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Análise da expressão gênica da proteína homóloga à Scc1/Rad21 do complexo Coesina em Trypanosoma cruzi

Silva, Fabiana Brandão Alves 15 February 2012 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2012. / Submitted by Jaqueline Ferreira de Souza (jaquefs.braz@gmail.com) on 2012-07-17T10:18:34Z No. of bitstreams: 1 2012_FabiansBrandaoAlvesSilva.pdf: 3339585 bytes, checksum: 3a2b291213f89307c5254e99ccac67ea (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com) on 2012-07-17T10:18:49Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_FabiansBrandaoAlvesSilva.pdf: 3339585 bytes, checksum: 3a2b291213f89307c5254e99ccac67ea (MD5) / Made available in DSpace on 2012-07-17T10:18:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_FabiansBrandaoAlvesSilva.pdf: 3339585 bytes, checksum: 3a2b291213f89307c5254e99ccac67ea (MD5) / O complexo Coesina tem a função essencial de assegurar a correta segregação das cromátides irmãs após replicação do DNA. A Coesina atua tanto na mitose como na meiose e é mais bem descrita em leveduras e mamíferos. O complexo se forma pela interação das subunidades proteicas conhecidas como SMC (proteínas de manutenção estrutural dos cromossomos), SMC1 e SMC3, e duas proteínas SCC (proteínas de coesão das cromátides irmãs), a SCC1 (também conhecida como Mcd1 ou Rad21) e SCC3 (SA1 e SA2 em células de mamíferos). Existem poucos estudos sobre a Coesina e sua função em tripanossomatídeos, sendo que foi verificada a presença dos genes para todas as subunidades da Coesina em Trypanosoma cruzi, Trypanosoma brucei e a Leishmania major. Em trabalhos recentes do nosso grupo, foi observado que a subunidade SCC1 do complexo Coesina em T. cruzi está presente nas formas amastigotas com localização nuclear, em menor quantidade em epimastigotas distribuída por toda a célula e ausente em tripomastigotas. Desse modo, essa diferença da presença da proteína TcSCC1 nas diferentes formas do parasita nos levou a estudar nesse trabalho a expressão gênica dessa proteína de T. cruzi e sua regulação. Inicialmente, foi realizada uma quantificação relativa do mRNA da proteína SCC1 nas diferentes formas do T. cruzi por RT-PCR em tempo real. As formas amastigotas e tripomastigotas apresentaram uma quantidade relativa semelhante entre si e equivalente à metade da quantidade das formas epimastigotas, o que diverge do observado para a presença da proteína. Assim, é possível que haja um mecanismo regulatório provavelmente pós-transcricional, já que é descrito que esse tipo de regulação é peça chave na modulação da expressão gênica em T. cruzi. Nos experimentos onde foi inibido a transcrição e a transcrição juntamente com a tradução nas formas epimastigotas e amastigotas, observamos uma estabilidade do mRNA da TcSCC1 mais longa em amastigotas e pouco afetada com a inibição da tradução. Essa observação pode explicar a causa da maior abundância da proteína nas formas amastigotas. Embora em epimastigotas o mRNA também seja relativamente estável, a quantidade relativa decresce mais acentuadamente, sugerindo uma meia vida mais curta em epimastigotas. É provável que a regulação pós-transcricional desse mRNA possa estar modulando a expressão do gene TcSCC1 entre as formas do T. cruzi e essa não é dependente da tradução. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The cohesin complex has the essential function of ensuring the correct segregation of sister chromatids after DNA replication. The cohesin acts both in mitosis as in meiosis and is best described in yeast and mammals. The complex is formed by the interaction of protein subunits known as SMC (structural maintenance of chromosomes), SMC1 and SMC3, and two proteins SCC (cohesion of sister chromatids), the SCC1 (also known as Mcd1 or Rad21) and SCC3 (SA1 and SA2 in mammalian cells). There are few studies of the cohesin and its function in trypanosomatids, and it was detected the presence of genes for all subunits of cohesin in Trypanosoma cruzi, Trypanosoma brucei and Leishmania major. In recent work from our group, we observed that the SCC1 subunit of cohesin complex in T. cruzi amastigotes is present with nuclear localization, in epimastigotes with a lesser amount distributed throughout the cell and absent in trypomastigotes. Thus, this difference of the presence of TcSCC1 protein in the different forms of the parasite led us to study in this work the gene expression of this T. cruzi protein and its regulation. Initially, we performed a relative quantification of TcSCC1 mRNA in the different forms of T. cruzi by real time RT-PCR. The amastigotes and trypomastigotes forms presented a relative similar amount among themselves and as equivalent to half the amount of the epimastigote forms, which differs of that observed for presence of the protein. Thus, there may be a possible post-transcriptional regulatory mechanism, since it is reported that this type of regulation is a key part in the modulation of T. cruzi gene expression. In experiments where transcription was inhibited and transcription along with translation in epimastigotes and amastigotes, we observed longer stability of TcSCC1 mRNA in amastigotes and is not affected by the inhibition of the translation. This observation may explain why the protein is more abundant in amastigotes. Although in epimastigotes the mRNA is also relatively stable, the relative amount decreases more markedly, suggesting shorter half life in epimastigotes. It is likely that post-transcriptional regulation of this mRNA may be modulating the TcSCC1gene expression between the forms of T. cruzi and that is not dependent on translation.
