The expressed sequenced tags (ESTs) generated by Sugarcane ESTs Project (FAPESP)
provided a useful databank for the investigation of DNA sequences related to many
different sugarcane agroindustrial features. When compared to DNA sequences from
several plant species available at The National Center for Biotechnology Information
Databank it was possible to perform a survey on various proteins produced by this plant
including those related to water stress resistance. SUCEST generated approximately 43,150
clusters from where 52 best hits were obtained in this survey for putative proteins related to
water stress resistance on 2,998 analyzed clusters. In silico protein identification was
achieved following a modified protocol developed by SUCEST which used specific
bioinformatics tools available at NCBi such as BLAST and FASTA. / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Alagoas / Etiquetas de seqüências expressas geradas pelo Projeto ESTs de cana-de-açúcar (FAPESP)
forneceram um banco de dados útil para a investigação das seqüências de DNA
relacionadas a muitas características agroindustriais da cana-de-açúcar. Quando
comparadas às seqüências de DNA de diversas espécies de plantas disponíveis no banco de
dados do Centro Nacional de Informação Biotecnológica (NCBI), foi possível avaliar várias
proteínas produzidas por esta planta, incluindo aquelas relacionadas à resistência ao
estresse hídrico. O SUCEST gerou aproximadamente 43.150 clusters de onde foram
obtidas 52 proteínas putativas relacionadas à resistência ao estresse hídrico em 2.998
clusters analisados. A identificação de proteínas in silico teve como suporte um protocolo
modificado desenvolvido pelo SUCEST, que usou ferramentas de bioinformática
específicas, disponíveis no NCBI, como por exemplo BLAST e FASTA.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:www.repositorio.ufal.br:riufal/190 |
| Date | 26 July 2006 |
| Creators | Sales, Janice Silva |
| Contributors | Ramalho Neto, Cicero Eduardo, RAMALHO NETO, C. E., Silva, Denise Maria Wanderlei, SILVA, D. M. W., Souza, Onaldo, SOUZA, O., Amorim, Edna Peixoto da Rocha, AMORIM, E. P. R. |
| Publisher | Universidade Federal de Alagoas, BR, Agronomia; Produção vegetal; Proteção de plantas, Programa de Pós-Graduação em Agronomia, UFAL |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UFAL, instname:Universidade Federal de Alagoas, instacron:UFAL |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | bitstream:http://www.repositorio.ufal.br:8080/bitstream/riufal/190/1/Dissertacao_JaniceSale.pdf, bitstream:http://www.repositorio.ufal.br:8080/bitstream/riufal/190/2/Dissertacao_JaniceSale.pdf.txt |
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