我國稅捐稽徵法第12條之1【實質課稅原則】規定自立法迄今仍爭議不斷，故為求於稅捐爭訟案件中妥當適用實質課稅原則，有必要對於實質課稅原則之適用前提、定位、解釋及適用界限等議題進行分析，特別係指明實質課稅原則應有之適用界限，避免稅捐稽徵機關過度擴張適用，俾保障納稅義務人之合法權益。特別是我國立法院於105年12月28日制定公布【納稅者權利保護法】，訂於106年12月28日生效施行，為我國納稅者權利保護邁出一大步，而此專法之通過，對於稅捐稽徵機關及行政法院適用實質課稅原則時，應有何種程度之影響亦值探討，俾能發揮納稅者權利保護之立法目的與意旨。本研究以法學方法論及【納稅者權利保護法】意旨為分析方法，提出實質課稅原則之適用前提及界限，並選擇納稅義務人進行租稅規劃時常用租稅工具（包括信託、保險、土地交易、所得性質）之相關行政法院判決，進行評析驗證，最後提出結論與建議供納稅義務人、稅捐主管機關及行政法院參考。

稅捐稽徵機關應依職權調查各項課稅事實基礎，課稅資料來源多樣而繁複，部分課稅資料之釐清及相關課稅事實之實質掌握，均有賴納稅義務人之參與及協力。就稽徵程序經濟性原則考量，無論係基於課稅高權或依法平等課稅之租稅公平正義，稅法均需建構一套課予納稅義務人協力行為之相關規定，並規範不為或怠為協力行為之相關法律效果，以免部分納稅義務人，藉以達成租稅規避之目的，而造成租稅不公。 本論文將以職權調查事實原則及納稅義務人協力行為兩者間之關連性論述說明，並闡明稅務調查程序應遵守之基本要求，租稅為人民基本權利之限制，稅務調查程序及調查方式應更重視人民權利之程序保障，且應受比例原則之拘束。一般論及租稅協力要求，無論學界或實務大多以協力義務一語帶過，然協力行為本身之法律性質及法律效果為何？課予協力行為之前提與限制、納稅義務人因違反協力行為而使稽徵機關取得推估課稅之權限，其相關規範為何？稽徵機關得以其掌握之間接資料，推估納稅義務人之所得據以核課稅捐之推計課稅，係因稅捐行政程序與一般行政程序具有本質上之特殊性使然，而對課稅基礎之推估，如財產交易所得之推計、當地一般租金標準、執行業務收入及費用標準、營利事業同業利潤標準之推估等；而推計課稅係立基於稽徵經濟原則及租稅公平原則之考量，採用間接證明之方法，以接近實額課稅之最大蓋然率估計所得額，為實額課稅之不得已的例外規定，亦經大法官釋字第218號解釋肯認與憲法第19條租稅法律原則無違，惟推計課稅攸關人民之租稅負擔，對人民權利影響甚巨，故推估方法之選擇及採行是否合理客觀，推估結果是否與實際差異過大而偏離事實，其法律規定、稽徵實務、相關界限及行政法院之審查態度，對納稅義務人而言，實有重大意義。 納稅義務人違反協力行為而遭不利處分之爭訟案件占一般稅捐爭訟案件之比例頗大，本論文除就納稅義務人協力行為之法規範基礎予以論述外，另針對實務上爭議之案型加以剖析並整理爭點，以窺探實務見解之相關論述認定觀點，期對整個租稅制度之協力行為體系及租稅實務之操作能更清楚及有系統的掌握與瞭解，並希望能對實務界及納稅義務人有所幫助。