本論文藉由研究車臣、新疆及菲律賓南部分離意識與恐怖主義活動之成因，檢視文明衝突理論在個案之適用性。首先從個案衝突發展之歷史背景著手，再以資料庫檢視內部衝突之原因，最後檢討內部、外部因素及種族政治因素對個案衝突的影響並做出文明衝突理論並未比其他政治性因素更能解釋衝突產生之原因的結論。 主要研究發現如下：（1）未發現「文明衝突」對個案衝突而言未具一致性的解釋力，衝突的發生與個案歷史背景、種族文化、內部及外部政治因素有關。（2）宗教的教義是可以被政治所影響的，甚至是為政治而服務的。（3）國家與團體的「利益」仍為影響衝突發生之重要因素。（4）個案專制或民主政體內部因政治體制的不同，使得人民在選擇衝突的形式上會有所不同。（5）雖然同屬伊斯蘭教，同時具有分離意識與恐怖主義，但個案恐怖主義活動發展現況並不相同。（6）「文明」的分類過於簡化。（7）個案確實存在文化上的衝突，但不至於演變成全球性的「文明衝突」。（8）伊斯蘭教本身並非恐怖主義的溫床，但確實有分離運動或恐怖主義組織利用伊斯教來團結群眾、招募人力、獲取國際資金來源或鞏固其領導勢力之情形。