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Utilização da voltametria de redissolução anódica para o estudo da interação de três fragmentos peptídicos sintéticos da proteína Prion com os íons cobre(II)

Oliveira Filho, Waldemar Pacheco January 2006 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Química, 2006. / Submitted by mariana castro (nanacastro0107@hotmail.com) on 2009-12-01T13:59:23Z No. of bitstreams: 1 dissertacao_Waldemar Pacheco de Oliveira Filho.pdf: 2573172 bytes, checksum: 9a381323d2cc30bb38170bd6982875f1 (MD5) / Rejected by Lucila Saraiva(lucilasaraiva1@gmail.com), reason: Falta abstract on 2009-12-04T02:47:45Z (GMT) / Submitted by mariana castro (nanacastro0107@hotmail.com) on 2009-12-16T12:23:26Z No. of bitstreams: 1 dissertacao_Waldemar Pacheco de Oliveira Filho.pdf: 2573172 bytes, checksum: 9a381323d2cc30bb38170bd6982875f1 (MD5) / Approved for entry into archive by Joanita Pereira(joanita) on 2009-12-16T19:56:47Z (GMT) No. of bitstreams: 1 dissertacao_Waldemar Pacheco de Oliveira Filho.pdf: 2573172 bytes, checksum: 9a381323d2cc30bb38170bd6982875f1 (MD5) / Made available in DSpace on 2009-12-16T19:56:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_Waldemar Pacheco de Oliveira Filho.pdf: 2573172 bytes, checksum: 9a381323d2cc30bb38170bd6982875f1 (MD5) Previous issue date: 2006 / O prion é uma proteína de superfície de membrana, presente no tecido nervoso da maioria dos mamíferos. É uma proteína de tamanho médio (250 resíduos de aminoácidos em sua estrutura primária) e que ainda possui sua função biológica indefinida, apesar de diversos estudos já realizados. O prion é responsável por um conjunto de doenças chamadas Encefalopatias Espongiformes, onde se incluem a Síndrome de Creutzfeld-Jacob e a Encefalopatia Espongiforme Bovina (Mal da vaca Louca). Estas patologias podem estar relacionadas a eventos de mudança conformacional que ocorrem na proteína durante o transporte de íons cobre para o neurônio. Estudos realizados na última década comprovaram a existência de uma interação entre o prion e íons cobre(II), que ocorre em regiões definidas do prion: entre os resíduos de aminoácidos 60 e 91, e possivelmente entre os resíduos de aminoácidos 92 e 96 e 180 e 193. Diversas técnicas analíticas têm sido utilizadas para o estudo da interação cobre - prion (EPR, RMN, espectrometria de massa, espctroscopia CD-UV, Raman), no entanto ainda existe uma carência de dados e uma divergência de resultados no que se refere aos parâmetros quantitativos. Neste trabalho, utilizou-se a voltametria de redissolução anódica para estudar a interação do prion com os íons cobre (II). Inicialmente, fragmentos peptídicos, correspondentes aos sítios de ligação do cobre no prion (PHGGGWGQ: resíduos 60 a 91; GGGTH: resíduos 92 a 96; VNITKQHTVTTTT: resíduos 180 a 193), foram sintetizados pelo método Fmoc de fase sólida. Em seguida, realizou-se a clivagem dos peptídeos da resina e a remoção de seus grupos protetores com reagentes orgânicos. Os peptídeos foram posteriormente purificados utilizando a cromatografia líquida de alta eficiência de fase reversa e padronizados por espectroscopia UV-Vis utilizando a Lei de Beer e os métodos de Edelhoch e Murphy & Kies. A espectrometria de massa foi utilizada para a identificação e verificação da pureza (determinação da massa molecular e seqüência) dos peptídeos. Para todos os peptídeos estudados, observou-se a formação de um complexo com os íons cobre(II). A estequiometria da reação de complexação do Cu2+ com os peptídeos foi de 1 mol de peptídeo para 1 mol de íon cobre(II), em todos os sistemas estudados, estando em concordância com a literatura. Duas metodologias foram utilizadas para o cálculo da constante de dissociação (Kd) dos complexos: Lei da Ação das Massas (Kd = 4,371 x 10-8 mol L-1 - complexo Cu2+-Ac-VNITKQHTVTTTT-NH2; Kd= 4,334 x 10-8 mol L-1 - complexo Cu2+-Ac-GGGTH-NH2 e Kd = 5,240 x 10-9 mol L-1 - complexo Cu2+-Ac-PHGGGWGQ-NH2) e Titulação Amperométrica (Kd = 2,683 x 10-9 mol L-1 - complexo Cu2+-Ac-VNITKQHTVTTTT-NH2; Kd= 1,830 x 10-9 mol L-1 - complexo Cu2+-Ac-GGGTH-NH2 e Kd = 3,500 x 10-10 mol L-1 - complexo Cu2+-Ac-PHGGGWGQ-NH2), Com base nestes resultados, foi proposto um mecanismo para explicar a participação dos íons cobre(II) nos eventos de mudança conformacional característicos das síndromes. Os íons cobre(II) que se ligam ao prion na região entre os resíduos 60 e 91 (complexo mais estável) teriam participação direta na mudança conformacional, enquanto que os íons cobre(II) que se ligam às outras regiões do prion (resíduos 92 a 96 e 180 a 193) atuariam no papel biológico da proteína, que consiste em transportar íons cobre até enzimas que previnem danos oxidativos nos neurônios. __________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Prion is a protein of membrane surface, which is present in the majority of the mammalians. It is a protein of average size (250 amino acid residues in its primary structure) that still has its biological function unclear, although many studies have been already done. Prion is responsible for a group of diseases called Spongiforms Encefalopaties, such as Creutzfeld-Jacob Disease and Bovine Spongiform Encefalopaty (Mad Cow Disease). The occurrence of these diseases can be related to conformational changes that occur in the structure of the protein during the transport of copper ions to neurons. Many studies, which have been carried out in the last decade, demonstrated that there is an interaction between prion and copper(II) ions, that occurs at certain peptide fragments of prion: between 60 and 91 amino acids residues and possibly between 92 and 96 and 180 and 193 amino acids residues Many analytical techniques have been used to study the interaction between copper and prion (EPR, RMN, mass spectrometry, CD-UV spectroscopy, Raman). However, the quantitative data obtained in the studies differ significatively and there is still many information about the interaction that remains unclear. In this work, the anodic stripping voltammetry was used to study the interaction between copper (II) ions and prion. Initially, peptide fragments, which correspond to cooper binding sites at prion (PHGGGWGQ: 60 to 91 amino acid residues; GGGTH: 92 to 96 amino acid residues; VNITKQHTVTTTT: 180 to 193 amino acid residues), were synthesized by Fmoc-solid phase method. Then, the peptides were cleaved from the resin and its protecting groups removed with organic reagents. The peptides were then purified by reverse phase high performance liquid chromatography and their concentrations were determined by UV-Vis spectroscopy using the beer law, and Edelhoch and Murphy & Kies methods. Mass spectrometry was used to identify and characterize the peptides (molecular mass and amino acid sequence determination). The formation of a complex with cooper(II) ions was observed for all the three studied peptides. The stoichiometry rate was found to be 1 mol of peptide to 1 mol of Cu2+ ion for all the three studied systems. These obtained values are in agreement with literature. Two methodologies were used to determine the dissociation constant (Kd) of the complexes: Action Law Mass (Kd = 4.371 x 10-8 mol L-1 – Cu2+-Ac- VNITKQHTVTTTT-NH2 complex; Kd = 4.334 x 10-8 mol L-1 – Cu2+-Ac-GGGTHNH2 complex and Kd = 5.240 x 10-9 mol L-1 – Cu2+-Ac-PHGGGWGQ-NH2 complex) and Amperometric Titration (Kd = 2.683 x 10-9 mol L-1 - Cu2+-Ac- VNITKQHTVTTTT-NH2 complex; Kd = 1.830 x 10-9 mol L-1 - Cu2+-Ac-GGGTHNH2 complex and Kd = 3.500 x 10-10 mol L-1 - Cu2+-Ac-PHGGGWGQ-NH2 complex). Based on these results, a mechanism was proposed to explain the involvement of copper(II) ions in the conformational change events that are observed in the occurence of the Spongiforms Encefalopaties. The copper(II) ions, which bind to the fragment between 60 and 91 amino acid residues (more stable complex), would have direct participation in the conformational changes, while the copper(II) ions, which bind to the others fragments in the prion (92 to 96 and 180 to 193 amino acid residues) would act in the biological function of the protein, that is to transport the copper(II) ions to anti-oxidative enzymes in the neurons.
