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Between marks and surfaces : indiscernibility, subjectivity, and otherness

Kassianidou, Marina January 2015 (has links)
This practice-based research examines the notion of the in-between of mark and surface within visual art. Drawing on Bracha L. Ettinger’s Matrixial theory, I approach the in-between as a non-oppositional state that has the potential to redefine relationships between self and other in art practice. The questions I focus on are: How can the relationship between the artist’s marks and the surface move beyond an opposition or clear overlay such that an in-between state may be accessed? How can the relationship between work and space shift in a similar manner? How does accessing this in-between change the relationships between subject and object and self and other (understood, initially, in terms of mark and surface and artist and materials)? What are the implications for the artist when her marks become nearly indiscernible from the surface (as a result of approaching an in-between state)? Finally, what are some implications for the audience when they cannot immediately see or identify a work of art? The methodological framework, which emerged through the research, involves the interweaving of three spaces: my own practice, other artists’ practices, and theory. Through my practice, I looked for marks that approached each surface I worked with. This approaching occurred on several levels: visual, material, and conceptual. The marking methods I developed are juxtaposed with theoretical concepts, mainly from Bracha L. Ettinger, Gilles Deleuze and Félix Guattari, Jacques Derrida, and C. S. Peirce, and with works by artists Susan Collis, Louise Hopkins, and Bracha L. Ettinger. Through these juxtapositions, I investigate the operations of the resulting marks, their relationships with the surface, and how those relationships tend towards an in-between. I argue that the destabilisation of a clear distinction between mark and surface and work and space may lead to visual and conceptual indiscernibility. This, in turn, leads to a rethinking of the relationship between subject and object and self and other on several levels. The contribution of the research lies in adding to the discussion surrounding the relationship between mark and surface by specifically focusing on the in-between and indiscernibility. This addition occurs through practice as well as through this text, which attempts to activate concepts that enable the conceptualisation of an in-between state/space.
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Étude de l'épissage alternatif des UGT2B

Ménard, Vincent 19 April 2018 (has links)
Les UDP-glucuronosyltransférases (UGT) sont des enzymes impliquées dans le métabolisme de plusieurs molécules endogènes et exogènes, entraînant leur inactivation et leur élimination subséquente via la bile et l’urine. Étant donné l’impact potentiel de l’épissage alternatif sur la variabilité de la glucuronidation chez l’humain, nous avons étudié ce processus chez deux membres de la famille des UGT2B, soit UGT2B4 et UGT2B7. Dans le cas d’UGT2B4 nous avons détecté 3 nouveaux exons et 11 nouveaux transcrits principalement exprimés au foie. Les nouvelles protéines dérivées de ces ARNm n’ont pas d’activité de conjugaison, mais trois d’entre elles ayant une extrémité C-terminale alternative (i2, i3 et i5) modulent la capacité de glucuronidation de l’enzyme active UGT2B4_i1. Dans le cas d’UGT2B7 nous avons découvert 6 nouveaux exons retrouvés dans 22 transcrits pleines-longueurs codant pour 7 protéines UGT2B7. Tous les ARNm détectés l’ont été au niveau du rein, mais nous avons observé une grande spécificité tissulaire dans la transcription: les ARNm contenant l’exon 1 classique contrôlés par un promoteur proximal sont exprimés dans les tissus du tractus gastro-intestinal et le foie, alors que les transcrits caractérisés par la présence d’exons 1 alternatifs et distaux sont exprimés en périphérie. De plus, un contrôle de la spécificité d’expression des promoteurs UGT2B7 semble exister au rein, le promoteur associé à l’enzyme active étant absent dans les tissus foetaux et néoplasiques. Les 6 protéines UGT2B7 alternatives sont enzymatiquement inactives, mais deux d’entre elles ayant une extrémité C-terminale tronquée (UGT2B7_i2 et i4) modulent négativement la glucuronidation par l’enzyme i1. Cette régulation a été observée en surexpression mais également lors d’expérimentations de répression des isoformes endogènes d’i2 et i4 par interférence à l'ARN entraînant une augmentation de la conjugaison. Des expériences de co-immunoprécipitation et d’immunofluorescence