• Refine Query
  • Source
  • Publication year
  • to
  • Language
  • 3
  • Tagged with
  • 3
  • 3
  • 3
  • 3
  • 3
  • 2
  • 2
  • 2
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • About
  • The Global ETD Search service is a free service for researchers to find electronic theses and dissertations. This service is provided by the Networked Digital Library of Theses and Dissertations.
    Our metadata is collected from universities around the world. If you manage a university/consortium/country archive and want to be added, details can be found on the NDLTD website.
1

Προσδιορισμός της ανθρώπινης ή μη προέλευσης του κολοβακτηριδίου που απομονώνεται από το υδάτινο περιβάλλον με καλλιεργητικές και μοριακές τεχνικές / Differentiation of the human or animal origin of Escherichia coli isolated from the aquatic environment by cultural and molecular techniques

Βενιέρη, Δανάη 27 June 2007 (has links)
Η διατήρηση της μικροβιολογικής ποιότητας του υδάτινου περιβάλλοντος είναι υψίστης σημασίας δεδομένων των κινδύνων που ενέχονται για τη δημόσια υγεία. Η αξιολόγηση της μικροβιολογικής ποιότητας των υδάτων πραγματοποιείται με την ανίχνευση της κοπρανώδους μόλυνσης και με τον έλεγχο της παρουσίας και συγκέντρωσης συγκεκριμένων μικροοργανισμών – δεικτών, όπως είναι η Escherichia coli. Ωστόσο, η απλή ανίχνευση κοπρανώδους μόλυνσης δεν επαρκεί για την υπόδειξη τρόπων εξυγίανσης και αντιμετώπισης του εκάστοτε προβλήματος. Οι δύο κύριες ομάδες στις οποίες διακρίνεται η κοπρανώδης μόλυνση είναι η ανθρώπινη και η ζωική, οι οποίες υποδηλώνουν πιθανή παρουσία διαφορετικών κάθε φορά παθογόνων μικροοργανισμών για τον άνθρωπο. Έτσι, προκειμένου να οριοθετηθεί ο κίνδυνος για τη δημόσια υγεία και να καθοριστούν μέτρα αντιμετώπισης της μόλυνσης ενδείκνυται ο προσδιορισμός της ανθρώπινης ή ζωικής προέλευσης της κοπρανώδους μόλυνσης. Στην παρούσα μελέτη αναπτύχθηκαν, εφαρμόστηκαν και αξιολογήθηκαν οι μέθοδοι: α)Έλεγχος πολλαπλής ανθεκτικότητας σε αντιβιοτικά (Multiple Antibiotic Resistance – MAR – φαινοτυπική μέθοδος) και β) PCR με τυχαία ενισχυμένα τμήματα πολυμορφικού DNA - Random Amplified Polymorphic DNA-PCR (RAPD-PCR – γονοτυπική μέθοδος), ως τεχνικές προσδιορισμού και διάκρισης προέλευσης μικροοργανισμών. Κατά το πρώτο στάδιο καθορίστηκαν οι παράμετροι των μεθόδων για το διαχωρισμό στελεχών E. coli γνωστής προέλευσης (60 στελέχη απομονωμένα από ζωικά κόπρανα και 68 στελέχη από ανθρώπινα). Για το διαχωρισμό και κατηγοριοποίηση των στελεχών εφαρμόστηκαν η Ιεραρχική Ανάλυση Κατά Συστάδες και η Διαχωριστική Ανάλυση. Με τη MAR ανάλυση τα στελέχη E. coli εμφάνισαν διαφορετικούς συνδυασμούς ανθεκτικότητας και διαχωρίστηκαν βάσει της προέλευσής τους με μέσο ποσοστό σωστής ταξινόμησης (ARCC) 99,2%. Με την RAPD-PCR χρησιμοποιήθηκαν δύο εκκινητές ξεχωριστά (1254 & 1290) και τα 128 στελέχη E. coli γνωστής προέλευσης διαχωρίστηκαν σε ανθρώπινης και ζωικής πηγής με ARCC 98,4% και με τους δύο εκκινητές. Η διακριτική ικανότητα της RAPD-PCR με τους δύο εκκινητές ήταν D1254=0,97 & D1290=0,90. Επιπλέον, η αξιολόγηση της επαναληψιμότητας της RAPD-PCR και με τους δύο εκκινητές έδωσε ικανοποιητικά αποτελέσματα με την εμφάνιση ίδιων ηλεκτροφορητικών εικόνων για τα ίδια βακτηριακά στελέχη. Στη συνέχεια οι επιλεγμένες τεχνικές εφαρμόστηκαν για την ταξινόμηση και κατηγοριοποίηση στελεχών E. coli άγνωστης προέλευσης εκτιμώντας την ανθρώπινη ή ζωική πηγή τους βάσει του μοντέλου διαχωρισμού των E. coli γνωστής προέλευσης. Οι E. coli άγνωστης προέλευσης (234 στελέχη) απομονώθηκαν από δείγματα πόσιμου