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Alterações genômicas na endometriose

Silveira, Cássia Gisele Terrassani [UNESP] 30 May 2011 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-05-30Bitstream added on 2014-06-13T20:23:15Z : No. of bitstreams: 1 silveira_cgt_dr_botib.pdf: 2492157 bytes, checksum: 96e0023d4fecc0d746ebf4a3705ecbc8 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A endometriose (EDT) é uma doença ginecológica crônica e heterogênea considerada um importante problema de saúde pública. As metodologias de Hibridação Genômica Comparativa de Alta resolução (HR-CGH) e CGH array (aCGH) são ferramentas importantes para a triagem de alterações genômicas em diferentes lesões endometrióides. No presente estudo, as análises de HR-CGH foram realizadas em 20 amostras de EDT fixadas em formalina e em blocos de parafina, de diferentes sítios e tipos histológicos, obtidas de oito pacientes submetidas à laparoscopia (Grupo I). Os componentes estromais e epiteliais foram isolados por microdissecção a laser. As amostras de endométrio tópico de três pacientes apresentaram perfis genômicos normais. Nos tecidos ectópicos, foi observada uma média de 68 regiões alteradas por caso. Análises comparativas entre os componentes estromais e epiteliais demonstraram alta freqüência de alterações genômicas comuns. As perdas foram mais prevalentes e envolveram principalmente os cromossomos 3p, 5q, 7p, 9p, 11q, 16q, 18q e 19q. A comparação entre os perfis de alteração de lesões de diferentes localizações derivadas da mesma paciente revelou a predominância de regiões comuns envolvidas em perdas e ganhos. Baseado nestes resultados foi realizada a análise de expressão protéica de sete marcadores de células-tronco pela metodologia de imunohistoquímica. A maioria das amostras apresentou expressão positiva dos marcadores CD9, CD34, c-Kit e Oct-4 em células isoladas do epitélio glandular e/ou células estromais. A presença de alterações genômicas comuns nos componentes estromal e epitelial de diferentes lesões sugere que a EDT apresenta uma origem monoclonal e a expressão positiva de marcadores de células-tronco sugere fortemente o envolvimento... / Endometriosis (EDT) is a chronic and heterogeneous gynecological disease increasingly recognized as an important women’s health issue. High Resolution Comparative Genomic Hybridization (HR-CGH) and array-CGH (aCGH) methods are potential tools for screening of genomic imbalances in distinct EDT lesions. In this study, HR-CGH was performed on 20 formalin-fixed paraffin-embedded EDT samples from different anatomical sites and histological types obtained from eight patients undergoing laparoscopy (Group 1). Stromal and epithelial components from each sample were laser microdissected. Eutopic endometrium from three patients was also analyzed and presented normal genomic pattern. In ectopic tissues, an average of 68 genomic imbalances was detected per sample. The comparison between stroma and epithelia showed the prevalence of common genomic alterations. DNA losses were more frequently detected and involved mainly 3p, 5q, 7p, 9p, 11q, 16q, 18q and 19q. Interestingly, the comparison among genomic profiles of distinct endometriotic lesions from particular patients also showed a high frequency of common losses and gains. Based on these findings, we also evaluated the expression of seven stemness-related markers by immunohistochemistry. Positive immunostaining for CD9, CD34, c-kit and Oct-4 markers was detected in isolated epithelial and/or stromal cells in majority of analyzed samples. The presence of common genomic alterations in stromal and epithelial cells from different sites and the expression of stemness-related markers suggested that EDT presents a clonal proliferation like in tumors and it may have a stem cell origin. Additionally, we investigated copy number variation (CNV) by high resolution array-CGH (aCGH) in 18 fresh microdissected infiltrating EDT lesions (Group II) using 4x44K oligonucleotide... (Complete abstract click electronic access below)
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Alterações genômicas na endometriose /

Silveira, Cássia Gisele Terrassani. January 2011 (has links)
Orientador: Silvia Regina Rogatto / Banca: Mauricio Simões Abrão / Banca: Georgi Sabio Porto Mundin / Banca: José Ricardo Paciência Rodrigues / Banca: Claudia Aparecida Rainho / Resumo: A endometriose (EDT) é uma doença ginecológica crônica e heterogênea considerada um importante problema de saúde pública. As metodologias de Hibridação Genômica Comparativa de Alta resolução (HR-CGH) e CGH array (aCGH) são ferramentas importantes para a triagem de alterações genômicas em diferentes lesões endometrióides. No presente estudo, as análises de HR-CGH foram realizadas em 20 amostras de EDT fixadas em formalina e em blocos de parafina, de diferentes sítios e tipos histológicos, obtidas de oito pacientes submetidas à laparoscopia (Grupo I). Os componentes estromais e epiteliais foram isolados por microdissecção a laser. As amostras de endométrio tópico de três pacientes apresentaram perfis genômicos normais. Nos tecidos ectópicos, foi observada uma média de 68 regiões alteradas por caso. Análises comparativas entre os componentes estromais e epiteliais demonstraram