Venös tromboembolism (VTE) inkluderar både djup ventrombos (DVT) och lungemboli (PE) och är en vanlig och komplex kardiovaskulär sjukdom med allvarliga kortsiktiga och långsiktiga komplikationer. I dagens kliniska praxis skulle diagnoseringen av VTE gynnas av en plasmaproteinpanel som antingen kan utesluta fall av akut VTE på egen hand eller komplettera den nuvarande biomarkören D-dimer, som i sig är begränsad av låg specificitet. På grund av den höga återfallsfrekvensen och de allvarliga post-syndromen skulle en plasmaproteinpanel som kan bedöma risken för återkommande VTE underlätta för kliniker i efterbehandlingsbeslut. Mot denna bakgrund syftade denna studie till att föreslå två separata plasmaproteinpaneler, en för att utesluta akuta VTE-patienter och en annan för att bedöma risken för återkommande VTE. Med 1463 unika plasmaproteiner screenades plasmaproteomet hos 194 individer från två undergrupper av venös tromboembolism-biomarkörstudien (VEBIOS), närmare bestämt VEBIOS ER och VEBIOS Coag, med hjälp av proximity extension assay (PEA). Både genuttryck (DE) -analys och maskininlärning (ML) -algoritmer användes för att identifiera signifikanta respektive viktiga proteiner. För akut VTE identifierades 10 signifikanta proteiner genom DE, samt en panel bestående av fem proteiner tillsammans med D-dimer hade tillsammans en area under kurvan (AUC) på 0,97 genom ML. För återkommande VTE identifierades inga signifikanta proteiner och den bästa proteinpanelen hade en AUC på 0,62. Vissa av dessa proteiner har tidigare rapporterats vara associerade med VTE och vissa inte, vilket resulterar i ortogonal validering eller påvisande av en potentiell ny biomarkör. Sammanfattningsvis hittades flera intressanta plasmaproteiner som potentiellt skulle kunna användas för att utesluta fall av akut VTE. GP1BA och S100A12 var särskilt intressanta då de var återkommande som högt ansenliga enligt DE och ML. Resultaten från denna studie kommer förhoppningsvis bidra till forskningen gällande förbättrad diagnos av VTE-patienter genom användning av plasmaproteinmarkörer och argumentationen för ytterligare undersökningar för dessa identifierade plasmaproteiner. / Venous thromboembolism (VTE) is a common and complex cardiovascular disorder with serious short- and long-term complications, comprising both deep vein thrombosis (DVT) and pulmonary embolism (PE). In current clinical practice, diagnosis of acute VTE would greatly benefit from a plasma protein panel that can exclude cases of VTE on its own or complement the current biomarker, D-dimer, which is limited by low specificity. Because of the high recurrence rate and serious post-syndromes, a protein panel that can assess the risk of VTE recurrence would help clinicians in post-treatment decision-making. Hence, this study sought out to propose two separate plasma biomarker panels, one to exclude acute VTE patients and another to risk-assess VTE recurrence. To accomplish this, 1463 unique plasma proteins were used to investigate the plasma proteome of 194 individuals from two subgroups of the venous thromboembolism biomarker study (VEBIOS), specifically VEBIOS ER and VEBIOS Coag, using proximity extension assay (PEA). Both differential expression (DE) analysis and machine learning (ML) algorithms were used to find significant and important proteins respectively. For acute VTE, 10 significant proteins were identified through DE, and a panel of five proteins together with D-dimer had together an area under the curve (AUC) of 0.97 through ML. For VTE recurrency, no significant proteins were identified, and the best protein panel had an AUC of 0.62. Some of these proteins have previously been reported as associated to VTE and some not, resulting in some orthogonal validation or novelty. In summary, several interesting plasma proteins were found that could potentially be used to exclude cases of VTE in an acute setting. GP1BA and S100A12 were particularly interesting as they performed well in both DE and ML. The results in this study will hopefully aid the research of improving diagnosis of VTE patients using plasma biomarkers, strengthening the claim and further investigations for these identified plasma proteins.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:UPSALLA1/oai:DiVA.org:kth-329935 |
| Date | January 2023 |
| Creators | Johansson, Emil |
| Publisher | KTH, Proteinvetenskap |
| Source Sets | DiVA Archive at Upsalla University |
| Language | English |
| Detected Language | Swedish |
| Type | Student thesis, info:eu-repo/semantics/bachelorThesis, text |
| Format | application/pdf |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | TRITA-CBH-GRU ; 2023:193 |
Page generated in 0.0018 seconds