Past and present uses of DDT and pyrethroids have led to their incorporation into humans, mainly through the food chain and sometimes by direct exposure. The present work focuses on establishing the levels of DDT, its analogous compounds (DDE and DDD), and pyrethroids in humans and the human environment in Manhiça, a rural area where they have been used as insecticides for indoor residual spraying (IRS) and insecticide treated nets (ITN) in malaria control programs. Thatch samples from human dwellings, breast milk from pregnant women and cord blood from newborns were analyzed for assessment of the concentration levels of these compounds. The results showed that DDT and its analogues were already present in humans and dwellings before reintroduction of this insecticide for IRS. As consequence of these applications DDT concentrations increased significantly. The higher proportion of 4,4’-DDT than 4,4’-DDE evidenced that the observed amounts were due to recent applications of this insecticide. Concerning pyrethroids, their presence has been identified in both breast milk and human dwellings showing that both agricultural applications and use for ITN may be responsible for their occurrence in humans and human environments of Manhiça. / L’ús en el passat i en temps actuals del DDT i piretroides ha donat lloc a la seva incorporació en els humans, principalment mitjançant la cadena tròfica i a vegades per exposició directa. Aquest treball té com objectiu establir els nivells de DDT i els seus compostos anàlegs (DDE i DDD), i piretroides en humans i l’ambient humà a Manhiça, una àrea rural on aquests s’han utilitzat com insecticides per aplicació interna (indoor residual spraying, IRS) i tractament de xarxes de protección (insecticide treated nets, ITN) en programes de control de la malària. Per a esbrinar els nivells de concentració d’aquests compostos s’analitzaren mostres de palla de cabanes, de llet materna i de sang de cordó de nou nats. Els resultats mostraren que el DDT i els seus compostos anàlegs ja eren presents en humans i cabanes abans de la reintroducció d’aquest insecticida per IRS. L’ús del DDT en aquest programa féu augmentar considerablement les concentracions d’aquest insecticida. La major proporció de 4,4’-DDT que 4,4’-DDE posà de manifest que les quantitats observades corresponien a aplicacions recents d’aquest insecticida. Respecte als piretroides, s’han trobat en mostres de llet materna i cabanes tot mostrant que tant les aplicacions agrícoles com el seu ús en ITN poder esser la causa de la seva presència en els humans i els ambients humans de Manhiça.

Identification of signatures of positive selection has long been a major issue for understanding the unique features of any given species. However, only a fraction of human genes have been interrogated. Genes within segmental duplications are usually omitted due to the limitations of draft genome assemblies and the methodological reliance on accurate gene trees. In this work, we show the feasibility of a new method that does not need accurate gene trees or individual high-quality assemblies. We applied the concept to study exon evolution in the human genome, identifying 74 exons with evidence for rapid coding sequence evolution during human and Old World monkey evolution. Our results suggest abundant accelerated coding sequence evolution within duplicated regions of the genome and provide a more comprehensive view of the role of selection on the human genome. / La identificación de señales debidas a la acción de la selección positiva es de gran relevancia para desvelar características únicas de las especies. A pesar de ello, solo una fracción de genes humanos han sido analizados. Los genes incluidos en duplicaciones segmentarias son normalmente ignorados debido a limitaciones impuestas por la naturaleza preliminar de los genomas distintos al humano, así como por la dependencia en adecuados árboles filogenéticos. En este proyecto, demostramos la viabilidad de un nuevo método que no necesita árboles filogenéticos correctos ni ensamblajes de genomas de alta calidad. Hemos aplicado el concepto al genoma humano y hemos identificado 74 exones que muestran evidencia de haber evolucionado más rápidamente desde la separación de los humanos y los monos del viejo mundo. Nuestros resultados sugieren que ha habido abundante evolución acelerada dentro de las regiones duplicadas y ofrece una visión más esclarecedora del rol de la selección en la evolución del genoma humano.

In my thesis, I focused on integrative analysis of high-throughput oncogenomic data. This was done in two parts: In the first part, I describe IntOGen, an integrative data mining tool for the study of cancer. This system collates, annotates, pre-processes and analyzes large-scale data for transcriptomic, copy number aberration and mutational profiling of a large number of tumors in multiple cancer types. All oncogenomic data is annotated with ICD-O terms. We perform analysis at different levels of complexity: at the level of genes, at the level of modules, at the level of studies and finally combination of studies. The results are publicly available in a web service. I also present the Biomart interface of IntOGen for bulk download of data. In the final part, I propose a methodology based on sample-level enrichment analysis to identify patient subgroups from high-throughput profiling of tumors. I also apply this approach to a specific biological problem and characterize properties of worse prognosis tumor in multiple cancer types. This methodology can be used in the translational version of IntOGen.

In the present study, we have approached the molecular characterization of the HCMV specific UL1. To this end a HCMV (AD169-derived HB5 background) recombinant with an HA-epitope tagged UL1 and a mutant with a full UL1 deletion in the endotheliotropic HCMV TB40/E strain were generated. Our data reveal that the UL1 is transcribed with late kinetics. pUL1 is glycosylated and localizes at the site of virus assembly and secondary envelopment in infected cells forming part of the envelope of HCMV virions. A HCMV mutant with a targeted deletion of UL1 exhibits a growth defect phenotype in retinal pigment epithelium cells but not in fibroblasts, indicating that this ORF encodes a cell-type specific tropism factor. / En aquest treball hem investigat la pauta oberta de lectura de UL1 del Cytomegalovirus humà (HCMV), el gen UL1 es específic del HCMV. Hem caracteritzat la proteïna UL1 modificada amb un epítop HA en la soca HB5, derivada de AD169. L'UL1 s’expressa com una glicoproteïna que es pot detectar a les 48 i 72h post-infecció. En fibroblasts humans infectats, UL1 co-localitza al citoplasma, al lloc d’assemblatge del virió, amb proteïnes estructurals del virus. A més a més, els anàlisis de virions AD169 purificats que contenen UL1-HA mostren que UL1 és un nou constituent de l’envolta del HCMV. La delecció de UL1 en el context de la soca TB40/E del HCMV disminueix el creixement viral de manera selectiva en determinats tipus cel•lulars, suggerint que UL1 podria estar involucrat en la regulació del tropisme cel•lular del HCMV.