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Análise proteômica comparativa entre neutrófilos não ativados e ativados com PMA, um análogo do diacilglicerol

Santos, Karina Cunha dos 13 July 2007 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2007. / Submitted by mariana castro (nanacastro0107@hotmail.com) on 2009-12-14T18:09:13Z No. of bitstreams: 1 2007_KarinaCunhadosSantos.pdf: 3450951 bytes, checksum: aa8b711edd0b318c7ea8250d3da45bfb (MD5) / Approved for entry into archive by Daniel Ribeiro(daniel@bce.unb.br) on 2010-01-07T23:54:23Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2007_KarinaCunhadosSantos.pdf: 3450951 bytes, checksum: aa8b711edd0b318c7ea8250d3da45bfb (MD5) / Made available in DSpace on 2010-01-07T23:54:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2007_KarinaCunhadosSantos.pdf: 3450951 bytes, checksum: aa8b711edd0b318c7ea8250d3da45bfb (MD5) Previous issue date: 2007-07-13 / Os neutrófilos constituem o principal tipo de leucócito do sangue periférico e protegem contra infecções fúngicas e bacterianas. Devido à sua capacidade de quimiotaxia, conseguem chegar rapidamente a um sítio de infecção e destruir os patógenos invasores. Essas células podem existir em três estágios de ativação denominados, quiescente, estimulado e ativado. Neutrófilos ativados produzem espécies reativas de oxigênio (ROS), aumentam sua capacidade fagocitária; têm a apoptose retardada além de outras funções. Os polimorfonucleares podem ser ativados in vitro por várias substâncias, dentre elas o PMA, que atravessa as membranas e ativa, diretamente, várias isoformas de PKC. Neste trabalho, os neutrófilos foram purificados a partir do sangue venoso periférico, e obtidos após centrifugação do sangue total em um gradiente de percoll (pureza maior que 96% e viabilidade maior que 97%). Em seguida, 107 células foram ativadas com PMA 100 ng/mL, por 30 minutos, mantendo também um grupo controle não ativado. Análises citométricas foram executadas para se acompanhar a ativação celular através da explosão respiratória e a viabilidade e pureza da separação dos neutrófilos. Também foi realizada uma análise comparativa dos géis bidimensionais na condição Normal e ativada com PMA, verificando que 12 spots tiveram sua expressão aumentada com a ativação e 62 apresentaram expressão diminuída nesta condição. Além disso, 141 spots foram considerados como pertencentes apenas ao gel Normal e 109 spots foram exclusivos da condição PMA. Trinta e cinco spots foram sujeitos à identificação por peptide mass fingerprinting, dos quais seis foram identificados. Entre as proteínas identificadas, quatro são relacionadas ao processo inflamatório e duas foram classificadas como estruturais. RBCK1 e CRAa, foram encontradas pela primeira vez em neutrófilos. Nossa hipótese é que MEK1 e MEKK1, reduzam a atividade transcricional de RBCK1, enquanto PKA aumenta sua atividade. A lisozima, proteína microbicida de grânulos específicos e a ?-actina, classificada como a principal isoforma do citoesqueleto de neutrófilos, também foram identificadas. MRP-14, presente no citoplasma de neutrófilos, apresenta efeitos bacteriostáticos e semelhantes às citocinas. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Neutrophils are the major type of leukocytes in peripheral blood and protect against fungal and bacterial infections. Directed migration in a gradient of chemotactic stimuli enables these cells to rapidly find the site of infection and destroy the invading pathogens. PMNs can exist in three different activation states, namely, resting, primed, and activated states. Activated neutrophils produce reactive oxygen species (ROS), in what is known as respiratory burst, increase phagocytosis, delay apoptosis, among other functions. These cells can also be activated in vitro by particles and substances such as phorbol-myrystate-acetate (PMA). The PMA is a diacylglicerol (DAG) analog that bypasses membrane receptors and directly activates intracellular protein kinase C isoforms (PKC). In this study, human neutrophils were prepared from peripheral venous blood of healthy volunteers (greater than 96% purity, greater than 97% viability) and were obtained by density centrifugation on percoll gradient. 107 cells were activated with 100ng PMA for 30 minutes in 1 mL of PBS. Cytometric analysis was executed for measurement of respiratory burst, viability and purity from neutrophils. A comparative analysis of 2D-eletrophoresis gels, of normal and PMA activated neutrophils was executed, and 83 spots revealed differential expression, from which 13 spots were up regulated after PMA activation and 70 were down regulated in this condition (p≤0,05). Moreover, 141 spots were regarded as belonging only to normal gel, and 109 spots were exclusive of the PMA activated neutrophil map Thirty five conserved spots were subjected to peptide mass fingerprinting, yielding six identifications. Among the identified proteins, four are related to the inflammatory process and two are classified as structural. RBCK1 and CRAa, were found for first time in neutrophils. Our hypothesis is that MEK1 and MEK kinase 1 (MEKK1) represses the RBCK1 activity, and PKA enhances its activity. Lysozyme, a microbicidal protein of specific granules, and β-actin, the main isoform of neutrophil cytoskeleton were identified too. MRP-14, present in the neutrophil cytoplasm, provides bacteriostatic and cytokine-like effects.
