Orientador: Celso Luis Marino / Resumo: Os resultados obtidos durante o desenvolvimento deste trabalho estão apresentados na forma de capítulos. O primeiro capítulo apresenta uma análise dos parâmetros genéticos de uma população F1 obtida a partir do cruzamento de duas variedades comerciais de cana-de-açúcar oriundas do programa de melhoramento do Centro de Tecnologia Canavieira, Piracicaba/SP. Também avaliamos marcadores moleculares microssatélites buscando uma relação entre os mesmos com as características agronômicas aqui estudadas (Peso do bolo úmido, Peso do bolo seco, Fibra, Lignina e Celulose). No segundo capítulo, o qual está em formato de artigo científico que será submetido para a revista Genome, com o título “A SNP genetic map constructed using restriction site-associated DNA sequencing approach for sugarcane”, apresenta o primeiro mapa genético com marcadores SNPs (Single nucleotide polymorphisms) obtidos via RADSeq utilizando a população F1 de mapeamento obtida a partir do cruzamento de uma variedade comercial dos Estados Unidos com S. spontaneum, oriundos do programa de melhoramento da Texas A&M AgriLife Research, Weslaco, TX, USA. Durante o doutorado realizei estágio na Texas A&M AgriLife Research, Weslaco, TX, USA, sob orientação do Dr. Jorge A. G. da Silva, onde foram realizadas as análises dos componentes lignocelulósicos e o screening de marcadores SSR. Também houve o estágio na Texas A&M AgriLife Genomics and Bioinformatics Service (Texas A&M University, College Station, TX, EUA), sob orientação... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The results obtained during this work are presented in chapters. The first chapter shows an analysis of genetic parameters of an F1 population obtained from the crossing of two commercial varieties of sugarcane derived from the Sugar Cane Technology Center breeding program, Piracicaba / SP. We also screened microsatellites in this population seeking a relationship between them with agronomic traits like the weight of wet cane, dry cane weight, fiber, lignin and cellulose content. In the second chapter, which is in scientific paper format to be submitted to Genome journal, entitled "The SNP genetic map constructed using restriction site-associated DNA sequencing approach for sugarcane," presents the first genetic map with SNP markers (single nucleotide polymorphisms) obtained by RADSeq using the F1 population of mapping obtained from the crossing of a commercial variety of the United States with S. spontaneum, coming from the breeding program at Texas A & M AgriLife Research, Weslaco, TX, USA. During the doctoral stage at Texas A & M AgriLife Research, Weslaco, TX, USA, under the supervision of Dr. Jorge A. G. Silva, were carried out the analysis of lignocellulosic components and the screening of SSR markers. There was also a stage at Texas A & M AgriLife Genomics and Bioinformatics Service (Texas A & M University, College Station, TX, USA), under the supervision of Dr. Charles Johnson, where the genotyping for SNPs discovery was made by RadSeq protocol. The bioinformatics a... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-09-01Bitstream added on 2014-06-13T21:00:03Z : No. of bitstreams: 1 carvalho_jm_me_ilha.pdf: 450564 bytes, checksum: 1430fc20fb531ec52dcd69e4c75ea342 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A área de produção de cana-de-açúcar submetida à colheita sem despalha a fogo vem aumentando consideravelmente no Brasil. No sistema de colheita crua, as folhas secas, os ponteiros e as folhas verdes são cortados e lançados sobre a superfície do solo, formando uma cobertura morta que pode modificar o ambiente em vários aspectos, tanto do solo como do ambiente. O objetivo deste trabalho foi avaliar o tempo de decomposição da palha e a contribuição desta na nutrição da cana-de-açúcar, as alterações na fertilidade do solo e na produtividade e qualidade tecnológica da cana soca (2o ciclo) em função da aplicação ou não de doses de vinhaça e gesso, em um Latossolo Vermelho Amarelo distrófico de textura média. O trabalho foi desenvolvido na Usina Vale do Paraná, Suzanapólis/SP, em um Latossolo vermelho Amarelo que foi caracterizado inicialmente quanto sua fertilidade nas profundidades de 0 - 0,20, 0,20 - 0,40 e 0,40 - 0,60 m. O delineamento experimental utilizado foi em blocos casualizados, com quatro repetições, em esquema fatorial 2 x 3, ou seja, com e sem a aplicação de gesso a lanço em cobertura (após a colheita da cana e sem incorporação na dose de 1000 kg ha-1) e três doses de vinhaça (sem aplicação, 100 e 200 m3 ha-1). A decomposição da palha foi avaliada pelo método do Litter Bag (0,16 m2), aos 30, 90, 180, 270 e 360 dias após a aplicação dos tratamentos. Com o objetivo de caracterizar o solo após a decomposição da palha da cana e aplicação dos