νερού δικτύου από 11 περιοχές και δείγματα μη επεξεργασμένων λυμάτων από τις εισόδους τεσσάρων σταθμών βιολογικού καθαρισμού (ΚΕΡΕΦΥΤ – Νομός Αττικής, ΨΥΤΤΑΛΕΙΑ – Νομός Αττικής, ΡΙΟ – Νομός Αχαΐας και ΠΑΤΡΑ - Νομός Αχαΐας). Τα 234 στελέχη με τη MAR ανάλυση ταξινομήθηκαν ως ανθρώπινα και ζωικά σε ποσοστά 46,6% και 53,4% αντίστοιχα. Τα αποτελέσματα ταξινόμησης ήταν διαφορετικά με τη μέθοδο RAPD-PCR. Με τον εκκινητή 1254 τα άγνωστα στελέχη προσδιορίστηκαν ως ανθρώπινα κατά το 64,9% και ως ζωικά κατά το 35,1%. Αντίστοιχα, με τον εκκινητή 1290 τα ποσοστά ήταν 60,3% ανθρώπινα και 39,7% ζωικά. Τα στελέχη του πόσιμου νερού που προέρχονταν από τους σταθμούς δειγματοληψίας που ήταν αστικά κέντρα χαρακτηρίστηκαν εξ ολοκλήρου ως ανθρώπινης προέλευσης. Αντίθετα, στις περιοχές δειγματοληψίας με ανεπτυγμένη κτηνοτροφία βρέθηκαν και στελέχη ζωικής προέλευσης, γεγονός που υποδηλώνει την είσοδο στο δίκτυο κοπρανώδους υλικού προερχόμενου από ζώα των συγκεκριμένων περιοχών, τα οποία ενδεχομένως να έχουν άμεση πρόσβαση στις πηγές και γεωτρήσεις. Όσον αφορά στο χαρακτηρισμό των E. coli που καταλήγουν στους αναφερόμενους βιολογικούς καθαρισμούς, η πλειοψηφία ανίχνευσης ανθρωπίνων στελεχών δηλώνει την πιθανή παρουσία στα ακατέργαστα λύματα πολλών ανθρωπίνων εντερικών παθογόνων σημαντικών για τη δημόσια υγεία. Δεδομένου ότι τα τελευταία χρόνια οι ερευνητές έχουν αποδυθεί σε μια προσπάθεια επαναχρησιμοποίησης επεξεργασμένων λυμάτων επισημαίνεται η ανάγκη επεξεργασίας τους σε διάφορα στάδια για τη διασφάλιση της δημόσιας υγείας. Παρατηρήθηκε συμφωνία αποτελεσμάτων με τη χρήση των δύο εκκινητών καθώς η διαφορά στα ποσοστά δεν ήταν στατιστικά σημαντική (P>0,05). Συγκρίνοντας τα αποτελέσματα που ελήφθησαν με τις δύο μεθόδους, τη φαινοτυπική (MAR ανάλυση) και τη γονοτυπική (RAPD-PCR), υπήρξε στατιστικά σημαντική διαφορά (P<0,05), με συνέπεια να τίθεται θέμα επιλογής της πιο ενδεδειγμένης μεθόδου τυποποίησης και διάκρισης περιβαλλοντικών μικροοργανισμών. H παρούσα μελέτη αναδεικνύει την RAPD-PCR ως μια γονοτυπική μέθοδο με ικανοποιητική διακριτική ικανότητα, ευαισθησία, επαναληψιμότητα υπό αυστηρά καθορισμένες συνθήκες και χαμηλού κόστους. Η ευκολία εφαρμογής για την τυποποίηση μεγάλου αριθμού βακτηριακών στελεχών, χωρίς την απαίτηση γνώσης της νουκλεοτιδικής αλληλουχίας του γενετικού υλικού την καθιστούν ιδιαίτερα προσιτή σε εργαστήρια μοριακής μικροβιολογίας, ως τεχνική διάκρισης προέλευσης της κοπρανώδους μόλυνσης στο υδάτινο περιβάλλον. / Maintenance of the microbiological quality and safety of water systems is imperative, as their faecal contamination may exact high risks to human health as well as result in significant economic losses. The microbiological quality of water systems is evaluated by detecting their faecal pollution and especially specific faecal indicators such as Escherichia coli. Simple detection of faecal pollution is not sufficient in order to apply appropriate management plans to remedy the problem and to prevent any further contamination. Human faecal material is generally perceived as constituting a grater human health risk than animal faecal material, considering that it is more likely to contain human-specific enteric pathogens. Thus, it would be desirable to determine the source of the faecal material, especially for the assessment of risk for public health and for the development of monitoring plans. In the present study the development and assessment of Multiple Antibiotic Resistance Analysis (MAR – phenotypic method) and Randomly Amplified Polymorphic DNA-PCR