alta freqüência de alterações genômicas comuns. As perdas foram mais prevalentes e envolveram principalmente os cromossomos 3p, 5q, 7p, 9p, 11q, 16q, 18q e 19q. A comparação entre os perfis de alteração de lesões de diferentes localizações derivadas da mesma paciente revelou a predominância de regiões comuns envolvidas em perdas e ganhos. Baseado nestes resultados foi realizada a análise de expressão protéica de sete marcadores de células-tronco pela metodologia de imunohistoquímica. A maioria das amostras apresentou expressão positiva dos marcadores CD9, CD34, c-Kit e Oct-4 em células isoladas do epitélio glandular e/ou células estromais. A presença de alterações genômicas comuns nos componentes estromal e epitelial de diferentes lesões sugere que a EDT apresenta uma origem monoclonal e a expressão positiva de marcadores de células-tronco sugere fortemente o envolvimento ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Endometriosis (EDT) is a chronic and heterogeneous gynecological disease increasingly recognized as an important women's health issue. High Resolution Comparative Genomic Hybridization (HR-CGH) and array-CGH (aCGH) methods are potential tools for screening of genomic imbalances in distinct EDT lesions. In this study, HR-CGH was performed on 20 formalin-fixed paraffin-embedded EDT samples from different anatomical sites and histological types obtained from eight patients undergoing laparoscopy (Group 1). Stromal and epithelial components from each sample were laser microdissected. Eutopic endometrium from three patients was also analyzed and presented normal genomic pattern. In ectopic tissues, an average of 68 genomic imbalances was detected per sample. The comparison between stroma and epithelia showed the prevalence of common genomic alterations. DNA losses were more frequently detected and involved mainly 3p, 5q, 7p, 9p, 11q, 16q, 18q and 19q. Interestingly, the comparison among genomic profiles of distinct endometriotic lesions from particular patients also showed a high frequency of common losses and gains. Based on these findings, we also evaluated the expression of seven stemness-related markers by immunohistochemistry. Positive immunostaining for CD9, CD34, c-kit and Oct-4 markers was detected in isolated epithelial and/or stromal cells in majority of analyzed samples. The presence of common genomic alterations in stromal and epithelial cells from different sites and the expression of stemness-related markers suggested that EDT presents a clonal proliferation like in tumors and it may have a stem cell origin. Additionally, we investigated copy number variation (CNV) by high resolution array-CGH (aCGH) in 18 fresh microdissected infiltrating EDT lesions (Group II) using 4x44K oligonucleotide... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor
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Identificação de perfis diferenciais de metilação do DNA na endometriose

Zimbardi, Daniela [UNESP] 31 May 2010 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:02Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-05-31Bitstream added on 2014-06-13T19:53:54Z : No. of bitstreams: 1 zimbardi_d_me_botib.pdf: 1403669 bytes, checksum: 19185c803cd5bc8168341c616f75325f (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A endometriose constitui uma doença de etiologia incerta, caracterizada pela presença de tecido endometriótico fora da cavidade uterina. E uma causa comum de morbidade, atingindo 5 a 10% das mulheres em idade reprodutiva. A metilção anormal na região promotora de genes especificos e os niveis de expressão alterados das DNA metiltransferases (DNMTs) compoem 0 conjunto de evidencias recentes indicando a endometriose como uma doença epigenetica. 0 presente estudo propos a investigaçao do perfil diferencial de metilaçao do DNA na endometriose, utilizando uma abordagem genomica de alta resoluçao baseada na metodologia de microarrays. Para isso, foram coletadas amostras pareadas de endometrio eutópico e de endometriose intestinal profunda de 18 pacientes. Foram selecionadas dez amostras pareadas para a hibridação do DNA: cinco casos foram submetidos ao enriquecimento das sequencias não metiladas (digerido com a enzima de restrição dependente de metilação McrBC ) e nove ao enriquecimento das sequencias metiladas (digerido com 0 coquetel de enzimas sensiveis a metilação do DNA Acil, HinP11, HpyCH41Ve Hpall). Os ensaios foram realizados em duplicatas totalizando 28 hibridações independentes na plataforma disponivel comercialmente Human CpG Island ChIP-on-Chip Set 244K (Agilent Technologies). Este protocolo foi previamente padronizada utilizando-se 0 DNA das linhagens derivadas de carcinomas de c610n HCT116 e DKO (celulas HCT116 duplo knockout para as DNMT1 e DNMT3b) usando marcação reversa (dye swap). Os dados foram avaliados nos software Agilent Technologies Genomic Workbench (DNA Analytics 5.0) e GeneSpring 7.3 (Agilent Technologies). Estre os 925 genes que apresentaram metila9ao diferencial, 55 foram recorrentes em dois ou mais casos. Varios destes genes mostram-se interessantes por exercerem funções relacionadas a fatores de transcrição (MSX1, EMX2, HOXB13, HOXD8 e HOXD9)... / Endometriosis is a disease of unknown etiology characterized by the presence of