tratamentos foram efetuados amostragens do solo para obtenção do levantamento da situação da sua fertilidade nas camadas de 0 - 0,20 e 0,20 - 0,40 m e 0,40 - 0,60 m aos 180 e 360 dias após a aplicação da vinhaça. No momento da colheita da cana-soca em outubro de 2010, foi colhida a área útil de cada parcela e avaliados... / The production area of sugarcane subjected to non-firing straw harvesting is growing up substantially in Brazil. In the sugarcane harvest system without residue burning, dried leaves, stem tips, and green leaves are cut and are thrown over the surface of the soil, creating a straw mulch layer. The objective of the study was to evaluate the duration of straw decomposition and the contribution of its to the sugarcane nutrition, the changes on soil fertility, culms productivity and the sugar cane ratoon (2nd cycle) technological quality due to the use/application of vinasse and gypsum. The work was developed at the Vale do Paraná Mill, Suzanápolis, State of São Paulo, in a Yellow Red Oxisol, which soil had the fertility and (in deep of 0-0.20, 0.20-0.40 and 0.40-0.60 m) initially evaluated. The experiment has used four replication in a randomized blocks design using a factorial scheme 2 x 3, in other words, with e without gypsum, without incorporation (1000 kg ha-1) and it has used 3 doses of vinasse (without application, 100 e 200 m3 ha-1). The straw decomposition was evaluated by Litter Bag method (0.16 m2) during 30, 90, 180, 270 and 360 days after the treatment application (DAAV). Aiming to characterize the soil after the straw decomposed and of agricultural treatment application mentioned above, it has been done the soil fertility analysis at the same layers initially analyzed 180 days to 360 (DAAV). In the moment of sugar cane ratoon has harvested, in october 2010, it was evaluated the useful area of each plot and it was evaluated the components of the production: the production components of the number of culms, from which ones it has been determined the yield of culms per hectare (TCH) and the technological quality of sugar cane. The gypsum application and the vinasse, at the dosage of 100 m3 ha-1, increased... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:47Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-28Bitstream added on 2014-06-13T20:28:14Z : No. of bitstreams: 1 pera_gt_me_arafcl.pdf: 875282 bytes, checksum: 9a0ac55fa780a493dd4409c5084edc7c (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Esta pesquisa buscou compreender como os novos procedimentos no trabalho apontam para novas estratégias e ações do empresariado rural no que tange à melhoria contínua da qualidade total do trabalho no corte de cana. Tomamos como recorte de pesquisa o Programa de Capacitação Profissional, denominado Programa Cana Limpa, cuja definição apresentada por seus idealizadores é capacitar e qualificar a mão-de-obra de todo o setor sucroalcooleiro, a fim de proporcionar mais qualidade, segurança e produtividade da matéria-prima. Objetivamos através da análise e observação do Programa Cana Limpa, compreender de que modo este tem auxiliado ou não na melhoria das condições de vida e trabalho dos trabalhadores do corte da cana / This research seeks to understand how the new procedures in the study point to new strategies and actions of rural entrepreneurs regarding the continuous improvement of the overall quality of the work cutting sugar cane. We take as research outline the Professional Training Program, called Cana Limpa Program, whose definition is presented by its creators train and qualify the hand labor of the entire sugarcane sector in order to provide more quality, safety and productivity of feedstock. We looking through analysis and observation of the Cana Limpa Program, understand how this has helped or not in improving the conditions of life and labor of cutting cane

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:17Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-05-17Bitstream added on 2014-06-13T19:25:38Z : No. of bitstreams: 1 000737257.pdf: 922725 bytes, checksum: fb2bb0332f62886b65e70ed460f1265f (MD5) / Os biocombustíveis apresentam grande importância para suprir a demanda global de energia. São produzidos a partir de biomassa vegetal, emitem menor quantidade de dióxido de carbono e partículas poluentes ao ambiente quando utilizados apresentando grande vantagem por serem combustíveis renováveis. Entre as matérias-primas com potencial para produção de etanol destaca-se o sorgo sacarino. Este estudo objetivou comparar o processamento do genótipo CVSW80007 (sorgo sacarino) e da cultivar RB966928 (cana-de-açúcar) para produção de bioetanol em início de safra. Foram realizadas análises de Brix, pH, AR, ART, acidez total, compostos fenólicos totais e amido do caldo extraído, caldo clarificado