Analysis (RAPD-PCR – genotypic method) were established as microbial source tracking methods. Firstly, parameters of the two selected methods were determined for the discrimination of E. coli isolates of known source (60 isolates from animal faecal material & 68 isolates from human faecal material). Hierarchical Cluster Analysis and Discriminant Analysis were applied for the classification of the isolates. With MAR analysis E. coli isolates developed different resistance profiles and were discriminated according to their source with an average rate of correct classification (ARCC) of 85.2%. With RAPD-PCR analysis two different 10-nt primers of arbitrary sequence were used (1254 & 1290) and the 128 E. coli isolates of known origin were classified as human and animal with the following ARCC: ARCC1254= 87.5% & ARCC1290= 81.3%. The discriminatory power of RAPD-PCR with the two selected primers was D1254=0.97 & D1290=0.90. Furthermore, the assessment of reproducibility of RAPD-PCR analysis provided satisfactory results with both primers, as RAPD profiles were identical for the same bacterial isolates. The assessment of specificity of the method resulted in the discrimination among RAPD profiles of E. coli isolates and other reference bacteria. The selected methods were applied for the classification and the source tracking of E. coli isolates, derived from tap water and raw sewage samples. In total 234 E. coli strains were isolated from tap water from 11 areas and raw sewage samples from four treatment plants (KEREFYT – prefecture of Attiki, PSITALIA - prefecture of Attiki, RIO - prefecture of Achaia and PATRA - prefecture of Achaia). With MAR analysis the 234 isolates were classified as human and animal in percentages of 46.6% & 53.4%, respectively. Classification results were different with RAPD-PCR analysis. With primer 1254 the classification was: 64.9% of human origin and 35.1% of animal origin and with primer 1290 the classification was: 60.3% of human origin and 39.7% of animal origin. Isolates derived from tap water of urban areas were classified in total as of human origin. On the contrary, in areas with many farm breeders many isolates were classified as of animal origin, indicating presence of faecal material in the water systems derived animal activities. As far as E. coli isolates from raw sewage samples are concerned, the majority of them were classified as of human source, indicating the possible presence of other human enteric pathogens as well. Taking into account the fact that there has been an effort in order to reuse treated sewage, it seems necessary a multi-stage process to renovate wastewater before it re-enters a body of water. There was an agreement of results of classification obtained form the use of the two different primers as the percentages did vary statistically (P>0.05). Comparing results obtained from the two selected methods, the difference was statistically significant (P<0.05), raising a question of the appropriate method for the typing and discrimination of environmental microorganisms. The present study demonstrates RAPD analysis as a simple, cost effective genotypic method with satisfactory discriminatory power, sensitivity and reproducibility. It can be applied for the analysis of a large number of bacterial isolates without the prior knowledge of nucleotide sequence of DNA to be necessary. Finally, it may fulfil environmental for the determination of origin of faecal pollution protecting water resources and public health.
