2006年1月11日公布之證券交易法修正條文，正式將「獨立董事」、「審計委員會」等制度納入我國公開發行公司法制中，因此，我國目前公開發行公司的董事會，可分為三種型態：第一種是傳統的董事會，不設獨立董事，僅設董事會及監察人；第二種是設立獨立董事，且同時設有監察人；第三種類型則是有董事會及審計委員會，但無監察人。 這樣劇烈的變革，毫無疑問地，勢必將對我國公司治理法制中內部監控機關之設置帶來深刻的影響。譬如說：獨立董事與監察人二者並用，是否在組織機制層面上會疊床架屋，其相互間之權責會否不易界定而混淆不清，進而相互推諉？監察人和審計委員會之間是否為可相互取代之制度？二者設計的目的、監控方法和範圍在本質上有何異同？又如何的設計才能確保其「獨立性」和監控機能的有效發揮，但又不致陷入只會除弊不會興利的刻板印象？2006年修正之證券交易法的相關條文，其優劣為何，是否尚有不足之處仍待補充？本文即以此為研究方向，進行探討，惟鑑於國內研究監察人之專著專文已汗牛充棟，故本文著重於介紹此次證券交易法所正式引進之審計委員會制度在美國法下之相關規範及運作情形，並就引進獨立董事和審計委員會制度須搭配之相關配套措施及監察人制度之改善等相關問題提出淺見。 針對以上三種模式，本文認為，在模式二下的獨立董事，有責無權，頂多只能在董事會中扮演「諍友」的角色，其力量之極限亦僅止於透過公開其「諍言」來引起外部力量對公司之注意與監督。此種逐步、分階段實施獨立董事制度之設計，雖然優點是對企業之衝擊較小，但壞處是使得獨立董事制度的健全性，仍有很大的進步空間 。蓋立法者若真希望獨立董事能發揮其監督功能，則至少要讓其權責相符，如此一來功能性委員會之運作配合便是不能少的，且尚須使獨立董事能占董事會及功能性委員會之多數，才能使其較無懼地發揮監督之功能，此亦為國外法制之發展趨勢 。因此，此種既非純粹雙軌制亦非純粹單軌制之過渡階段的模式二設計，將來修法時實宜予以廢除，改由公司從經過修法補強完備之模式一（即水平式雙軌制）或模式三（即單軌制）中，依公司本身之需求，選擇適用其一，如此一來不但可避免現行架構上之混亂，亦符「公司自治」之法理。 而關於現行模式一下尚存如監察人之專業性、獨立性不足，欠缺對內、外審計單位之人事權及相關權責執行規定不夠細緻與選任方式不甚理想等缺失部分，本文建議可透過確立監察人獨立性資格；改善監察人提名、選任、報酬決定機制；賦予監察人辭任時之意見陳述權及引進監察人會等方式加以改進。 至於模式三之部分，本文則建議透過明確劃分董事會、管理階層及審計委員會之責任範圍；引進獨立董事責任免除或減輕之機制；明文要求公司應同時設置提名委員會及報酬委員會；加重對金融犯罪之處罰與設立專責法庭及禁止違反相關規定者轉任至其他發行公司擔任董事或經理人和引進預警機制等方法，以補強現制未臻完美之處，期使單軌制能真正於我國法制中落地生根、成長茁壯。