e mosto; análises microbiológicas e análises do vinho, calculando-se os rendimentos, eficiência e produtividade. Os resultados indicaram melhores índices de Brix, AR, ART, Compostos fenólicos e Amido para a cana-de-açúcar. O desenvolvimento do processo fermentativo ocorreu de forma adequada para ambas, com produção de maior teor alcoólico no vinho decorrente de mosto de cana-de-açúcar. A levedura FT-858 apresentou maior porcentagem de viabilidade celular. A produtividade de etanol na cana-de-açúcar foi de 551,67 L/ha/mês e no sorgo sacarino foi de 466,4 L/ha/mês. / Biofuels have a great importance to supply the global energy demand. These fuels are produced from plant’s biomass, they emit less carbon dioxide and particulate pollutants to the environment when used and have great advantage of being renewable fuels. Among the raw materials with potential to produce ethanol sweet sorghum stands out. This study aimed to compare the processing of genotype CVSW80007 (sweet sorghum) and the RB966928 (sugar cane) cultivar for bioethanol production in early season. Analyses of Brix, pH, AR, ART, phenolic compounds and extracted juice starch, clarified juice and must; microbiological and wine analyzes and efficiency and productivity were calculated. The results indicated better rates of Brix, AR, ART, phenolic compounds and starch for sugar cane. The development of fermentation occurred appropriately for both, and the wine produced from sugarcane must had higher alcohol content. The FT-858 yeast presented higher percentage of cell viability. The ethanol productivity in sugar cane was 551.67 L/ha/month and for sweet sorghum was 466.4 L/ha/month.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:17Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-21Bitstream added on 2014-06-13T19:18:53Z : No. of bitstreams: 1 freita_la_me_jabo.pdf: 771576 bytes, checksum: 5c054287ca1668cdbbb562ff1c39fa58 (MD5) / O aumento da demanda por combustíveis tem intensificado a busca por fontes renováveis de energia principalmente as biomassas, destacando-se a canade- açúcar na produção de bioetanol. Além desta a cultura do sorgo sacarino apresenta elevado potencial principalmente por utilizar o mesmo complexo industrial de produção e ser processado no período de entressafra da cana. Objetivou-se com a presente pesquisa avaliar o potencial de produtividade, características químicotecnológicas e processo fermentativo de três genótipos de sorgo utilizado como matéria-prima complementar para produção de etanol, no período de início de safra. O delineamento experimental foi o em Blocos ao Acaso num modelo Fatorial 3x7, com três repetições, para Avaliações Biométricas, sendo que para as Características Químico–tecnológicas e Processo Fermentativo (para cada uma das leveduras estudadas) utilizou-se o modelo 3x2x6. Avaliou-se a Altura (m) das plantas, Diâmetro da base, Diâmetro da ponta, número de folhas, comprimento da panícula (cm), biomassa total (t/ha), colmos limpos (t/ha) e % de colmos, nas analises biométricas; o teor de sólidos solúveis (Brix), Açúcares Redutores Totais (ART), pH, Acidez Total, Compostos Fenólicos Totais e Teor de Amido do caldo extraído nas analises químico-tecnológicas e a viabilidade celular, viabilidade de brotos e brotamento no processo fermentativo. Os resultados obtidos indicam que os genótipos CVSW80007 e CVWS80147 apresentam melhores características químico-tecnológicas... / The increased in demand for combustible has intensified the search for renewable energies mainly from biomass, especially the sugarcane for bioethanol production. Besides of this crop, sweet sorghum has shown great potential in the production of biofuels, mainly because it allows the use of the same industrial park production of sugarcane, and can be processed in the off-season of this crop. The objective of this research was to evaluate the potential of three genotypes of sorghum harvested with and without leaves on the productivity, technologicalchemical characteristics, and ethanol production in laboratorial scale using two yeast strains, from the beginning of the sugarcane harvest. The experimental design was randomized blocks in a 3x7 factorial design, with three replicates for biometric analysis. For chemical and technological characteristics and fermentation process (for each of the yeasts studied) was used 3x2x6 model. Was evaluated height (m) of plant, base and tip stalk diameter, leaf number, panicle length (cm), total biomass yield (t/ha), clean stalk yield (t/ha) and percentage stem, in biometrics analyses. Soluble solids content (Brix), total reducing sugars (TRS), pH, total acidity, total phenolic compounds and starch content of the juice extracted in chemicaltechnological analyses. Was evaluated the cell viability, viability and budding of the yeasts in the fermentation process. Was evaluated the cell viability, viability of sprouts and budding of the yeasts in the fermentation process. Was determined the ethanol production (L/ha and L/t) in laboratory scale. The results indicate that the genotypes CVSW80007 and CVWS80147 have better chemical and technological characteristics, with useful industrialization period (UIP) of 45 days... (Complete abstract click electronic access below)

