清廷為了依賴蒙古的武力，同時也為了避免蒙古過於強大而不容易實施直接有效的行政管轄，因此在「分而治之」與「因俗而治」的治邊指導方針下，在蒙古地區推行多元化、多層次的封禁隔離政策。此政策的內涵主要可分為兩個層面：就蒙古內部來說，是嚴防蒙古各旗、各部之間的交通往來，並且推行藩旗組織；就蒙古外部來說，是防止蒙古與漢、藏、回以及東北地區邊疆民族的互動交往，而重點主要在嚴防蒙古與漢、藏兩族的聯合。就實施內容來說，可分為四個部分： 一､在蒙古各旗之間的封禁隔離：禁止各旗越界游牧、畋獵與採捕；禁止蒙古私相往來以及禁止各旗王公私自擴充屬民與隱匿壯丁。 二､在蒙古各部之間的封禁隔離：禁止各部私相來往、互售軍器、違禁通婚與貿易以及讓各部在行政管轄上互不隸屬。 三､推行藩旗組織：在藩旗組織下的蒙古，有扎薩克模式（盟旗制度）下的外藩蒙古與八旗模式下的內屬蒙古。外藩蒙古又分為內扎薩克與外扎薩克兩種旗。內、外扎薩克旗的區別，主要在於內扎薩克旗的平均佐領數遠多於外扎薩克旗；同時，內扎薩克兼有軍事首長的身份，有帶兵權，而外扎薩克則沒有。內屬蒙古不設扎薩克，以都統、總管或佐領治理，直接隸屬於當地的將軍或是參贊大臣，而形成都統旗、總管旗或是佐領旗。 四､在蒙古與漢、藏兩族之間的封禁隔離：（一）､在蒙漢之間：一方面透過關禁的實施、禁止雜居與通婚以及蒙漢分治來進行民族隔離；另方面又透過墾禁、礦禁政策，輔以地域封禁的方式，來達到蒙漢隔離的目的。（二）､蒙藏之間的隔離，初期借藏以化蒙，而後挾蒙以制藏，嚴密注意、限制蒙藏兩族的聯繫交往，同時並實施藏蒙分治。 清朝蒙古的封禁隔離政策，就政策的成效性來說有三點：在繼承自中國歷代以來各民族生息區域的基礎上，形成基本而完整的清朝中國疆域以及發展了蒙古畜牧業與維護草原的自然生態。就政策的檢討來說，蒙古封禁隔離政策的失誤有三點：造成了蒙古的弱化、產生蒙漢隔閡以及導致邊疆危機與領土的喪失。 總結來說，蒙古封禁隔離政策，就清朝的立場來講，有時代性的意義與功效；就蒙古的立場來說，有自然保護之利，民族隔絕之弊，利弊參半；就後代中國的角度來說，則是妨礙了民族融合、國家統一，有著千古憾恨之慨。