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Dissertação_ICS_ ROCHA, D. J. P. G..pdf: 4034030 bytes, checksum: 7085be9f2fda81bc8248196d4b4e6988 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-05T14:14:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1
Dissertação_ICS_ ROCHA, D. J. P. G..pdf: 4034030 bytes, checksum: 7085be9f2fda81bc8248196d4b4e6988 (MD5) / CNPQ / O método mais comum de normalização em ensaios de quantificação relativa da expressão gênica por PCR quantitativa em tempo real (qPCR) faz uso de um gene de referência, que deve manter sua expressão estável sob diferentes condições experimentais. Em uma meta-análise da literatura e banco de dados de experimentos de análise de expressão gênica em bactérias, os genes gyrA (DNA gyrase subunidade A), gyrB (DNA gyrase subunidade B), dnaG (DNA primase), era (GTPase era) e secA (translocase proteica subunidade secA), figuram entre os mais estáveis em diversas condições experimentais. Neste cenário, este estudo se propõe a desenvolver e construir um conjunto de primers universais para esses genes de referência a partir de organismos modelo de grupos bacterianos de interesse clínico e biotecnológico. As ferramentas de alinhamento, ClustalOmega e PCR virtual, Primer-Blast foram utilizadas para encontrar regiões conservadas entre os genes candidatos em diferentes organismos bacterianos. Dentro do complexo Mycobacterium tuberculosis, todos os genes apresentaram homologia suficiente para o desenho de primers universais, enquanto que em outros grupos bacterianos a homologia de sequência foi restrita a algumas espécies. Potenciais primers universais foram desenhados para diferentes grupos bacterianos e os primers para a família Enterobacteriaceae foram validados por RT-qPCR em Escherichia coli; os resultados foram comparados contra o gene comumente usado, 16S rRNA. Os primers testados apresentaram eficiências de amplificação dentro dos limites esperados e as expressões dos genes de referência foram estáveis nas condições estudadas, tendo sido o gene dnaG o mais estável, de acordo com os softwares NormFinder e RefFinder. Conclui-se que é possível desenhar primers universais funcionais para normalização de RT-qPCR em grupos bacterianos específicos, contudo o baixo nível de conservação gênica de determinados genes pode limitar suas utilizações.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:192.168.11:11:ri/25288 |
| Date | 01 September 2017 |
| Creators | Rocha, Danilo Jobim Passos Gil Da |
| Contributors | Pacheco, Luis Gustavo Carvalho, Pacheco, Luis Gustavo Carvalho, Roque, Milton Ricardo de Abreu, Bernal, Daniela Takahashi |
| Publisher | Instituto de Ciências da Saúde, em Biotecnologia, UFBA, brasil |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UFBA, instname:Universidade Federal da Bahia, instacron:UFBA |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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