The Gas Electron Multiplier (GEM) upgrade project aims at improving the performance of the muon spectrometer of the Compact Muon Solenoid (CMS) experiment which will suffer from the increase in luminosity of the Large Hadron Collider (LHC). After a long technical stop in 2019-2020, the LHC will restart and run at a luminosity of 2 10^34 cm^-2 s^-1, twice its nominal value. This will in turn increase the rate of particles to which detectors in CMS will be exposed and affect their performance. The muon spectrometer in particular will suffer from a degraded detection efficiency due to the lack of redundancy in its most forward region. To solve this issue, the GEM collaboration proposes to instrument the first muon station with Triple-GEM detectors, a technology which has proven to be resistant to high fluxes of particles. Within the GEM collaboration, the Data Acquisition (DAQ) subgroup is in charge of the development of the electronics and software of the DAQ system of the detectors.This thesis presents the work of the author as lead developer of the firmware for the front-end and back-end electronics. These developments have been performed from the ground up and designed to transfer data from the analog front-end to the off-detector electronics while offering extensive control and monitoring capabilities. The developed DAQ chain has been tested extensively during two test beam campaigns which provided results on both the stability of the system and the efficiency of the detectors. The results of these campaigns are described in the present thesis. Further characterization of the electronics is also described along with the procedures and tools built to qualify the components for their installation in CMS. Finally, the results of the irradiation tests performed on the on-detector electronics are presented. These allowed us to understand the effects of radiation on the electronic boards used for the GEM upgrade project and the impact that it has on the design of the firmware for CMS.Additionally, the work of the author on a new architecture for DAQ systems is described. The latter uses modified network topologies and novel web technologies to increase the available bandwidth on the network and yield an event-driven system. / Cette thèse de doctorat s'inscrit dans le projet de mise à niveau du spectromètre à muons du Compact Muon Solénoid (CMS) auprès du Large Hadron Collider (LHC). Après un arrêt pour maintenance prévu en 2019-2020, le LHC reprendra son programme de recherche à une luminosité de 2 $ imes$ 10^34 cm^-2 s^-1, soit deux fois sa valeur nominale. Ceci aura pour conséquence d'accroître le taux de particules auquel seront soumis les détecteurs de CMS et d'entraver l'efficacité de détection de ces derniers. Le spectromètre à muons de CMS sera tout particulièrement touché à cause du manque de redondance dans sa partie avant. Afin de palier à ce problème, il est proposé d'installer des détecteurs Gas Electron Multipliers (GEM) dans la première station à muons. La technologie GEM répond aux besoins de CMS en offrant une excellente efficacité de détection à de hauts flux de particules. Au sein de la collaboration GEM, le sous-groupe en charge du système d'acquisition de données (DAQ) doit développer l'électronique et les logiciels de gestion de la chaîne de lecture des détecteurs.Nous présentons ici le travail de l'auteur réalisé en tant que principal développeur du firmware pour l'électronique du système DAQ. Ces développements visent à créer une architecture qui achemine les données depuis l'électronique de lecture du détecteur jusqu'aux systèmes situés dans la zone de comptage, tout en offrant la possibilité de contrôler et surveiller l'ensemble des composants du DAQ. Le système mis en place a été largement testé durant deux campagnes de tests en faisceaux qui ont fourni des informations concernant la stabilité du DAQ ainsi que des mesures de l'efficacité des détecteurs. Nous décrivons également l'ensemble des travaux réalisés afin de caractériser les composants électroniques avant leur installation dans CMS ainsi que les résultats des tests d'irradiation effectués sur l'électronique du détecteur. Ces derniers permettent de mieux comprendre les conséquences des radiations sur le système et de développer des méthodes de mitigation.De plus, le travail de l'auteur sur la création d'une nouvelle architecture de système DAQ est décrit. Cette dernière combine les avancées récentes en terme de technologies web à une topologie de réseaux non-classique afin d'accroître la bande passante disponible et de créer un système réactif. / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished

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In 2004, August Wilson completed Gem of the Ocean, the first play in his Pittsburgh Cycle. Seven years later, the University of Central Florida’s production of Gem of the Ocean went against what most consider traditional staging. With a Russian born director and a mostly white production team, playing to a predominately white audience, what are the challenges of accurately transforming the text to the stage, while still providing a truthful telling of a story? The following is a case study based on the idea of “active dramaturgy” or, more specifically, cultivating an atmosphere within the production that relies on critical thinking and original analytical thought to create an environment where creativity drives the work of the production. This approach is discussed by dramaturg Lenora Inez Brown in her book The Art of Active Dramaturgy. As the first play within the Pittsburgh Cycle, Gem of the Ocean represents the life of African Americans during the first decade of the twentieth century; nine more plays, respectively, represent each of the following decades. Wilson’s work closely followed the prescription adapted by African American W.E.B. Du Bois who called for theatre “by us, for us, near us, and about us” (Herrington 132). The fact that I am a white American troubles the state of the accepted norms for a Wilson theatre production. My ability to perform as a dramaturg is based on my capacity to inform and educate through whatever means necessary, not the color of my skin. Brown posits that an active dramaturg is one that “seeks ways to articulate heady ideas into active language--that is, language that a performer can easily use to shape an acting choice or a designer, a design choice” iii (xii). None of this is based on skin color, race, or religion; therefore, it was my objective as the dramaturg to stress the importance of the shared story within the play that could relate to anyone of any background. Throughout the course of this production, my major challenge as a dramaturg was to maintain the accuracy of African American representation, while working with the nontraditional, multiracial production team, on the race specific work of August Wilson. In this thesis, I explore the application of active dramaturgy on the production process

Several truncated models for market weights are discussed. To summarize, the new truncated ordered stick breaking model introduced give restrictions on the ranks of the markets weights and show better fitting results for real data sets. / Thesis / Master of Science (MSc)

The electrostatic properties of a molecule are often essential in determining its behavior; as such, the ability to approximate these electrostatic potentials computationally is often essential to obtaining a full understanding of how these molecules function. An approximate, analytical solution to the (linearized) Poisson-Boltzmann equation is proposed that is suitable for realistic biomolecules of virtually any size. A comparison with accepted numerical approaches on a large test set of biomolecular structures shows that the proposed method is considerably less expensive computationally, yet accurate enough to be considered as a possible alternative. The utility of the approach is demonstrated by computing and analyzing the electrostatic potential generated by full capsid of the tobacco ringspot virus (half a million atoms) at atomic resolution. The details of the potential distribution on the molecular surface sheds light on the mechanism behind the high selectivity of the capsid to the viral RNA. These results are generated with the modest computational power of a desktop PC. The applicability of the analytical approximation as an initial guess for traditional numerical methods as a means of improving the convergence of iterative solutions is investigated and found to be quite promising. / Master of Science

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

[pt] A existência de vários ambientes procedurais definidos para middlewares de Sistemas de TV Digital terrestre levou à criação de um framework conhecido como Globally Executable MHP (GEM). Esse padrão visa a harmonização de tais ambientes permitindo a execução global das aplicações. Nesse contexto, este trabalho descreve a construção de um ambiente de apresentação declarativo utilizando a API fornecida pelo GEM de forma a permitir a execução global do conteúdo declarativo produzido para o Sistema Brasileiro de TV Digital. / [en] The several procedural environment proposals for terrestrial Digital TV Systems led to the middleware framework recommendation known as Globally Executable MHP (GEM). This standard aims at the harmonization of such environments allowing the global execution of procedural applications but neglecting the declarative ones. In this context, this work describes the integration of the Ginga declarative environment using the API supplied by GEM and allowing the global execution of declarative contents produced for the Brazilian System of Digital TV (Sistema Brasileiro de TV Digital).

