Η επιπεφυκίτιδα (φλεγμονή του επιπεφυκότα) είναι η πιο συχνή ασθένεια των οφθαλμών, η οποία εκδηλώνεται σε παγκόσμια κλίμακα με τη μορφή σποραδικών κρουσμάτων ή επιδημίας. Μπορεί να είναι λοιμώδους (βακτήρια, ιοί, παράσιτα) ή μη λοιμώδους αιτιολογίας. Η κύρια αιτία της οξείας ιογενούς αιτιολογίας επιπεφυκίτιδας είναι οι αδενοϊοί. Περίπου το 15- 70% του συνόλου των κρουσμάτων της επιπεφυκίτιδας οφείλονται στους αδενοϊούς. Σκοπός της μελέτης είναι η χρήση επιδημιολογικών δεδομένων προκειμένου να πραγματοποιηθεί επιδημιολογική παρακολούθηση των κρουσμάτων επιπεφυκίτιδας στο Πανεπιστημιακό Γενικό Νοσοκομείο Πατρών (ΠΓΝΠ) από ασθενείς οι οποίοι επισκέφθηκαν την οφθαλμιατρική κλινική και τα εξωτερικά ιατρεία του νοσοκομείου τη χρονική περίοδο 2 Ιανουαρίου – 29 Ιουλίου 2012 (εβδομάδες 1- 30), ο καθορισμός της συχνότητας της ιογενούς αιτιολογίας επιπεφυκίτιδας και ο εντοπισμός πιθανής ύπαρξης επιδημίας. Ταυτόχρονα, πραγματοποιήθηκε μοριακή ανίχνευση και τυποποίηση αδενοϊών από ασθενείς με κλινική εικόνα ιογενούς επιπεφυκίτιδας το χρονικό διάστημα μεταξύ 27 Φεβρουαρίου και 17 Ιουνίου. Όλα τα κρούσματα καταγράφηκαν από τα ιατρικά αρχεία του ΠΓΝΠ για το χρονικό διάστημα Ιανουαρίου- Ιουλίου του 2012 και για το ίδιο χρονικό διάστημα το προηγούμενο έτος (2011). Καταγράφηκαν 231 κρούσματα επιπεφυκίτιδας (47,1% άνδρες και 52,8% γυναίκες), από τα οποία τα 205 ήταν ιογενούς αιτιολογίας, τα 4 βακτηριογενούς αιτιολογίας και 22 ήταν απροσδιόριστης αιτιολογίας από τους ιατρούς. Για την ίδια χρονική περίοδο το προηγούμενο έτος (2011), σύμφωνα με τα αρχεία του ΠΓΝΠ καταγράφηκε ένα σύνολο από 156 κρούσματα επιπεφυκίδας (38,5% άνδρες και 61,5% γυναίκες), από τα οποία τα 135 ήταν ιογενούς αιτιολογίας, τα 3 βακτηριογενούς αιτιολογίας και 18 ήταν απροσδιόριστης αιτιολογίας. Ο αριθμός κρουσμάτων επιπεφυκίτιδας τους δυο πρώτους μήνες καθώς και τον Ιούλιο του 2012 ήταν στα ίδια επίπεδα με τους αντίστοιχους μήνες το 2011 και παρατηρείται επιδημία που πραγματοποιήθηκε μεταξύ Μαρτίου- Ιουνίου 2012. Οι ασθενείς κατανέμονταν σε όλες τις ηλικίες και στα δυο φύλα. Το χρονικό διάστημα μεταξύ 27 Φλεβάρη- 17 Ιουνίου του 2012 (εβδομάδες 9- 24), 48 επιχρίσματα επιπεφυκότα ασθενών με κλινική εικόνα αδενικής επιπεφυκίτιδας συλλέχθηκαν από τους ιατρούς του ΠΓΠΝ και μεταφέρθηκαν υπό κατάλληλες συνθήκες στο εργαστήριο Υγιεινής της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου Πατρών. Ταυτόχρονα συμπληρώθηκε από τους ιδίους ερωτηματολόγιο με δημογραφικά και κλινικά στοιχεία. Το DNA του ιού απομονώθηκε με Qiagen και ενισχύθηκε με nested PCR. Τα θετικά αποτελέσματα επιβεβαιώθηκαν με αλληλούχιση του PCR προϊόντος. Για τον προσδιορισμό της συγγένειας μεταξύ των διαφόρων απομονωμένων αλληλουχιών του DNA, φυλογενετική ανάλυση πραγματοποιήθηκε. Από το σύνολο των δειγμάτων που αναλύθηκαν με μοριακές τεχνικές, DNA αδενοϊού ανιχνεύθηκε σε 40 δείγματα (83%). Στα σαράντα θετικά δείγματα καθορίστηκε η αλληλουχία του DNA τους, από τα οποία τα 29 (72,5%) προσδιορίστηκαν ως τύπος HAdV17 και τα 5 (12,5%) ως τύπος HAdV-54. Σε 6 θετικά δείγματα (15%) ο τύπος του ιού δεν προσδιορίστηκε. Τέλος, με τη βοήθεια των μοριακών τεχνικών προκύπτει το συμπέρασμα ότι το στέλεχος αδενοϊού 17 (Αd 17) είναι η αιτία της εμφάνισης επιδημίας μεταξύ Μαρτίου- Ιουνίου 2012. Η έρευνα αυτή είναι από τις λίγες πιυ έχουν πραγματοποιηθεί στον Ελλαδικό χώρο σε κρούσματα επιπεφυκίτιδας με αποτέλεσμα να εμπλουτίζει τα φτωχά επιδημιολογικά και μοριακά δεδομένα για την συγκεκριμένη ασθένεια και το συγκεκριμένο τύπο ιών. Παράλληλα μέσω της έρευνας υπογραμμίζεται η ανάγκη για εθνικό σύστημα επιτήρησης της επιπεφυκίτιδας. / Conjunctivitis (inflammation of the conjunctiva) is the most common eye disease that occurs worldwide in both sporadic and epidemic form. There