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Desempenho produtivo e biometria de vísceras de codornas japonesas alimentadas com dietas contendo diferentes níveis de proteína bruta

Flauzina, Leandro Pinheiro 28 February 2007 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2007. / Submitted by mariana castro (nanacastro0107@hotmail.com) on 2009-12-16T18:25:37Z No. of bitstreams: 1 2007_LeandroPinheiroFlauzina.PDF: 112385 bytes, checksum: d0f8c373b8102c0f3fd442abf33d833f (MD5) / Approved for entry into archive by Lucila Saraiva(lucilasaraiva1@gmail.com) on 2010-01-18T23:26:06Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2007_LeandroPinheiroFlauzina.PDF: 112385 bytes, checksum: d0f8c373b8102c0f3fd442abf33d833f (MD5) / Made available in DSpace on 2010-01-18T23:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2007_LeandroPinheiroFlauzina.PDF: 112385 bytes, checksum: d0f8c373b8102c0f3fd442abf33d833f (MD5) Previous issue date: 2007-02-28 / Com o objetivo de determinar o nível ideal de proteína bruta (PB) na ração para codornas japonesas criadas no Distrito Federal, Brasil, foi desenvolvido um experimento, em uma granja comercial. Foram utilizadas 260 codornas japonesas fêmeas de um dia de idade. O delineamento experimental foi inteiramente casualizado com cinco repetições e 13 codornas por unidade experimental. As aves foram alimentadas com dietas experimentais contendo quatro níveis de PB (18; 20; 22 e 24%), mantendo-se constantes os níveis de energia metabolizável, metionina + cistina, lisina, cálcio e fósforo. Os índices de produção médios de um a 42 dias de idade encontrados foram peso médio de 154,66g, conversão alimentar de 4,39, consumo de ração de 643,59g e ganho de peso de 146,71g. No que tange à biometria das vísceras não foi verificada diferença significativa para o parâmetro moela. Já o parâmetro fígado apresentou diferença significativa (p<0,05) aos 35 dias; o parâmetro peso do intestino mostrou-se significativamente (p<0,05) diferente entre os tratamentos utilizados aos 28 dias; o parâmetro comprimento do intestino fio significativamente (p<0,05) influenciado aos 42 dias. No que concerne a desempenho, verificou-se diferença significativa (p<0,05) para o parâmetro consumo de ração aos 14 dias. Contudo, para os demais parâmetros de desempenho analisados não foi verificada diferença significativa (p>0,05). Dieta .contendo 18% de PB, suplementada com metionina e lisina pode ser indicada para codornas japonesas fêmeas de 1 a 42 dias de idade. __________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The experiment have the objective of determine the ideal crude protein level for Japanese quail raised in the Distrito Federal, Brasil, in a commercial farm.The experiment was developed using 260 one day-old female japanese quail. The experimental delineation was entirely random with five repetitions and 13 quails for each experimental unit. The birds had been fed with experimental diets contend four levels of CP (18; 20; 22 and 24%) and a constant level of metabolizavel energy (2,950 Kcal EM/kg). The results (one to 42 days old) were final Weight 154,66g, feed conversion 4,39, feed intake 643,59g and weight gain 146,71g. There was no significant difference for the parameter moela. However, the parameter liver presented significant difference (p<0,05) in the 35th day; the parameter weight of the intestine revealed a significantly (p<0,05) different between the treatments in the 28 th day; the parameter length of the intestine was significantly (p<0,05) influenced in the 42 th day. In the performance analysis, a significant difference (p<0,05) was verified in the parameter ration consumption in the 14 th day. However, for the others performances was not verified a significant difference between the treatments (p>0,05). Diet with 18% of CP, supplemented with metionina and lisina is indicated to female japanese quail of 1 to 42 years old.
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Efeito da proteína citosólica ligante de triiodotironina (p38CTBP) na regulação da transcrição mediada por T3 e suas interações com proteínas nucleares

Oliveira, Ranieri Rodrigues de January 2007 (has links)
Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, 2007. / Submitted by mariana castro (nanacastro0107@hotmail.com) on 2010-03-18T18:02:38Z No. of bitstreams: 1 Tese_Ranieri Oliveira 07_02.pdf: 659949 bytes, checksum: c10c20fe8f18ef4bffb2b430517554d7 (MD5) / Approved for entry into archive by Lucila Saraiva(lucilasaraiva1@gmail.com) on 2010-05-20T19:55:00Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese_Ranieri Oliveira 07_02.pdf: 659949 bytes, checksum: c10c20fe8f18ef4bffb2b430517554d7 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-05-20T19:55:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese_Ranieri Oliveira 07_02.pdf: 659949 bytes, checksum: c10c20fe8f18ef4bffb2b430517554d7 (MD5) Previous issue date: 2007 / Introdução: A importância das proteínas citoplasmática na captação, estoque e translocação nuclear dos hormônios tireoideanos ainda é pouco conhecida. Além do mais, a relação da proteína citosólica ligante de T3 de 38kDa (p38CTBP ou simplesmente CTBP) com transporte nuclear de T3 e transcrição gênica T3 mediada é ainda controversa. O objetivo deste estudo foi investigar a função da CTBP na ativação do receptor de hormônio tireoideano (TR) mediada por T3. Métodos: Curvas dose resposta de T3 foram realizadas em células CHO co-transfectadas com os plasmídeos expressando TRβ1, CTBP ou o gene da enzima luciferase controlado pelo promotor do TRH e elementos responsivos ao hormônio tireoideano (DR4, F2, PAL). Ensaios de transporte celular total e nuclear foram realizados em células CHO transfectadas ou não com CTBP. Uma vez que a CTBP pode estar localizada no núcleo, nós também medimos as interações da CTBP com TR e proteínas co-reguladoras tais como SMRT, SRC1. Resultados: A hiper-expressão de CTBP aumentou a captação de [125I]T3, 61,6±9,4 cpm/μg de proteína em células controle para 151,6±23,7 cpm/μg de proteína (p<0,05). Em ensaios de gene repórter, a co-tranfecção de CTBP aumentou a ativação máxima do TR no TRE- PAL em 42%. Além disso, a alta expressão de CTBP em células CHO aumentou o EC50 do T3 no TRE-DR4 em 5,5 vezes. Por outro lado, no TRE-F2 e promotor do TRH, um gene regulado negativamente pelo T3, a co-transfecção da CTBP não alterou a ativação ou repressão mediada por T3, respectivamente. De modo interessante, os ensaios de GST pull-down mostraram que a CTBP interagiu diretamente in vitro com GST-TRβ1 e GST-SMRT, mas não com GST-SRC1 Conclusão: Foi demonstrado neste trabalho que a CTBP aumentou as concentrações intracelulares de T3 e modulou a transcrição gênica mediada por T3 de um modo TRE-específico. Interessantemente, a CTBP interagiu diretamente com TRβ1 e com o co-repressor SMRT, mas não com SCR1. Numa análise geral, estes resultados sugerem que a CTBP pode afetar a ação do T3 não somente alterando níveis intracelulares de T3, mas também interagindo com proteínas nucleares envolvidas na resposta ao T3. _________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Background: The importance of the cytoplasmatic proteins in the uptake, storage and nuclear translocation of thyroid hormone is poorly understood. Moreover, the relation of cytosolic thyroid binding protein 38kDa (p38CTBP or simply CTBP) with nuclear transport of T3 and T3-mediated gene transcription is still controversial. The aim of this work was to investigate the role of CTBP in the T3-mediated thyroid receptor (TR) activation. Methods: T3 dose response curves were performed in CHO cells cotransfected with plasmids expressing TRβ1, CTBP, and thyroid responsive elements driving the luciferase gene (TREs – DR4, F2, PAL and TRH promoter). Whole cell and nuclear [125I]T3 transport assays were performed in CHO cells transfected or not with CTBP. Since CTBP could be localizated in the nucleus, we also measured the interactions of CTBP with TR and coregulator proteins such as SMRT, SRC1 through GST-pull down assays. Results: Overexpression of CTBP increased [125I]T3 uptake from 61.6±9.4 cpm/μg protein in control cells to 151.6±23.7 cpm/μg protein (p<0.05). In reporter gene assays, CTBP cotransfection increased TR maximum activation on TRE-PAL by 42%. Additionally CTBP overexpression in CHO cells increased T3 EC50 on TRE-DR4 by 5.5 fold. On the other hand, on the TRE-F2 and TRH promoter, a T3 negatively regulated gene, the co-transfection of CTPB did not change T3 activation and repression, respectively. Interesting, GST pull-down assays showed that CTBP directly interacted in vitro with GST-TRβ1 and GST-SMRT, but not GST-SRC1. Conclusion: We demonstrated that CTBP increases intracellular T3 concentration and modulates T3-mediated gene transcription and this effect is TRE specific. Furthermore, CTBP directly interacted with TRβ1 and the corepressor SMRT, but not with coactivator GRIP1. Taken together, these results suggest that CTBP may affect T3 action not only by changing T3 intracellular levels, but also interacting with proteins involved in T3 response.