A palha de cana resultante da colheita da cana-de-açúcar, usada na produção de etanol no Brasil, pode ser utilizada como fonte de biomassa. Uma das maneiras de utilização deste e de outros resíduos agro-industriais é a sua transformação por pirólise. Durante este processo, gera-se uma fração aquosa que é oriunda da umidade inicial da matéria prima e de reações que ocorrem durante a pirólise, e contém na sua composição uma variedade de compostos oxigenados de alto valor. O desenvolvimento de métodos de extração do material orgânico presente nesta fração aquosa assume um importante papel na caracterização e aproveitamento deste material. No presente trabalho foram aplicadas a extração em fase sólida (SPE) com cartucho comercial C18 e a extração líquido-líquido (LLE), para o isolamento dos analitos presentes na fração aquosa da pirólise da palha de cana, usando três solventes de diferentes polaridades (hexano, diclorometano e clorofórmio). A caracterização dos extratos orgânicos obtidos foi realizada por GC/qMS e GC×GC/TOFMS. Os dois métodos de extração mostraram-se satisfatórios e os solventes usados foram complementares. Os extratos apresentaram em sua composição compostos oxigenados tais como fenóis, ácidos, cetonas, aldeídos e éteres, com sensível predomínio dos fenóis. A técnica de GC×GC/TOFMS apresentou maior sensibilidade e permitiu a identificação de um maior número de compostos. / The sugar cane straw, resulting from the harvesting of sugar cane, used in ethanol production in Brazil, can be used as a source of biomass. Pyrolysis is one of the way to transform and aggregate value to this and other agro-industrial wastes. During this process, it is generated an aqueous fraction originated from the initial moisture of raw material, which contains a variety of oxygenated compounds of high industrial importance. The application of techniques for extraction of organic material from this aqueous fraction plays an important role in the characterization and use of this material. In the present study solid phase extraction (SPE), using C18 commercial cartridges, and liquid-liquid extraction (LLE) was applied the for the isolation of the analytes present in the aqueous fraction of pyrolysis of sugarcane straw, using three solvents of different polarities (hexane, dichloromethane and chloroform). Characterization of organic extracts was performed by GC/qMS and GC×GC/TOFMS. Both extraction methods were satisfactory and the solvents used were complementary. The extracts showed several oxygenated compounds in their composition, such as phenols, acids, ketones, aldehydes and ethers, with significant predominance of phenols. The technique of GC×GC/TOFMS showed higher sensitivity and allowed the identification of a greater number of compounds.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade Gama, Faculdade de Tecnologia, Programa de Pós-Graduação em Integridade de Materiais da Engenharia, 2014. / Submitted by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2014-10-27T15:29:24Z No. of bitstreams: 1 2014_LuizCarlosCorreiadeJesus.pdf: 4417231 bytes, checksum: b867ed85ae8333825735a811f93f749c (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2014-10-29T15:41:57Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_LuizCarlosCorreiadeJesus.pdf: 4417231 bytes, checksum: b867ed85ae8333825735a811f93f749c (MD5) / Made available in DSpace on 2014-10-29T15:41:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_LuizCarlosCorreiadeJesus.pdf: 4417231 bytes, checksum: b867ed85ae8333825735a811f93f749c (MD5) / O EPS (poliestireno expandido) é um polímero resultante da polimerização do estireno em água e é imensamente utilizado para a confecção de embalagens. O produto final é composto por pérolas de até três milímetros de diâmetro que se destinam à expansão com vapor quente. Na natureza, este polímero pode levar vários anos para ser degradado. Pensou-se neste trabalho testar a viabilidade de reforçar o PS com fibras naturais a fim de aliar as propriedades das fibras com a versatilidade do polímero. Deste modo, o principal objetivo deste trabalho é avaliar as propriedades mecânicas, térmicas, reológicas e morfológica dos compósitos de poliestireno (PS) reciclado reforçado com fibra de celulose de bagaço de cana-de-açúcar com lignina residual. Além de avaliar o perfil da lignina com agente compatibilizante, verificando