Le Service spécialisé en déficience visuelle dessert 457 patients atteints de basse vision. Le centre est unique au Saguenay-Lac-St-Jean?Chibougamau-Chapais. La clientèle qui le fréquente est diversifiée et peut recevoir des services subventionnés à cet endroit. Une centaine de pathologies oculaires différentes et plusieurs pathologies systémiques y sont rencontrées. Plus de 50% des pathologies oculaires rencontrées chez la clientèle âgée de moins de 21 ans sont de causes héréditaires ou congénitales. Les coefficients moyens de consanguinité et d'apparentement calculés grâce à la reconstitution des généalogies donnent des résultats qui, pour certaines pathologies, se démarquent des valeurs moyennes retrouvées au Saguenay-Lac-Saint-Jean. Aucune pathologie oculaire parmi celles étudiées au centre de basse vision n'a une prévalence plus élevée dans la région du Saguenay-Lac-Saint-Jean qu'ailleurs dans la province. La répartition géographique des lieux de résidence des patients montre une certaine disparité pour quelques municipalités.

L'impact de la consanguinité sur la fécondité, la stérilité et la mortalité infantile a été étudié dans 5 mariages entre oncle et nièce (1:2), 251 mariages entre cousins (2:2) et 358 mariages entre cousins et petits-cousins (2:3) célébrés au Saguenay-Lac-Saint-Jean. Trois groupes contrôles appariés aux caractéristiques démographiques et socioéconomiques des couples consanguins ont été créés. Les données nécessaires à l'étude ont été extraites d'un registre informatisé de population. Le degré de stérilité primaire était semblable dans les groupes consanguins et non consanguins. Le nombre moyen d'enfants dans les trois groupes consanguins considérés n'était pas statistiquement différent de celui trouvé dans leurs groupes contrôles respectifs (p > 0,05). Le taux de mortinatalité n'était pas significativement plus élevé parmi les groupes 2:2 et 2:3 par rapport à leurs groupes contrôles respectifs (p>0,05). La mortalité durant la première année de vie était significativement plus élevée dans les deux groupes consanguins (p<0,01) alors que la mortalité entre 1 et 15 ans ne l'était pas (p>0,05). Moins de 1% de la mortalité avant l'âge de 15 ans excluant les avortements spontanés, pouvait être attribué aux mariages consanguins. Ces résultats sont comparables à ceux obtenus dans presque toutes les études publiées à ce jour dans diverses populations.

La polyneuropathie sensitivo-motrice avec ou sans agénésie du corps calleux est une maladie autosomale à transmission récessive. Dans la littérature scientifique, on trouve peu de référence à son sujet, la maladie étant rare dans le monde sauf au Saguenay-Lac-St-Jean. Les généalogies de 101 patients (82 familles) ont été reconstituées ce qui a permis de trouver 11 couples fondateurs pour la polyneuropathie. L'incidence de la maladie est de 1 malade pour 2117 naissances vivantes et le taux de porteurs est de 1/23. Les coefficients moyens de consanguinité et de parenté sont respectivement de 0,002279 et 0,000419. Les degrés de relation dans les mariages consanguins sont majoritairement au-delà du degré 3:3 (petits cousins). L'étude de la distribution spatiale des porteurs et des malades a permis de trouver une concentration de ceux-ci plus élevée que ne le veut le hasard à l'est du Lac St-Jean autour de la municipalité d'Alma. Une comparaison des résultats a été effectuée avec ceux obtenus dans l'étude de l'ataxie spastique de Charlevoix-Saguenay. Ces deux maladies ont été amenées de France par les premiers colons et un effet fondateurs leurs sont associées. La consanguinité proche ne permet pas d'expliquer les fréquences élevées de ces deux maladies au Saguenay-Lac-St-Jean.

