在冷戰結束後興起的非傳統安全議題中，環境安全佔相當重要的一環，由於人類對資源的過度開發以及生態的破壞，環境已然開始反撲，氣候變遷、資源匱乏等問題，為國家安全、國際和平以及社會經濟發展帶來威脅及隱憂，國際社會亦體認到環境安全的重要性，採取有別於傳統安全的解決方案，透過跨國合作形成國際建制處理環境議題。 本論文以跨國界水資源為研究對象，分析水資源本身所具備的資源特性，探討傳統國際環境建制為何無法一體適用，有效治理國際水資源，並從國際制度理論出發，檢視制度建立的過程，透過「權力」、「知識」及「疆界性」等三項要素，分析傳統國際環境建制無法治理跨國界水資源之因，再進一步推論如何結合水資源特性及三項要素調整國際制度的成形。1991年蘇聯瓦解後，位於愛沙尼亞及俄羅斯的Peipsi湖由境內湖泊轉變為跨界湖泊，該流域所面臨的優氧化、廢水污染、經濟開發等威脅正需要愛沙尼亞以及俄國的共同治理，2004年愛沙尼亞加入歐盟後，更使該湖成為歐盟與俄國交界的湖泊，使跨界治理更添變數，本文亦回顧Peipsi湖至今的治理成效，由權威、知識、疆界性探討其過去、現在以及未來的挑戰，期能找出跨界水資源治理的評估標準，做為相關研究之參考。