a interface entre fibra de celulose e a matriz do poliestireno. Para a obtenção das fibras celulósicas, a extração foi realizada pelo processo de polpação em meio fortemente alcalino (NaOH). Os compósitos foram obtidos por extrusão em extrusora mono-rosca e posteriormente em dupla-rosca, e depois injetados. Os materiais foram caracterizados por ensaios mecânicos, análises térmicas (TGA, HDT, DSC e DMA), análise reológica (reometria de placas paralelas e índice de fluidez), microscopia (MEV) e FTIR/ATR. Os resultados obtidos demonstram que a adição de fibra de celulose fez com que a resistência à flexão e tração e os módulos aumentassem e concomitantemente a dureza. Com relação às análises térmicas, estas técnicas permitiram a avaliação do limite de temperatura no qual este material pode ser processado, como também a influência do teor de fibras na matriz e a temperatura de deflexão térmica. As curvas de TGA mostraram que os compósitos tem uma estabilidade térmica intermediária entre fibra de celulose e matriz polimérica e o DSC para os compósitos mostraram eventos térmicos semelhantes em relação ao PS reciclado. O HDT mostrou que quando é adicionada fibra na matriz polimérica, a temperatura de deflexão também é aumentada. As curvas DMA mostraram aumento do módulo de armazenamento do polímero e dos compósitos e a Tg (temperatura de transição vítrea) em relação aos dados da literatura. A análise da microestrutura por MEV do PS e dos compósitos permitiram avaliar os mecanismos de falha dos compósitos, mostrando a razoável transferência de tensão entre fibra e matriz antes do rompimento do material. Os ensaios reológicos confirmaram a relação entre massa molar, viscosidade e índice de fluidez. O compósito que apresentou o menor IF e maior viscosidade foi o com 20% de fibra de celulose, portanto, este apresenta a maior massa molar viscosimétrica. Desta maneira, foi possível definir a melhor forma de processamento, desempenho mecânico, limites de temperatura de aplicação e processamento, estabilidade térmica, interface entre fibra e matriz, viscosidade, massa molar e índice de fluidez para os compósitos de PS reforçados com celulose de bagaço-de-cana. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / The EPS (expanded polystyrene) is a polymer resulting from the polymerization of styrene in water and is greatly used in package manufacturing. The final product consists on the three millimeters diameter spheres expansion with hot steam. In nature, this polymer can take several years to be degraded. Thus, the main objective of this work is to evaluate the mechanical, thermal, rheological and morphological properties of composites of polystyrene (PS) reinforced with recycled cellulose fiber bagasse sugarcane residual lignin. In addition to evaluating the profile of lignin with coupling agent, verifying the interface between cellulose fiber and polystyrene matrix.To obtain cellulosic fibers, the extraction was performed by the pulping process in strongly alkaline medium (NaOH). The composites were extruded in single-screw extruders, following by twin-screw and then submitted to injection molding. The materials were characterized by mechanical testing, thermal analysis (TGA, HDT, DSC and DMA), rheological analysis (rheometry parallel plate and melt flow index test), microscopy (SEM) and FTIR/ ATR . The results showed that the addition of cellulose fibers contributes to tensile, flexural strength and modules and hardness increasing. Regarding the thermal analyzes, these techniques permitted the evaluation of the temperature at which this material could be processed, and the influence of the matrix fiber content in heat deflection temperature. The TGA curve showed that the composite has a thermal stability intermediate between the cellulose fiber and polymer matrix. DSC showed similar thermal events in respect to recycled PS. HDT showed that when the fiber is added into the polymer matrix, the deflection temperature is also increased. The DMA curves showed an increase in the storage modulus and Tg (glass transition temperature) of the polymer and composites compared to literature. The microstructural analysis by SEM for PS and composites allows assessing the failure mechanisms of composites, showing a reasonable transfer of tension between fiber and matrix before the rupture of the material. However the FTIR did not confirm this observations regarding adhesion between fiber and matrix. The rheological tests confirmed the relationship between molar mass, viscosity and melt flow index. The composite with the lowest IF and the viscosity was increased with 20% cellulose fiber, so this has the highest viscosimetric molar mass. Thus, it was possible to define the best way of processing, mechanical performance, application and processing temperature limits, thermal stability, interface between fiber and matrix, viscosity, molecular weight and melt index for the PS composites reinforced with cellulose from sugarcane bagasse.