Trois cent soixante-sept individus originaires du Saguenay-Lac-Saint-Jean atteints d'anévrisme intracrânien constituent une population cible dans laquelle plusieurs paramètres ont été évalués ainsi que comparés à ceux de trois populations témoins. Cette analyse nous permet de conclure que les coefficients d'apparentement et de consanguinité ne sont pas plus élevés dans le groupe anévrisme. Par contre les couples qui apparaissent dans de nombreuses ascendances distinctes dans le groupe cible sont différents de ceux retrouvés dans les groupes témoins. Cela nous permet de présumer de la présence d'un ou de plusieurs gènes amenant le développement d'un anévrisme intracrânien. De plus, l'incidence des anévrismes intracrâniens familiaux au Saguenay-Lac-Saint-Jean semble être plus élevée que dans d'autres populations. La population cible semble constituée d'un ensemble d'individus dont l'anévrisme est dit sporadique et de d'autres individus dont l'anévrisme est dit familial.

Ce travail a été réalisé à partir des calculs des coefficients moyens de consanguinité et de parenté dans 17 maladies autosomales récessives ayant une fréquence élevée au Saguenay-Lac-St-Jean. Pour les besoins, les résultats ont été comparés à ceux obtenus dans trois groupes témoins associés à chacune des maladies. Les coefficients moyens de consanguinité des groupes malades étaient marginalement élevés par rapport aux groupes témoins, mais sans excès de consanguinité proche. En général, les coefficients moyens de parenté étaient de 2 à 5 fois plus élevés dans les groupes malades que dans les groupes témoins. Dès lors, un grand nombre de porteurs ont dû amener ces gènes au Saguenay-Lac-St-Jean et ainsi contribuer à leur multiplication dans cette population. Nous retenons donc l'hypothèse de l'effet fondateur comme étant la plus plausible pour expliquer la présence des maladies héréditaires autosomales récessives au Saguenay-Lac-St-Jean.

La tyrosinémie héréditaire de type 1 est une maladie autosomale récessive qui affecte principalement le nouveau-né et l'enfant. Cette maladie est due à une déficience de l'enzyme fumarylacétoacétase principalement au foie, enzyme faisant partie du sentier de dégradation de la tyrosine. Cette maladie est fréquente au Québec et particulièrement dans la région du Saguenay-Lac-St-Jean. Le présent mémoire comporte deux parties. La première est la recherche d'un effet fondateur de la tyrosinémie par la reconstitution généalogique de 90 familles de porteurs obligatoires. La deuxième partie de l'étude consiste en l'évaluation de trois tests de dépistage de porteurs, deux tests s'effectuant sur les globules rouges et un sur les globules blancs. La reconstitution généalogique a permis d'identifier 30 individus communs (20 fondateurs et 10 ancêtres communs). L'évaluation des tests de dépistage a permis de mettre en évidence l'utilité du test sur les globules blancs dans le cadre d'un dépistage intra-familial afin de rassurer les individus et de diminuer le nombre d'amniocentèses dans la région du Saguenay-Lac-St-Jean.

L'ataxie spastique de Charlevoix-Saguenay est une maladie héréditaire autosomale récessive qui se rencontre presque exclusivement au Saguenay-Lac-St-Jean et dans Charlevoix. Cette recherche étudie 1'épidémiologie génétique de la maladie dans le nord-est du Québec et plus particulièrement au Saguenay-Lac-St-Jean. A partir de 234 proposants issus de 140 couples à forte majorité du Saguenay-Lac-St-Jean, l'étude révèle pour cette région, une incidence de 1/1932, un taux de porteurs de 1/22, un coefficient moyen de consanguinité deux fois plus élevé que celui des groupes témoins et un coefficient moyen de parenté trois fois plus élevé que celui des trois groupes témoins, ce qui confirme un fort apparentement dans le groupe ataxique. L'endogamie et 1'exogamie sont similaires aux groupes contrôles. La distribution spatiale des porteurs montre que St-Fulgence est une zone à forte concentration de porteurs. Sur un ensemble de 266 ascendances, une recherche d'un effet fondateur précise 13 fondateurs communs à la grande majorité des porteurs.