supportent que cette répression survienne via l'interaction directe des protéines i2 et i4 avec i1 dans la membrane du réticulum, formant des complexes inactifs. Nos résultats démontrent que des évènements d'épissage alternatif des gènes UGT2B humains influenceraient la voie de glucuronidation, ce qui pourrait constituer un nouveau mécanisme d'autorégulation et influencer le métabolisme de substances endogènes et la réponse à des traitements pharmacologiques. / UDP-glucuronosyltransferases (UGT) are enzymes involved in the metabolism of several endogenous and exogenous molecules in the human body via inactivation and further elimination through bile and urine. Because of the potential impact of alternative splicing on the variability of the glucuronidation pathway, we studied this process in two UGT2B family members, UGT2B4 and 2B7. For UGT2B4, we detected 3 novel exons and 11 transcripts mainly expressed in the liver. The novel proteins derived from those mRNAs are enzymatically inactive, but three of them bearing alternative C-terminal ends (UGT2B4_i2, i3 and i5) have the ability to modulate glucuronidation efficiencies of the UGT2B4_i1 enzyme. For UGT2B7 we discovered 6 novel exons in 22 full-length transcripts coding for seven UGT2B7 proteins. All mRNAs were detected at least in the kidney, but a complex tissue-specificity of the transcription of UGT2B7 was observed: mRNAs containing the classical exon 1 are mainly expressed in gastrointestinal tract and liver, whereas transcripts characterized by the presence of alternative exon 1s (derived from the action of the distal promoter 1a) can be found in peripheral tissues. Fine-tuning of the specificity of UGT2B7 expression seems to exist at least in the kidney, this organ having a modulated UGT2B7 expression profile depending if the tissue is embryonic, adult or neoplastic. All six novel UGT2B7 proteins are enzymatically inactive, but two of them with truncated C-terminal ends (UGT2B7_i2 and i4) modulate the glucuronidation activity of the i1 enzyme. This regulation has been observed in overexpressing cellular models, but also in RNA interference experiments where repression of i2 and i4 increased glucuronidation by UGT2B7. Co-immuoprecipitation as well as immunofluorescence experiments support that this repression is related to the interaction of i2 and i4 with the i1 enzyme in the ER membrane, this process forming inactive complexes. The results presented here show that alternative splicing in UGT2B genes in human influences the glucuronidation process, a feature that could constitute an auto-regulation mechanism and could modify the susceptibility to adverse effect and response related to the treatment of several pathologies. Also, this process could influence elimination capacity of endogenous substances like steroid hormones.
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Jämförelse av U-kreatinin-analys mellan två instrument Vitros 5,1 FS och Cobas c 702

Knutsson, Sara January 2013 (has links)
Njurens funktion är bl a att reglera vätskebalansen i kroppen och elektrolytkoncentrationen. Njuren består av livsviktiga enheter så kallade nefroner. Nefronerna kan skadas och orsaka proteinläckage ut i urinen, främst albumin. Detta är vanligt vid diabetes mellitus, högt blodtryck och åderförkalkning. Kreatin bildas i njurar, lever och pankreas och transporteras med blodet till andra organ t ex muskler och hjärnan. Delar av kreatinet i musklerna omvandlas till kreatinin. Albumin i urin påverkas av patientens grundsjukdom och urinproduktion, därför används kvoten mellan kreatinin i urin (U-kreatinin) och albumin i urin (U-albumin) som en kontroll av njurens funktion. Kvoten används främst för att upptäcka mikroalbuminuri dvs ett litet läckage av albumin i urin som är ett tidigt tecken på njurskada. Syftet med arbetet var att jämföra två metoders resultat mellan instrumenten Vitros 5,1 FSoch Cobas c 702 vid analys av U-kreatinin. För tillfället analyseras U-kreatinin på Vitros 5,1 FS och U-albumin på Cobas c 702 för uträkning av U-albumin/U-kreatinin kvot. Det skulle underlätta arbetet och minska risken för t ex kontaminationer, om båda analyserna kan utföras på Cobas c 702. Analysen utfördes på 40 urinprover från patienter i olika åldrar och kön, alla prover var stickprov (morgonurin). Resultatet visade på en mycket god korrelation mellan metoderna. U-kreatinin på Cobas c 702 ger ett genomsnittligt 6 % högre värden än på Vitros 5,1 FS, vilket innebär att U-albumin/U-kreatinin kvoten minskar med 12 %. Precision var hög hos båda instrumenten. Slutsatsen är att det är möjligt att analysera U-kreatinin på Cobas c 702 istället för Vitros 5,1 FS.
