Submitted by Hiolanda Rêgo (hiolandarego@gmail.com) on 2018-02-05T14:14:00Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_ICS_ ROCHA, D. J. P. G..pdf: 4034030 bytes, checksum: 7085be9f2fda81bc8248196d4b4e6988 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-05T14:14:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação_ICS_ ROCHA, D. J. P. G..pdf: 4034030 bytes, checksum: 7085be9f2fda81bc8248196d4b4e6988 (MD5) / CNPQ / O método mais comum de normalização em ensaios de quantificação relativa da expressão gênica por PCR quantitativa em tempo real (qPCR) faz uso de um gene de referência, que deve manter sua expressão estável sob diferentes condições experimentais. Em uma meta-análise da literatura e banco de dados de experimentos de análise de expressão gênica em bactérias, os genes gyrA (DNA gyrase subunidade A), gyrB (DNA gyrase subunidade B), dnaG (DNA primase), era (GTPase era) e secA (translocase proteica subunidade secA), figuram entre os mais estáveis em diversas condições experimentais. Neste cenário, este estudo se propõe a desenvolver e construir um conjunto de primers universais para esses genes de referência a partir de organismos modelo de grupos bacterianos de interesse clínico e biotecnológico. As ferramentas de alinhamento, ClustalOmega e PCR virtual, Primer-Blast foram utilizadas para encontrar regiões conservadas entre os genes candidatos em diferentes organismos bacterianos. Dentro do complexo Mycobacterium tuberculosis, todos os genes apresentaram homologia suficiente para o desenho de primers universais, enquanto que em outros grupos bacterianos a homologia de sequência foi restrita a algumas espécies. Potenciais primers universais foram desenhados para diferentes grupos bacterianos e os primers para a família Enterobacteriaceae foram validados por RT-qPCR em Escherichia coli; os resultados foram comparados contra o gene comumente usado, 16S rRNA. Os primers testados apresentaram eficiências de amplificação dentro dos limites esperados e as expressões dos genes de referência foram estáveis nas condições estudadas, tendo sido o gene dnaG o mais estável, de acordo com os softwares NormFinder e RefFinder. Conclui-se que é possível desenhar primers universais funcionais para normalização de RT-qPCR em grupos bacterianos específicos, contudo o baixo nível de conservação gênica de determinados genes pode limitar suas utilizações.

COSTA, Washington Luiz Gomes. Análise espacial e temporal da expressão de genes relacionados ao metabolismo de lipídios em sementes de pinhão manso (Jatropha curcas L.). 2013. 87 f. Dissertação (Mestrado em Bioquímica)-Universidade Federal do Ceará, Fortaleza-CE, 2013. / Submitted by Eric Santiago (erichhcl@gmail.com) on 2016-07-19T12:29:04Z No. of bitstreams: 1 2013_dis_wlgcosta.pdf: 2152820 bytes, checksum: afc16b51f6d293f4d04a7abbf8fdca67 (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa (jairo@ufc.br) on 2016-08-02T20:28:32Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_dis_wlgcosta.pdf: 2152820 bytes, checksum: afc16b51f6d293f4d04a7abbf8fdca67 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-02T20:28:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_dis_wlgcosta.pdf: 2152820 bytes, checksum: afc16b51f6d293f4d04a7abbf8fdca67 (MD5) Previous issue date: 2013 / The depletion of non-renewable energy such as oil, coal and natural gas, has stimulated the search for alternative sources of energy generation. In this context, physic nut (Jatropha curcas L.) has received special attention from researchers due to the presence of large amounts of oil in its seeds that can be converted into biodiesel. The objective of this study was to investigate the behavior of genes related to lipid metabolism during the development and germination of physic nut seeds. To accurately quantify the levels of gene expression by RT-qPCR, a selection of nine candidates for reference genes was performed. Our results showed that the GAPDH, UCP, ACT11, PP2A2 and CICLOF were the most stable genes during the development of the seeds. In germinating seeds, EF1-α, PP2A2, GAPDH, PUB3 and ACT11 were considered the most stable genes. To validate our findings with reference genes, we used the expression profile of the gene encoding the oleosin protein in which that was similar to those observed in the literature evaluated, indicating that they were suitable reference genes for data normalization by RT-qPCR. After obtaining these data, we performed a gene expression study by RT-qPCR of 20 genes involved in lipid metabolism. Our results revealed that the oleosin, β-ketoacyl-ACP Synthase I and II, thioesterase A and triacylglycerol lipase I genes, as well as other genes involved in lipid biosynthesis, achieved high expression levels in developing seeds. Acyl-CoA synthetase, thiolase and triacylglycerol lipase II, genes related to the degradation of lipids, showed high transcript levels in germinating seeds. The data obtained in this study contribute to the understanding of the metabolic pathways studied, providing subsidies for production of improved varieties of physic nut via genetic engineering. / O esgotamento das reservas de energia não-renovável, como petróleo, carvão e gás natural, têm estimulado a busca por fontes alternativas geradoras de energia. Neste contexto, o pinhão manso (Jatropha curcas L.) tem recebido especial atenção por parte dos pesquisadores, devido à presença de grande quantidade de óleo em suas sementes, que pode ser convertida em biodiesel. O objetivo deste trabalho foi investigar o comportamento de genes relacionados ao metabolismo de lipídios durante os processos de desenvolvimento e germinação da semente de pinhão manso. Para quantificar com exatidão os níveis de expressão gênica por RT-qPCR foi feita uma seleção entre nove candidatos a genes de referência. Nossos resultados mostraram que na análise de sementes em desenvolvimento, os genes GAPDH, UCP, ACT11, PP2A2 e CICLOF foram os mais estáveis. Para as sementes em germinação, os genes considerados mais estáveis foram EF1-α, PP2A2, GAPDH, PUB3 e ACT11. Para validar nossos resultados com genes de referência, foi utilizado o padrão de expressão do gene que codifica a proteína oleosina no qual foi observado que o mesmo foi similar aos observados em artigos científicos pesquisados, indicando que os genes de referência estavam apropriados para normalização dos dados de RT-qPCR. Após obtenção desses dados, efetuou-se um estudo da expressão por RT-qPCR de 20 genes envolvidos com o metabolismo de lipídios. Nossos resultados revelaram que os genes oleosina, β-cetoacil-ACP Sintase I e II, tioesterase A e triacilglicerol lipase I, bem como outros genes envolvidos na biossíntese de lipídios, alcançaram altos níveis de expressão no desenvolvimento da semente. Os genes acil-CoA sintetase, tiolase e triacilglicerol lipase II, relacionados com a degradação de lipídios apresentaram altos níveis de transcritos na germinação da semente. Os dados obtidos neste trabalho contribuem para o entendimento das vias metabólicas estudadas, fornecendo subsídios para a produção, via engenharia genética, de variedades melhoradas do pinhão manso.