En 1998, le Québec a changé de vaccin et introduit dans le calendrier vaccinal des enfants le vaccin acellulaire contre la coqueluche. Par la suite, en 2004 la formulation adolescent/adulte du vaccin acellulaire combinée avec celui contre la diphtérie et le tétanos (dcaT) a commencé à être administrée dans le cadre de la vaccination scolaire aux adolescents de 14-16 ans. Près de 12 ans après l’introduction du vaccin acellulaire, nous avons fait un bilan épidémiologique portant sur le taux d’incidence de la maladie tel que déclaré au fichier des maladies à déclaration obligatoire (MADO) ainsi que sur les taux d’incidence des hospitalisations provenant du fichier administratif des hospitalisations au Québec (MED-ECHO) pour pouvoir décrire l’évolution de la coqueluche au Québec. L’analyse a montré trois périodes en fonction du vaccin utilisé. La période 1990-1998 où tous les enfants étaient vaccinés au vaccin entier, la période 1999-2002 où la majorité des enfants de moins de cinq ans avaient reçu un mélange de vaccin entier et acellulaire et la période 2003-2009 où les enfants étaient tous vaccinés au vaccin acellulaire. Du 1er janvier 1990 au 31 décembre 2009 le total des cas de coqueluche déclarés s’élève à 32 692 dont 5 216 cas hospitalisés. L’incidence moyenne a été de 38 et 6,2 pour 100 000 habitants de 1990 à 1998, de 16 et 2,1 pour 100 000 habitants entre 1999 et 2002 et de 7 et 1,1 pour 100 000 habitants de 2003 à 2009. Parmi les enfants de 6 à 12 ans ayant reçu uniquement du vaccin acellulaire on n’observe pas d’augmentation significative du risque avec l’intervalle depuis la dose de rappel à 4-6 ans. Les taux d’incidence chez les adultes sont restés bas de 2000 à 2009 et ne suggèrent pas un besoin de faire des changements dans la vaccination de ces derniers. La stratégie de cocooning qui consiste à vacciner les parents des nouveau-nés pour prévenir une hospitalisation chez les nourrissons de moins de six mois requerrait de vacciner entre 7 545 et 11 857 parents par hospitalisation prévenue. Cette stratégie semble donc peu efficiente pour le contrôle de la morbidité lie à la coqueluche du nourrisson.

La leptospirose constitue un réel problème de santé publique en Nouvelle-Calédonie et dans les autres collectivités Françaises du Pacifique. Reconnue depuis de nombreuses années comme une pathologie majeure (avec une incidence dépassant parfois les 100 cas pour 100,000 habitants), elle est une pathologie infectieuse endémique de premier plan qui connait une recrudescence et un caractère épidémique lors des années à forte pluviométrie. Cette maladie a été étudiée de façon historique à l'Institut Pasteur de Nouvelle-Calédonie (IPNC), qui a ainsi développé les outils utiles à son diagnostic et à son étude et acquis au cours des années une expertise reconnue sur cette maladie. Du fait du caractère zoonotique et environnemental de cette maladie, une approche multifactorielle de son étude est mise en place à l'IPNC, et s'articule autour de 3 axes, répondant à 3 constats : L'épidémiologie et l'écologie de cette maladie humaine et animale comportant une large composante environnementale demeurent insuffisamment connues, notamment en Nouvelle-Calédonie. Leur description a longtemps été basée sur une taxonomie strictement sérologique, actuellement obsolète et dont l'avènement de la génétique moléculaire a mis en évidence de nombreuses limites. Dans le cadre d'un site pilote, mais aussi en collaboration avec les acteurs de l'élevage, l'éco-épidémiologie de la leptospirose en Nouvelle-Calédonie est revisitée avec une approche moléculaire. Les critères pronostiques manquent fréquemment aux cliniciens pour différencier, lors d'une leptospirose nécessitant une prise en charge hospitalière, les cas graves de ceux qui évolueront rapidement vers une guérison. Du fait du tableau de choc septique fréquemment observé dans les leptospiroses sévères, il est possible que des indicateurs pronostiques du choc septique aient également une application dans le cadre de la leptospirose. A la suite de travaux sur modèle animal sensible, des critères biologiques à valeur pronostiques seront évalués dans des cas de leptospirose hospitalisés en Nouvelle-Calédonie. Enfin, le diagnostic clinique de leptospirose est délicat, du fait de la diversité des formes cliniques et la confirmation par le diagnostic biologique, nécessaire, est complexe et demande des techniques spécialisées. En contraste, l'accès à ces techniques spécialisées n'est que rarement offert aux régions ou aux zones où l'incidence de la leptospirose est la plus élevée. Notre troisième volet d'étude concerne la mise au point puis la validation d'un test de diagnostic rapide, de type bandelette, qui permettrait la détection d'antigènes de leptospires pathogènes dans les liquides biologiques. Parallèlement, la mise en place du diagnostic biologique de leptospirose dans plusieurs instituts du Réseau International des Instituts Pasteur s'efforcera de documenter la présence de la leptospirose dans des régions où elle n'est pas décrite, ou de mieux évaluer son impact réel sur la santé publique de ces régions.