endometrial tissue outside the uterine cavity. It is a common cause of morbidity, affecting 5-10% of women in reproductive ages. The aberrant methylation in the promoter region of specific genes and the higher expression levels of DNA methyltransferases (DNMTs) in comparison with normal endometrium have been reported as evidences indicating that endometriosis is an epigenetic disease. The present study investigated the differential profile of DNA methylation in endometriosis using a high-resolution microarray-based assay. There were collected paired samples of eutopic endometrium and deep intestinal endometriosis from 18 patients and, subsequently, it was selected ten pairs to the DNA hybridization: five matched samples were submitted to the enrichment of unmethylated sequences (digested with the methylation-dependent restriction enzyme McrBG) and ten to the enrichment of methylated sequences (digested with the cocktail of enzymes sensitive to DNA methylation AGII, HinP1/, HpyGH4/V and Hpa/I). The assays were performed in duplicates totalizing 28 independent hybridizations in the commercially available platform Human CpG Island ChIP-on-Chip Set 244K (Agilent Technologies). The protocol was previously standardized using the DNA from the colon carcinomas cell lines HCT116 and DKO (HCT116 cells double-knockout for DNMT1 and DNMT3b) using reverse labeling (dye swap). The data were evaluated using the software Genomic Workbench (DNA Analytics 5.0) and GeneSpring 7.3. Among the 925 genes showing differential methylation, 55 genes were detected in at least two cases. Several of these gene could be considered good candidates to molecular biomarkers of endometriosis since that they act as transcription factors (MSX1, EMX2, HOXB13, HOXDB e HOXD9) , chromatin remodeling (MAD1L 1, WDR5 e BGOR)... (Complete abstract click electronic access below)
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Identificação de perfis diferenciais de metilação do DNA na endometriose /

Zimbardi, Daniela. January 2010 (has links)
Orientador: Cláudia Aparecida Rainho / Banca: Maria Claudia Moura Campos / Banca: Ester Silveira Ramos / Resumo: A endometriose constitui uma doença de etiologia incerta, caracterizada pela presença de tecido endometriótico fora da cavidade uterina. E uma causa comum de morbidade, atingindo 5 a 10% das mulheres em idade reprodutiva. A metilção anormal na região promotora de genes especificos e os niveis de expressão alterados das DNA metiltransferases (DNMTs) compoem 0 conjunto de evidencias recentes indicando a endometriose como uma doença epigenetica. 0 presente estudo propos a investigaçao do perfil diferencial de metilaçao do DNA na endometriose, utilizando uma abordagem genomica de alta resoluçao baseada na metodologia de microarrays. Para isso, foram coletadas amostras pareadas de endometrio eutópico e de endometriose intestinal profunda de 18 pacientes. Foram selecionadas dez amostras pareadas para a hibridação do DNA: cinco casos foram submetidos ao enriquecimento das sequencias não metiladas (digerido com a enzima de restrição dependente de metilação McrBC ) e nove ao enriquecimento das sequencias metiladas (digerido com 0 coquetel de enzimas sensiveis a metilação do DNA Acil, HinP11, HpyCH41Ve Hpall). Os ensaios foram realizados em duplicatas totalizando 28 hibridações independentes na plataforma disponivel comercialmente Human CpG Island ChIP-on-Chip Set 244K (Agilent Technologies). Este protocolo foi previamente padronizada utilizando-se 0 DNA das linhagens derivadas de carcinomas de c610n HCT116 e DKO (celulas HCT116 duplo knockout para as DNMT1 e DNMT3b) usando marcação reversa (dye swap). Os dados foram avaliados nos software Agilent Technologies Genomic Workbench (DNA Analytics 5.0) e GeneSpring 7.3 (Agilent Technologies). Estre os 925 genes que apresentaram metila9ao diferencial, 55 foram recorrentes em dois ou mais casos. Varios destes genes mostram-se interessantes por exercerem funções relacionadas a fatores de transcrição (MSX1, EMX2, HOXB13, HOXD8 e HOXD9)... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Endometriosis is a disease of unknown etiology characterized by the presence of endometrial tissue outside the uterine cavity. It is a common cause of morbidity, affecting 5-10% of women in reproductive ages. The aberrant methylation in the promoter region of specific genes and the higher expression levels of DNA methyltransferases (DNMTs) in comparison with normal endometrium have been reported as evidences indicating that endometriosis is an epigenetic disease. The present study investigated the differential profile of DNA methylation in endometriosis using a high-resolution microarray-based assay. There were collected paired samples of eutopic endometrium and deep intestinal endometriosis from 18 patients and, subsequently, it was selected ten pairs to the DNA hybridization: five matched samples were submitted to the enrichment of unmethylated sequences (digested with the methylation-dependent restriction enzyme McrBG) and ten to the enrichment of methylated sequences (digested with the cocktail of enzymes sensitive to DNA methylation AGII, HinP1/, HpyGH4/V and Hpa/I). The assays were performed in duplicates totalizing 28 independent hybridizations in the commercially available platform Human CpG Island ChIP-on-Chip Set 244K (Agilent Technologies). The protocol was previously standardized using the DNA from the colon carcinomas cell lines HCT116 and DKO (HCT116 cells double-knockout for DNMT1 and DNMT3b) using reverse labeling (dye swap). The data were evaluated using the software Genomic Workbench (DNA Analytics 5.0) and GeneSpring 7.3. Among the 925 genes showing differential methylation, 55 genes were detected in at least two cases. Several of these gene could be considered good candidates to molecular biomarkers of endometriosis since that they act as transcription factors (MSX1, EMX2, HOXB13, HOXDB e HOXD9) , chromatin remodeling (MAD1L 1, WDR5 e BGOR)... