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Previous issue date: 2014-01-24 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Chromobacterium violaceum is a Gram-negative bacteria belonging to the
Neisseriaceae family often found in soil and water in tropical and subtropical regions. The
biotechnological potential of C. violaceum, due to its peculiar characteristics, led to his
choice to be the first bacteria to have its genome sequenced by Brazilian Genome
Consortium (MCT / CNPq). A previous study (Vale, R., 2005) identified extra
chromosomal DNA molecules in C. violaceum CVT2 samples isolated in fresh waters
from Negro in which so far had not been identified C. violaceum bacterial species in this
region. Plasmids from C. violaceum CVT2 sample was sequenced by pyrosequencing and
analysis " in silico " revealed sequences (contig) that could correspond to three natural
plasmids pCVT2.1 , pCVT2.2 and pCVT2.3 so called . The contig 1 (pCVT2.1) with the
size of 26.206pb and 84% similarity to plasmid pIJB1 the contig 2 (pCVT2.2) with the size
of 7.440pb and 92% similarity to plasmid pRSB105 and contig 4 (pCVT2.3) size of
3062pb and 82% similarity to plasmid pHLHK19. The result of the sequences annotation
of these three contigs showed a total of 23 ORFs, being distributed as follows: 18 ORFs
located in the plasmid pCVT2.1 7 pCVT2.2 the ORFs, and ORF in plasmid pCVT2.3 1.
Research suggests that replication of plasmids and pCVT2.2 pCVT2.3 require a Rep
protein and its possible origins of replication with sequences 511and 383pb, respectively,
located upstream from the gene Rep. / A Chromobacterium violaceum é uma bactéria Gram-negativa pertencente à família
Neisseriaceae, frequentemente encontrada no solo e na água, em regiões tropicais e
subtropicais. O potencial biotecnológico da C. violaceum, devido suas características
peculiares, levaram a sua escolha para ser a primeira bactéria a ter seu genoma sequenciado
pelo Projeto Genoma Brasileiro (MCT/CNPq). Um estudo desenvolvido por do Vale, R.
(2005) identificou moléculas de DNA extracromossomais na amostra CVT2 de C.
violaceum isolada nas águas doces da região do Baixo Rio Negro que até então, não tinham
sido identificadas nessa espécie bacteriana. Neste estudo foi realizado o sequenciamento
dos plasmídeos naturais de C. violaceum CVT2 bem como, a análise das sequências
obtidas. A fração de DNA plasmidial de C. violaceum amostra CVT2 foi sequenciada por
pirosequenciamento e a análise “in sílico” revelou três contigs que poderiam corresponder
a três plasmídeos naturais que foram denominados pCVT2.1, pCVT2.2 e pCVT2.3. O
contig 1 (pCVT2.1) com o tamanho de 26.206pb e identidade de 84% ao plasmídeo
pIJB1, o contig 2 (pCVT2.2) com o tamanho de 7.440pb e similaridade de 92% ao
plasmídeo pRSB105 e o contig 4 (pCVT2.3) com o tamanho de 3062pb e similaridade de
82% ao plasmídeo pHLHK19. O resultado da anotação das sequências desses 3 contigs
mostrou um total de 23 ORFs, sendo distribuídas da seguinte maneira: 18 ORFs
localizadas no plasmídeo pCVT2.1, 7 ORFs no pCVT2.2 e, 1 ORF no plasmídeo
pCVT2.3. A investigação sugere que a replicação dos plasmídeos pCVT2.2 e pCVT2.3
requerem uma proteína Rep e suas prováveis origens de replicação, com sequências de
511pb e 383, respectivamente, localizadas a montante do gene da proteína Rep.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:http://localhost:tede/6553 |
| Date | 24 January 2014 |
| Creators | Listik, Andréa Felix, 92-98165-8677 |
| Contributors | andrea_listik@yahoo.com.br, Astolfi Filho, Spartaco |
| Publisher | Universidade Federal do Amazonas, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, UFAM, Brasil, Instituto de Ciências Biológicas |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/doctoralThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFAM, instname:Universidade Federal do Amazonas, instacron:UFAM |
| Rights | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/, info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | 1984485651082134923, 500 |
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