En nuestro país, los problemas derivados de la epidemia de consumo de heroína durante los años 80-90 se vieron desplazados por los derivados del consumo de cocaína. Actualmente, la cocaína es la segunda sustancia ilegal en cuanto a prevalencia de consumo y en estos últimos años el consumo de heroína ha empezado a incrementarse de nuevo. Uno de los principales problemas asociados al uso de estas sustancias son los trastornos psiquiátricos comórbidos. Este trabajo se diseñó para determinar la prevalencia e incidencia de los trastornos mentales en consumidores de cocaína o heroína y los factores asociados, así como describir el perfil de personalidad sólo en el grupo de consumidores de cocaína mediante una escala dimensional. El resultado de estos estudios debería servir para diseñar estrategias de prevención y tratamiento dirigidas a una población joven de consumidores que no suele acceder a los circuitos sanitarios habituales a pesar de la gravedad de su estado psicopatológico. / Al nostre país, els problemes derivats de l’epidèmia de consum d’heroïna durant els anys 80-90 es van veure desplaçats pels derivats del consum de cocaïna. Actualment, la cocaïna és la segona substància il•legal pel que fa a prevalença de consum i, aquests darrers anys, el consum d’heroïna ha començat a augmentar de nou. Un dels principals problemes associats a l’ús d’aquestes substàncies són els trastorns psiquiàtrics comòrbids. Aquest treball es va dissenyar per determinar la prevalença i la incidència dels trastorns mentals en consumidors de cocaïna o heroïna i els factors associats, i també per descriure el perfil de personalitat només en el grup de consumidors de cocaïna mitjançant una escala dimensional. El resultat d’aquests estudis hauria de servir per dissenyar estratègies de prevenció i tractament adreçades a una població jove de consumidors que habitualment no accedeix als circuits sanitaris regulars malgrat la gravetat del seu estat psicopatològic.

Made available in DSpace on 2014-10-09T12:44:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Made available in DSpace on 2014-10-09T14:07:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 06881.pdf: 7889902 bytes, checksum: 7e22a20905b1e2b2ff4ed4439b25e2bb (MD5) / Tese (Doutoramento) / IPEN/T / Instituto de Pesquisas Energeticas e Nucleares - IPEN/CNEN-SP

Made available in DSpace on 2014-10-09T12:27:28Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Made available in DSpace on 2014-10-09T14:07:44Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Dissertacao (Mestrado) / IPEN/D / Instituto de Pesquisas Energeticas e Nucleares - IPEN-CNEN/SP

Submitted by Claudinei Pracidelli (cpracide@ipen.br) on 2016-06-22T11:16:05Z No. of bitstreams: 0 / Made available in DSpace on 2016-06-22T11:16:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Dissertação (Mestrado em Tecnologia Nuclear) / IPEN/D / Instituto de Pesquisas Energeticas e Nucleares - IPEN-CNEN/SP

Made available in DSpace on 2014-10-09T12:44:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Made available in DSpace on 2014-10-09T14:07:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 06881.pdf: 7889902 bytes, checksum: 7e22a20905b1e2b2ff4ed4439b25e2bb (MD5) / Tese (Doutoramento) / IPEN/T / Instituto de Pesquisas Energeticas e Nucleares - IPEN/CNEN-SP

Made available in DSpace on 2014-10-09T12:27:28Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Made available in DSpace on 2014-10-09T14:07:44Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Este trabalho apresenta o levantamento de parâmetros para implementação adequada e segura de pisos, portas, janelas, bancadas, capelas entre outros, de um laboratório radioquímico. A disposição de cada item segue orientações de guias, normas nacionais da Comissão Nacional de Energia Nuclear (CNEN) e internacional da Agencia Internacional de Energia Atômica (IAEA), com objetivo de garantir a proteção radiológica do trabalhador e do ambiente. A disposição adequada dos itens do laboratório radioquímico, garante a qualidade e segurança na produção de fontes radioativas seladas de 57Co 137Cs e 133Ba com atividades 185, 9.3 e 5.4 MBq respectivamente. Estas fontes são utilizadas na verificação de medidores de atividade, equipamento que todo Centro de Medicina Nuclear deve ter disponível segundo recomendações da norma CNEN-NN-3.05 Requisitos de Radioproteção e Segurança para Serviços de Medicina Nuclear para verificação da atividade de radiofármacos que serão administrados nos pacientes para fins de diagnóstico e terapia. Um medidor de atividade fora adquirido pelo laboratório de produção de fontes, com o qual foram realizados os testes de precisão, exatidão, reprodutibilidade e linearidade, que devem apresentar resultados dentro dos limites estabelecidos na norma CNEN-NN-3.05. / Dissertacao (Mestrado) / IPEN/D / Instituto de Pesquisas Energeticas e Nucleares - IPEN-CNEN/SP