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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Criotolerância de embriões Bos Taurus Indicus e Bos Taurus Taurus produzidos in vitro e in vivo

Sudano, Mateus Jose [UNESP] 11 March 2013 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:10Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-03-11Bitstream added on 2014-06-13T19:45:09Z : No. of bitstreams: 1 sudano_mj_dr_botfmvz.pdf: 2445410 bytes, checksum: b31fdea0d1a6b4b576d49b7e856ede8a (MD5) / Objetivo deste experimento foi estudar os mecanismos envolvidos na sobrevivência à criopreservação de embriões Bos taurus indicus (Nelore) e Bos taurus taurus (Simental) produzidos in vitro (PIV) e in vivo (TE). Em um arranjo fatorial 2 x 2, duas subespécies (Bos taurus indicus vs Bos taurus taurus) e duas origens (PIV vs TE) foram utilizadas para testar a hipótese de que a capacidade de sobrevivência após a criopreservação é um evento multifatorial, e que a composição lipídica e o padrão de expressão gênica global afetam a criotolerância embrionária. Vacas Nelore (N=14) e Simental (N=14) foram submetidas a OPU e os oócitos recuperados (N=840 e 450, respectivamente) foram submetidos a MIV, FIV e CIV. Além disso, vacas Nelore (N=7) e Simental (N=8) foram submetidas a superestimulação ovariana, IATF e lavagem uterina. Os embriões PIV (N=349 e N=105) e TE (N=80 e N=74), respectivamente Nelore e Simental, foram submetidos as técnicas de vitrificação (N=70-94), coloração de Sudan Black (n=30), espectrometria de massas por ionização e dessorção a laser assistida por matriz (MALDI-MS; N=8 por grupo), microarray genômico (Nelore PIV N=4, Nelore TE N=4, Simental PIV N=3, Simental TE N=3) e validação no qPCR (N=8 por grupo). Modelos univariados (PROC LOGISTIC e PROC GLIMMIX- SAS 9.2) e multivariados (análise dos componentes principais-PCA- Piruete v.3.11 e MetaboAnalyst) foram utilizados na análise estatística. A análise do Microarray genômico procedeu-se no FlexArray 1.6.1.1. Genes com “fold change” de 1,5 e P≤0,05 foram considerados diferentemente expressos. Embriões Simental apresentaram maior sobrevivência após a vitrificação que os Nelore (34,6 vs 20,2%; P<0,05). Apesar disso, os embriões Simental apresentaram maior conteúdo lipídico do que os Nelore (3,4±0,3 vs 2,4±0,3 intensidade de cinza x 10-4 / μm3 ; P<0,05)... / The objective was to study mechanisms involved in the post-cryopreservation survival of Bos taurus indicus (Nellore) and Bos taurus taurus (Simmental) in vitro (IVP) and in vivo (ET) produced embryos. In a 2x2 factorial experimental design, two subspecies (Bos taurus indicus vs Bos taurus taurus) and two origins (PIV vs ET) were used to test the hypotheses that the postcryopreservation embryo survival capacity is a multifactorial event and that the lipid composition and the global gene expression pattern affect embryo cryotolerance. Nellore and Simmental cows (N=14) were submitted to OPU sessions and recovered oocytes (840 and 450, respectively) underwent IVM, IVF and IVC. Moreover, Nellore (N=7) and Simmental (N=8) cows were submitted to ovary superstimulation, FTAI, and uterine flushing. The IVP (N=349 and N=105) and ET (N=80 and N=74) embryos, Nellore and Simmental respectively, were used in the vitrification (N=70-94), Sudan Black B stain (N=30), matrix-assisted laser desorption ionization mass spectrometry (MALDIMS) (N=8 per group), genomic microarray (Nellore IVP N=4, Nellore ET N=4, Simmental IVP N=3, Simmental ET N=3) and qPCR (N=8 per group) techniques. Univariate (PROC LOGISTIC and PROC GLIMMIX, SAS 9.2) and multivariate (PCA - Piruete v.3.11 and MetaboAnalyst) models were used for the statistical analysis. Microarray data analysis was performed in FlexArray 1.6.1.1 software. Genes with a fold change of at least 1.5 and a probability of P<0.05 were considered differentially expressed. Simmental embryos had higher post-vitrification survival (34.6 vs 20.2%; P<0.05) compared with Nellore. Nevertheless, Simmental embryos had higher lipid content than Nellore (3.4±0.3 vs 2.4±0.3 gray intensity x 10-4 / μm3; P<0.05). When compared ET with PIV embryos, it was observed that the former had higher post-vitrification... (Complete abstract click electronic access below)
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Criotolerância de embriões Bos Taurus Indicus e Bos Taurus Taurus produzidos in vitro e in vivo /

Sudano, Mateus Jose. January 2013 (has links)
