The Protist EST program (PEP) aims to explore the diversity of eukaryotic genomes, in a systematic and comprehensive way. A main element of the PEP initiative is to establish a database, the Protist EST Database (PEPdb), which is the centerpiece of the PEP collaboration. The major functions of the PEPdb are management of the data generated by PEP, analysis of these data, and to allow collected sequence information to be accessed via the Internet by PEP members or other users. In this project, a consistent and easy to use relational database was implemented. All information about PEP members, Publications, Libraries and ESTs can be stored in the database system. The operations are achieved by a friendly user interface. This database stores about 10000 records and is displayed on the web site "http://info.biology.mcmaster.ca/ling/estHome.html" for demonstration. An analysis of ESTs from the ciliated protozoan Tetrahymena thermophila was undertaken. A total of 3740 non-redundant gene assemblies and singletons from TIGR were analyzed. These sequences have been compared against the NCBI non-redundant protein and nucleotide databases using BLASTX and BLASTN to identify putative genes. Of 850 highly significant matches with an expect value cut-off of 10^-20 , 35.5% represent genes previously cloned from T. thermophila, and 64.5% had significant similarity to genes from other organisms deposited in the NCBI. There are 26 sequences (3.1%) that matched signal transduction proteins, including Rac, Ras, MAPK, ERK1, PKC, cAMP and 14-3-3 (a protein involved in signal transduction, exocytosis and cell cycle regulation). This result indicates that T. thermophila likely encodes the MAPK/ERK signaling pathway. About 53 sequences (6.2%) matched to cytoskeleton proteins which were divided into two groups. The first group matched genes coding for microtubules, especially to tubulin genes. The other group matched to microfilament genes including one actin, three actin-related and one profilin proteins. There were no sequences similar to intermediate filaments. Comparison of the EST counts from one gene provide absolute estimates of mRNA expression levels. The most abundant genes represented are enolase, SerH3 and Tubulin. Among 850 highly significant similarities, 196 were restricted to the ciliophora. GRL and SerH are ciliate-specific genes. There were 508 sequences that had highly significant matches (expect value < 10^-20) to human genes. Approximately 189 of them were present in humans but not found in the completely sequenced Saccharomyces cerevisiae. Based on Venn diagram analysis, T. thermophila contains abundant Eukaryotic specific proteins and many prokaryotic-like genes, and some metabolic enzymes in T. thermophila are also present in plants. These results support the fact that T. thermophila is an excellent unicellular model system for gene discovery and functional analysis. / Thesis / Master of Science (MS)

Submitted by Amanda Silva (amanda.osilva2@ufpe.br) on 2015-04-08T12:31:21Z No. of bitstreams: 2 Cópia de Dissertação Thalita Figueiredo Biblioteca.pdf: 4234370 bytes, checksum: 91f801b58acf8761422a7b1d6bb4814b (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-08T12:31:21Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Cópia de Dissertação Thalita Figueiredo Biblioteca.pdf: 4234370 bytes, checksum: 91f801b58acf8761422a7b1d6bb4814b (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2012 / CAPES; PROPESQ / Os genes HLA (Antígenos Leucocitários Humanos) estão localizados no MHC (Complexo Principal de Histocompatibilidade Humano). O MHC localiza-se no braço curto do cromossomo 6 (6p21.3), uma das regiões com os maiores níveis de polimorfismo do genoma e alta concentração gênica. Muitos dos polimorfismos encontrados nos genes HLA estão associados à rejeição de transplantes clínicos, suscetibilidade à doenças infecciosas, doenças auto-imunes e predisposição a um amplo espectro de doenças crônicas não infecciosas. O objetivo deste estudo foi predizer e validar SNPs presentes nas regiões codificantes dos genes HLA classe I, utilizando o banco de dados de ESTs humano. O CLCbio Workbench Combined® versão 5.7.1 foi inicialmente utilizado para construção do