are infectious conjunctivitis, which is caused by a variety of microorganisms (such as bacteria, viruses and parasites) and noninfectious conjunctivitis, which is caused by an allergic reaction. The leading cause of acute viral conjunctivitis in clinical practice includes human adenoviruses (HAdVs). About 15- 70% of all conjunctivitis cases worldwide are associated with AdVs. The aim of the study is the performance of epidemiological surveillance of cases of conjunctivitis using epidemiological data from patients who visited the ophthalmic clinic and the outpatient ophthalmic department of the University General Hospital of Patras (UGHP) in the period from January 2nd to July 29th in 2011 and 2012 (weeks 1st-30th), in order to determine the frequency of viral conjunctivitis and to determine a potential epidemic. An additional task of the study is the molecular detection and typing of adenoviruses for cases of patients with clinical viral conjunctivitis in the period from February 27th to June 17th 2012. All conjunctivitis cases referred to UGHP in the period between January and July 2012 as well as between January and July 2011 were ascertained using medical records. 231 conjunctivitis cases were reported (47.1% male and 52.8% female), in which 205 were virological conjunctivitis, 4 bacteriological conjunctivitis and 22 were undefined conjunctivitis. For the same period the previous year (2011), according to the records of UGHP recorded a total of 156 conjunctivitis cases (38.5% male and 61.5% female), of which 135 were of viral origin, 3 bacteriogenic orogin and 18 were undetermined etiology. The number of conjunctivitis cases in the first two months and in July 2012 was at the same level as the corresponding period in 2011 and there is an epidemic that took place between March and June 2012. Patients were allocated to all age groups and both sexes. In the period from February 27th ,2012 to June 17th , 2012 (weeks 9th – 24th), 48 conjunctival swabs were collected from cases which were clinically suspected of having adenoviral conjunctivitis and transported under appropriate conditions to the laboratory of Hygiene, Medical School, University of Patras. At the same time, the patients were asked to answer a structured questionnaire with demographic and clinical data. The viral DNA was isolated with Qiagen and amplified by nested PCR. The positive results were confirmed by sequencing the PCR product. To determine the relatedness between the different isolated sequences, a phylogenetic analysis was constructed. Of the total samples, which were analyzed with molecular techniques, adenovirus DNA was detected in 40 samples (83%). Of the positive samples which were confirmed by sequencing, 29 samples (72.5%) were typed as AdV17 and 5 samples (12.5%) as AdV54. For 6 positive samples (15%) the serotype was not determined. Finally, it was concluded that the strain Adenovirus 17 (Ad 17) was the cause of the epidemic between March and June 2012. There are poor epidemiological and molecular data for this particular disease in Greece. This study is one of the very few on conjunctivitis determination in Greece. This research underscores the need for a national surveillance system for conjunctivis outbreaks.

