codirection : Emmanuel Milot (Université du Québec à Trois-Rivières) / La bioarchéologie donne un accès inédit à l’histoire des populations passées à travers l’analyse directe des restes humains. Au Québec, peu d’études bioarchéologiques explorent l’histoire des populations à grande échelle durant la période coloniale en raison de divers facteurs (ex. fouilles peu exhaustives des cimetières en raison de mandats limités, mauvaise conservation des squelettes, aspects historiques minimisés comme la traite des esclaves). Seules les études génétiques, généalogiques et démographiques ont permis de constituer un portrait phylogénétique des différentes populations qui ont cohabité depuis les premières colonies européennes. Cette thèse vise à appliquer des approches méthodologiques issues de la morphométrie géométrique 3D pour contribuer à explorer l’histoire coloniale à travers la variation phénotypique de l’os temporal. L’os temporal qui constitue la partie latérale (voire basale) du crâne est l’un des ossements les mieux préservés dans les collections bioarchéologiques au Québec. Comme cet os formé très tôt in utero est reconnu pour être moins influencé par les pressions environnementales externes, sa morphologie reflète des signaux biologiques directement hérités des ancêtres. Un total de 214 os temporaux issus de sept cimetières coloniaux ; cinq catholiques (ascendance française) et deux protestants (ascendance britannique) établis dans la vallée du Saint-Laurent ont été numérisés en 3D au moyen de la photogrammétrie. Des analyses en morphométrie géométrique 3D ont permis d’explorer la variation phénotypique au niveau intra — et inter-régional des cimetières qui retracent des périodes clefs de l’histoire coloniale ; de la formation de la Nouvelle-France sous le régime colonial français, à sa capitulation au profit du régime colonial britannique, jusqu’à l’ère industrielle (XVII-XIXe siècles). Les résultats morphométriques ont révélé une différenciation régionale significative entre tous les cimetières catholiques canadiens-français. Ils montrent notamment (i) la faible variation morphologique observée à Montréal au cours de deux siècles d’occupation coloniale, et (ii) des différences morphologiques significatives entre les cimetières catholiques les plus anciens, reflétant une régionalisation rapide des populations liée à l’effet fondateur, aux goulots d’étranglement et à un éventuel isolement géographique entre la ville et la campagne. L’absence de différences entre le cimetière protestant de Saint-Laurent (Montréal) et tous les cimetières catholiques récents, par rapport au cimetière protestant de Saint-Matthew (Québec), pourrait indiquer la présence potentielle d’individus irlandais. Les cimetières Saint-Lawrence et Saint-Antoine étaient tous deux en usage durant les importantes migrations irlandaises et épisodes épidémiques qui ont causé une importante mortalité chez ses populations. Enfin, trois individus d’origine potentiellement non européenne ont été identifiés dans les cimetières protestants de Saint-Matthew à Québec (n=2 ; ascendance africaine ou métissée) et dans le cimetière catholique de Notre-Dame à Montréal (n=1 ; ascendance autochtone ou métissée). Les deux cimetières reflètent deux périodes importantes : (i) le développement de la colonisation française (Notre-Dame, 1683-1799) et (ii) britannique (Saint-Matthew, 1771-1860). Ces deux périodes et lieux ont également connu la plus forte concentration d’esclaves ; ce qui indique le potentiel statut social de ces trois individus. Cette recherche met en évidence les avantages de l’utilisation de l’os temporal et de la morphométrie géométrique pour documenter la variation inter — et intra-groupe au niveau phénotypique de populations passées apparentées. Ces nouveaux outils méthodologiques offrent des alternatives aux contraintes taphonomiques tout en minimisant la manipulation des restes humains archéologiques. Combinées à des approches éthiques basées sur la réciprocité, ces méthodes démocratiques permettent d’engager plus activement les communautés de descendants dans le domaine de la bioarchéologie, pour à terme, faciliter les demandes de rapatriement et ramatriement, particulièrement dans le cas d’individus sans documentation précise ni contexte archéologique. / Bioarchaeology provides unique access to past population histories through the direct analysis of human remains. In Quebec, few bioarchaeological studies explore the history and processes of admixture during the colonial period, due to a variety of factors (e.g. limited cemetery excavations, poor skeletal conservation, neglected historical aspects such as the slave trade). Only genetic, genealogical and demographic studies have provided a phylogenetic overview of the different populations that have lived alongside each other since the first European colonies. This thesis aims to apply innovative conceptual and methodological approaches to help in exploring colonial history through phenotypic variation. The temporal bone, which forms the lateral (or basal) part of the skull, is one of the bestpreserved bones in general, and in bioarchaeological collections in Quebec in particular. Because this bone is formed in utero, it is known to be less influenced by external environmental pressures. Its morphology reflects biological signals directly inherited from ancestors. Temporal bones (n=214) from seven colonial cemeteries, five Catholic and two Protestant ones, in the St. Lawrence Valley were digitized in 3D using photogrammetry. Geometric morphometric analyses explored phenotypic variation at intra- and inter-regional levels for cemeteries that illustrate key periods of colonial history; from the formation of New France under French colonization to its handover under British colonization through to the industrial era (17th-19th centuries). Morphometric results revealed significant regional differentiation between all French-Canadian Catholic cemeteries. They demonstrate (i) low morphological variation observed in Montreal over two centuries of colonial occupation, and (ii) significant morphological differences between the oldest Catholic cemeteries. It reflects, rapid regionalization linked to the founder effect, bottlenecks and possible geographical isolation between city and countryside. The absence of differences between the Protestant cemetery of Saint-Lawrence (Montreal) and all recent Catholic cemeteries, compared with the Protestant cemetery of Saint-Matthew (Quebec), could indicate the potential presence of Irish individuals. Finally, three individuals of potentially non-European origin were documented in the Protestant cemeteries of Saint-Matthew in Quebec City (n=2; African ancestry or admixed) and in the Catholic cemetery of Notre-Dame in Montreal (n=1; Indigenous ancestry or admixed). Both cemeteries reflect two important periods: (i) French colonization (NotreDame, 1683-1799); (ii) followed by British colonization (Saint-Matthew, 1771-1860). Both periods and locations also had the highest concentration of slaves, indicating their potential social status. This research highlights the benefits of using temporal bone and geometric morphometrics to document, inter- and intra-group variation at the phenotypic level and investigate colonial variability along the St. Lawrence Valley. These new methodological tools offer alternatives to taphonomic constraints while minimizing the manipulation of archaeological human remains. Combined with ethical approaches based on reciprocity, these democratic methods make it possible to engage descendant communities more actively in the field of bioarcheology, ultimately with the aim of easing repatriation and rematriation requests -especially in the case of individuals without precise documentation or archaeological context.