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Estudo funcional da proteína de movimento (NSm) de distintos Tospovirus

Leastro, Mikhail Oliveira 27 February 2015 (has links)
Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, 2015. / Submitted by Ana Cristina Barbosa da Silva (annabds@hotmail.com) on 2015-04-24T19:10:51Z No. of bitstreams: 1 2015_MikhailOliveiraLeastro.pdf: 92814410 bytes, checksum: eb021fb7d64694c4b40e528ee3fdb818 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2015-04-28T17:56:21Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_MikhailOliveiraLeastro.pdf: 92814410 bytes, checksum: eb021fb7d64694c4b40e528ee3fdb818 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-28T17:56:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_MikhailOliveiraLeastro.pdf: 92814410 bytes, checksum: eb021fb7d64694c4b40e528ee3fdb818 (MD5) / Vírus de planta desenvolveram uma classe de proteínas responsáveis por garantir a infecção e disseminação viral. Estudos vêm demonstrando que essa classe de proteínas de movimento (MPs), interage com o plasmodesma (PD), aumentando o seu limite de exclusão (LEP), possibilitando a passagem dos vírus. Várias estratégias são utilizadas para o estudo de movimento viral. Alguns sistemas baseiam-se na utilização de clones infecciosos que possibilitam a inserção de genes heterólogos de MPs. Para o estudo do movimento célula à célula e sistêmico utilizamos o vetor viral Alfalfa mosaic virus (AMV). O sistema consiste na utilização de transgênicos P12 em combinação com transcritos do RNA 3 adaptados para a inserção de genes heterólogos. Com base neste sistema, demonstramos que a proteína de movimento NSm, pode ter relação com a limitação ou amplitude no espectro de infecção viral devido às diferenças significativas observadas no movimento célula à célula e sistêmico de tospovírus que apresentam características moleculares e biológicas distintas (Capítulo II). Concluímos que a movimentação das espécies do gênero tospovírus é dependente da formação de vírions baseado no contexto AMV de infecção e movimentação (Capítulo II). Também concluímos que as MPs de 4 espécies de tospovírus estudadas, são eficientes na formação de túbulos. Em ensaios de truncamento das MPs observamos que para o BeNMV, o extremo C-terminal não é essencial para o movimento, a partir da identificação do limite de aminoácidos que poderiam ser deletados da MP sem inibição do movimento célula à célula. Contrastantemente, as MPs dos vírus CSNV, TCSV e TSWV demonstraram a necessidade da integridade da proteína para garantia do movimento (Capítulo II). Com a utilização das metodologias de “biomolecular fluorescence complementation” (BiFC) e tratamentos químicos com Na2CO3 e Ureia, a partir das MPs, sugerimos que as NSm se associam a membrana de forma periférica. Baseado em predições de hidrofobicidade e orientação topológicas (BiFC topology) sugerimos o modelo de interação da NSm com membrana celular, onde a região central hidrofóbica está mergulhada na periferia das membranas lipídicas e os extremos C e N-terminal livres apontados ao citoplasma (Capítulo III). Finalmente, com a metodologia de BiFC de interação, a partir de ensaios de dímeros, heterodímeros, intra-associação e inter-associação de homólogos e heterólogos de MP e NP (nucleoproteína) observamos que: i) todas NSm e N são eficientes na formação de dímeros ii) as NSm interagem com a sua N cognata e iii) nós observamos interação entre NSm, N e NSm-N entre espécies distintas de tospovírus. Estes resultados podem facilitar uma melhor interpretação das interações de proteína viral com especial ênfase na compreensão das questões de infecção mista. Além do uso de transgênicos na expressão de proteínas heterólogas para geração de resistência, abordagens através do uso de resistência natural também vem sendo exploradas contra espécies do gênero Tospovirus. O presente estudo avaliou o envolvimento de 4 NSm de distintos tospovírus com a resposta de resistência (reação de hipersensibilidade e necrose) mediada pelo gene Sw5-b inserido em plantas de Nicotiana benthamiana. Substituições dos aminoácidos de posição C118Y e T120N da proteína NSm, caracterizados como cruciais para resistência foram realizados. BeNMV, CSNV, TCSV e TSWV NSm wt fusionadas a HA (Hemagglutinin), em processo de agroinfiltração, foram desafiadas contra plantas de N. benthamiana transformadas com gene Sw5-b. Observamos a possível quebra de resistência a partir da NSm do BeNMV, onde não observou-se reação necrótica. Plantas infiltradas com as demais NSm reagiram com resposta necrótica (Capítulo IV). Novo ensaio com vetores contendo as NSm com modificação dos aminoácidos C118 por Y e T120 por N foi desenvolvido. Baseado no resultado do ensaio anterior, as MPs que continham os aminoácidos essenciais para ruptura da resistência, foram modificadas por aminoácidos que não garantem a ruptura e o contrário foi feito para aquelas MPs que não ultrapassaram a resistência. Com base nessa abordagem observamos que CSNV, TCSV e TSWV NSm superaram a resistência sem a formação de necrose foliar, resultado que difere do observado com as mesmas MPs sem mutação, e intrigantemente, a BeNMV NSm aparentemente também superou a resistência sem a formação de lesões locais e necrose foliar após a modificação dos aminoácidos, dado contrastante. No contexto de infecção viral utilizando o sistema AMV, não obtivemos resultados satisfatórios de manutenção ou ruptura da resistência. (Capítulo V). No gênero Tospovirus, pouco se sabe sobre o sítio de replicação ou sobre envolvimento de organelas celulares com o processo de infecção. Existem apenas evidências de expressão isolada das proteínas virais co-localizando com filamentos de Actina e miosina, Membrana, ER e Complexo de Golgi. No presente estudo, com auxílio de metodologia de BiFC, além de ensaio com expressão heteróloga da NSm no contexto de infecção do vírus Potato virus X (PVX), visualizamos a associação da NSm de tospovírus com cloroplatos. Hipotetizamos o possível envolvimento dessa organela com processo de infecção dos tospovírus (Capítulo IV).
