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Dissertacao Final Luana Karen.pdf: 1636172 bytes, checksum: c9eb81400c0c198ae103082ad8f70318 (MD5)
Previous issue date: 2007-11-16 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / The Human Immunodeficiency Virus (HIV) is characterized by a wide genetic diversity. Two types of HIV are recognized at present: HIV-1 and HIV-2. The HIV-1, responsible for most of the cases of AIDS in the world, is divided in three groups denominated M (Major), O (Outlier) and N (Non-M/Non-O), and until this moment nine subtypes of the group M (A-D, F-H, J-K) were already identified. Beyond of those subtypes, the HIV-1 also have been classified in circulating recombinant forms (CRFs) and unique recombinant forms (URFs). In Brazil, a pattern complex of distribution of those subtypes has been described in their different geographical areas. In search of elucidating the predominant subtypes of HIV-1 in the city of Manaus, this study had as objective to analyze blood samples of subjects that presented results positive or indeterminate for HIV, in the systematic selection of blood donors of the Fundação de Hematologia e Hemoterapia do Amazonas (HEMOAM). In the moment of the collect, the donors registered their authorization by the signature of the free consent and knowledge term and they answered a questionnaire used for epidemic data investigation. DNA proviral extracted of the samples with indeterminate/positive resulted in Western Blot was submitted a Polimerase Chain Reaction in two stages (Nested PCR) for the confirmation of the HIV-I infection. The amplified products (regions gag, pol and env) of the 31 samples reactivate for PCR were automatically sequencing and analyzed phylogenetically by the Phylip program. All of the indeterminate samples for the confirmatory test presented negative amplification pattern. Of the reactivates samples for HIV in the confirmatory test and PCR, it was observed male predominance (77,4%) and in the donors of first time (67,7%). Among the repetition donors, 60% presented seroconvertion in up to 20 months. Of the total of samples, was identified the predominance of the subtype B (87,1%), following by the subtype C (6,5%), F (3,2%) and recombinant BF (3,2%). The amino acids sequences of 19 isolated were analyzed for the genetic variability characterization of the region of the loop V3. Among the isolated of the subtype B, the tetrapeptide more prevalente was GPGR (68,4%), following by the Brazilian variant B" GWGR (15,8%). The Subtype C occurrence in the North Region still was not reported in the literature. The analyses of similarity of the isolated of the subtype C in this study demonstrated larger similarity of these with other isolated ones brazilian, in relation to isolated in other parts of the world. Our results can contribute to a better understanding of the characteristics of the lineages of the HIV-1 circulating in Brazil, information that can be used in benefit of the diagnosis, treatment, control of the disease and preparation of vaccines. / O Vírus da Imunodeficiência Humana (HIV) é caracterizado por uma ampla diversidade genética. Dois tipos de HIV são reconhecidos atualmente: HIV-1 e HIV-2. O HIV-1, responsável pela maioria dos casos de aids no mundo, é dividido em três grupos denominados M (Major), O (Outlier) e N (Non-M/Non-O). Para o grupo M, nove subtipos foram identificados até o momento: A-D, F-H, J, K. Além desses subtipos, o HIV-1 também tem sido classificado em formas recombinantes circulantes (CRFs) e formas recombinantes únicas (URFs). No Brasil, um complexo padrão de distribuição desses subtipos tem sido descrito em suas diferentes regiões geográficas. Buscando esclarecer a distribuição dos subtipos de HIV-1 predominantes na cidade de Manaus, este estudo teve como objetivo analisar amostras de sangue de indivíduos candidatos a doadores de sangue que apresentaram resultados positivo ou indeterminado para HIV-1, na triagem sistemática para doação de sangue da Fundação de Hematologia e Hemoterapia do Amazonas (HEMOAM). Na ocasião da coleta, os doadores registraram a sua autorização através da assinatura do termo de consentimento livre e esclarecido e responderam a um questionário utilizado para investigação de dados epidemiológicos. O DNA proviral extraído das amostras com resultados indeterminado/positivo no Wersten Blot foi submetido a uma Reação em Cadeia da Polimerase em duas etapas (Nested PCR) para a confirmação da infecção pelo HIV-1. Os produtos amplificados (regiões gag, pol e env) das 31 amostras reativas por PCR foram seqüenciados e analisados por métodos filogenéticos usando o programa Phylip. Todas as amostras indeterminadas para o teste confirmatório apresentaram padrão de amplificação negativo. Das amostras reativas para HIV-I no teste confirmatório e PCR, observou-se predominância do sexo masculino (77,4%) e de doadores de primeira vez (67,7%). Entre os doadores de repetição, 60 % apresentaram soroconversão em até 20 meses. Do total de amostras, identificou-se a predominância do subtipo B (87,1%), seguida do subtipo C (6,5%), F (3,2%) e recombinante BF (3,2%). As seqüências de aminoácidos de 19 isolados foram analisadas para a caracterização da variabilidade genética da região da alça V3. Dentre os isolados do subtipo B, o tetrapeptídeo mais prevalente foi o GPGR (68,4%), seguido pelo variante brasileiro B GWGR (15,8%). A ocorrência do Subtipo C na região Norte, ainda não foi relatada na literatura. As análises de similaridade dos isolados do subtipo C nesse estudo demonstraram maior semelhança destes com outros isolados brasileiros, em relação a isolados de outras partes do mundo. Nossos resultados contribuem para uma melhor compreensão das características dos isolados do HIV-1 circulantes no Brasil, informações que poderão ser utilizados em benefício do diagnóstico, tratamento, controle da doença e preparação de vacinas.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:http://localhost:tede/2239 |
| Date | 16 November 2007 |
| Creators | Cunha, Luana Karen Holanda da |
| Contributors | Malheiro, Adriana |
| Publisher | Universidade Federal do Amazonas, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, UFAM, BR, Instituto de Ciências Biológicas |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFAM, instname:Universidade Federal do Amazonas, instacron:UFAM |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | 32215883775770440, 600 |
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