Οι εντεροϊοί έχουν ιδιαίτερη σημασία για τη δημόσια υγεία, δεδομένου ότι σχετίζονται με επιδημίες γαστρεντερίτιδας (μη βακτηριογενούς προέλευσης) από την κατανάλωση μολυσμένου νερού. Οι ιοί αυτοί μπορούν να απομονωθούν σε μεγάλες ποσόστητες από κόπρανα και ούρα ανθρώπινης προέλευσης, καθώς και από λύματα και μολυσμένα νερά. Επιπλέον, οι Αδενοϊοί είναι παθογόνοι για τον άνθρωπο και η παρουσία τους σε περιβαλλοντικά δείγματα δύναται να προκαλέσει σημαντικές μολύνσεις. Οι Αδενοϊοί είναι ιοί ανθρώπινης εντερικής προέλευσης που περιέχουν DNA και ορισμένοι ορότυποι τους είτε δεν καλλιεργούνται, είτε καλλιεργούνται δύσκολα στις συνήθεις κυτταρικές σειρές. Γι’ αυτόν το λόγο, η ανίχνευσή τους σε μολυσμένο νερό και ο ρόλος τους ως παραγόντων πρόκλησης γαστρεντερίτιδας έχουν υποτιμηθεί. Οι Ρότα ιοί είναι υπεύθυνοι για οξεία περιστατικά γαστρεντερίτιδας στον άνθρωπο και τα ζώα. Κατόπιν του διπλασιασμού του γενετικού τους υλικού στον γαστρεντερικό σωλήνα οι ιοί αυτοί εκκρίνονται και δύνανται να διασπαρούν στο περιβάλλον και το νερό. Γενικά, οι Ρότα ιοί έχουν εμπλακεί σε περιστατικά γαστρεντερίτιδας σε πολλές χώρες. Η σταθερότητα των ανθρωπίνων Ρότα ιών στο νερό και η ανθεκτικότητά τους σε φυσικοχημικές διαδικασίες εξυγίανσης κατά την επεξεργασία των λυμάτων συντείνουν στην εξάπλωσή τους. Στην παρούσα διατριβή ανιχνεύθηκαν και απομονώθηκαν εντεροϊοί, αδενοϊοί και ρότα ιοί από ακατέργαστα λύματα, τα οποία ελήφθησαν από την είσοδο τεσσάρων σταθμών βιολογικού καθαρισμού (δύο στην Αττική και δύο στην Αχαΐα). Συνολικά ελήφθησαν 118 δείγματα ακατέργαστων λυμάτων κατά την περίοδο Σεπτέμβριο 2000 – Σεπτέμβριο 2003. Η μεθοδολογία αφορούσε στην συμπύκνωση των ιών ακολουθούμενη από RT-nested PCR, προκειμένου να επιτευχθεί αύξηση της ευαισθησίας απομόνωσης των ιών. Μετά την απομόνωση γενετικού υλικού των ιών πραγματοποιήθηκε τυποποίησή τους εφαρμόζοντας nucleotide sequencing analysis. Οι Ρότα ιοί ανιχνεύθηκαν σε 17 δείγματα (14.2%). Τα αποτελέσματα της τυποποίησής τους ήταν rotavirus τύπος G1 (88.2%) και τύπος G2 (11.8%). Οι Αδενοϊοί βρέθηκαν σε 55 δείγματα (45.8%). Η Sequencing ανάλυση είχε ως αποτέλεσμα την παρουσία στα δείγματα αδενοϊών της ομάδας F [τύποι 40 (34.6%) και 41 (63.6%)] και της ομάδας C [τύπος 2 (1.8%)]. Οι Εντεροϊοί ανιχνεύθηκαν σε 30 δείγματα (40%) και η sequencing ανάλυση είχε ως αποτέλεσμα την παρουσία αρκετών τύπων όπως (α) coxsackievirus (τύποι A6 - 3.3%, A9 - 3.3%, A16 - 3.3%, B4 - 16.7%, B5 - 3.3%), (β) echovirus (τύποι 2 -6.7%, 6 - 13.3%, 30 -10%), (γ) εντεροϊοί τύποι 68 - 3.3%, 71 - 13.3% καθώς και porcine εντεροϊός (6.7%), poliovirus 1 (6.7%) και poliovirus 2 (10%). Η μικροβιολογική ποιότητα του νερού επομένως και η ανθρώπινη υγεία επηρεάζονται σημαντικά από την παρουσία μικροοργανισμών εντερικής προέλευσης, οι οποίοι προέρχονται από λύματα που καταλήγουν στο υδάτινο περιβάλλον. Πολλές επιδημίες από ιούς εντερικής προέλευσης έχουν κατά καιρούς συνδυαστεί με το νερό. Οι υδατογενείς επιδημίες γενικά εξαπλώνονται στον πληθυσμό από κατανάλωση μολυσμένου νερού, κολύμβηση σε ακατάλληλα νερά αναψυχής καθώς επίσης μεταδίδονται απο τη σωματική επαφή και την εισπνοή. Τα μη επεξεργασμένα λύματα της μελέτης περιέχουν πολλούς και διαφορετικούς τύπους ιών εντερικής προέλευσης οι οποίοι κατά κύριο λόγο προκαλούν γαστρεντερίτιδα. Επομένως καθίσταται αναγκαία η επξεργασία των λυμάτων στο μέγιστο δυνατό βαθμό στους σταθμούς βιολογικού καθαρισμού. Η Sequencing ανάλυση έδειξε την παρουσία ανθρώπινων Ρότα ιών A (τύποι G1 και G2), οι οποίοι προκαλούν παγκοσμίως διάρροια σε παιδιά καθώς επίσης και την παρουσία αδενοϊών τύπου 40 και 41, οι οποίοι είναι σημαντικοί αιτιολογικοί παράγοντες γαστρεντερίτιδας, κυρίως σε θερμά κλίματα. Από την άλλη πλευρά η ποικιλία των εντεροϊών που ανιχνεύθηκε στα ακατέργαστα λύματα ήταν μεγαλύτερη συγκρινόμενη με την αντίστοιχη των υπολοίπων ιών της μελέτης. Η παρούσα διατριβή αναδεικνύει την αποτελεσματικότητα της μεθόδου «nucleotide sequencing analysis», ως μέσου επιδημιολογικής μελέτης και ανάλυσης της συσχέτισης ιών που εμπλέκονται σε ανθρώπινες ασθένειες κι εκέινων που ανιχνεύονται σε ακατέργαστα λύματα. / Enteroviruses have been associated with outbreaks of waterborne non-bacterial gastroenteritis and are of important concern