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2012. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2012-09-24T13:27:47Z No. of bitstreams: 1 2012_AnaCarollineRibeirodeToledoPinto.pdf: 1319633 bytes, checksum: bc40b50d797b11f2563013e434756f8f (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com) on 2012-10-01T13:48:20Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_AnaCarollineRibeirodeToledoPinto.pdf: 1319633 bytes, checksum: bc40b50d797b11f2563013e434756f8f (MD5) / Made available in DSpace on 2012-10-01T13:48:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_AnaCarollineRibeirodeToledoPinto.pdf: 1319633 bytes, checksum: bc40b50d797b11f2563013e434756f8f (MD5) / A cana de açúcar é a segunda cultura mais abundante no país, e tem como resíduo o bagaço de cana, o qual é constituído por células vegetais que possuem uma parede celular composta por celulose, hemicelulose e pectina, além da lignina. A biomassa lignocelulósica armazena grande quantidade de energia química, que pode ser convertida em diversas outras fontes energéticas. Fungos filamentosos são microrganismos capazes de produzir e secretar enzimas variadas para utilizar a parede celular vegetal como fonte de carbono. Nesta dissertação foi analisado o secretoma de Aspergillus oryzae crescido em estado sólido de bagaço de cana como fonte de carbono. Foram testadas duas soluções para a extração do secretoma, a) tampão acetado de sódio 0,25mM, pH 5,0 e b) tampão acNa 0,25mM, pH 5,0, 0,1%Tween 80. As amostras foram submetidas às análises enzimáticas, eletroforéticas e por espectrometria de massas (LC-MS/MS). As análises enzimáticas e eletroforéticas mostraram que não houve diferença entre os dois métodos de extração. Além disso, o detergente Tween 80 aparenta aumentar a extração de proteínas vindas do bagaço de cana, o que não é desejável para a análise por espectrometria de massas. A comparação do secretoma de A. oryzae em estado sólido com o secretoma deste em cultura submersa usando meio contendo bagaço mostrou diferenças significativas, sendo o secretoma em estado sólido mais diversificado enquanto o secretoma em cultura submersa apresentou maior abundância de determinadas proteínas. A análise do secretoma produzido em estado sólido por espectrometria de massas permitiu a identificação de 47 proteínas não redundantes, sendo 19 relacionadas à degradação de biomassa lignocelulósica. O polimorfismo enzimático em A. oryzae pode ter sido a justificativa para o baixo número de identificações. As proteínas intracelulares identificadas podem ter sido consequência do processo de extração, mas podem também ter sido secretadas por vias não convencionais, da mesma forma que ocorre em protozoários. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The sugarcane crop is the second more abundant crop in Brazil, and has as waste sugarcane bagasse, which is constituted by plant cells with a cell wall composed of cellulose, hemicellulose and lignin. The lignocellulosic biomass stores a large amount of chemical energy, which can be converted to another sources of energy. Filamentous fungi are a group of organisms that are able to secrete a variety of proteins to disrupt cell wall structure for further carbon assimilation. In this work, Aspergillus oryzae was submitted to solid state-fermentation and it was analyzed two different solutions for extraction of proteins secreted by the fungus as follows: a) 0.25 mM sodium acetate buffer, pH 5; b), 0.25 mM sodium acetate buffer, pH 5, 0.1% Tween 80. The samples were analyzed by enzymatic assays, electrophoretical profile and mass spectrometry (LC-MS/MS) analysis. Enzymatic and electrophoretical analysis showed that there were no differences between extraction with sodium acetate buffer and the extraction buffer with Tween 80. Moreover, Tween 80 seems to increase sugarcane bagasse proteins solubilization in the sample, which is not desirable for MS analysis. The comparison between A.oryzae’s secretome in solid-state culture and in submerged culture using sugarcane bagasse as carbon source showed remarkable differences, being the solid-state secretome more complex and the submerged-culture secretome with some more abundant proteins. Mass spectrometry analysis of solid-state secretome allowed the identification of 47 non redundant proteins, and 19 of them were related with biomass degradation. The high degree of enzymatic polymorphisms in A. oryzae might be the reason of few identified proteins. Intracellular proteins may be a consequence of extraction process, but they could be secreted in an unconventional secretion pathway, as those ones observed in protozoan parasites.