2

Συμβολή στη διερεύνηση των οικονομικών και πολιτικών προοπτικών εξέλιξης των ανανεώσιμων πηγών ενέργειας στην ευρύτερη περιοχή της Δυτικής Ελλάδας / Contribution to the investigation of economic and policy perspectives development of renewable energy sources in the wider region of Western Greece

Στίγκα, Ελένη 26 August 2014 (has links)
Τις τελευταίες δεκαετίες, υπό το πρίσμα της βιώσιμης ανάπτυξης, παρατηρείται μια στροφή προς τις Ανανεώσιμες Πηγές Ενέργειας (ΑΠΕ) και ταυτόχρονη μείωση της χρήσης συμβατικών καυσίμων, ως διέξοδο στην αντιμετώπιση των περιβαλλοντικών προβλημάτων όπως της κλιματικής αλλαγής. Η αποτίμηση, σε νομισματικούς όρους, της διείσδυσης των ΑΠΕ στο ενεργειακό μίγμα, πραγματοποιείται μέσα από τεχνικές μη αγοραίας εκτίμησης. Ο κύριος σκοπός της παρούσας διδακτορικής διατριβής είναι η αποτύπωση σε νομισματικές μονάδες, της προθυμίας πληρωμής των νοικοκυριών για καταβολή επιπρόσθετου χρηματικού ποσού για την υλοποίηση επενδύσεων με σκοπό την παραγωγή ηλεκτρικής ενέργειας από ΑΠΕ. Ιδιαίτερα, είναι η εξέταση της συσχέτισης των κοινωνικοοικονομικών χαρακτηριστικών, της ενεργειακής συμπεριφοράς και της κοινωνικής αποδοχής της τοπικής κοινωνίας για έργα εκμετάλλευσης ΑΠΕ, με την επιθυμία οικονομικής συνεισφοράς για την παραγωγή ηλεκτρικής ενέργειας προερχόμενης από ΑΠΕ αλλά και με την πραγματική καταβολή χρηματικού ποσού στο δίμηνο λογαριασμό της ΔΕΗ, μέσα από τεχνικές μη αγοραίας εκτίμησης. Η ενεργειακή συμπεριφορά και η προθυμία πληρωμής, εξετάζεται με τη μέθοδο της υποθετικής ή εξαρτημένης αξιολόγησης που εφαρμόζεται στη παρούσα διατριβή εκτιμώντας σε ένα υποθετικό σενάριο, με χρήση ερωτηματολογίου, εκφρασμένες προτιμήσεις του κοινού, ποσοτικοποιώντας ουσιαστικά μη νομισματικές αξίες. Το δειγματοληπτικό πλαίσιο περιορίστηκε στο νομό Αιτωλοακαρνανίας. Η τελική επιλογή των νοικοκυριών έγινε με μίξη δειγματοληψίας ευκολίας και δειγματοληψίας χιονοστιβάδας. Από τον Ιανουάριο έως τον Απρίλιο 2012, διανεμήθηκαν ερωτηματολόγια σε 280 νοικοκυριά εκ των οποίων επεστράφησαν συμπληρωμένα 201. Από την ανάλυση προκύπτει ότι είναι περισσότερο ενημερωμένοι για την ηλιακή ενέργεια και έπονται η αιολική, η βιομάζα και η υδροηλεκτρική. Επίσης, εκφράζουν θετική άποψη στο ενδεχόμενο υλοποίησης έργων εκμετάλλευσης ΑΠΕ και πιστεύουν ότι μελλοντικά θα καταλαμβάνουν μεγάλο μερίδιο στο ενεργειακό μίγμα. Το κόστος κατανάλωσης ηλεκτρικής ενέργειας για τα νοικοκυριά, υπολογίζεται περίπου στα 301-400 ευρώ ανά δίμηνο λογαριασμό της ΔΕΗ. Οι λιγότεροι από τους μισούς ερωτηθέντες είναι διατεθειμένοι να δώσουν έως 10 ευρώ επιπρόσθετα, για χρήση ηλεκτρικής ενέργειας από ΑΠΕ ενώ, υψηλό ποσοστό ερωτηθέντων εμφανίζεται μη διατεθειμένο να πληρώσει επιπρόσθετα λόγω έλλειψης χρημάτων. Παράλληλα, μια μερίδα είναι διατεθειμένη να προχωρήσει σε μείωση των εξόδων της κυρίως στο τομέα της ψυχαγωγίας, ώστε να εξοικονομήσει χρήματα για να επωμιστεί το επιπρόσθετο κόστος. Εξήχθησαν κύριες συνιστώσες από ομοειδείς ομάδες μεταβλητών όπως η ενημέρωση του κοινού για τις επιμέρους μορφές ΑΠΕ, ο μελλοντικός ρόλος των διαφόρων μορφών στο ενεργειακό μίγμα, οι συνέπειες επενδύσεων με χρήση ΑΠΕ, τα ενδεχόμενα εμπόδια κατά την υλοποίηση, τα μέτρα επίλυσης τους. Από την ανάλυση συστάδων διαπιστώνεται ότι το κοινό ομαδοποιείται σε δύο συστάδες. Το δείγμα που ανήκει στη πρώτη συστάδα είναι μεγαλύτερης ηλικίας, όχι τόσο μορφωμένο και οικονομικά ασθενέστερο. Το δείγμα της δεύτερης συστάδας είναι νεαρής ηλικίας, πιο μορφωμένο και οικονομικά πιο ισχυρό. Μετά από πολλαπλή παλινδρόμηση η συμμετοχή σε συστάδα δεν αποτέλεσε στατιστικά σημαντική μεταβλητή. Το μοντέλο παλινδρόμησης της προθυμίας πληρωμής έδειξε ότι