Orientador: Fernanda da Cruz Landim / Coorientador: José Buratini Junior / Banca: Sony Dimas Bicudo / Banca: João Carlos Pinheiro Ferreira / Banca: José Antonio Visentini / Banca: Mario Binelli / Resumo: Objetivo deste experimento foi estudar os mecanismos envolvidos na sobrevivência à criopreservação de embriões Bos taurus indicus (Nelore) e Bos taurus taurus (Simental) produzidos in vitro (PIV) e in vivo (TE). Em um arranjo fatorial 2 x 2, duas subespécies (Bos taurus indicus vs Bos taurus taurus) e duas origens (PIV vs TE) foram utilizadas para testar a hipótese de que a capacidade de sobrevivência após a criopreservação é um evento multifatorial, e que a composição lipídica e o padrão de expressão gênica global afetam a criotolerância embrionária. Vacas Nelore (N=14) e Simental (N=14) foram submetidas a OPU e os oócitos recuperados (N=840 e 450, respectivamente) foram submetidos a MIV, FIV e CIV. Além disso, vacas Nelore (N=7) e Simental (N=8) foram submetidas a superestimulação ovariana, IATF e lavagem uterina. Os embriões PIV (N=349 e N=105) e TE (N=80 e N=74), respectivamente Nelore e Simental, foram submetidos as técnicas de vitrificação (N=70-94), coloração de Sudan Black (n=30), espectrometria de massas por ionização e dessorção a laser assistida por matriz (MALDI-MS; N=8 por grupo), microarray genômico (Nelore PIV N=4, Nelore TE N=4, Simental PIV N=3, Simental TE N=3) e validação no qPCR (N=8 por grupo). Modelos univariados (PROC LOGISTIC e PROC GLIMMIX- SAS 9.2) e multivariados (análise dos componentes principais-PCA- Piruete v.3.11 e MetaboAnalyst) foram utilizados na análise estatística. A análise do Microarray genômico procedeu-se no FlexArray 1.6.1.1. Genes com "fold change" de 1,5 e P≤0,05 foram considerados diferentemente expressos. Embriões Simental apresentaram maior sobrevivência após a vitrificação que os Nelore (34,6 vs 20,2%; P<0,05). Apesar disso, os embriões Simental apresentaram maior conteúdo lipídico do que os Nelore (3,4±0,3 vs 2,4±0,3 intensidade de cinza x 10-4 / μm3 ; P<0,05)... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The objective was to study mechanisms involved in the post-cryopreservation survival of Bos taurus indicus (Nellore) and Bos taurus taurus (Simmental) in vitro (IVP) and in vivo (ET) produced embryos. In a 2x2 factorial experimental design, two subspecies (Bos taurus indicus vs Bos taurus taurus) and two origins (PIV vs ET) were used to test the hypotheses that the postcryopreservation embryo survival capacity is a multifactorial event and that the lipid composition and the global gene expression pattern affect embryo cryotolerance. Nellore and Simmental cows (N=14) were submitted to OPU sessions and recovered oocytes (840 and 450, respectively) underwent IVM, IVF and IVC. Moreover, Nellore (N=7) and Simmental (N=8) cows were submitted to ovary superstimulation, FTAI, and uterine flushing. The IVP (N=349 and N=105) and ET (N=80 and N=74) embryos, Nellore and Simmental respectively, were used in the vitrification (N=70-94), Sudan Black B stain (N=30), matrix-assisted laser desorption ionization mass spectrometry (MALDIMS) (N=8 per group), genomic microarray (Nellore IVP N=4, Nellore ET N=4, Simmental IVP N=3, Simmental ET N=3) and qPCR (N=8 per group) techniques. Univariate (PROC LOGISTIC and PROC GLIMMIX, SAS 9.2) and multivariate (PCA - Piruete v.3.11 and MetaboAnalyst) models were used for the statistical analysis. Microarray data analysis was performed in FlexArray 1.6.1.1 software. Genes with a fold change of at least 1.5 and a probability of P<0.05 were considered differentially expressed. Simmental embryos had higher post-vitrification survival (34.6 vs 20.2%; P<0.05) compared with Nellore. Nevertheless, Simmental embryos had higher lipid content than Nellore (3.4±0.3 vs 2.4±0.3 gray intensity x 10-4 / μm3; P<0.05). When compared ET with PIV embryos, it was observed that the former had higher post-vitrification... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor
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Analise da expressão genica em diferentes especies de eucalipto utilizando a tecnologia de microarranjos de cDNA / Microarray cDNA gene expression analyses of different eucalyptus species

Lepikson-Neto, Jorge, 1980- 12 August 2018 (has links)
Orientador: Gonçalo Amarante Guimães Pereira / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-12T09:23:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lepikson-Neto_Jorge_M.pdf: 1765356 bytes, checksum: c73289c953d58c6b221c2e0927805499 (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: Com o intuito de obter informações relevantes para o melhoramento genético do eucalipto para a produção de biomassa, o presente trabalho buscou comparar a expressão dos genes relacionados com a formação e desenvolvimento da madeira em quatro diferentes espécies de eucalipto, tendo como objetivo identificar os padrões que as tornam mais aptas, bem como quais genes relacionados com determinadas características. Essa análise abre a possibilidade da identificação de genes chave que possam ser manipulados, através do melhoramento clássico ou da transgênia, para aumentar o conteúdo relativo de celulose das plantas, incrementando a sua eficiência para processos econômicos. 