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas Departamento de Biologia Celular, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2012. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2012-09-24T12:59:02Z No. of bitstreams: 1 2012_PedroAlvesMartins.pdf: 2817452 bytes, checksum: e51e7a47a4726d306b0c4fcecf8ab2e2 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2012-10-02T12:06:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_PedroAlvesMartins.pdf: 2817452 bytes, checksum: e51e7a47a4726d306b0c4fcecf8ab2e2 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-10-02T12:06:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_PedroAlvesMartins.pdf: 2817452 bytes, checksum: e51e7a47a4726d306b0c4fcecf8ab2e2 (MD5) / Os fungos filamentosos quando submetidos ao crescimento em meios contendo material lignocelulósico, são capazes de produzir diferentes tipos de enzimas extracelulares responsáveis por catalisar a hidrólise de celulose, hemicelulose e outros polissacarídeos encontrados nas paredes celulares vegetais. Algumas dessas enzimas podem ser aplicadas comercialmente em processos industriais, como nas indústrias alimentícia, têxtil, papeleira e também na produção de bioetanol. O fungo filamentoso mesofílico e de distribuição cosmopolita Aspergillus niger é saprófita e apresenta potencial biotecnológico como produtor de enzimas hidrolíticas O presente trabalho tem como objetivo a purificação de xilanases de A. niger bem como a análise do seu secretoma (conjunto de proteínas secretadas) após seis dias de crescimento em meio sintético suplementado com 1% de bagaço de cana como única fonte de carbono. Uma fração xilanolítica (Xyl) previamente purificada por cromatografia de exclusão molecular revelou ser composta por polipeptídeos distintos apresentando diferentes pIs como demonstrado por eletroforese bidimensional (2-DE). A fim de aperfeiçoar a purificação de Xyl e separar possíveis isoformas, Xyl foi submetido às cromatografias de troca aniônica (CTA) em pH 8,5 e de troca catiônica (CTC) em pH 5,0. A CTA separou uma fração contendo apenas dois polipeptídeos como demonstrado por 2-DE. Um spot foi identificado como sendo uma endo-1,4-β-xilanase e o outro não pôde ser identificado. A xilanase presente na fração purificada exibiu um Km de 6.46 mg/ml e uma Vmax de 1.984 UI.mL-1 para xilana solúvel. A fim de ser submetido à análise proteômica,o secretoma foi primeiramente submetido à digestão tríptica tanto em solução quanto após separação eletroforética em gel de poliacrilamida. Os peptídeos resultantes foram analisados por LC-MS/MS-Orbitrap em modo Data Dependent Acquisition. A abordagem de digestão em gel propiciou a identificação de 55 proteínas comparada à identificação de apenas 14 proteínas utilizando a digestão em solução. A maioria das proteínas identificadas pertence à classe das hidrolases, sendo as xilanases as mais abundantes. Estes resultados correspondem aos ensaios enzimáticos realizados e à composição esperada do secretoma: um arsenal de enzimas capazes de promover a hidrólise do substrato e prover meios para o desenvolvimento e crescimento do fungo. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / When submitted to growth in media containing lignocellulosic materials, filamentous fungi are able to produce different kinds of extracellular enzymes, which are responsible to catalyze the hydrolysis of cellulose, hemicellulose and other polysaccharides found on plant cell wall. Some of these enzymes can be commercially applied to industrial processes, such as the ones used on food, paper and textile industry as well as on the production of bioethanol. Aspergillus niger, a mesophilic and saprophytic filamentous fungus, possesses biotechnological potential as a producer of hydrolytic enzymes. The present work aims at purifying xylanases from A. niger and analyzing its secretome (group of secreted proteins) after six days of growth on synthetic medium supplemented with 1% sugarcane bagasse as the only carbon source. A xylanolytic fraction (Xyl) previously purified by molecular exclusion chromatography was shown to be composed of different polypeptides bearing different pIs as demonstrated by two-dimensional electrophoresis (2-DE). In order to improve Xyl purification and to separate possible xylanase isoforms, Xyl was submitted to both Anion Exchange Chromatography (AEC) at pH 8.5 and Cation Exchange chromatography (CEC) at pH 5.0. The AEC approach could successfully isolate a fraction containing two different polypeptides as demonstrated by 2-DE. One spot was identified as an endo-1,4-β-xylanase and the other couldn’t be identified. This xylanase in the purified fraction exhibited a Km of 6.46 mg/ml and a Vmax of 1.984 IU.mL-1 for soluble xylan. For proteomic analysis, the secretome was firstly submitted to In-solution trypsin digestion or alternatively to SDS-PAGE followed by trypsin digestion of gel slices. Resulting peptides were then analyzed by LC-MS/MS-Orbitrap using Data Dependent Acquisition mode. Overall, the In-gel digested samples provided identification of 55 proteins comparing to only 14 identified proteins in In-solution digested samples. Most proteins identified in A. niger secretome belonged to the hydrolase class, being xylanases the most abundant ones. These findings correspond to experimental enzymatic assays and the expected secretome composition: an arsenal of enzymes capable of hydrolyzing the substrate and providing ways for the fungi growth and development.