Spelling suggestions: "subject:"μοριακή ανίχνευση"" "subject:"οριακή ανίχνευση""
1 |
Μοριακή ανίχνευση και τυποποίηση αδενοϊνών από ασθενείς με επιπεφυκίτιδα / Molecular detection and typing of adenoviruses from patients with conjunctivitisΜπαλασοπούλου, Αγγελική 02 April 2014 (has links)
Η επιπεφυκίτιδα (φλεγμονή του επιπεφυκότα) είναι η πιο συχνή ασθένεια των οφθαλμών, η οποία
εκδηλώνεται σε παγκόσμια κλίμακα με τη μορφή σποραδικών κρουσμάτων ή επιδημίας. Μπορεί να
είναι λοιμώδους (βακτήρια, ιοί, παράσιτα) ή μη λοιμώδους αιτιολογίας. Η κύρια αιτία της οξείας
ιογενούς αιτιολογίας επιπεφυκίτιδας είναι οι αδενοϊοί. Περίπου το 15- 70% του συνόλου των
κρουσμάτων της επιπεφυκίτιδας οφείλονται στους αδενοϊούς.
Σκοπός της μελέτης είναι η χρήση επιδημιολογικών δεδομένων προκειμένου να πραγματοποιηθεί
επιδημιολογική παρακολούθηση των κρουσμάτων επιπεφυκίτιδας στο Πανεπιστημιακό Γενικό
Νοσοκομείο Πατρών (ΠΓΝΠ) από ασθενείς οι οποίοι επισκέφθηκαν την οφθαλμιατρική κλινική και
τα εξωτερικά ιατρεία του νοσοκομείου τη χρονική περίοδο 2 Ιανουαρίου – 29 Ιουλίου 2012
(εβδομάδες 1- 30), ο καθορισμός της συχνότητας της ιογενούς αιτιολογίας επιπεφυκίτιδας και ο
εντοπισμός πιθανής ύπαρξης επιδημίας. Ταυτόχρονα, πραγματοποιήθηκε μοριακή ανίχνευση και
τυποποίηση αδενοϊών από ασθενείς με κλινική εικόνα ιογενούς επιπεφυκίτιδας το χρονικό
διάστημα μεταξύ 27 Φεβρουαρίου και 17 Ιουνίου.
Όλα τα κρούσματα καταγράφηκαν από τα ιατρικά αρχεία του ΠΓΝΠ για το χρονικό διάστημα
Ιανουαρίου- Ιουλίου του 2012 και για το ίδιο χρονικό διάστημα το προηγούμενο έτος (2011).
Καταγράφηκαν 231 κρούσματα επιπεφυκίτιδας (47,1% άνδρες και 52,8% γυναίκες), από τα οποία
τα 205 ήταν ιογενούς αιτιολογίας, τα 4 βακτηριογενούς αιτιολογίας και 22 ήταν απροσδιόριστης
αιτιολογίας από τους ιατρούς. Για την ίδια χρονική περίοδο το προηγούμενο έτος (2011), σύμφωνα
με τα αρχεία του ΠΓΝΠ καταγράφηκε ένα σύνολο από 156 κρούσματα επιπεφυκίδας (38,5%
άνδρες και 61,5% γυναίκες), από τα οποία τα 135 ήταν ιογενούς αιτιολογίας, τα 3 βακτηριογενούς
αιτιολογίας και 18 ήταν απροσδιόριστης αιτιολογίας. Ο αριθμός κρουσμάτων επιπεφυκίτιδας τους
δυο πρώτους μήνες καθώς και τον Ιούλιο του 2012 ήταν στα ίδια επίπεδα με τους αντίστοιχους
μήνες το 2011 και παρατηρείται επιδημία που πραγματοποιήθηκε μεταξύ Μαρτίου- Ιουνίου 2012.
Οι ασθενείς κατανέμονταν σε όλες τις ηλικίες και στα δυο φύλα.