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The role of al-ʻAql in early Islamic wisdom with reference to Imam Jaʻfar al-Ṣādiq

Crow, Douglas Sloan. January 1996 (has links)
One major trajectory of early 'aql traditions is scrutinized: the Aqbil! Adbir! creation narrative "lamma khalaqa llahu l-'aqla (When god had created the intelligence ...)". In Part I early Sunni and Shii transmission and reception of the varying texts dominates the discussion, with analysis of chief motifs. Then successive transformations are traced, with attention devoted to ideas of 'first creation'. The original context of the Aqbil! reports is convincingly explained within the thought forms of 1st & 2nd century theological ideas of voluntarism or predestination, without recourse to Goldziher's "new-Platonic element". The late neo-Platonising form "awwalu ma khalaqa llahu l-'aqlu, (The first (thing) God created is the intellect ...)", is shown to be not earlier than the mid-3rd/9th century. / In a related class of narratives, 'aql pre-exists in the realm of the divine Throne. The focus is the notion of the divinely provisioned innate trait of 'intelligence' or 'wisdom' as a "light in the heart" inequitably apportioned among humanity. Part II examines the creative manner in which the sixth Shi'iimam Ja'far al-Sadiq (d.148/765) transforms the Aqbil! tradition by integrating this heavenly sapiential 'aql with the 'Adam-Iblis' conflict into a binary listing of the character traits (akhlaq, khisal). His myth of the creation, empowerment, and opposition between 'aql and jahl (intelligence & ignorance, or wisdom & folly) propounds a psycho-ethical scheme for the inner purgative struggle, wherein 'aql operates as chief of the character traits, Ja'far stresses the cognitive function (ma'rifah) in the perfection of 'aql peculiar to the inner circles of humanity (prophets, saints$ $ Imams, the faithful). An assessment is given of the repercussions of al-Sadiq's contribution for continuing Shii and Sufi enrichments of the 'aql creation narratives (eg. with al-Hakim al-Tirmidhi).
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On short-crested water waves / Timothy Robert Marchant

Marchant, Timothy Robert January 1988 (has links)
Typescript / Bibliography: leaves 145-150 / vii, 150 leaves : ill ; 30 cm. / Title page, contents and abstract only. The complete thesis in print form is available from the University Library. / Thesis (Ph.D.)--University of Adelaide, Dept. of Applied Mathematics, 1988
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The role of al-ʻAql in early Islamic wisdom with reference to Imam Jaʻfar al-Ṣādiq

Crow, Douglas Sloan. January 1996 (has links)
No description available.
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Les plasmalogènes comme traitement prophylactique dans la maladie de Parkinson au niveau intestinal

Nadeau, Jordan 05 July 2018 (has links)
La phase avancée de la maladie de Parkinson (MP) caractérisée par des symptômes moteurs est souvent précédée par des troubles gastro-intestinaux qui proviendraient d'une altération des neurones dopaminergiques (DAergiques) de l’intestin. Des études suggèrent que la maladie se propagerait au cerveau via le nerf vague. Notre laboratoire a démontré le rôle majeur de l’inflammation dans l’intestin chez des souris parkinsoniennes. Récemment, une baisse des niveaux de plasmalogènes, des glycérophospholipides, dans le cerveau et le sang de patients parkinsoniens a été rapportée. Les plasmalogènes avec un groupement éthanolamine (PGE) jouent un rôle important dans la structure fonctionnelle membranaire des cellules via la médiation de divers mécanismes, tels que le transport des vésicules lors de la neurotransmission, l’activité des protéines membranaires et l’élimination des radicaux libres. Dans cette étude, nous avons évalué les effets neuroprotecteurs et anti-inflammatoires de l’administration d’un précurseur de PGE, le PPI-1011, dans l’intestin de souris modèles de la MP. La neurotoxine 1-méthyl-4-phényl-1,2,3,6-tétrahydropyridine (MPTP) a été utilisée pour modéliser la MP chez les souris et le PPI-1011 (10, 50 et 200 mg/kg) leur a été administré par gavage. Les neurones totaux, les neurones DAergiques positifs à la tyrosine hydroxylase (TH), les macrophages, les macrophages pro-inflammatoires et la protéine G couplée au récepteur 120 (GPR120) ont été marqués dans le plexus myentérique par immunomarquages. Cette dernière est intéressante, puisqu’elle joue un rôle anti-inflammatoire via sa liaison avec du DHA. Pour ce faire, un protocole dose-réponse, un protocole pré-traitement et un protocole post-traitetement ont été réalisés. Le MPTP induit une baisse des neurones DAergiques et une augmentation de la densité de macrophages dans le plexus myentérique. Le traitement au PPI-1011 (50 et 200 mg/kg) a protégé les neurones DAergiques contre cette baisse et a limité l’infiltration de macrophages dans le système nerveux entérique (SNE). Cette nouvelle approche thérapeutique pourrait être utilisée pour prévenir et retarder l’initiation et la progression de la MP / The advanced stage of Parkinson's disease (PD) is characterized by motor symptoms witch are often preceded by gastrointestinal disorders that would result from alteration of the dopaminergic neurons (DAergics) of the intestine. Studies suggested that the disease would spread to the brain by the vagus nerve. Our laboratory has demonstrated the major role of inflammation in the intestine in parkinsonian mice. Recently, decreased levels of plasmalogens, glycerophospholipids, in the brain and blood of PD patients have been reported. Ethanolamine plasmalogens (EP) play an important role in the membrane functional structure of cells through the mediation of various mechanisms including neurotransmission, membrane proteins activity and free radicals removal. In this study, we evaluated the neuroprotective and anti-inflammatory effects of the administration of a PGE precursor, PPI-1011, in the intestine of parkinsonian mice. The neurotoxin 1-mehyl-4phenyl-1,2,3,6-tetrahydropyridine (MPTP) was used to model PD in mice, and PPI-1011 (10, 50 and 200 mg / kg) was administered by gavage. Total neurons, DAergics TH-positive (TH+) neurons, macrophages, proinflammatory macrophages and G-protein coupled receptor 120 (GPR120) were labeled in the myenteric plexus by immuno-labeling. This latest is interesting, since it plays an antiinflammatory role via its link with DHA. To do this, a dose-response protocol, a pre-treatment protocol and a post-treatment protocol were performed. MPTP induces a decrease of DAergic neurons and an increase in the density of macrophages in the myenteric plexus. Treatment with PPI-1011 (50 and 200 mg / kg) protected DAergic neurons against this alteration and limited the infiltration of macrophages into the enteric nervous system. This new therapeutic approach could be used to prevent and delay initiation and progression of PD.
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Problématique de la mesure de la pression artérielle en obésité sévère

Leblanc, Marie-Ève 12 September 2019 (has links)
Les individus avec obésité sévère ont souvent une circonférence et une morphologie de leur bras qui nuisent au positionnement adéquat du brassard pour la mesure de la pression artérielle. Ce geste simple, complexifié en présence d’obésité sévère, a été le sujet principal de cette thèse. Notre hypothèse principale était que la mesure de la pression artérielle à l’avant-bras allait être valide chez des patients obèses sévères. Nos recherches dans le domaine de la mesure de la pression artérielle nous ont conduits à mieux comprendre deux problématiques distinctes impliquant l’installation du brassard. Une revue de littérature a été produite (1er article: « Measuring blood pressure: thoughts about arms »). L’objectif était de rassembler les évidences scientifiques sur: 1) la mesure de la pression artérielle au bras du même côté qu’une mastectomie et, 2) le choix du bras lors de l’installation d’un appareil de monitorage ambulatoire de la pression artérielle (MAPA). Nos travaux ont fait ressortir l’inexistence de preuve scientifique justifiant l’interdiction de mesurer la pression au bras du côté d’une mastectomie. Nous avons également voulu mettre l’emphase sur l’importance de déterminer l’existence ou non d’un écart de mesure de pression artérielle entre les bras pré-installation du brassard de l’appareil de MAPA. En effet, si une différence de pression systolique ≥10 mmHg est constatée, tous les suivis tensionnels subséquents devront être réalisés sur le bras ayant la mesure la plus élevée. Dans le 2ème article («Blood pressure assessment in severe obesity; validation of a forearm approach ») nous avons expérimenté une solution alternative à la mesure de la pression artérielle usuelle chez des patients obèses sévères en positionnant le brassard à l’avant-bras. Nous avons comparé les mesures de la pression artérielle obtenues au bras et à l’avant-bras avec celles prises avec une canule artérielle. Au total, 51 patients obèses sévères ont participé. Comparées aux mesures intra-artérielles, la méthode à l’avant-bras a surestimé la pression systolique et diastolique (5/5 mmHg) tandis que la méthode au bras a sous-estimé la pression systolique et surestimé la pression diastolique (-8/9 mmHg). Dans le 3ème article («Sensitivity, specificity, and predictive values of a forearm blood pressure measurement method in severe obesity») nous avons déterminé la sensibilité, la spécificité, et les valeurs prédictives de la méthode à l’avant-bras pour diagnostiquer l’hypertension artérielle en y incluant 25 patients. Comparativement à la méthode de mesure au bras, la méthode à l’avant-bras a révélé une meilleure sensibilité (0, 98 vs. 0, 68) et une valeur prédictive positive similaire (0, 93 vs. 0, 98) pour diagnostiquer l’hypertension artérielle. Cette découverte est prometteuse et laisse entrevoir le potentiel d’utiliser la méthode à l’avant-bras comme outil diagnostique. Ayant obtenu des écarts de mesures plus acceptables entre la méthode de mesure à l’avant-bras et la canule artérielle, nous avons poursuivis nos travaux en variant la position de l’avant-bras pour vérifier si cette nouvelle méthode est aussi valide dans d’autres contextes. Dans le 4èmearticle intitulé « Blood pressure measurement inseverely obese patients; validation of the forearm approach in different arm positions », l’objectif a été de comparer les mesures de pression artérielle obtenues avec la canule artérielle et la méthode à l’avant-bras dans 4 positions: 1) décubitus dorsal, 2) semi-assise, l’avant-bras au niveau du cœur, 3) semi-assise, l’avant-bras pendant le long du lit et, 4) semi-assise, le bras surélevé au-dessus de la tête. Au total, 33 patients obèses sévères et 21 témoins ont participé. Le principal résultat de cet article est celui-ci: dans le groupe d’obèses sévères, des écarts acceptables ont été constatés pour la pression systolique seulement, en position de décubitus dorsal (-4/12 mmHg) et en position semi-assise, l’avant-bras pendant le long du lit (2/21 mmHg) . Ce projet doctoral a mis en évidence la problématique de la mesure de la pression artérielle en obésité sévère. Les travaux réalisés lors de mon parcours ont révélé que la méthode à l’avant-bras permettait d’obtenir des valeurs plus précises que la méthode usuelle. On recommande de mesurer la pression artérielle à l’avant-bras lorsque la méthode au bras est techniquement problématique chez des patients obèses sévères installés en position de décubitus dorsal. / Severely obese patients has frequently arm circumference exceeding the limits of available cuff size for blood pressure measurement. Taking their blood pressure may be technically challenging as the cuff of the device may not fit adequately around their upper-arm. This problematic was the main interest of this thesis. Our general hypothesis was that the blood pressure measurement taken with the cuff at forearm will agree with the gold standard. Our research in the field of blood pressure measurement lead us to a better understanding of two different situations about the choice of arm for cuff installation prior blood pressure assessment (1st article:« Measuring blood pressure: thoughts about arms ») . First, we searched if there was a scientific rational to avoid blood pressure measurement on the same side as previous mastectomy, particularly if the patient has undergone lymph node removal or radiation therapy. No scientific rational justified this recommendation. Secondly, we searched on which arm the ambulatory blood pressure monitoring (ABPM) cuff should be installed. Interarm blood pressure differences should be assessed for each patient during their first