banco de dados de ESTs e recuperação dos arquivos de RNAm respectivamente a partir do Golden path of University of California Santa Cruz (UCSC) e National Center for Biotechnology Information (NCBI). Na etapa seguinte foram realizados múltiplos alinhamentos com auxílio do CUBO versão 1.0.6, hardware com função de acelerar o processamento. O algoritmo utilizado foi o Smith-Waterman. Um número inicial de 18.029 ESTs foram alinhados com os RNAm dos genes HLA, sendo 3.287 ESTs selecionados após aplicação de parâmetros de estringência utilizados para minimizar erros de alinhamentos. A anotação dos SNPs encontrados nos ESTs selecionados revelou várias classes de variações: 94 transversões, 100 transições, 10 deleções e 17 inserções, totalizando 221 SNPs. Destes SNPs, 101 já estavam descritos no banco de dados do MHC (NCBI) e 120 são potenciais novos polimorfismos que podem indicar novos alelos. Alguns destes SNPs foram encontrados em mais de 200 diferentes ESTs. A maioria das variações foram encontradas nos exons 2 e 3 que codificam as estruturas moleculares alfa1 e alfa2 do receptor membranar, sítio de ligação dos peptídeos antigênicos. Estas estruturas são fundamentais para numerosas funções imunes. A validação virtual confirmou que algumas das variações identificadas foram previamente anotadas e confirmadas em amostras de DNA, demonstrando que este método utilizando ferramentas de Bioinformática é uma maneira viável para detectar variações genéticas em dados gerados em larga escala.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:48:48Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo115_1.pdf: 1845604 bytes, checksum: 9a343f89ffdecd3fbffe07f176e6728a (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2010 / Faculdade de Amparo à Ciência e Tecnologia do Estado de Pernambuco / Os transtornos do humor compõem um grupo de doenças heterogêneas caracterizadas por alterações na esfera cognitiva das emoções, sentimentos e motivação. Dentre os transtornos do humor a Depressão Maior, a Distimia e o Transtorno Bipolar figuram como os mais prevalentes e estudados. Quanto à sua etiologia os transtornos do humor têm sido associados ao déficit de neurotransmissores como a norepinefrina, dopamina, serotonina, glutamato e ácido gama-aminobutírico (GABA). As variações genéticas podem contribuir para diferenciar atividades protéicas e níveis de expressão gênica em complexos traços genéticos, como transtornos mentais. Assim, os estudos sobre polimorfismos genéticos, nas doenças psiquiátricas são de grande importância para a compreensão dos mecanismos moleculares envolvidos e podem auxiliar no diagnóstico dos mesmos. O objetivo desse estudo é definir os principais polimorfismos envolvidos nos Transtornos do Humor, priorizando genes ligados aos sistemas GABAérgico e Glutamatérgico, através de técnicas de Bioinformática. Para obter os resultados optou-se por utilizar o software CLCbio Workbench Combined® versão 3.6.2., no qual estudos de microarrays de expressão foram usados como a única origem de genes candidatos, para revelar variações novas, a partir de seqüências públicas de Expressed site tags (ESTs). A primeira etapa foi a construção do banco de dados de ESTs e recuperação dos arquivos de RNAm respectivamente a partir do Golden path of University of California Santa Cruz (UCSC) e National Center for Biotechnology Information (NCBI). Na etapa seguinte foram realizados múltiplos alinhamentos e o algoritmo usado foi o Smith-Waterman. Como resultados um total de 10402 ESTs foram alinhados, mas apenas 142 sequências de ESTs foram selecionadas depois da aplicação de parâmetros apropriados de estringência utilizados para minimizar erros de alinhamentos. A anotação revelou várias classes de variações, a maioria delas sendo deleções (158), mas também foram observadas transversões (17), transições (1), inserções (4), mutações sinônimas (33), não sinônimas (202) e Variações nas regiões 5&#8223; e 3&#8223;UTRs (55). Sabe-se que as deleções são freqüentemente associadas à principais síndromes genéticas com características dismórficas. Vários estudos associam os polimorfismos genéticos de suscetibilidade transtornos de humor, exigindo o uso de técnicas em larga escala para identificar e compreender os mecanismos moleculares envolvidos neste grupo de transtornos. Estes achados levantam a possibilidade de que deleções de até 7 pares de bases estejam ligadas à fisiopatologia dos TH em genes dos sistemas glutamatérgico e GABAégico de neurotransmissor