Το χρονικό διάστημα μεταξύ 27 Φλεβάρη- 17 Ιουνίου του 2012 (εβδομάδες 9- 24), 48 επιχρίσματα
επιπεφυκότα ασθενών με κλινική εικόνα αδενικής επιπεφυκίτιδας συλλέχθηκαν από τους ιατρούς
του ΠΓΠΝ και μεταφέρθηκαν υπό κατάλληλες συνθήκες στο εργαστήριο Υγιεινής της Ιατρικής
Σχολής του Πανεπιστημίου Πατρών. Ταυτόχρονα συμπληρώθηκε από τους ιδίους ερωτηματολόγιο
με δημογραφικά και κλινικά στοιχεία. Το DNA του ιού απομονώθηκε με Qiagen και ενισχύθηκε με
nested PCR. Τα θετικά αποτελέσματα επιβεβαιώθηκαν με αλληλούχιση του PCR προϊόντος. Για τον
προσδιορισμό της συγγένειας μεταξύ των διαφόρων απομονωμένων αλληλουχιών του DNA,
φυλογενετική ανάλυση πραγματοποιήθηκε. Από το σύνολο των δειγμάτων που αναλύθηκαν με μοριακές τεχνικές, DNA αδενοϊού ανιχνεύθηκε σε 40 δείγματα (83%). Στα σαράντα θετικά
δείγματα καθορίστηκε η αλληλουχία του DNA τους, από τα οποία τα 29 (72,5%) προσδιορίστηκαν
ως τύπος HAdV17 και τα 5 (12,5%) ως τύπος HAdV-54. Σε 6 θετικά δείγματα (15%) ο τύπος του
ιού δεν προσδιορίστηκε. Τέλος, με τη βοήθεια των μοριακών τεχνικών προκύπτει το συμπέρασμα
ότι το στέλεχος αδενοϊού 17 (Αd 17) είναι η αιτία της εμφάνισης επιδημίας μεταξύ Μαρτίου-
Ιουνίου 2012.
Η έρευνα αυτή είναι από τις λίγες πιυ έχουν πραγματοποιηθεί στον Ελλαδικό χώρο σε κρούσματα
επιπεφυκίτιδας με αποτέλεσμα να εμπλουτίζει τα φτωχά επιδημιολογικά και μοριακά δεδομένα για
την συγκεκριμένη ασθένεια και το συγκεκριμένο τύπο ιών. Παράλληλα μέσω της έρευνας
υπογραμμίζεται η ανάγκη για εθνικό σύστημα επιτήρησης της επιπεφυκίτιδας. / Conjunctivitis (inflammation of the conjunctiva) is the most common eye disease that occurs
worldwide in both sporadic and epidemic form. There are infectious conjunctivitis, which is caused
by a variety of microorganisms (such as bacteria, viruses and parasites) and noninfectious
conjunctivitis, which is caused by an allergic reaction. The leading cause of acute viral
conjunctivitis in clinical practice includes human adenoviruses (HAdVs). About 15- 70% of all
conjunctivitis cases worldwide are associated with AdVs.
The aim of the study is the performance of epidemiological surveillance of cases of conjunctivitis
using epidemiological data from patients who visited the ophthalmic clinic and the outpatient
ophthalmic department of the University General Hospital of Patras (UGHP) in the period from
January 2nd to July 29th in 2011 and 2012 (weeks 1st-30th), in order to determine the frequency of
viral conjunctivitis and to determine a potential epidemic. An additional task of the study is the
molecular detection and typing of adenoviruses for cases of patients with clinical viral conjunctivitis
in the period from February 27th to June 17th 2012.
All conjunctivitis cases referred to UGHP in the period between January and July 2012 as well as
between January and July 2011 were ascertained using medical records. 231 conjunctivitis cases
were reported (47.1% male and 52.8% female), in which 205 were virological conjunctivitis, 4
bacteriological conjunctivitis and 22 were undefined conjunctivitis. For the same period the
previous year (2011), according to the records of UGHP recorded a total of 156 conjunctivitis cases
(38.5% male and 61.5% female), of which 135 were of viral origin, 3 bacteriogenic orogin and 18
were undetermined etiology. The number of conjunctivitis cases in the first two months and in July
2012 was at the same level as the corresponding period in 2011 and there is an epidemic that took
place between March and June 2012. Patients were allocated to all age groups and both sexes.
In the period from February 27th ,2012 to June 17th , 2012 (weeks 9th – 24th), 48 conjunctival swabs
were collected from cases which were clinically suspected of having adenoviral conjunctivitis and
transported under appropriate conditions to the laboratory of Hygiene, Medical School, University
of Patras. At the same time, the patients were asked to answer a structured questionnaire with
demographic and clinical data. The viral DNA was isolated with Qiagen and amplified by nested
PCR. The positive results were confirmed by sequencing the PCR product. To determine the
relatedness between the different isolated sequences, a phylogenetic analysis was constructed.