evaluation. If the interarm differences exceeds 10 mmHg, the arm with the highest value should be considered for blood pressure mesurement follow-up, incudind ABPM device installation, even if this arm is the dominant one. In the 2nd article («Blood pressure assessment in severe obesity; validation of a forearm approach ») we validated an alternative to the usual blood pressure measurement with the cuff positioning at forearm in severely obese patients in dorsal decubitus position. We compared upper-arm and forearm blood pressure measurements to blood pressure taken with the gold standard (intra-arterial). Fifty-one severely obese patients participated. Compared to the intra-arterial method, the forearm blood pressure measures overestimated systolic and diastolic blood pressure (5/5 mmHg) whereas the usual method underestimated systolic and overestimated diastolic blood pressure (-8/9 mmHg). In the 3rdarticle (« Sensitivity, specificity, and predictive values of a forearm blood pressure measurement method in severe obesity ») we assessed the sensitivity, specificity and predictive values of the forearm approach to diagnose systemic hypertension in 25 severely obese patients. When compared to the upper-arm method, the forearm approach showed a better sensitivity (0, 98 vs. 0, 68) and a similar predictive positive value (0, 93 vs. 0, 98) for hypertension diagnosis. Our findings are promising and has the potential to integrate forearm blood pressure measurement method in a near future to diagnose hypertension. Then we followed our experimentation of the forearm blood approach in different body and forearm positions to have a better overview of this method in different contexts. In the 4tharticle (« Blood pressure measurement in severely obese patients; validation of the forearm approach in different arm positions ») the main objective was to compare blood pressure measurement taken with the gold standard method with the forearm method in 4 positions: 1) dorsal decubitus, 2) semi-fowler, forearm at heart level, 3) semi-fowler, forearm downward and, 4) semi-fowler, arm raised over the head. Thirty-three severely obese patients and 21 controls participated. Main results were that: systolic blood pressure (but not diastolic) measured using the forearm approach in the supine (-4/12 mmHg) and the semi-fowler positions with forearm downward (2/21 mmHg) showed the best agreement when compared to the gold standard. Forearm radial systolic blood pressure consistently agreed with the gold standard in the supine position. This thesis highlighted the problematic associated to the blood pressure measurement challenge in severely obese patients. The magnitude of differences between intra-arterial and forearm method was less than differences between intra-arterial and upper-arm method. This method can be of use in clinical settings when upper-arm measurement is challenging in severe obesity with patient in dorsal decubitus position.
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Analyse bio-informatique de données de séquençage de nouvelle génération pour l'étude transcriptomique d'enzymes du métabolisme

Tourancheau, Alan 24 April 2018 (has links)
Les UDP-glucuronosyltransférases (UGT), enzymes catalysant la réaction de glucuronidation, sont impliquées dans le métabolisme de nombreux substrats endogènes (p. ex. bilirubine et hormones stéroïdiennes) et exogènes (p. ex. agents anticancéreux et médicaments d’autres classes) grâce à leur expression, entre autres, dans les tissus du métabolisme des médicaments tels que le foie, les reins et le tractus gastro-intestinal. Ainsi, une vue d’ensemble et détaillée du transcriptome des UGT humaines apparait comme une condition importante à l’établissement de la signature métabolique d’un individu. Dans le cadre de mon projet de recherche de doctorat, nous avons mis à jour le transcriptome des dix gènes UGT humains dans des tissus normaux et tumoraux du métabolisme par séquençage de nouvelle génération d’ARN ciblés (Capture-Seq). Pour cela, des tissus de foie, de rein, d’intestin et de côlon ainsi que des tissus d’endomètre, de sein et de prostate ont été analysés. Après alignement sur le génome de référence humain (hg19), 234 nouveaux évènements d’épissage ont été