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Centro de Desenvolvimento Sustentável, 2009. / Submitted by Raquel Viana (tempestade_b@hotmail.com) on 2009-11-09T17:49:01Z No. of bitstreams: 1 2008_BrunoDelGrossiMichelotto.pdf: 3210621 bytes, checksum: cbf3eeb328e60e4f9122e49615a09f45 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2009-11-10T14:39:21Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2008_BrunoDelGrossiMichelotto.pdf: 3210621 bytes, checksum: cbf3eeb328e60e4f9122e49615a09f45 (MD5) / Made available in DSpace on 2009-11-10T14:39:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008_BrunoDelGrossiMichelotto.pdf: 3210621 bytes, checksum: cbf3eeb328e60e4f9122e49615a09f45 (MD5) Previous issue date: 2008-03 / A expansão das lavouras de cana-de-açúcar na região do Triângulo Mineiro é reflexo do processo de modernização da agricultura que afeta as áreas de cerrado do Brasil central. Caracteriza-se pela incorporação de novos objetos produtivos e de lógicas operacionais que passam a definir as novas formas de apropriação da natureza e da produção do espaço geográfico associado à essa cadeia produtiva. Defini-se também pelas interações escalares que projetam a região às escalas mais amplas da globalização, transformando o papel das localidades na racionalidade da rede urbana do período atual. O objetivo principal desta pesquisa é identificar e compreender as mudanças que a expansão da cultura da cana-deaçúcar produz no território. Pretende dessa forma, identificar e compreender as transformações provocadas pela expansão desta atividade produtiva nos subsistemas que compõem o arranjo territorial do Triângulo Mineiro, particularmente os subsistemas políticoinstitucional, econômico, social e ambiental. Partindo desses objetivos, levantamos a hipótese de que esta expansão estaria provocando alterações consideráveis no arranjo territorial regional, justamente nestes subsistemas citados acima. Para o reconhecimento destas transformações foram analisadas as políticas públicas setoriais, nas escalas federal, estadual e municipal; evolução do Produto Interno Bruto e a distribuição do Valor Adicionado Corrente para cada setor da economia municipal; a evolução do Índice de Desenvolvimento Humano Municipal e os possíveis impactos ambientais positivos e negativos derivados desta atividade produtiva. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / The expansion of the sugar cane crops in the Triangulo Mineiro region is result of the process of modernization of the agriculture that affects the areas of cerrado located at the central portion of Brazil. It is characterized for the incorporation of new productive objects and operational logics that start to define the new forms of nature appropriation and the production of the geographic space associate to this productive chain. It is also defined for the scale interactions that project the region to the amplest scales of globalization, transforming the role of the localities into the rationality of the urban net of the current period. The main objective of this research is to identify and to understand the changes that the expansion of the sugar cane culture produces in the territory. It intends therefore, to identify and to understand the transformations provoked by the expansion of this productive activity in the subsystems that compose the territorial arrangement of the Triangulo Mineiro, particularly the politicianinstitucional, economic, social and environmental subsystems.Throughout this objetives, the hypothesis raised is that this expansion would be provoking considerable alterations in the regional territorial arrangement, mainly in these subsystems listed above. For the recognition of these transformations the sectorial public politics had been analyzed, in the federal, state and municipal scales; evolution of the Gross Domestic Product and the distribution of the Added Value Index for each sector of the municipal economy; the evolution of the Human Development Index and the possible positive and negative environmental impacts derived from this productive activity.