Submitted by admin tede (tede@pucgoias.edu.br) on 2018-06-19T18:06:59Z
No. of bitstreams: 1
SAMARA SOCORRO SILVA PEREIRA.pdf: 764936 bytes, checksum: 434a8cd13e6701c05b6ea08edda95150 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-19T18:06:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1
SAMARA SOCORRO SILVA PEREIRA.pdf: 764936 bytes, checksum: 434a8cd13e6701c05b6ea08edda95150 (MD5)
Previous issue date: 2018-03-14 / Copy Number Variation (CNV) has been associated with intelectual disability (ID) and this
condition occur in approximately 2% of world population. Chromosomal Microarray Analysis
(CMA) is being indicated as first-tier test for individuals with ID and has also helped to
understand the mechanisms of CNV formation, classification of these rearrangements, type of
recurrence, and its origin. The aim of this study was to infer the parental chromosome origin
of de novo pathogenic CNV in patients with ID and their mechanisms of formation. Patients
with clinical indications of ID were referred to Replicon Research Group/LaGene for G-band
karyotyping. CMA approach was done for patients without numerical and/or structural
rearrangements results in karyotype. After performing CMA and classification of CNVs, the
parental origin of pathogenic CNVs was done using Mendelian error check based on SNPs
markers available by ChAs software. In addition, the UCSC Genome Browser website was
used to detect Low Copy Repeats (LCR) surrounding the CNVs to infer the mechanisms of
their formation. In the period from 2013 to 2015 was performed G-band karyotyping in 290
patients with clinical indication of ID and a total of 193/290 (66.5%) were diagnosed by
Karyotype. The group of patients who were not diagnosed using the karyotype, only 76/97
(78.3%) agreed to continue the investigation by CMA’s approach. After performing CMA, a
total of 15 de novo pathogenic CNVs were observed, 10 CNV of loss and 5 CNV of gain, in
13/76 (17.1%) patients. The analysis of the parental origin showed 60% of CNVs are of
maternal origin and 40% of paternal origin. It was not possible to detect the influence of
parental age in the formation of CNVs. After analyzing the presence of surrounding LCRs, it
was observed that 46.7% are recurrent CNVs and the mechanism of formation was Non-
Allelic Homologous Recombination (NAHR), and 71.4% of these recurrent CNVs are of
maternal origin. These data are in agreement with studies that affirm that the majority of
CNVs of paternal origin are nonrecurrent due to germ cells replicate many times their genetic
material in the pre-meiotic phase, being possible to infer the mechanism of formation of CNV
that may have been by Microhomology-mediated break-induced replication (MMBIR) or
Non-homologous end joining (NHEJ). / A variação no número de cópias (CNV) no genoma é um dos fatores etiológicos que pode
desencadear a condição da deficiência intelectual (DI), sendo que esta condição atinge cerca
de 2% da população mundial. A metodologia de análise cromossômica por microarranjo
(CMA) além de ser indicada como teste de primeira escolha para pacientes com DI, tem
ajudado também na compreensão da formação de CNVs e classificação destes rearranjos,
quanto à patogenicidade, o tipo de recorrência e sua origem. E este estudo objetivou inferir a
origem cromossômica parental das CNVs de novo patogênicas em pacientes com DI e seu
mecanismo de formação. Os pacientes com indicação clínica de DI foram encaminhados ao
Núcleo de Pesquisas Replicon/LaGene para realização do cariótipo com bandeamento GTG, e
subsequentemente, os que não tiveram alteração numérica e/ou estrutural no cariótipo foram
convidados a continuar a investigação em nível genômico, pela metodologia de CMA. Após
realização do CMA e classificação das CNVs, foram realizadas a análise da origem parental
das CNVs de novo patogênicas pela análise do erro mendeliano usando os marcadores de
SNPs disponibilizado pelo software ChAS. Adicionalmente, foi usado o UCSC Genome
Browser para detectar Repetições De Poucas Cópias (LCR) circundantes as CNVs para inferir
o mecanismo de formação das mesmas. Foi realizado o cariótipo em 290 pacientes com
indicação clínica de DI entre os anos de 2013 a 2015 e em 193/290 (66,5%) foram
diagnosticados pelo cariótipo. Do conjunto de pacientes que não foram diagnosticados usando
o cariótipo, apenas 76/97 (78,3%) aceitaram continuar a investigação pelo CMA. Após
realizar o CMA, foi observado 15 CNVs de novo patogênicas, 10 CNVs de perda e 5 CNVs
de ganho, em 13/76 (17,1%) pacientes. Na análise da origem parental, observou-se que 60%
das CNVs são de origem materna e 40% de origem paterna. Não foi possível detectar a
influência da idade parental na formação das CNVs. Ao analisar a presença de LCRs
circundantes, observou-se que 46,7% das CNVs de novo patogênicas são recorrentes e o
mecanismo de formação foi a Recombinação Homologa Não Alélica (NAHR), e 71,4%
dessas CNVs recorrentes são de origem materna. Esses dados corroboram com os estudos que
afirmam que a maioria das CNVs de origem paterna são não recorrentes devido às células
germinativas replicarem inúmeras vezes o seu material genético na fase pré-meiótica, sendo
possível inferir sobre o mecanismo de formação que pode ter sido por Replicação Induzida
por Quebra e Mediada por Microhomologia (MMBIR) ou Junção de Extremidade Não Alélica
(NHEJ).
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:ambar:tede/3982 |
| Date | 14 March 2018 |
| Creators | Pereira, Samara Socorro Silva |
| Contributors | Silva, Cláudio Carlos da, Cruz, Aparecido Divino da, Lacerda, Elisângela de Paula Silveira |
| Publisher | Pontifícia Universidade Católica de Goiás, Programa de Pós-Graduação STRICTO SENSU em Genética, PUC Goiás, Brasil, Escola de Ciências Agrárias e Biológicas::Curso de Biologia Bacharelado |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da PUC_GOAIS, instname:Pontifícia Universidade Católica de Goiás, instacron:PUC_GO |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | -464337590288657466, 500, 500, 600, 4798462580535853781, -5518144268585252051 |
Page generated in 0.0023 seconds