παράμετροι όπως της ηλικίας, του αριθμού των μελών της οικογένειας και της κύριας συνιστώσας που αφορά στην ενημέρωση του κοινού ως προς τις επιμέρους μορφές ενέργειας ήταν σημαντικές. Παρατηρείται ότι όσο αυξάνεται ο αριθμός των μελών της οικογένειας, η ηλικία καθώς και η ενημέρωσή σε συγκεκριμένες μορφές ΑΠΕ, τόσο μεγαλύτερη είναι η κατά μέσο όρο καταβολή χρηματικού ποσού στο δίμηνο λογαριασμό της ΔΕΗ και τόσο αυξάνεται και η προθυμία τους για πληρωμή επιπρόσθετου ποσού για παραγωγή ηλεκτρικής ενέργειας που βασίζεται σε ΑΠΕ. Επιπρόσθετα, όσο αφορά στο κατά μέσο όρο εισόδημα των νοικοκυριών έχει μικρή θετική επίδραση ως προς τη πληρωμή του λογαριασμού της ΔΕΗ και πολύ αρνητική ως προς την προθυμία επιπρόσθετου χρηματικού ποσού. Τέλος, η συμμετοχή σε περιβαλλοντικές δράσεις εμφανίζει μικρή θετική επίδραση για πληρωμή στο λογαριασμό της ΔΕΗ αλλά αρνητική στη προθυμία πληρωμής. Το κοινό υποστηρίζει πως η ύπαρξη επενδύσεων ΑΠΕ θα έχει σε γενικές γραμμές, θετικές συνέπειες στην ευρύτερη περιοχή και πως η τοπική κοινωνία θα έχει θετική στάση αν ξεπεραστούν τα εμπόδια και ληφθούν συγκεκριμένα μέτρα όπως οικονομικά κίνητρα. Τα αποτελέσματα των μοντέλων πολλαπλής παλινδρόμησης συγκρίθηκαν και με ανάλυση κανονικοποιημένης συσχέτισης. Για περαιτέρω διερεύνηση προτείνεται η εξέταση άλλων υποθετικών σεναρίων και άλλων μορφών πληρωμής. / In the last decades, under the spectrum of sustainable development, a turn to the Renewable Energy Sources (RES) is observed and parallel reduction of the use of conventional fuels, as a way out to the confrontation of environmental problems such as climate change. The evaluation, in economic terms, of the penetration of RES in the energy mix, is realized through techniques of non market valuation. The main purpose of the present research is the evaluation in economic units of households Willingness to Pay (WTP) to deposit an additional amount of money to make investments in order to produce electric power from RES. Especially, it is the examination of correlation of socioeconomics characteristics, energy behavior and social acceptance of the local community for projects using renewable energy, with the willingness of economic contribution for the electricity production deriving from RES but also with the real deposit amount of money to a bi-monthly electricity bill, through techniques of non market valuation. The energy behavior and the WTP are examined by Contingent Valuation Method (CVM) which is applied in the present, appreciating a hypothetical scenario, with the use of a questionnaire, expressed preferences of the public, giving quantity essentially to non market values. The target framework is limited in the Aitoloakarnania County. The final choice of the households was made by a mix of convenience sampling and snowball sampling. From January until April 2012, were distributed questionnaires to 280 households from which 201 were returned completed. From the analysis is inferred that it is more informative about the solar energy and wind, biomass and hydroelectric follow. It is also expressed positive view in case of making projects of exploitation RES and believed that in the future they will occupy a great share in the energy mix. The cost of consumption of electric power for households is estimated about €301-400 per a bi-monthly electricity bill. Fewer than half of the respondents are available to pay €10 more, for the electric power from RES, whereas a high percentage appears not to be available to pay more because of lack of money. At the same time, a group of consumers is available to have a reduction in the expenses in the sector