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Estudos comparativos de neutrófilos estimulados e ativados in vitro

Aquino, Elaine Nascimento 14 December 2012 (has links)
Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Programa de Pós-Graduação em Patologia Molecular, 2012. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2013-02-28T13:32:44Z No. of bitstreams: 1 2012_ElaineNascimentoAquino (2).pdf: 9008075 bytes, checksum: c569ceb054814e541f3b633f843c0317 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2013-02-28T15:17:22Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_ElaineNascimentoAquino (2).pdf: 9008075 bytes, checksum: c569ceb054814e541f3b633f843c0317 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-02-28T15:17:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_ElaineNascimentoAquino (2).pdf: 9008075 bytes, checksum: c569ceb054814e541f3b633f843c0317 (MD5) / A imunidade inata é o primeiro sistema ativado contra a invasão de microorganismos e partícula ao organismo. Esse sistema compreende a resposta humoral e celular. Os neutrófilos, partícipes da resposta imune celular, são encontrados na circulação sanguínea e se movimentam para o tecido quando são estimulados ou ativados por quimioatraentres. A ativação e/ou estimulação provocam mudanças celulares em prol da movimentação, fagocitose e destruição dos microorganismo. Essa ativação pode ser exacerbada provocando até injúrias teciduais. O processo de ativação pode ser subdividido em três estados fenotípicos distintos: quiescentes, estimulados ou ativados e esses estados podem ser desencadeados por substâncias como PAF e fMLP respectivamente. No presente estudo, tais condições foram comparadas. Ensaios que comprovaram a estimulação e ativação dos neutrófilos por esses agentes foram utilizados, como: explosão respiratória, clivagem da L-selectina e a mobilização da CD11b. Após essa avaliação foram comparados géis bidimensionais entre os três fenótipos (quiescentes, estimulados e ativados), o que resultou em 166 spots apresentando abundância diferencial e dentre eles 87 identificações proteicas. A análise dos termos do gene ontology para essas proteínas detectou que a maioria delas encontra-se no citoplasma e núcleo, e o processo biológico com maior número de proteínas envolvidas foi a transcrição em neutrófilos estimulados e dobramento de proteínas em neutrófilos ativados. Na comparação entre os três fenótipos, 16 spots apresentaram abundância diferencial e 11 proteínas foram identificadas, dentre elas 6 proteínas mais abundantes em neutrófilos quiescentes, envolvidas em processos como transdução de sinal, motilidade celular e modulação da resposta inflamatória. Seis outras proteínas eram mais abundantes em neutrófilos estimulados pelo PAF, relacionadas a adesão celular, transdução de sinal e atividade antimicrobiana. Dentre as proteínas identificadas neste estudo, 17 foram descritas pela primeira vez em neutrófilos e 30 foram associadas pela primeira vez ao estímulo por PAF ou à ativação por fMLP. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Innate immunity is the first system activated against the invasion of microorganisms and particles in the body. This system includes the humoral and cellular responses. Neutrophils, a participant in the cellular immune response, are found in the bloodstream and move to the tissue when they are stimulated or activated by chemoattractants, known as effector cells of the inflammatory response. The activation and/or stimulation causes changes in this cell favouring movement, phagocytosis and destruction of microorganisms. This activation may be exacerbated by causing tissue injury. The activation process can be subdivided into three distinct phenotypic states: quiescent, stimulated or activated and these states can be triggered by substances as PAF and fMLP respectively. In the present study such conditions were compared. Tests demonstrating stimulation and activation of neutrophils by these agents were used as respiratory burst, cleavage of L-selectin and CD11b mobilization. After this evaluation, were compared two-dimensional gels among the three phenotypes (quiescent, stimulated and activated), which resulted in 166 proteins presenting differential abundance and among them 87 were identified. Analysis of the gene ontology terms for such proteins localized most of them in the cytoplasm and nucleus, and associated them to the biological processes of transcription in stimulated neutrophils and protein folding in activated neutrophils. Comparing among the three phenotypes, 16 proteins showed differential abundance and 11 were identified, among them 6 were more abundant in quiescent neutrophils, involved in processes like signal transduction, cell motility and modulation of the inflammatory response. Six other proteins were more abundant in neutrophils stimulated by PAF, related to cellular adhesion, signal transduction and antimicrobial activity. Among the identified proteins, 17 were described for the first time in neutrophils and 30 were associated for the first time to the stimulation by PAF or activation by fMLP.
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Efeito de inibidores de proteínas quinases sobre a resposta febril e a expressão de proteínas em ratos

Silva, Marina Firmino da 07 1900 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Programa de Pós-Graduação em Patologia Molecular, 2013. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2013-10-15T11:14:04Z No. of bitstreams: 1 2013_MarinaFirminodaSilva.pdf: 1446801 bytes, checksum: c661becf28c2d1ce39c45b876e5cdb3e (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2013-10-15T12:13:00Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_MarinaFirminodaSilva.pdf: 1446801 bytes, checksum: c661becf28c2d1ce39c45b876e5cdb3e (MD5) / Made available in DSpace on 2013-10-15T12:13:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_MarinaFirminodaSilva.pdf: 1446801 bytes, checksum: c661becf28c2d1ce39c45b876e5cdb3e (MD5) / A febre é definida como o aumento da temperatura corporal que ocorre como parte da resposta de fase aguda desencadeada após a invasão de um organismo por agentes estranhos. O LPS (lipopolissacarídeo) é um potente indutor de febre, frequentemente utilizado em estudos sobre respostas inflamatórias e febris. Alguns trabalhos têm sugerido o envolvimento de vias de sinalização dependentes de proteína quinase A (PKA) e proteína quinase C (PKC) no desenvolvimento da febre. Neste estudo, investigamos o efeito de inibidores de PKA (H-89) e PKC (celeritrina) sobre a resposta febril induzida por LPS. Analisamos ainda alterações da expressão e atividade destas quinases em resposta aos diferentes tratamentos, 3 e 6 h após a injeção do estímulo pirogênico. Os resultados demonstraram que celeritrina (3 μg/rato) e H-89 (10 μg/rato) reduziram a resposta febril induzida pela injeção iv de LPS (5 μg/Kg) em 36 % e 33,1 %, respectivamente. A administração conjunta de celeritrina e H-89 também reduziu a resposta febril induzida por LPS; entretanto, o efeito inibitório verificado (31,2 %) não foi maior do que o observado após a administração isolada de cada droga. Após os experimentos farmacológicos, os animais foram eutanasiados e tiveram seus hipotálamos dissecados para as análises de expressão e atividade. A análise por western blotting não foi capaz de detectar alterações da expressão de PKCε 3 h após a injeção do LPS, tampouco de PKA nos dois tempos analisados. A expressão de PKCε 6 h após a injeção do estímulo pirogênico apresentou-se aumentada nos animais tratados com H-89, sugerindo que, na ausência da ativação de PKA, vias dependentes de PKCε sejam ativadas como mecanismo compensatório. A análise da atividade foi realizada por meio de kits comerciais de ELISA para medir a fosforilação de um substrato realizada por quinases. Não foram encontradas mudanças significativas nos padrões de atividade para nenhuma das proteínas testadas, o que pode ser devido à baixa especificidade do método, visto que o substrato utilizado no ensaio pode ser fosforilado por todas as isoformas de PKA e PKC. Os dados desse trabalho sugerem que vias de sinalização dependentes de PKA e PKC estejam envolvidas na resposta febril induzida por LPS, porém, métodos mais específicos para análise destas enzimas são necessários para elucidar os mecanismos moleculares envolvidos. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Fever is defined as the increase in body temperature that occurs as a component of the acute phase response triggered after invasion of pathogens in the body. Lipopolysaccharide (LPS) is a potent inducer of fever, often used in studies assessing the inflammatory and febrile responses. Some studies have suggested the involvement of protein kinase A (PKA) and protein kinase C (PKC)-dependent signaling pathways in the development of fever. We investigated the effect of PKA and PKC inhibitors, H-89 and celeritrin respectively, on the febrile response induced by LPS. We also analyzed changes in the expression and activity of these kinases in response to different treatments, 3 and 6 h after the pyrogenic stimulus injection. The results showed that celeritrin (3 mg/rat) and H-89 (10 mg/rat) reduced the febrile response induced by LPS (5 mg/kg, iv) in 36% and 33.1%, respectively. Co-administration of celeritrin and H-89 also reduced the LPS-induced febrile response; however, the inhibitory effect observed (31.2%) was not more effective than that observed after administration of each drug separately. After pharmacological experiments, animals were euthanized, and their hypothalami were dissected for kinases expression and activity analyses. Western blot analyses did not exhibit changes in neither PKCε expression 3 h after LPS injection nor PKA levels in both periods investigated. The expression of PKCε 6 h after injection of pyrogenic stimulus was increased in H-89 treated animals, suggesting that PKCε-dependent pathways are activated as a compensatory mechanism in the absence of PKA activation. The enzymatic activity analysis was performed using commercial ELISA kits specific for measuring substrate phosphorylation mediated by kinases. There were no significant changes in the patterns of activity for any tested enzymes, which may be due to low specificity of the method since the substrates employed in the assays can be phosphorylated by all PKC or PKA isoforms. Data from the present study suggest that PKA and PKC-dependent signaling pathways may be involved in the febrile response induced by LPS, although more specific methods are needed to analyze such enzimes in order to elucidate their involvement in fever molecular mechanisms.
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Estudo nutricional in vivo e in vitro, com ênfase em proteínas antinutricionais e tóxicas, de amêndoas de sapucaia (Lecythis pisonis, Camb.)

Denadai, Sandra Maria Silveira 20 June 2006 (has links)
Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Programa Multiinstitucional de Pós-Graduação em Ciências da Saúde, Convênio Rede Centro-Oeste (UnB/UFG/UFMS), 2006. / Submitted by samara castro (sammy_roberta7@hotmail.com) on 2010-11-20T23:55:01Z No. of bitstreams: 1 2006-Sandra Maria Silveira Denadai.pdf: 2780495 bytes, checksum: 6e6795ead415472078a2b46dc593c6e0 (MD5) / Approved for entry into archive by Daniel Ribeiro(daniel@bce.unb.br) on 2010-12-03T22:18:16Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2006-Sandra Maria Silveira Denadai.pdf: 2780495 bytes, checksum: 6e6795ead415472078a2b46dc593c6e0 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-12-03T22:18:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2006-Sandra Maria Silveira Denadai.pdf: 2780495 bytes, checksum: 6e6795ead415472078a2b46dc593c6e0 (MD5) / As proteínas devem estar presentes na alimentação em quantidade adequada. Além do aspecto quantitativo deve-se levar em conta o aspecto qualitativo, isto é, seu valor nutricional, que depende de sua composição, digestibilidade, biodisponibilidade de aminoácidos essenciais, ausência de toxicidade e de fatores antinutricionais. Neste estudo amêndoas de sapucaia (Lecythis pisonis Camb.) foram analisadas para se determinar a sua composição centesimal, fatores antinutricionais, e o teor e o escore químico (EQ) de aminoácidos, digestibilidade in vitro e in vivo e os índices de aproveitamento biológico (Balanço Nitrogenado-BN, Coeficiente de Eficiência Alimentar-CEA, Razão de Eficiência Protéica-PER e Valor Biológico-VB) de suas proteínas, para se avaliar seu potencial como fonte alternativa de proteínas. As amêndoas apresentaram teores de aminoácidos, principalmente sulfurados (metionina + cisteína – 105 mg/g), acima dos recomendados, nenhum aminoácido limitante foi encontrado. O teor de ácidos graxos insaturados (ácido linoléico - 42,5%), foi maior que os recomendados e baixos teores de minerais e fibras foram observados. No presente estudo, a presença de lectinas ou inibidores de proteinases, quando detectados, apresentaram baixos níveis. A digestibilidade in vitro de globulinas, nativas ou aquecidas, por proteinases digestivas de mamíferos foi realizada utilizando-se tripsina + quimotripsina + peptidase, obtendo-se valores aproximados de 71,5% e 73,5%, respectivamente. Os indicadores de aproveitamento biológico, a digestibilidade verdadeira e a digestibilidade protéica corrigida escore de aminoácidos- PDCAAS de suas proteínas, foram estudados utilizando-se ratos e se apresentaram semelhantes aos índices da caseína. Estes resultados sugerem que as amêndoas de sapucaia podem ser utilizadas como fonte alternativa de proteína de bom valor nutricional e de lipídeos, por humanos e animais. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Proteins must be present in diet, in appropriate amounts. Besides the quantitative aspect, the qualitative aspect should be taken into account, i.e. its nutritional value, which will depend on its composition, digestibility, bioavailability of essential amino acids, absence of toxicity, and of antinutritional factors. In this study sapucaia nuts (Lecythis pisonis Camb.) were analyzed to determine its proximate composition, antinutritional factors and the amino acid profile and score, in vitro and in vivo digestibility and biological utilization indices (Nitrogen Balance-NB, Alimentary Efficiency Coefficient-AEC, Protein Efficiency Ratio-PER and Biological Value-BV) of its proteins, in order to evaluate their potential as an alternative source of proteins. Nuts presented amino acids profile, principally sulfurized (methionine + cystein - 105 mg/g) higher than the recommended, no limiting amino acids were found. Content unsaturated fatty acids (linoleic acid – 42.5%) were higher than the recommended and low amounts of minerals and fiber were observed. In the present study, lectins or proteinases inhibitors, when detected, showed low levels. In vitro digestibility of native and heated globulins by mammalian digestive proteinases were carried out utilizing trypsin + chymotrypisin + peptidase, with resulting values of approximately 71.5% and 73.5%, respectively. Biological utilization indices, the true digestibility and protein digestibility-corrected amino acid score of the proteins were analyzed utilizing rats and presented similar indices of the casein. Taken together, the results suggest that sapucaia nuts may provide alternative source of good nutritional value protein and fat, for use as a potential nutritional agent by humans and animals.
