plantas. Os
resultados indicaram a freqüência e padrões de microssatélites dentro e entre as
diferentes famílias. No terceiro estudo foi feita a caracterização de microssatélites no
genoma completo do arroz. Os resultados mostraram um conservado padrão de
ocorrência dos diferentes microssatélites nos diferentes cromossomos e quais os
arranjos foram os mais abundantes. Inferências sobre quais elementos permitem a
melhor cobertura do genoma foram discutidas.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.ufpel.edu.br:123456789/1180 |
| Date | 03 July 2009 |
| Creators | Maia, Luciano Carlos da |
| Contributors | CPF:43725678049, http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4780819H4, Carvalho, Fernando Irajá Félix de, Oliveira, Antonio Costa de |
| Publisher | Universidade Federal de Pelotas, Programa de Pós-Graduação em Agronomia, UFPel, BR, Faculdade de Agronomia Eliseu Maciel |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/doctoralThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UFPEL, instname:Universidade Federal de Pelotas, instacron:UFPEL |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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