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:51:38Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo1574_1.pdf: 7630907 bytes, checksum: 55b2338ac2fdb58a567454116b0ae7ad (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2009 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Estudos de genômica e proteômica sobre fatores de risco associados à desordens neurodegenerativas requerem urgentemente proposições de abordagens complementares para integrar a grande quantidade de dados gerados. Neste trabalho foi proposto uma metodologia que envolve ferramentas de Bioinformática, no qual estudos de microarrays de expressão foram usados como a única origem de genes candidatos, para revelar variações novas, a partir de seqüências públicas de Expressed site tags (ESTs). Foram selecionados nove genes, sete de um estudo de tecido do hipocampo área Cornu Ammonis (CA1) e dois do tecido do lóbulo parietal inferior (IPL) ambos de pacientes com Doença de Alzhiemer (DA), a maioria desses genes está envolvido com o sistema imune, escolhidos neste trabalho por fazer parte de um das linhas de pesquisa do grupo. O CLCbio Workbench Combined® versão 3.6.2. foi inicialmente usado para construção do banco de dados de ESTs e recuperação dos arquivos de RNAm respectivamente a partir do Golden path of University of California Santa Cruz (UCSC) e National Center for Biotechnology Information (NCBI), na etapa seguinte foram realizados múltiplos alinhamentos e o algoritmo usado foi o Smith-Waterman. Um total de 479 seqüências de ESTs foram selecionadas depois da aplicação de parâmetros apropriados de estringência utilizados para minimizar erros de alinhamentos. A anotação revelou várias classes de variações, a maioria delas sendo deleções (415), mas também foram observadas transições (253), transversões (52), mutações sinônimas (48), não sinônimas (400) e Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) em Untranslated Regiões (UTRs) (50). Deleções são frequentemente associadas as principais síndromes genéticas com características dismórficas. No entanto, vários recentes trabalhos mostram que microdeleções comuns podem ser associadas com desordens neuropsiquiátricas como esquizofrenia, autismo e retardo mental, detectas em várias etnias através de experimentos de sequenciamento. A validação virtual confirmou que algumas dessas variações identificadas foram previamente anotadas e confirmadas em amostras de DNA, demonstrando que esse método é uma maneira viável para detectar variações genéticas que merecem ser exploradas futuramente em estudos de associação de fatores genéticos de risco para a DA

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:02:17Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo3640_1.pdf: 2846746 bytes, checksum: 12d8846693ee2e6836aa3225c67d3f81 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2009 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Estresses abióticos, como seca e salinidade, limitam severamente o crescimento, desenvolvimento e produtividade das plantas. Uma das estratégias que muitos vegetais utilizam, a fim de minimizar os danos causados por esses estresses aos processos metabólicos e fisiológicos, é a síntese de osmólitos compatíveis. Essas substâncias são trocadas pelo excesso de sais inorgânicos na célula, permitindo o ajustamento tanto da concentração interna de sais quanto do volume celular. Este trabalho objetivou identificar in silico candidatos aos genes que codificam osmoprotetores (trealose, glicina-betaína, mio-inositol, prolina e cisteína) nos transcriptomas de Eucalyptus spp., Saccharum spp. e Vigna spp. As análises revelaram a presença destes genes em todos os transcriptomas estudados; ao todo foram observados 51 ortólogos em eucalipto, 56 em cana e 73 em feijão-caupi. De um modo geral, com relação ao padrão de expressão foi percebido o envolvimento destes genes tanto no estresse biótico, quanto no abiótico, sendo mais