of entertainment in order to save money for facing the additional cost. Principal components from identical groups have been extracted such as the awareness of the public about the partial forms of RES, the future role of the different forms in the energy mix, the consequences of investments by using RES, the following obstacles during the implementation and the measures of solving them. Cluster analysis identified that the public is grouped in two clusters. The sample which belongs to the first cluster is of older age, not so educated and economically weaker. The sample of the second cluster is of a younger age, more educated and financially more powerful. It is noted that after a multiple regression analysis, the participation in cluster did not constitute statistically important variable. The model of regression of WTP showed that parameters such as age, family members and the principal component which concerns the public awareness as concerning the partial forms of energy were important. It is obvious that as the number of family members is increasing, the age as well as the awareness in specific forms of RES, so grater is the average deposit of the amount of money in the bi-monthly electricity bill and the WTP is increasing in order to pay the additional amount for the production of electric power which is based on RES. In additional, the average income of the households has a small positive influence in regard with the payment of the electricity bill and very negative as concerning the willingness of additional amount of money. The public supports that the existence of RES investments will have generally positive consequences in the broad area that the local society will have positive stance if some obstacles are overcome and take certain measures such as financial motives. Finally, the results of multiple regression models were compared with the canonical correlation analysis. For further research is proposed the examination of other hypothetical scenarios and of other forms of payment.
3

Ταυτοποίηση ψευδομονάδων που απομονώνονται από το υδάτινο περιβάλλον με βιοχημικές, ηλεκτροφορητικές και μοριακές τεχνικές / Identification of pseudomonas isolated from the aquatic environment using biochemical, electrophoretic and molecular methods

Σαζακλή, Ελένη 28 June 2007 (has links)
Τρεις ευρέως χρησιμοποιούμενες μέθοδοι τυποποίησης, μια βιοχημική (API20NE), μια φαινοτυπική (SDS-PAGE) και μια μοριακή (RAPD) χρησιμοποιήθηκαν για την ταυτοποίηση και ταξινόμηση 160 περιβαλλοντικών ψευδομονάδων που απομονώθηκαν από το υδάτινο περιβάλλον της Νοτιοδυτικής Ελλάδας και συγκεκριμένα από εμφιαλωμένα νερά (46%), νερά δικτύου ύδρευσης (16%), κολυμβητικών δεξαμενών (9%) και θαλασσών (29%). Οι ψευδομονάδες ταυτοποιήθηκαν με βάση το βιοχημικό τους αποτύπωμα δια μέσου του συστήματος ΑΡΙ20ΝΕ, και στη συνέχεια υποβλήθηκαν σε ηλεκτροφόρηση των ολικών πρωτεϊνών τους (SDS-PAGE) και σε ανάλυση του γενετικού τους υλικού με τη μέθοδο RAPD (Random Amplified Polymorphic DNAs) με χρήση δύο διαφορετικών δεκαμερών εκκινητών (primers). Το σύστημα API20NE ταυτοποίησε το 88% των στελεχών διακρίνοντας 14 ομάδες-είδη, ενώ η SDS-PAGE ταξινόμησε το 98.1% σε 20 ομάδες και η RAPD το 94% των στελεχών σε 22 και 34 ομάδες, με εκκινητή τον OPA-13 και τον OPD-13 αντίστοιχα. Η ταξινόμηση προέκυψε με εφαρμογή της ανάλυσης κατά συστάδες (cluster analysis) των αποτυπωμάτων (πρωτεϊνικών και γενετικών) που παρήγαγαν τα στελέχη. Τα 20 στελέχη που δεν ταυτοποιήθηκαν σε επίπεδο είδους με το API20NE, ταξινομήθηκαν με την SDS-PAGE σε ποσοστό 100%, ενώ με την RAPD σε ποσοστό 90%. Οι τρεις μέθοδοι συγκρίθηκαν ως προς