384 ESTs do banco de dados do Consórcio Genolyptus foram selecionadas para serem analisadas através da tecnologia de microarranjos de cDNA. Foram selecionadas ESTs de genes com funções conhecidas relacionadas com a formação da madeira, bem como de genes relacionados com o desenvolvimento do vegetal e de genes com função ainda desconhecida. Os dados obtidos foram cruzados com a biblioteca de ESTs do Consorcio Genolyptus (Northern Eletrônico), e foram feitos PCR em tempo real para os principais genes diferenciais nos microarranjos e para os genes da via de lignina e flavonóides. Os resultados mostraram que diferentes genes estão expressos nas espécies estudadas sendo um grande número deles ainda com função desconhecida no metabolismo do eucalipto. A maioria dos genes relacionados com a formação da parede celular não apresentou perfil de expressão diferencial nos microarranjos, sugerindo que as diferenças fenotípicas entre as madeiras das espécies estudadas podem estar sustentadas em vias alternativas, com fatores de elongação, cliclínas e outros genes desempenhando papel importante, bem como genes ainda não relacionados com o desenvolvimento da parede celular e ou ao desenvolvimento do vegetal. Os experimentos com PCR em tempo real mostraram que genes da via de flavonóides relacionados com a via de lignina e formação da madeira podem estar desempenhando papeis importantes no controle da formação da madeira da espécie. Esses resultados representam avanços significativos no entedimento da formação da madeira em eucalipto e servem como base para orientar futuras investigações no intuito de melhorar geneticamente esta espécie. / Abstract: In this work we intended to assemble relevant information for the genetic engineering of Eucalyptus for biomass production by comparing gene expression of genes related with the xylem and wood development of four different Eucalyptus species with distinct caractheristics, as a form to identify patterns and wich genes are possibly related to their differences. This analysis opens the possibilities to manipulate the specie and increase the overall celluloses content and its purpose for industrial production. 384 ESTs were selected from de Genolyptus database and analysed by microarryay cDNA experiments. Among the ESTs selected some were related to wood formation, cell wall assembly and some still had no general function known on the specie. The data from the microarray experiments were then crossed with the Genolyptus ESTs lybrary (Eletronic Northern) and Real-Time PCR were performed for the most relevant resultas as well as the genes from de lignin and flavonoid pathway. Results show that different genes are expressed among the xylem of the four species studied and most of them still have no related function to the metabolism of the plant. Most of the genes related to cell wall formation were not differentially expressed on the microarrays suggesting that the differences on the quality and structure of the wood among the four species might as well be resulted from the expression of alternative pathways and genes such as elongation factors, ciclins and others not yet related to the cell wall formation and wood development. Real-Time PCR experiments shown that genes from the flavonoid pathway related to lignin and wood formation might be playing a crucial role determining wicht pathway must be followed and therefore the type and quality of the wood on Eucalyptus. These results represent significant advances to our understanding on the formation of wood on Eucalyptus and will be valuable as a basis for future investigation aiming genetic engeneering of the specie. / Mestrado / Bioquimica / Mestre em Biologia Funcional e Molecular
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Análise integrada entre dados de expressão global de transcritos codificadores e de miRNAs em carcinomas de células escamosas de laringe

Lapa, Rainer Marco Lopez [UNESP] 29 January 2015 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2016-02-05T18:29:39Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-01-29. Added 1 bitstream(s) on 2016-02-05T18:33:41Z : No. of bitstreams: 1 000854236.pdf: 3500858 bytes, checksum: 0816f15b9343c3e3ecc9d4ad9291ee5e (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O carcinoma de células escamosas de laringe (CCEL) é um dos mais comuns que acometem a região da cabeça e pescoço, representando aproximadamente 25% dos tumores malignos desta localização anatômica. Os fatores de risco associados ao desenvolvimento deste tumor são o consumo de tabaco e álcool, história familiar e a infecção pelo vírus do papiloma humano (HPV) em uma parcela dos casos. A ocorrência de segundos tumores primários e metástases é frequentemente relatada nos CCEL. Entretanto, até o momento, não há marcadores moleculares úteis na prática clínica que sejam capazes de predizer a progressão e a evolução clínica da doença. Neste contexto, as plataformas de microarranjos de oligonucleotídeos (microarrays), têm possibilitado uma análise mais ampla na busca por marcadores de detecção precoce, progressão, resposta e risco de recorrência e metástase. Foram incluídos neste estudo 88amostras de CCEL de pacientes não tratados. O grupo teste foi composto por 35 CCEL avaliados previamente para expressão gênica global (8x60K, Agilent Technologies) e 33 para a expressão de miRNAs (plataforma Array 8x60K, Agilent Technologies). O