abundantes os transcritos identificados nas bibliotecas de caule de mudas submetidas a déficit hídrico e plântulas cultivadas no escuro, no caso do eucalipto e em tecidos de calos (CL) submetidos a um ciclo de luz/escuro e estresse de temperatura no caso da cana-deaçúcar. Adicionalmente, no caupi, a partir da contagem direta dos transcritos, foi identificado que a maioria dos transcritos integrava a biblioteca em raiz de plantas sensíveis à salinidade após 2 horas de exposição ao estresse. Nos alinhamentos múltiplos gerados para a comparação das sequências de cada um desses genes entre diferentes organismos (desde bactérias até animais), percebe-se que a síntese de osmólitos compatíveis é uma característica que foi bastante conservada no curso da evolução. Nos dendrogramas gerados a partir dos dados supracitados, correspondendo ao esperado, observou-se a separação das espécies de acordo com a sua classe. Além disso, no que tange os vegetais, mono e dicotiledôneas foram agrupadas em clados distintos. Considerando que os organismos estudados apresentam grandes diferenças no metabolismo, fisiologia, hábito e ciclo de vida, os resultados sugerem que as mutações acumuladas, principalmente nas diferentes classes, são resultado da adaptação às pressões seletivas ambientais e estão, assim, relacionadas com a funcionalidade destes genes nos diferentes organismos. Assim, os resultados apontam para a conservação das principais vias de síntese de osmólitos compatíveis tanto em eucalipto, quanto em cana e feijão-caupi. Ademais, este estudo pode servir como modelo para a identificação de genes osmoprotetores em espécies relacionadas e apresenta grande potencial de aplicação ao melhoramento genético, com o desenvolvimento de culturas economicamente importantes mais adaptadas aos solos salinos e secos

Foi realizado um programa de seqüenciamento de cDNAs obtidos de bibliotecas da fase de germinação do fungo aquático Blastocladiella emersonii. Os dados gerados, em conjunto com o projeto de seqüenciamento de cDNAs da fase de esporulação do fungo, permitiram a descoberta de aproximadamente 4.900 genes diferentes de B. emersonii (Ribichich et al., 2005). Os genes putativos foram anotados e associados com as categorias funcionais descritas pelo Gene Ontology Consortium e encontram-se na base de dados http://www.blasto.iq.usp.br. O perfil de expressão dos genes foi avaliado por Northern digital e vários transcritos apresentaram perfil de expressão regulado durante a germinação. Numa segunda etapa deste trabalho, cerca de 3.600 genes putativos de B. emersonii foram arranjados em lâminas de vidro e empregados como sondas para a investigação da expressão gênica global em células de diferentes tempos após a indução da germinação. Analisamos ainda, as diferenças entre a germinação induzida em meio nutriente e a germinação em solução inorgânica, na qual os indutores efetivos da germinação foram adenina ou íons potássio. Na germinação em meio nutriente mais de 900 genes, cerca de 26% do total presente nos micro-arranjos, mostraram-se diferencialmente expressos em pelo menos um dos tempos analisados. Foram induzidos durante a germinação, principalmente, genes envolvidos no crescimento celular, incluindo biossíntese de proteínas, transcrição e ativação do metabolismo energético. No entanto, estes genes não foram induzidos quando a germinação ocorreu em solução inorgânica. Verificamos ainda que vários transcritos envolvidos com a percepção do meio extracelular e com a sinalização celular, codificando proteínas necessárias para disparar o programa de germinação, encontram-se presentes nos zoósporos. Além disso, observamos que alguns dos transcritos encontrados nos zoósporos foram reprimidos na germinação em meio nutriente, mas mantiveram níveis elevados de expressão quando a germinação foi feita em solução inorgânica, indicando que os nutrientes exercem um papel importante na regulação da expressão de determinados genes nesta fase do desenvolvimento. / We conducted large scale cDNA sequencing from libraries obtained using RNA from germinating cells of the aquatic fungus Blastocladiella emersonii. Data obtained in this work, along with cDNAs from sporulating cells, lead to the discovery