identifiés. Tous les transcrits codants pour les enzymes UGT1 et UGT2 déjà connues ont été observés, ainsi que plus de 130 nouveaux transcrits présentant des structures variables et des fonctions biologiques potentiellement diverses. Ainsi, nos travaux révèlent que l’ensemble des gènes UGT est sujet à l’épissage alternatif. Ces résultats ont permis de proposer une structure génomique révisée des locus UGT ainsi que d’établir le vaste répertoire des transcrits pour chaque gène UGT dans les tissus étudiés. Enfin, l’ensemble du transcriptome des gènes UGT a été quantifié dans les principaux tissus du métabolisme des médicaments. Les résultats indiquent que les transcrits alternatifs représentent une part non négligeable et très variable du transcriptome UGT, c’est-à-dire de 6 à 100 % de l’expression génique, et qu’ils sont exprimés de façon tissu spécifique. De plus, ces données suggèrent un remodelage du transcriptome UGT en présence de néoplasie pouvant affecter la capacité de glucuronidation tumorale comparativement au tissu sain. Le programme complexe d’épissage alternatif régulant l’expression et la fonction des protéines alternatives UGT jouerait un rôle important dans la détermination de la capacité de détoxification d’un organe, affectant potentiellement la réponse aux médicaments et à d’autres composés éliminés par cette voie métabolique. La connaissance approfondie du transcriptome des UGT est cruciale afin de mieux comprendre les éléments fonctionnels des locus UGT et d’établir leur rôle dans le métabolisme des médicaments et dans la réponse à divers composés endogènes. / UDP-glucuronosyltransferases (UGT) catalyze the reaction of glucuronidation. These enzymes are involved in the metabolism of many endogenous (e.g. bilirubin and steroid hormones) and exogenous substrates (e.g. many anticancer agents and drugs of other classes). They are expressed, among others, in the tissues of drug metabolism of such as the liver, kidneys and gastrointestinal tract tissues. A comprehensive and detailed view of the human UGT transcriptome emerges as a key condition for the establishment of the metabolic signature of an individual. As part of my PhD research project, we uncover the transcriptome landscape of the 10 human UGT gene loci in normal and tumoral metabolic tissues by targeted RNA next-generation sequencing (Capture-Seq). For this, liver tissues, kidney, small intestine and colon as well as endometrial tissues, breast and prostate were analyzed. Alignment on the human hg19 reference genome identifies 234 novel exon-exon junctions. We recover all previously known UGT1 and UGT2 enzyme-coding transcripts and identify over 130 structurally and functionally diverse novel UGT variants. Our work establish for the first time that all UGT genes are subject to alternative splicing. We further expose a revised genomic structure of UGT loci and provide a comprehensive repertoire of transcripts for each UGT gene. Finally, the entire transcriptome of UGT genes was quantified in the major drugs metabolism tissues (liver, kidney and intestine). The results indicate that alternative transcripts represent a significant part of the UGT transcriptome varying from 6-100% of UGT gene expression. Data also uncover a remodelling of the UGT transcriptome occurring in a tissue- and tumor-specific manner. The complex alternative splicing program regulating UGT expression and protein functions is likely critical in determining detoxification capacity of an organ and stress-related responses, with significant impact on drug responses and diseases.
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Κατασκευή ενσωματωμένου συστήματος καταγραφής και αποθήκευσης ηλεκτροκαρδιογραφήματος

Δήμα, Σοφία-Μαρία 06 September 2010 (has links)