for public health. Significant numbers of viruses can be isolated from faeces and urine of humans as well as from sewage and polluted waters. Adenoviruses are also pathogenic to humans and their presence in environmental samples (polluted waters) may cause infections. Like rotaviruses, adenoviruses are causative agents of gastroenteritis, are the only human enteric viruses to contain DNA and many serotypes are difficult to culture in regular cell lines For this reason, and because adenoviruses are slow growing, their presence in polluted water and their role as originators of gastroenteritis have probably been underestimated. Rota viruses are responsible for severe gastroenteritis in humans and animals. After replicating in the gastrointestinal tract, these viruses are excreted and may be dispersed in environmental waters. Rota viruses have been implicated in waterborne gastroenteritis outbreaks in many countries. The stability of human rotaviruses in environmental water and their resistance to physicochemical treatment processes in sewage treatment plants may facilitate their transmission. In the present study, enteroviruses, adenoviruses and rota viruses were detected in raw sewage samples from inlets of four biological treatment plants in Greece (two in Athens, two in Patras}. Raw sewage samples (118) were analyzed for the presence of these viruses during the period September 2000 to September 2003. Our approach consisted of a simple concentration of viruses from raw sewage followed by RT-nested PCR in order to increase the sensitivity of virus detection. The viral sequences detected were then characterized by nucleotide sequencing analysis. Rota viruses were detected in 17 samples (14.2%). Sequencing analysis of the positive sewage samples revealed the presence of rotavirus type G1 (88.2%) and type G2 (11.8%). Adenoviruses were found in 55 samples (45.8%). Sequencing analysis of the positive sewage samples revealed the presence of adenovirus group F type 40 (34.6%), type 41 (63.6%) and group C type 2 (1.8%). Enteroviruses were detected in 30 samples (40%) and sequencing analysis of the positive sewage samples revealed the presence of several types such as (a) coxsackievirus types (A6 - 3.3%, A9 - 3.3%, A16 - 3.3%, B4 - 16.7%, B5 - 3.3%), (b) echovirus types (2 -6.7%, 6 - 13.3%, 30 -10%), (c) enterovirus types (68 - 3.3%, 71 - 13.3%) as well as porcine enterovirus (6.7%). poliovirus 1 (6.7%) and poliovirus 2 (10%). Water quality and, therefore human health, may be significantly affected by the presence of pathogenic enteric microorganisms derived from sewage discharged to the aquatic environment. Outbreaks of enteric virus disease have been linked to water at various times and to different causes. Waterborne disease may be transmitted by consumption of polluted drinking water, by immersion in recreational water or by contact with skin or inhalation. Raw sewage was found to be contaminated by different types of enteric viruses that mainly cause gastroenteritis; therefore, it is necessary to use the most efficient water treatment measures in sewage treatment plants. Sequencing analysis showed the presence of human rotavirus A type G1 and G2 which cause childhood diarrhea worldwide and enteric adenoviruses (types 40 and 41) which are important etiological agents of pediatric gastroenteritis, principally in temperate climates. On the other hand, the variety of enteroviruses identified in the raw sewage samples was more extensive compared to the other viruses of the study. The present study demonstrated the efficiency of the nucleotide sequencing analysis for studying epidemiological relationships between strains involved in human infections and those found in raw sewage.