Les Chlamydiaceae sont une famille de bactéries relativement récente dans la systématique microbienne. Deux bactéries sont principalement associées à des pathologies de l'homme, soit Chlamydia trachomatis et Chlamydophila pneumoniae. C. trachomatis est la première maladie à déclaration obligatoire au Québec et l'infection sexuellement transmissible (ITS) le plus fréquemment rencontré dans le monde. Mon projet consistait au développement d'une méthode de"Multi Locus Sequence Typing" (MLST) pour C. trachomatis à partir d'isolats cliniques, sans passer par la culture cellulaire, et ce grâce au PCR (réaction en chaîne de la polymérase) multiplex niché. L'objectif ultime de cette technique est de mieux connaître l'épidémiologie de la bactérie, pour pouvoir comprendre la résistance et la persistance aux antibiotiques et l'origine géographique commune, par exemple. Outre les 15 isolats de référence, 115 isolats d'origines diverses (38 ITS de l'Estrie, 54 ITS de l'Afrique et 22 trachomes de l'Afrique) ont été testés par PCR multiplex niché puis séquencés. Globalement, les 130 isolats se séparent en 29 séquences-types différentes, dont 17 ne sont retrouvées qu'une seule fois. Ces STs se regroupent en 4 complexes clonaux distincts. De plus, les isolats sont séparés selon le type d'infection qu'ils causent, soit l'ITS, le trachome ou la lymphogranulomatose vénérienne. Dans son ensemble, l'évaluation de la pertinence et de la qualité de la nouvelle technique MLST montre une force discriminatoire de 90,1%, qui est dans les normes de qualité pour une technique d'épidémiologie moléculaire. Un index d'association de 3,809 pour le schéma complet est trouvé, et un de 2,447 lorsque le calcul est refait avec un exemplaire de chaque ST seulement, indiquant une population clonale forte. Finalement, un ratio d[indice inférieur N]/d[indice inférieur S] variant entre 0.145 et 0.773 pour les gènes choisis pour le schéma MLST démontre que les gènes sélectionnés ne sont pas soumis à une pression de sélection positive. Toutes ces données tendent à prouver que le nouveau schéma MLST est une technique discriminante, qui va permettre de faire des liens épidémiologiques intéressants pour C. trachomatis. De plus, au cours de ce projet, des analyses de certains isolats de C. trachomatis ont montré des caractéristiques nouvelles au niveau du génotype ompA.Les 22 isolats de trachome de la Tanzanie (Afrique) ainsi que 5 isolats ITS des Îles Comores ont cette particularité. Il s'agit selon la séquence d'un génotype A variant. Des analyses supplémentaires restent à faire pour caractériser complètement le génotype.