Κατά τις δύο τελευταίες δεκαετίες έχουν αναπτυχθεί ενσωματωμένα συστήματα λήψης σημάτων φυσιολογίας που είναι ελαφριά, μικρά και ικανά να καταγράφουν σύνθετα σήματα για περισσότερες από 48 ώρες. Αυτά τα συστήματα χρησιμοποιούνται στις μελέτες ηλεκτροκαρδιογραφίας (ECG) για να εντοπίζουν σποραδικές καρδιακές αρρυθμίες ή ανωμαλίες στην καρδιακή λειτουργία, που συχνά σχετίζονται με τις εντάσεις της καθημερινότητας. Σήμερα τα καρδιακά σήματα καταγράφονται σε κάρτες μνήμης και μπορούν εύκολα να μεταφερθούν για ανάλυση και επεξεργασία. Με την εξέλιξη της τεχνολογίας, οι κατασκευαστές ιατρικού εξοπλισμού περιόρισαν δραστικά το μέγεθος και την κατανάλωση ενέργειας των συσκευών καταγραφής ΗΚΓ, έτσι ώστε αυτές να αποκτήσουν αυτονομία. Στην εργασία αυτή θα παρουσιαστεί ένα ενσωματωμένο σύστημα καταγραφής, αποθήκευσης και επεξεργασίας ηλεκτροκαρδιογραφικών σημάτων, ώστε να επιτυγχάνεται η παρακολούθηση των ζωτικών ενδείξεων ασθενών με αρρυθμίες και καρδιακή ανεπάρκεια Η εργασία αυτή χωρίζεται ουσιαστικά σε έξι τμήματα. Το πρώτο τμήμα ασχολείται με την φυσιολογία της καρδιάς, η οποία αποτελεί την πηγή του ηλεκτροκαρδιογραφήματος, καθώς και με την δομή ενός ηλεκτροκαρ-διογράφου και τους τρόπους με τους οποίους μπορούμε να το πάρουμε από τα διάφορα σημεία του ανθρώπινου σώματος. Τα επόμενα δύο τμήματα που ακολουθούν αφορούν την χρήση και τις δυνατότητες των ενσωματωμένων συστημάτων και μικροελεγκτών με έμφαση στην παρουσίαση του μικροελεγκτή (ADuC 7026) και των περιφερειακών του που θα χρησιμοποιηθούν για την υλοποίηση. Παράλληλα αναλύεται το περιβάλλον μVision της Keil το οποίο παρέχει τη δυνατότητα εξομοίωσης του μικροελεγκτή μας έχοντας στη διαθεσή μας μηδενικό υλικό. Το τρίτο τμήμα συνοψίζει κάποιες βασικές λειτουργίες προγραμματισμού και δυνατότητες που παρουσιάζει ο ADuC 7026 της Analog Devices. Το τέταρτο τμήμα ασχολείται με μεθόδους ψηφιακής επεξεργασίας σημάτων χαμηλής συχνότητας για την απομάκρυνση του θορύβου και την αύξηση της ευκρίνειας των αποτελεσμάτων. Τα δύο τελευταία τμήματα περιέχουν αναλυτικά τις μεθόδους επεξεργασίας που χρησιμοποιήθηκαν για τον προγραμματισμό του μικροελεγκτή και παραθέτονται τα αντίστοιχα αποτελέσματα. Για την υλοποίηση χρησιμοποιήθηκαν αρχικά προσεγγιστικά σήματα για τη μοντελοποίηση των πραγματικών σημάτων που προκύπτουν από την καρδιοαναπνευστική λειτουργία . Γίνεται τέλος με τη βοήθεια του matlab πλήρης αναδημιουργία του καρδιακού παλμού και εξάγονται τα κατάλληλα συμπεράσματα. Ο προγραμματισμός του μικροελεγκτή έγινε σε γλώσσα προγραμματισμού C. / During the two last decades there have been developed embedded systems , for the receive of physiology signals. that are small light and able to record composite signals for more than 48 hours. These systems are used at research on electrocardiography(ECG) for the locating of sporadic cardiac arrhythmias,or abnormal heart function, often associated with the stresses of everyday life. Nowadays, cardiac signals recorded on memory cards and can easily be transferred for analysis and processing. Through the technological evolution, medical equipment manufacturers have reduced drastically the size and power consumption of the ECG recorders, so that they can be autonomous. At this thesis, an embedded system for recording, saving and processing ECG signals is presented. The main purpose is to achieve the monitoring of vital signs of patients with arrhythmias and heart failure. The thesis is divided into six sections. The first part deals with the physiology of the heart, which is the source of the electrocardiogram and the structure of an electrocardiograph and how we can get it from different parts of the human body. The next two sections below cover the use and potential of embedded systems and microcontrollers with an emphasis on presentation of the microcontroller (ADuC 7026) and its peripherals that will be used for implementation. At the same time explaining the μVision the Keil environment which enables us to emulate the microcontroller having at our disposal zero hardware. The third section summarizes some basic functions and programming possibilities presented by ADuC 7026 of Analog Devices. The fourth part deals with methods of digital signal processing of low frequency to remove noise and increase clarity of results. The last two sections contain detailed the processes used for programming the microcontroller and presents the corresponding results. During the implementation, initially approximated signals were used for modeling of real signals arising from cardiopulmonary function. Finally, using matlab we achieve a full reconstruction of the heart beat and drew the appropriate conclusions. The programming of the microcontroller has been done in C

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