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

La tomate (Solanum lycopersicum) est l’espèce modèle pour l’étude du développement des fruits charnus. Il a notamment été montré que la signalisation hormonale était un élément central d’un réseau complexe de régulations gouvernant ce processus. Le but de ce travail de thèse était de réaliser la validation fonctionnelle de nouveaux gènes candidats potentiellement impliqués dans la régulation du développement du fruit. Pour cela, le travail s’est découpé autour de trois axes : 1) la validation de l’utilisation de quatre promoteurs de tomate et d’un promoteur d’Arabidopsis thaliana dans des constructions permettant la surexpression ou le silencing de gènes dans le fruit de tomate, à des phases particulières de son développement ou dans des tissus spécifiques du fruit, 2) l’analyse fonctionnelle de gènes codant pour des protéines à F-Box chez la tomate et 3) l’analyse fonctionnelle du gène SlGEM1.Le premier axe de ce travail a porté sur la caractérisation des promoteurs des gènes de tomate IMA (INHIBITOR OF MERISTEM ACTIVITY), TPRP (TOMATO PROLIN-RICH PROTEIN), PPC2 (PHOSPHOENOLPYRUVATE CARBOXYLASE 2) et PG (POLYGALACTURONASE), ainsi que du promoteur du gène CRC (CRABS-CLAW) d’Arabidopsis thaliana. Des plantes transgéniques ont été générées permettant d’exprimer, sous le contrôle de ces différents promoteurs, le gène rapporteur GUS seul ou fusionné à la GFP (Green fluorescent protein) et à un signal d’adressage au noyau (NLS). L’étude de ces plantes a permis de mettre en évidence la spécificité spatio-temporelle de l’expression de ces différents promoteurs lors du développement du fruit. Dans le cas du promoteur LePPC2, la fusion transcriptionnelle avec la GFP et un signal NLS a permis de montrer une activité spécifique dans les cellules du péricarpe des fruits de tomate en phase d’expansion cellulaire. Cette partie du travail de thèse a validé l’utilisation de ces différents promoteurs pour de futures analyses fonctionnelles de gènes régulateurs du développement du fruit chez la tomate.Le deuxième axe de ce travail a porté sur l’identification de protéines à F-Box impliquées dans la régulation du développement du fruit chez la tomate. En effet, il a été montré que ces protéines à F-Box jouent un rôle particulièrement important dans les processus de régulation chez les plantes grâce à leur fonction de reconnaissance de protéines régulatrices cibles par les complexes SCF (SKP1-Cullin-F-Box), qui sont alors marquées par ubiquitinylation, pour leur dégradation par le protéasome 26S. Parmi les 95 séquences de protéines à F-Box disponibles dans les bases de données d’EST au début de ce travail, quatre gènes candidats ont été retenus pour leur expression tissu-spécifique lors du développement précoce du fruit. Des plantes transgéniques (RNAi et sur-expression) ont été générées pour chacun de ces gènes candidats et leur analyse préliminaire a permis de proposer un rôle dans le développement chez la tomate pour une d’entre elles.Le troisième axe de ce travail a porté sur la caractérisation fonctionnelle du gène SlGEM1, l’orthologue du gène AtGEM (GLABRA2-EXPRESSION MODULATOR), dont le niveau d’expression semblait corrélé à la taille des cellules dans le fruit de tomate. En effet, les données disponibles sur AtGEM montrant son implication dans la coordination de la prolifération et la différenciation des cellules en faisaient un candidat intéressant au contrôle de la taille et du développement du fruit. Des plantes transgéniques (RNAi et sur-expression) SlGEM1 ont été générées, et des mutants de ce gène ont été identifiés par TILLING dans la banque de mutants EMS de la variété Microtom de tomate disponible au laboratoire. Le phénotypage de ces plantes a permis de mettre en évidence une potentielle implication de SlGEM1 dans le développement des fleurs et dans la fertilité des grains de pollen. / Tomato (Solanum lycopersicum) is a model species for studying fleshy fruit development. It has been shown that hormone signaling plays a crucial role in the complex regulatory network governing this developmental process. The aim of this thesis was to perform the functional validation of new candidate genes potentially involved in the regulation of fruit development. For this, the work was divided into three parts: 1) validate the use of four tomato promoters and one promoter of Arabidopsis thaliana in recombinant vectors for the overexpression or silencing of genes in tomato fruit at particular phases of development or in specific fruit tissues, 2) functional analysis of genes encoding F-Box proteins in tomato and 3) functional analysis of SlGEM1 gene.The first part of this work has focused on the characterization of tomato promoters from IMA (INHIBITOR ACTIVITY OF MERISTEM), TPRP (TOMATO Proline-Rich Protein), PPC2 (PHOSPHOENOLPYRUVATE CARBOXYLASE 2) and PG (polygalacturonase), as well as the promoter of Arabidopsis thaliana CRC gene (CRABS-CLAW). Transgenic plants were generated to express the GUS reporter gene alone or fused to GFP and a NLS signal for nucleus targeting, under the control of the different promoters. The study of these transgenic plants highlighted the specific spatio-temporal expression of these promoters during fruit development. In the case of LePPC2 promoter, the transcriptional fusion with NLS-GFP revealed a specific activity in the large cells of tomato fruit pericarp. This part of the thesis work validated the use of the five different promoters for future functional analysis of genes regulating fruit development in tomato.The second part of this work focused on the identification of F-Box proteins involved in the regulation of tomato fruit development. In plants, it has been shown that F-Box proteins play an important role in regulating processes, due to their specific interaction with regulatory proteins targeted by the SCF complex (SKP1-Cullin-F-Box), leading to their ubiquitination and degradation by the 26S proteasome. Among the 95 sequences of F-Box proteins available in tomato databases at the beginning of this work, four candidate genes were selected for their tissue-specific expression during tomato fruit early development. Transgenic plants (RNAi and over-expression) were generated for each of these candidate genes and their preliminary analysis allowed to propose a role in tomato vegetative development for one of them.The third part of this work focused on the functional characterization of SlGEM1, orthologous to AtGEM (GLABRA2-EXPRESSION MODULATOR). Indeed, a previous work revealed that the expression level of SlGEM1 was correlated with tomato fruit cell size. Available data on AtGEM showing its involvement in the coordination of cell proliferation and differentiation made it an attractive candidate to the control of fruit size and development. Transgenic plants (SlGEM1 RNAi and over-expression) were generated, and mutants of this gene were identified by TILLING in the Microtom mutant collection available in the laboratory. Phenotyping of these plants suggested the involvement of SlGEM1 in flower development and in the fertility of pollen grains.