grupo de validação foi formado por 33amostras fixadas em formalina e em blocos de parafina (FFPE) e 19 amostras de tumor a fresco. O grupo teste foi avaliado para genotipagem para o HPV (LINEAR ARRAY HPV Genotyping Test, Roche), resultando em dois casos positivos para HPV16. A análise de expressão de transcritos revelou 1.680 genes diferencialmente expressos comparados aos tecidos normais de laringe (necrópsias). A análise de expressão global de miRNAs revelou 89 miRNAs diferencialmente expressos na comparação entre tecido normal e tumoral. A integração entre os dados de transcritos codificadores e de miRNAs (correlação negativa r<0) revelou alterações recorrentes em um subgrupo de genes associados com a degradação de componentes da matriz extracelular... / Laryngeal squamous cell carcinoma (LSCC) is one of the most common head and neck malignancies representing approximately 25% of the tumors located in this region. Risk factors associated to development of LSCCs include alcohol and tobacco consumption, family history of cancer and human papilloma virus (HPV) infection. Second primary tumors and metastasis are frequently observed in patients with LSCC. To date, no useful molecular markers have been described that can successfully predict disease progression and clinical outcome. In this context, large scale molecular studies enable a global analysis of tumor molecular alterations aiming to reveal biomarkers for early diagnosis, prognosis and response to therapy. LSCC samples were obtained from 88 untreated patients. Global gene (Array plataform 8x60K, Agilent Technologies) and miRNA expression (Array platform 8x60K, Agilent Technologies) profiles were evaluated in 35 and 33 samples, respectively (Test group, N=36). An independent group of samples (N=33, validation group) was included, being 33 formalin fixed and paraffin embedded tissue samples and 19 fresh frozen tissues. HPV genotyping using LINEAR ARRAY HPV Genotyping Test (Roche) was performed in tumor samples from test group. Only two cases were HPV16-positive. The expression analysis revealed 1,680 differentially expressed genes in tumors compared to normal tissue (pool of normal laryngeal samples from necropsies). The miRNA analysis revealed 89 miRNAs differentially expressed. Integrative transcriptome and miRNAs analysis data (negative correlation r<0) revealed a subset of altered genes associated with the degradation of extracellular matrix components (MMP3, MMP9, MMP10, MMP13, COL10A1 and COL3A1) and neoplastic processes (CAV1, ERBB4, HLF,HMGA2, HOXB6, KLF2, PDCD4, PPP1R3 and TOP2), as well as their putative miRNA regulators (hsa-miR-199b-5p, hsa-miR-218-5p, hsa-miR-29c-3p, hsa-miR-21-5p, hsa-miR-204-5p, hsa-miR-125b-5p, hsa-miR- ...
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Análise integrada entre dados de expressão global de transcritos codificadores e de miRNAs em carcinomas de células escamosas de laringe /

Lapa, Rainer Marco Lopez. January 2015 (has links)
Orientador: Silvia Regina Rogatto / Resumo: O carcinoma de células escamosas de laringe (CCEL) é um dos mais comuns que acometem a região da cabeça e pescoço, representando aproximadamente 25% dos tumores malignos desta localização anatômica. Os fatores de risco associados ao desenvolvimento deste tumor são o consumo de tabaco e álcool, história familiar e a infecção pelo vírus do papiloma humano (HPV) em uma parcela dos casos. A ocorrência de segundos tumores primários e metástases é frequentemente relatada nos CCEL. Entretanto, até o momento, não há marcadores moleculares úteis na prática clínica que sejam capazes de predizer a progressão e a evolução clínica da doença. Neste contexto, as plataformas de microarranjos de oligonucleotídeos (microarrays), têm possibilitado uma análise mais ampla na busca por marcadores de detecção precoce, progressão, resposta e risco de recorrência e metástase. Foram incluídos neste estudo 88amostras de CCEL de pacientes não tratados. O grupo teste foi composto por 35 CCEL avaliados previamente para expressão gênica global (8x60K, Agilent Technologies) e 33 para a expressão de miRNAs (plataforma Array 8x60K, Agilent Technologies). O grupo de validação foi formado por 33amostras fixadas em formalina e em blocos de parafina (FFPE) e 19 amostras de tumor a fresco. O grupo teste foi avaliado para genotipagem para o HPV (LINEAR ARRAY HPV Genotyping Test, Roche), resultando em dois casos positivos para HPV16. A análise de expressão de transcritos revelou 1.680 genes diferencialmente expressos comparados aos tecidos normais de laringe (necrópsias). A análise de expressão global de miRNAs revelou 89 miRNAs diferencialmente expressos na comparação entre tecido normal e tumoral. A integração entre os dados de transcritos codificadores e de miRNAs (correlação negativa r<0) revelou alterações recorrentes em um subgrupo de genes associados com a degradação de componentes da matriz extracelular... / Abstract: Laryngeal squamous cell carcinoma (LSCC) is one of the most common head and neck malignancies representing approximately 25% of the tumors located in this region. Risk factors associated to development of LSCCs include alcohol and tobacco consumption, family history of cancer and human papilloma virus (HPV) infection. Second primary