of nearly 4.900 different genes from B. emersonii (Ribichich et al., 2005). The putative genes were annotated and associated with the functional categories described by the Gene Ontology Consortium and are available at the web site http://www.blasto.iq.usp.br. The expression patterns of these genes were evaluated by digital Northern analysis and we detected several transcripts that presented expression profile regulated during germination. In a second approach, nearly 3.600 putative genes from B. emersonii were spotted into glass slides and used as probes to investigate the global gene expression pattern in cells isolated at different times after induction of germination. We also analyzed the differences between the germination triggered in nutrient medium and the germination in inorganic solution, in which the effective inducers of germination were either adenine or potassium ions. More than 900 genes were differentially expressed during germination in nutrient medium in at least one of the time points analyzed, which correspond to 26 % of the total genes in the microarrays. The genes induced during this process were mainly those involved in cellular growth, including protein biosynthesis, transcription and energetic metabolism. However, these genes were not induced when germination occurred in inorganic solution. In addition, we verified that many transcripts involved in sensing the environment and also in signal transduction, encoding proteins necessary to trigger the germination program, were present in the zoospores. Another finding is that some of the transcripts found in zoospores were repressed when germination proceeded in nutrient medium, but were maintained at high levels when germination occurred in inorganic solution, suggesting that nutrients exert an important role in regulating the expression of some genes in this stage of development.

Expressed Sequence Tags (ESTs) são amostras de trechos de genes, que funcionam como moldes na síntese de proteínas. Como a quantidade de ESTs coletados nos últimos anos é muito grande, o uso de computadores tornou-se imprescindível para a identificação de genes, proteínas e para a descoberta de genes homólogos. Este trabalho propõe uma metodologia e implementa uma ferramenta para a visualização de ESTs através de um grafo para auxiliar biólogos na exploração e na descoberta de conhecimento sobre estas seqüências. A metodologia inclui agrupamento usando um programa montador de seqüências e, conseqüentemente, a transformação dos grupos em nós de um grafo. O algoritmo BLAST é usado para procurar alinhamentos entre seqüências, representando-os posteriormente por arestas entre as seqüências mais similares. Para a visualização do grafo utilizamos e modificamos a ferramenta TG WikiBrowser conectada a um banco de dados. O resultado é uma ferramenta interativa baseada em código livre e robusto que funciona em ambientesWindows e Linux. Ela possibilita a fácil exploração do grafo, com diversas funcionalidades como, por exemplo: a expansão e filtragem do grafo, a busca por rótulos ou trechos de seqüências e a visualização detalhada de seqüências e grupos de seqüências. Com isso, os biólogos e especialistas em bioinformática ganham mais uma alternativa de investigação da genética / Expressed Sequence Tags (ESTs) are samples of gene stretches, which play the role of templates in synthesis of proteins. Since the amount of collected ESTs on the past few years is enormous, the use of computers has become essential to fields like gene and protein identification, and gene homology. This work proposes a methodology and a tool for visualization of ESTs as a graph for aiding biologists on exploration and on knowledge discovery about these sequences. The methodology includes clustering of ESTs using an assembly program and, consequently, the transformation of the groups in nodes of a graph. BLAST algorithm is used to search alignments among sequences, later representing them as edges between the most similar sequences. For the graph visualization, we adapted TGWikiBrowser software connected to a database. The result is a robust and open source interactive tool forWindows and Linux. It allows easy graph exploration, with various functionalities, for example: graph expansion and filtering, searching for label or sequence stretches, and detailed visualization of sequences and groups of sequences. Therefore, we hope biologists can count on one more option in genetics research