Submitted by Cláudia Bueno (claudiamoura18@gmail.com) on 2016-04-05T19:37:55Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Fernanda Raquel Martins Abreu - 2014.pdf: 2480777 bytes, checksum: f8c50ff359945dffab56d7874ad25086 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-04-06T11:34:39Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Fernanda Raquel Martins Abreu - 2014.pdf: 2480777 bytes, checksum: f8c50ff359945dffab56d7874ad25086 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-06T11:34:39Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Fernanda Raquel Martins Abreu - 2014.pdf: 2480777 bytes, checksum: f8c50ff359945dffab56d7874ad25086 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-04-04 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Drought, a major problem concerning a sustainable rice production in Brazil and worldwide, is responsible for a series of plant responses, including modification in gene expression, accumulation of metabolites and protein synthesis. In order to verify the correspondence between five Arabidopsis genes (PLDα1, LEW2, GluR2, Lsi1 e EIN2), previously related to drought tolerance, and their respective orthologs in rice, the present study analyzed two contrasting rice genotypes for drought, Douradão, the tolerant genotype, and Primavera, the susceptible one. The genotypes were submitted to drought stress and subsequently evaluated for gene expression by quantitative real-time Polymerase Chain Reaction (qPCR). The comparison of gene expression, between leaf and root tissues, showed a greater expression in roots, within their vegetative stage, and leaves, within their reproductive stage. Differential expression were observed mainly among the genes whose orthologs in Arabidopsis encode phospholipase Dα1 (PLDα1) and ethylene-insensitive protein (EIN2); these proteins are directly related to abscisic acid (ABA), a phytohormone that when identified in higher concentration in cells triggers the expression of drought stress-responsive genes, besides it is also responsible for the regulating the water loss (by transpiration) by controlling of stomatal movement. The results suggested that orthologs genes were in fact drought stress-responsive genes in rice, and emphasized the feasibility of PLDα1 and EIN2 overexpression in rice plants, supporting plant breeding programs in the development of drought tolerant genotypes. / A seca, um dos principais problemas para a sustentabilidade do cultivo de arroz no Brasil e no mundo, é responsável por uma série de respostas em plantas, incluindo mudanças na expressão gênica, acúmulo de metabólitos e síntese de proteínas. No intuito de verificar a correspondência entre cinco genes de Arabidopsis (PLDα1, LEW2, GluR2, Lsi1 e EIN2), previamente relacionados com a tolerância à seca, e seus respectivos genes ortólogos em arroz, o presente estudo analisou dois genótipos de arroz contrastantes no nível de tolerância à seca, Douradão, genótipo tolerante, e Primavera, genótipo susceptível. Os genótipos foram submetidos a experimento de seca e posterior avaliação de expressão gênica via PCR quantitativa em tempo real, qPCR (real time quantitative-Polimerase Chain Reaction). Ao se comparar os níveis de expressão entre os tecidos foliar e radicular, desses genótipos, foi observado, de uma forma geral, que houve maior expressão em raízes no estádio vegetativo e em folhas no estádio reprodutivo. Níveis diferenciais de expressão entre os genótipos foram observados principalmente para os genes ortólogos responsáveis por produzir fosfolipase Dα1 (PLDα1) e proteína etileno insensitiva (EIN2); estes produtos estão diretamente relacionados ao ácido abscísico (ABA), um fito hormônio induzido por estresse de seca que, quando em alta concentração nas células, além de acionar a expressão de muitos genes, desempenha um papel vital na regulação da perda de água por transpiração ao controlar os movimentos estomáticos. Os resultados apresentados nesta pesquisa sugeriram que os genes ortólogos estariam de fato atuando em resposta à tolerância à seca em arroz, e reforçaram a hipótese de que a superexpressão desses genes, em especial, PLDα1 e EIN2, pode auxiliar programas de melhoramento genético de arroz no desenvolvimento de cultivares mais tolerantes à seca.