在財政適足的原則下，尋求公平與效率間的平衡點，一直是租稅制度所探討的重點，而針對租稅結構的討論更是焦點所在，可是對於稅務行政組織的檢討卻相對不受重視，惟一國租稅制度主要係由該國租稅結構與稅務行政組織所構成，所以不僅是租稅結構會影響國家整體資源的配置，稅務行政組織的調整亦是。觀察我國稅務機構之形成，諸多興革，每為遷就現實環境需要，暫行從權，欠缺具長期性、整體性與前瞻性之規劃，使得整個組織架構不甚協調。目前各級政府財政狀況日益惡化，行政效率亦履遭詬病，政府再造或是行政組織重整已成各界關注的焦點，因此本文先藉由相關文獻研究歸納採行稅務行政一元化或二元化之優缺點並與實務觀察作比較分析，再利用資料包絡分析法（DEA）從效率面著手，以臺北市稅務稽徵組織（臺北市國稅局與臺北市稅捐稽徵處）為樣本，除可瞭解稅務行政機關之效率表現外，亦可藉由實證數據佐證，重新評估現行稅務行政組織架構之妥適性。本文依據相關文獻研究及實證分析結果作以下結論：一、整體而言，臺北市稅捐稽徵處在總技術效率、純技術效率及規模效率的表現與穩定度，均不若臺北市國稅局，顯示無效率的原因除了資源運用的無效率外，未在最適規模下經營，亦是主要原因。二、就近十年來的變化觀察，2003年以後，臺北市稅捐稽徵處雖然在純技術效率表現上能與臺北市國稅局並駕其驅，但其規模效率之表現卻更形惡化，致總技術效率與臺北市國稅局相較仍有相當差距。三、推論原因，應為2003年後加值型與非加值型營業稅由國稅局收回自徵，地方稅捐稽徵單位雖然在資源使用上已作調適，但為達便民之效，仍維持原先各稽徵所的設置，造成規模不當，致無法在最適規模下從事稽徵工作。四、採行稅務行政一元化體制可收簡政便民、經濟節約、人員運用調度靈活且不影響地方財政自主等優點，佐以稽徵效率之實證數據，檢視我國現行稅務行政二元化的組織體系實有重行評估回復一元化體制之必要性。五、對民眾而言，政府係一體的組織，任何政府再造或組織調整工作，應有更大格局作通盤的考慮，才能真正運用有限資源並提升行政效率。基於提升稅務稽徵效率，避免稅務行政人力與資源配置的浪費，本文建議採取稅務行政一元化之組織體系，將地方稅委由國稅局代徵，地方稅務人力移撥至國稅局，或者整併為內地稅務局，統理內地稅之稽徵，藉由資源重組、整合的方式，讓有限的資源可以獲得更靈活的調度與運用。另為減少阻力，代徵經費可以視地方財政狀況從輕或是免除，以提高地方政府或議會同意的意願、降低合併阻力。