La fonction d’une protéine dépend dans une large mesure de sa structure tridimensionnelle, c’est pourquoi de nombreux chercheurs se sont passionnés pour la synthèse des foldamères, molécules de synthèse, bioinspirées, capables d’adopter des structures repliées bien définies. Parmi les différentes classes de foldamères, les oligourées aliphatiques étudiées dans notre laboratoire s’organisent pour former des structures hélicoïdales voisines de l’hélice α des polypeptides naturels. Pour développer des hélices fonctionnelles mimes de structures biologiques, il est intéressant de mieux comprendre les règles de leur repliement, par exemple en modifiant la nature des unités monomériques. Au cours de cette thèse, nous avons donc testé la compatibilité de la géométrie de l’hélice d’oligourée avec des résidus comportant de fortes contraintes stériques comme des groupements gem-diméthyles et des cycles pyrrolidines. En utilisant les résidus pyrrolidine, nous avons ensuite développé une nouvelle stratégie de synthèse par condensation de segments permettant de concevoir des hélices de grande taille (jusqu’à 4 nm). Grâce à cette nouvelle stratégie de synthèse et aux informations obtenues sur la stabilité des hélices nous avons pu concevoir des architectures plus complexes (structures quaternaires) résultant de l’assemblage programmé d’hélices hydrosolubles. / The biological functions of proteins are mainly correlated to their tridimensional structure. For this reason a large number of chemists are interested in the synthesis of foldamers, which are bioinspired artificial molecules possessing well-defined folded conformations. In particular, in our laboratories we focused on the study of oligourea foldamers, which form well-defined and remarkably stable helical structures, analogous to the natural polypeptides α-helix. In order to develop artificial functional helices able to mimic biological structures, it is interesting to understand the rules governing their folding, for example by comparing different residues substitution patterns. During this thesis we have investigated the compatibility of the helix geometry with residues containing steric constraints, such as gem-dimethylated units or pyrrolidine cycle. We have developed a new segment condensation strategy based on these residues, which enabled the facile synthesis of long helical segments (up to 4 nm). The use of this novel approach, combined with the information acquired on helical stability allowed us to produce more complex architectures (quaternary structures) resulting from the controlled assembly of water soluble helices.