人類自有歷史以來，權力的競逐或文明的流動即從未停歇，其所造成的衝突與影響更是複雜無比。911事件是否為杭廷頓教授所言之文明衝突，抑或是源於美國霸權失衡的中東政策所造成的影響？俱為本論文欲試圖探索的中心命題。 911事件深刻地改變了美國對於本土以及國際安全環境的思維，全球安全環境亦因而隨之改變。恐怖主義與文明衝突成就了美國難得的戰略機遇，美國除藉此確立其全球優勢地位外，更大幅擴張其國際活動的空間與戰略運用，相對於國際間反美勢力的聲浪，明顯地對小布希政府的外交政策與全球戰略造成威脅與諷刺。 尤以阿拉伯世界而言，巴勒斯坦問題的無解、美國霸權的過度介入、令人垂涎的石油與經濟等利益，造成中東國家反美反西方情緒高漲，甚而恐怖主義因此盛行。凡此種種，均無法簡單的以「文明衝突」之說，解釋東西方間、以色列與巴勒斯坦間長久以來複雜的歷史情仇。 而911事件，只是如同已發生在世界各地無數恐怖行動一樣，都是令人無法接受的暴行，而這些人類所無法容忍的罪行，不只是「凱達」組織，許多國家或組織事實上以正義之名，亦同樣行使過或正在行使這些人類的罪行，因而造成今日世界混亂與暴力循環的惡果。 人類歷史向來無法逃脫弱肉強食的宿命，然而，適者生存卻非強者獨占的道理卻也亙古不變。就遙望未來站在世界頂端的美國而言，當世人引頸企盼或虎視眈眈時，尤應深切牢記全球化的同時，許多國家及其人民因為過去的累積與錯誤，仍在與飢餓和死亡、憤怒與絕望中掙扎與茍活，欲真正消弭恐怖主義、面對中東問題，巴勒斯坦的爭議終必尋得解決之道。

本論文藉由研究車臣、新疆及菲律賓南部分離意識與恐怖主義活動之成因，檢視文明衝突理論在個案之適用性。首先從個案衝突發展之歷史背景著手，再以資料庫檢視內部衝突之原因，最後檢討內部、外部因素及種族政治因素對個案衝突的影響並做出文明衝突理論並未比其他政治性因素更能解釋衝突產生之原因的結論。 主要研究發現如下：（1）未發現「文明衝突」對個案衝突而言未具一致性的解釋力，衝突的發生與個案歷史背景、種族文化、內部及外部政治因素有關。（2）宗教的教義是可以被政治所影響的，甚至是為政治而服務的。（3）國家與團體的「利益」仍為影響衝突發生之重要因素。（4）個案專制或民主政體內部因政治體制的不同，使得人民在選擇衝突的形式上會有所不同。（5）雖然同屬伊斯蘭教，同時具有分離意識與恐怖主義，但個案恐怖主義活動發展現況並不相同。（6）「文明」的分類過於簡化。（7）個案確實存在文化上的衝突，但不至於演變成全球性的「文明衝突」。（8）伊斯蘭教本身並非恐怖主義的溫床，但確實有分離運動或恐怖主義組織利用伊斯教來團結群眾、招募人力、獲取國際資金來源或鞏固其領導勢力之情形。

本論文試圖檢視的中心命題是：911事件後美國認知到異文明對美國的威脅有強化的趨勢，是否造成美國在短期之內以文明威脅做為政策制訂之主要考量，企圖透過鞏固西方文明團結，削弱其他文明之發展與相互聯繫，以達到維持西方文明（以美國為首）優勢地位之目的？ 本論文運用杭亭頓的「文明衝突」理論，評估文明衝突論的觀點對於美國國家安全戰略之影響深度，發現：911事件改變美國對於本土及國際安全環境的認知，美國重新重視非國家行為者所造成之威脅，開始著重美國本土防禦，並繼而調整其全球戰略、亞太戰略以及國防組織結構與建軍思想。美國與傳統盟邦的關係，乃至與非盟邦國家的關係，也隨之發生轉變。911事件提醒美國：「文明的衝突」的威力不容小覷！因此，挾著國際輿論對「恐怖主義」的廣大批評聲浪及仇視情緒，美國藉機加速後冷戰時期就一直在進行的戰略部署，趁機大舉整頓具有威脅性的伊斯蘭文明，以確保美國本身的絕對安全，並穩固其優勢地位不受動搖。「反恐怖主義」的口號不僅增加美國在戰略部署和行動上的靈活度及空間，也給予美國介入他國事務時的正當性。 除此之外，美國更利用911之後難得的戰略機遇期，以反恐為藉口將勢力伸入中亞與中東，除了受到該地區廣大的石油利益吸引之外，美國的戰略目標亦希冀確立在這個地區的領導地位。在不穩定弧形地帶上（與杭亭頓所指稱的文明斷層線重疊）部署軍事力量，不僅能夠扼制潛在敵手的發展、防止一個反美聯盟的出現，還能擴大民主價值的推動，改造整個伊斯蘭世界。 綜合上述內容可以看出杭亭頓在文明衝突論中提出的政策建議與美國國家安全戰略之發展方向，確實有一定程度的吻合。然而美國在伊斯蘭世界強硬的軍事部署與移植西方民主的戰略規劃，卻與杭亭頓提出文明衝突論的旨趣大相逕庭。美國諸多戰略規劃背後的動機不見得僅以文明威脅作為考量，以出兵伊拉克為例，背後就包含了取得能源利益、維持區域穩定、推廣民主價值…等考量。因此可以說：911事件後美國雖然認知到異文明對美國的威脅有強化的趨勢，也確實因此造成美國在短期之內將文明威脅視為政策制訂之重要考量，企圖透過鞏固西方文明團結，削弱其他文明之發展與相互聯繫，以達到維持西方文明（以美國為首）優勢地位之目的，然而從美國部分戰略規劃之要點中亦可看出，文明威脅的考量並不能完全主宰美國國家安全之戰略思維，在文明威脅的考量之外，仍有其他重要戰略因素影響著美國的國家行為。