την επαναληψιμότητα (reproducibility), την ικανότητα τυποποίησης (typeability) και τη διακριτική ικανότητα (discriminatory power). Την μεγαλύτερη επαναληψιμότητα έδωσαν το API20NE και η RAPD με τον εκκινητή OPA-13, την μεγαλύτερη ικανότητα τυποποίησης η SDS-PAGE, ενώ τη μεγαλύτερη διακριτική ικανότητα έδωσε η RAPD με τον εκκινητή OPD-13. Η πλέον σωστή ταξινόμηση, όπως προέκυψε από τη διακριτή ανάλυση, επιτεύχθη με τη μέθοδο SDS-PAGE. Η παρούσα εργασία αποδεικνύει ότι τα βιοχημικά συστήματα ταυτοποίησης (όπως το API20NE) μπορούν να χρησιμοποιηθούν με αξιοπιστία μόνο για αδρή αναγνώριση των περιβαλλοντικών ψευδομονάδων. Πληροφορίες σε βάθος για την ταυτότητα και τη φύση τους μπορούν να εξαχθούν με τη περαιτέρω εφαρμογή ηλεκτροφορητικών και μοριακών μεθόδων. Δεδομένης της ευρείας διασποράς, της ετερογένειας και της, έστω και δυνητικής, παθογόνου δράσης των ψευδομονάδων, είναι σημαντικό, από πλευράς δημόσιας υγείας, ο προσδιορισμός της ταυτότητάς τους να γίνεται με συνδυασμένη εφαρμογή βιοχημικών, ηλεκτροφορητικών και μοριακών μεθόδων ώστε να καθίσταται δυνατή η αναγνώριση στελεχών που μπορούν να αποτελέσουν αιτιολογικούς παράγοντες ασθενειών, ιδιαίτερα σε ομάδες υψηλού κινδύνου. / Three broadly used typing techniques, one biochemical (API20NE), one phenotypic (SDS-PAGE) and one molecular (RAPD), were employed for the identification and taxonomy of 160 environmental pseudomonas isolated from the aquatic environment in Southwestern Greece. In particular, the isolates were obtained from bottled waters (46%), potable waters (16%), waters from swimming pools (9%) and seawaters (29%). The isolates were identified by the system API20NE and then subjected to whole-cell protein electrophoresis (SDS-PAGE) and Random Amplified Polymorphic DNAs (RAPD) using two 10-mer primers. The API20NE system identified 88% of the whole bacterial population and classified them in 14 species, while SDS-PAGE classified 98.1% of the isolates in 20 groups and RAPD classified 94% of the strains in 22 groups using the primer OPA-13 and 34 groups using the primer OPD-13. The classification was achieved by applying cluster analysis in the protein or RAPD fingerprints of the isolates. Twenty isolates that could not be identified by the API20NE system, at least to the species level, were classified by the SDS-PAGE and the RAPD in a percentage of 100% and 90%, respectively. The reproducibility, typeability and discriminatory power of the three methods were compared to evaluate their application. The API20NE and the RAPD assay with primer OPA-13 showed better reproducibility in comparison with the other methods; the higher typeability was achieved by the SDS-PAGE assay while the higher discriminatory power was that obtained by the RAPD method with the primer OPD-13. The SDS-PAGE gave the higher percentage of “correctly classified” isolates, as it was assessed by discriminant analysis. This study shows that the rapid identification systems, such as the API20NE, may be reliable only for a rough characterization of environmental Pseudomonas. In order to acquire further information about their identities, other phenotypic and molecular techniques have to be applied. Given the ubiquity, heterogeneity and pathogenicity, either established or potential, of the environmental pseudomonas it is important, from a public health point of view, to monitor the identities of environmental Pseudomonas isolates using the combination of specific methods, so as to be possible for strains, which can serve as causative agents of diseases, especially in high risk population, to be recognizable.

Page generated in 0.0378 seconds