The expressed sequenced tags (ESTs) generated by Sugarcane ESTs Project (FAPESP) provided a useful databank for the investigation of DNA sequences related to many different sugarcane agroindustrial features. When compared to DNA sequences from several plant species available at The National Center for Biotechnology Information Databank it was possible to perform a survey on various proteins produced by this plant including those related to water stress resistance. SUCEST generated approximately 43,150 clusters from where 52 best hits were obtained in this survey for putative proteins related to water stress resistance on 2,998 analyzed clusters. In silico protein identification was achieved following a modified protocol developed by SUCEST which used specific bioinformatics tools available at NCBi such as BLAST and FASTA. / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Alagoas / Etiquetas de seqüências expressas geradas pelo Projeto ESTs de cana-de-açúcar (FAPESP) forneceram um banco de dados útil para a investigação das seqüências de DNA relacionadas a muitas características agroindustriais da cana-de-açúcar. Quando comparadas às seqüências de DNA de diversas espécies de plantas disponíveis no banco de dados do Centro Nacional de Informação Biotecnológica (NCBI), foi possível avaliar várias proteínas produzidas por esta planta, incluindo aquelas relacionadas à resistência ao estresse hídrico. O SUCEST gerou aproximadamente 43.150 clusters de onde foram obtidas 52 proteínas putativas relacionadas à resistência ao estresse hídrico em 2.998 clusters analisados. A identificação de proteínas in silico teve como suporte um protocolo modificado desenvolvido pelo SUCEST, que usou ferramentas de bioinformática específicas, disponíveis no NCBI, como por exemplo BLAST e FASTA.

Made available in DSpace on 2014-12-17T14:03:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DiegoDA_DISSERT.pdf: 2395435 bytes, checksum: d36171b7c7d9b30608e690a447e57864 (MD5) Previous issue date: 2011-11-08 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico / In Brazil, accidents with scorpions are considered of medical importance, not only by the high incidence, but also for the potentiality of the venom from some species in determining severe clinical conditions. Tityus stigmurus is a widely distributed scorpion species in Northeastern Brazil and known to cause severe human envenomations, inducing pain, hyposthesia, edema, erythema, paresthesia, headaches and vomiting. The present study uses a transcriptomic approach to characterize the molecular repertoire from the non-stimulated venom gland of Tityus stigmurus scorpion. A cDNA library was constructed and 540 clones were sequenced and grouped into 37 clusters, with more than one EST (expressed sequence tag) and 116 singlets. Forty-one percent of ESTs belong to recognized toxin-coding sequences, with antimicrobial toxins (AMP-like) the most abundant transcripts, followed by alfa KTx- like, beta KTx-like, beta NaTx-like and alfa NaTx-like. Our analysis indicated that 34% include other possible venom molecules , whose transcripts correspond to anionic peptides, hypothetical secreted peptides, metalloproteinases, cystein-rich peptides and lectins. Fifteen percent of ESTs are similar to cellular transcripts. Sequences without good matches corresponded to 11%. This investigation provides the first global view of cDNAs from Tityus stigmurus. This approach enables characterization of a large number of venom gland component molecules, which belong either to known or atypical types of venom peptides and proteins from the Buthidae family / No Brasil, acidentes com escorpi?es s?o considerados de import?ncia m?dicosanit?ria, n?o somente por sua incid?ncia, mas tamb?m pela potencialidade do veneno de algumas esp?cies em determinar quadros cl?nicos graves. Tityus stigmurus ? uma esp?cie de escorpi?o amplamente distribu?da na regi?o Nordeste do Brasil sendo conhecida por causar