Of the total samples, which were analyzed with molecular techniques, adenovirus DNA was
detected in 40 samples (83%). Of the positive samples which were confirmed by sequencing, 29
samples (72.5%) were typed as AdV17 and 5 samples (12.5%) as AdV54. For 6 positive samples (15%) the serotype was not determined. Finally, it was concluded that the strain Adenovirus 17 (Ad
17) was the cause of the epidemic between March and June 2012.
There are poor epidemiological and molecular data for this particular disease in Greece. This study
is one of the very few on conjunctivitis determination in Greece. This research underscores the
need for a national surveillance system for conjunctivis outbreaks.
|
2 |
Μοριακή ανίχνευση παθογόνων βακτηρίων που ενέχονται στην περιοδοντίτιδαΠρωτόπαπα, Μαρία 20 September 2010 (has links)
Τα Gram αρνητικά βακτήρια είναι οι κύριοι αιτιολογικοί παράγοντες της περιοδοντικής νόσου, όπως τα βακτήρια Porphyromonas gingivalis, Actinοbacillus actinomycetemcomitans και Bacteroides forsythus. Σκοπός της εργασίας είναι η μοριακή ανίχνευση και ταυτοποίηση των βακτηρίων αυτών, σε δείγματα ασθενών με περιοδοντίτιδα, μέσω εντοπισμού ειδικών αλληλουχιών του DNA του γονότυπου κάθε παθογόνου. Τα δείγματα συλλέγονται σε PBS και DNA παρασκευάζεται με το QIAmp Tissue kit (Qiagen). Η μοριακή ανάλυση γίνεται με PCR και multiplex PCR, με ένα εκκινητή ειδικό για κάθε βακτήριο και ένα κοινό για τα τρία βακτήρια, για ειδική αλληλουχία του γονιδίου 16S rRNA.Το αποτέλεσμα της PCR ελέγχεται με ηλεκτροφόρηση αγαρόζης 2%.Η ταυτοποίηση του προϊόντος της PCR γίνεται με κατάτμηση του γενετικού υλικού με ειδικά ένζυμα περιορισμού. Ο προσδιορισμός της ευαισθησίας της μεθόδου γίνεται με συνεχείς αραιώσεις του DNA για κάθε βακτήριο και PCR.Εξετάστηκαν 42 δείγματα οδοντικής πλάκας. Τα εξεταζόμενα παθογόνα βακτήρια ανιχνεύτηκαν σε 40 δείγματα, εκ των οποίων: 15 περιέχουν τη Porphyromonas gingivalis, 6 τον Actinοbacillus actinomycetemcomitans και 19 το Bacteroides forsythus. Σε 5 δείγματα συνυπάρχουν τα βακτήρια Porphyromonas gingivalis και Bacteroides forsythus, ενώ σε 4 η Porphyromonas gingivalis και ο Actinοbacillus actinomycetemcomitans. Η μεθοδολογία αυτή παρουσιάζει υψηλή ειδικότητα καθότι δεν ανιχνεύεται μη ειδικό προϊόν PCR και υψηλή ευαισθησία, με το χαμηλότερο όριο ανίχνευσης για το Porphyromonas gingivalis είναι 280 pgr/αντίδραση και για το Actinοbacillus actinomycetemcomitans, 120 pgr/αντίδραση.
Η υψηλή αποτελεσματικότητα, ειδικότητα και ευαισθησία μεθόδου, σε συνδυασμό με τον μικρό χρόνο ανάλυσης, καθιστούν τη μοριακή ανίχνευση και ταυτοποίηση των περιοδοντικά παθογόνων βακτηρίων αποτελεσματικότερη, σε σχέση με τις συμβατικές μεθόδους. / Gram- bacteria are the main aetiological factors for periodontal disease(i.e.Porphyromonas gingivalis, Actinοbacillus actinomycetemcomitans και Bacteroides forsythus). The aim of this study is the molecular identification of these bacterias in samples of patients with periodontal disease. The molecular analysis is performed with PCR and multiplex PCR.42 samples with dental plague were evaluated. The pathogenic bacterias were found in 40 of these samples. The great efficacy, sensitivity and speciality of the method make the molecular identification of the periodontal pathogenic bacteria more useful than the conventional methods.
|
Page generated in 0.0229 seconds