tumors and metastasis are frequently observed in patients with LSCC. To date, no useful molecular markers have been described that can successfully predict disease progression and clinical outcome. In this context, large scale molecular studies enable a global analysis of tumor molecular alterations aiming to reveal biomarkers for early diagnosis, prognosis and response to therapy. LSCC samples were obtained from 88 untreated patients. Global gene (Array plataform 8x60K, Agilent Technologies) and miRNA expression (Array platform 8x60K, Agilent Technologies) profiles were evaluated in 35 and 33 samples, respectively (Test group, N=36). An independent group of samples (N=33, validation group) was included, being 33 formalin fixed and paraffin embedded tissue samples and 19 fresh frozen tissues. HPV genotyping using LINEAR ARRAY HPV Genotyping Test (Roche) was performed in tumor samples from test group. Only two cases were HPV16-positive. The expression analysis revealed 1,680 differentially expressed genes in tumors compared to normal tissue (pool of normal laryngeal samples from necropsies). The miRNA analysis revealed 89 miRNAs differentially expressed. Integrative transcriptome and miRNAs analysis data (negative correlation r<0) revealed a subset of altered genes associated with the degradation of extracellular matrix components (MMP3, MMP9, MMP10, MMP13, COL10A1 and COL3A1) and neoplastic processes (CAV1, ERBB4, HLF,HMGA2, HOXB6, KLF2, PDCD4, PPP1R3 and TOP2), as well as their putative miRNA regulators (hsa-miR-199b-5p, hsa-miR-218-5p, hsa-miR-29c-3p, hsa-miR-21-5p, hsa-miR-204-5p, hsa-miR-125b-5p, hsa-miR- ... / Mestre
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Comparação do padrão de expressão gênica de plantas de cana-de-açúcar tolerantes e sensíveis à deficiência hídrica

Rodrigues, Fabiana Aparecida [UNESP] 18 July 2008 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-07-18Bitstream added on 2014-06-13T20:43:08Z : No. of bitstreams: 1 rodrigues_fa_dr_jabo.pdf: 1200881 bytes, checksum: de16e9283bd6c69ea47cb6957b6c81fb (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A seca é o principal estresse abiótico que afeta a produtividade das plantas. Para detectar os genes expressos sob condições de deficiência hídrica foi desenvolvido um estudo de expressão gênica usando plantas de cana-de-açúcar tolerantes (cv. SP83-5073) e sensíveis (cv. SP90-1638) à seca. A metodologia de macroarranjos de DNA foi empregada para monitorar a expressão gênica de 3.575 clones de folhas de cana-de-açúcar e os resultados foram confirmados por PCR quantitativo. Na cultivar tolerante 165 genes foram identificados em resposta ao déficit hídrico severo, em contraste à cultivar sensível, na qual um maior número de genes (n = 432) foi diferencialmente expresso ao longo do tratamento de deficiência hídrica. A cultivar tolerante ativou um menor número de genes em função do déficit hídrico aplicado. No entanto, 94% destes genes foram induzidos, enquanto na cultivar sensível 45% dos genes diferencialmente expressos foram reprimidos sob condições de deficiência hídrica. Comparando os perfis de expressão identificados em cada planta verifica-se que aproximadamente 55% dos genes expressos na cultivar tolerante também foram comuns à cultivar sensível, a maioria exibindo um perfil de expressão muito similar entre os genes induzidos. A classificação funcional dos genes foi realizada com base no papel exercido pela proteína no metabolismo celular, e mostrou que importantes vias metabólicas relacionadas ao déficit hídrico foram reprimidas na resposta das plantas sensíveis à seca. Além disso, 50% dos transcritos identificados em cada cultivar representam novos genes, os quais não estão descritos nos bancos de dados ou cuja função ainda não foi caracterizada / Drought is a major abiotic stress that affects the plant productivity. To detect expressed genes under drought conditions, a gene expression study using tolerant (SP83-5073) and sensitive (SP90-1638) sugarcane plants was performed. Macroarray methodology was used to monitor the gene expression profile of the 3,575 cDNA clones from sugarcane leaves and the results were confirmed by real time PCR analysis. For the tolerant cultivar 165 genes were identified in response to severe water stress, contrasting with sensitive cultivar, in which a higher number of genes (n = 432) were responsive to the stress-treatment. Tolerant cultivar expressed a few genes in stress conditions. However 94% of them were induced, while for sensitive cultivar 45% of the differentially expressed genes were down-regulated under water stress conditions. Comparing the gene expression profiles identified in each cultivar, it is possible to verify that 55% of the expressed genes in tolerant cultivar were also observed in sensitive cultivar, the majority showing a very similar gene expression pattern. Functional gene classification was performed according to roles in cellular metabolism, and showed that important drought-pathways were repressed in sensitive plants response. Besides, 50% of the identified transcripts in each cultivar represent novel genes, which were not described in databases or whose functions were not characterized yet

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