graves envenenamentos humanos, cujos sintomas incluem: dor, hipoestesia, edema, eritema, parestesia, cefal?ia e v?mitos. A composi??o qu?mica do veneno do escorpi?o T. stigmurus ainda n?o foi bem avaliada, havendo uma car?ncia na literatura de estudos com enfoque na elucida??o do repert?rio molecular dos componentes deste veneno. Neste trabalho, realizamos uma abordagem transcript?mica para caracterizar o repert?rio molecular da gl?ndula de veneno n?o-estimulada do escorpi?o Tityus stigmurus. Para tanto, uma biblioteca de cDNA foi constru?da e, ? partir dela, 540 genes foram clonados e agrupados em 37 clusters com mais de um EST (expressed sequence tag) e 116 singlets (somente um EST). Do total de transcritos, 41% pertencem a sequ?ncias de toxinas conhecidas, sendo os pept?deos antimicrobianos (AMPs) os transcritos mais abundantes, seguido por &#945;-KTX, &#946;- KTX, &#946;-NaTx e &#945;-NaTx, respectivamente. Nossa an?lise revelou ainda que 34% s?o "poss?veis toxinas", cujos transcritos correspondem a pept?deos ani?nicos, pept?deos hipot?ticos secretados, metaloproteases, pept?deos ricos em ciste?na e lectinas. Quinze por cento dos ESTs s?o semelhantes a transcritos celulares. Transcritos sem similaridade com outras sequ?ncias do GenBank, foram chamadas de no hit e correspondem a 11% do total. Este trabalho apresenta a primeira vis?o global de cDNAs das gl?ndulas venenosas do escorpi?o Tityus stigmurus. Esta abordagem permite a caracteriza??o de um grande n?mero de mol?culas componentes da gl?ndula de veneno, que pertencem a tipos conhecidos ou at?picos de pept?deos e prote?nas do veneno da fam?lia Buthidae

Expressed Sequence Tags (ESTs) são amostras de trechos de genes, que funcionam como moldes na síntese de proteínas. Como a quantidade de ESTs coletados nos últimos anos é muito grande, o uso de computadores tornou-se imprescindível para a identificação de genes, proteínas e para a descoberta de genes homólogos. Este trabalho propõe uma metodologia e implementa uma ferramenta para a visualização de ESTs através de um grafo para auxiliar biólogos na exploração e na descoberta de conhecimento sobre estas seqüências. A metodologia inclui agrupamento usando um programa montador de seqüências e, conseqüentemente, a transformação dos grupos em nós de um grafo. O algoritmo BLAST é usado para procurar alinhamentos entre seqüências, representando-os posteriormente por arestas entre as seqüências mais similares. Para a visualização do grafo utilizamos e modificamos a ferramenta TG WikiBrowser conectada a um banco de dados. O resultado é uma ferramenta interativa baseada em código livre e robusto que funciona em ambientesWindows e Linux. Ela possibilita a fácil exploração do grafo, com diversas funcionalidades como, por exemplo: a expansão e filtragem do grafo, a busca por rótulos ou trechos de seqüências e a visualização detalhada de seqüências e grupos de seqüências. Com isso, os biólogos e especialistas em bioinformática ganham mais uma alternativa de investigação da genética / Expressed Sequence Tags (ESTs) are samples of gene stretches, which play the role of templates in synthesis of proteins. Since the amount of collected ESTs on the past few years is enormous, the use of computers has become essential to fields like gene and protein identification, and gene homology. This work proposes a methodology and a tool for visualization of ESTs as a graph for aiding biologists on exploration and on knowledge discovery about these sequences. The methodology includes clustering of ESTs using an assembly program and, consequently, the transformation of the groups in nodes of a graph. BLAST algorithm is used to search alignments among sequences, later representing them as edges between the most similar sequences. For the graph visualization, we adapted TGWikiBrowser software connected to a database. The result is a robust and open source interactive tool forWindows and Linux. It allows easy graph exploration, with various functionalities, for example: graph expansion and filtering, searching for label or sequence stretches, and detailed visualization of sequences and groups of sequences. Therefore, we hope biologists can count on one more option in genetics research