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Análise informacional dos enterramentos atômicos em proteínas globulares

Rocha, Juliana Ribeiro 22 March 2012 (has links)
Dissertação (mestrado)-Universidade Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Molecular, 2012. / Submitted by Gabriela Botelho (gabrielabotelho@bce.unb.br) on 2012-07-11T14:22:35Z No. of bitstreams: 1 2012_JulianaRibeiroRocha.pdf: 1320639 bytes, checksum: d8a0c917dabc31eb56d6427c44f07a2d (MD5) / Rejected by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com), reason: Documento não está bloqueado on 2012-07-13T10:36:42Z (GMT) / Submitted by Gabriela Botelho (gabrielabotelho@bce.unb.br) on 2012-07-13T11:54:18Z No. of bitstreams: 1 2012_JulianaRibeiroRocha.pdf: 1241121 bytes, checksum: 4e480e573263804ce2f125d7ac2c2c26 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com) on 2012-07-26T13:52:33Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_JulianaRibeiroRocha.pdf: 1241121 bytes, checksum: 4e480e573263804ce2f125d7ac2c2c26 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-07-26T13:52:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_JulianaRibeiroRocha.pdf: 1241121 bytes, checksum: 4e480e573263804ce2f125d7ac2c2c26 (MD5) / O estudo do enovelamento de proteínas e a predição de suas estruturas nativas são de grande importância para a ciência. Uma das abordagens possíveis para tal predição tem base nos enterramentos atômicos, entendidos como a distância do átomo até o centro geométrico da proteína normalizada pelo raio de giro da proteína. Esses enterramentos podem ser discretizados em camadas concêntricas e equiprováveis e já foi mostrado que a informação sobre estas camadas é su_ciente para levar a proteína ao seu estado nativo (Pereira de Araújo et al., Proteins 70:971-983, 2008; Pereira de Araújo e Onuchic, PNAS 106:19001-19004, 2009), mas não se sabe como esta informação está codi_cada na sequência. O objetivo do presente trabalho é medir a transinformação, quantidade de informação compartilhada por duas ou mais variáveis aleatórias discretas, entre sequência e enterramentos atômicos a partir de quatro diferentes alfabetos de sequência e de diversos números de níveis de enterramento atômico visando entender as relações entre essas variáveis e, assim, fornecer um máximo teórico para a e_ciência dos algoritmos de predi- ção de enterramentos atômicos. Os resultados deste trabalho mostram que a sequência de aminoácidos possui densidade de entropia entre 0; 9969 _ 0; 0002 bit e 4; 176 _ 0; 004 bit, dependendo do número de símbolos do alfabeto considerado (dois, três, cinco ou vinte símbolos), e excesso de entropia sempre próximo a zero. Portanto, infere-se que não existe correlação local entre os elementos da sequência. Por outro lado, os enterramentos atômicos apresentam densidade de entropia variando de 0; 617_0; 002 bit a 2; 16_0; 04 bit para C_ e de 0; 735_0; 002 bit a 2; 54_0; 01 bit para C_, de acordo com a quantidade de níveis de enterramento considerados (de dois a dez níveis), e excesso de entropia compreendido entre 0; 53 _ 0; 01 bit e 1; 4 _ 0; 1 bit para C_ e entre 0; 48 _ 0; 02 bit e 0; 93 _ 0; 04 bit para C_. Estes resultados evidenciam que os enterramentos atômicos são correlacionados localmente entre si. Foi encontrada uma relação entre enterramento atômico e estrutura secundária, na qual as _-hélices são distribuídas por todo o espaço ocupado pela proteína, as folhas-_ tendem aos níveis mais internos e segmentos sem estrutura secundária regular tendem a ocupar os níveis mais externos. A densidade de entropia da sequência é maior que a dos enterramentos atômicos se considerados alfabetos de mesmo tamanho, ou seja, aquela é potencialmente capaz de armazenar a informação necessária para a determinação deste. Entretanto, a transinformação entre sequência e enterramento (calculada para C_ e para C_) não é maior que 20% da dúvida do mesmo. Essa porcentagem é aparentemente pequena, mas é possível que mesmo esta quantidade de informação seja su_ciente para a predição dos enterramentos nativos, uma vez que a dúvida em relação ao enterramento de um átomo deve diminuir quando o de seu vizinho é conhecido, o que também foi mostrado neste trabalho. A combinação dos resultados deste provê um máximo teórico para os algoritmos de predição e permite saber se eles estão próximos deste máximo. _________________________________________________________________________ ABSTRACT / Protein folding understanding and protein terciary structure prediction are two main areas in science nowadays. One approach to terciary structure prediction has its basis in atomic burials, understood as the distance from a speci_c atom to the molecular geometrical center divided by protein's radius of giration. Atomic burials can be discretized in concentric and equiprobable burial layers, and it has been shown that information about these layers cary an amount of information enough to lead protein to its native structure (Pereira de Araújo et al., Proteins 70:971-983, 2008; Pereira de Araújo and Onuchic, PNAS 106:19001-19004, 2009), althougth it is not elucidated how this information is held to the sequence. The intend of this work is to measure mutual information, de_ned as the amount of information shared between two or more discrete random variables, between sequence and atomic burials considering di_erent combinations of sequence alphabets and number of burial layers, with the aim of understanding the relations between them and, therefore, contribute protein terciary structure prediction algorithms. The obtained results show that aminoacids sequence has entropy density ranging from 0; 9969_0; 0002 bit to 4; 176_0; 004 bit, according to the number of symbols of the considered alphabet (two, three, _ve or twenty symbols), and excess entropy approximately equal to zero. Taken together, these results demonstrate that sequence elements are not locally correlated. On the other hand, C_ and C_ atomic burials have shown entropy density from 0; 617_0; 002 bit up to 2; 16_0; 04 bit, and from 0; 735_0; 002 bit up to 2; 54_0; 01 bit, respectively, according to the number of burial levels considered (from two to ten levels). Its excess entropy vary from 0; 53_0; 01 bit to 1; 4_0; 1 bit and from 0; 48_0; 02 bit to 0; 93_0; 04 bit, taking C_ and C_ respectively. These results point that atomic burials elements have local correlation. In addition, a relation between atomic burials and secondary structure was evidenced, taken that Loops tend to external levels, _-sheets tend to internal levels and _-helices are homogeneously distributed through the protein radius. Sequence entropy density is major than atomic burials entropy density, i.e. sequence is theoretically capable of holding the amount of information necessary to determine atomic burials. However, mutual information between sequence and burials (calculated considering C_ and C_) is not greater than 20% of burial uncertainty. This percentage is apparently small, but is it possible that even this few information is enough to a correct prediction of atomic burials once that the entropy with respect to one atom shall decrease once its neigbour's position is known, which has also been shown here. The results obtained here provide a theoretical maximum that can be achieved by prediction algorithms, and therefore permit measure their e_ciency.

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