Après une rapide présentation des systèmes d'assemblage et des différentes représentations des processus d'assemblage, ce travail de recherche présente plus précisément trois grands types de modélisation : les graphes d'assemblage, les graphes de précédence et les ASTD. Les graphes de précédence étant très utilisés avec les méthodes d'équilibrage ou de conception des lignes d'assemblage, l'objectif de ce travail est de proposer une méthode de génération des graphes de précédence simple et efficace à partir d'un ensemble de graphes d'assemblage préalablement établis. Deux méthodes de génération de graphe de précédence sont proposées dans ce travail : une par transformation de graphes et une directement basée sur la logique booléenne. La méthode par transformation de graphes permet d'obtenir un graphe de précédence si l'ensemble des séquences d'enchaînement peut être représenté par un unique graphe de précédence. Dans le cas contraire, avec les améliorations apportées à la méthode, il est possible d'obtenir soit un ensemble de graphes de précédence soit un hypergraphe de précédence. La deuxième de ces méthodes permet d'obtenir directement un ensembl e de graphes de précédence ou d'hypergraphes de précédence selon le niveau de complexité du problème. Un calcul des complexités des algorithmes respectifs montre qu'ils sont polynomiaux.

Higher education is undergoing rapid changes brought about by the ongoing financial crisis, globalization, and the rapid advancement of information technology. This scholarly personal narrative will apply assemblage theory and system dynamics to analyze the financial, cultural, and political constraints hampering change processes at traditional institutions of higher learning. Using this analysis as a starting point, the author will describe an open learning organization that addresses these issues, and how these principles have been applied to create Oplerno, LLC.–a new kind of higher educational institution.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Dans cette thèse, nous présentons des méthodes de calcul (modèles théoriques et algorithmiques) pour effectuer la reconstruction de séquences d'ADN. Il s'agit de l'assemblage de novo de génome à partir de lectures (courte séquences ADN) produites par des séquenceurs à haut débit. Ce problème est difficile, aussi bien en théorie qu'en pratique. Du point de vue théorique, les génomes sont structurellement complexes. Chaque instance d'assemblage de novo doit faire face à des ambiguïtés de reconstruction. Les lectures peuvent conduire à un nombre exponentiel de reconstructions possibles, une seule étant correcte. Comme il est impossible de déterminer laquelle, une approximation fragmentée du génome est retournée. Du point de vue pratique, les séquenceurs produisent un énorme volume de lectures, avec une redondance élevée. Une puissance de calcul importante est nécessaire pour traiter ces lectures. Le séquençage ADN évolue désormais vers des génomes et méta-génomes de plus en plus grands. Ceci renforce la nécessité de méthodes efficaces pour l'assemblage de novo. Cette thèse présente de nouvelles contributions en informatique autour de l'assemblage de génomes. Ces contributions visent à incorporer plus d'information pour améliorer la qualité des résultats, et à traiter efficacement les données de séquençage afin de réduire la complexité du calcul. Plus précisément, nous proposons un nouvel algorithme pour quantifier la couverture maximale d'un génome atteignable par le séquençage, et nous appliquons cet algorithme à plusieurs génomes modèles. Nous formulons un ensemble de problèmes informatiques pour incorporer l'information des lectures pairées dans l'assemblage, et nous étudions leur complexité. Cette thèse introduit la notion d'assemblage localisé, qui consiste à construire et parcourir un graphe d'assemblage partiel. Pour économiser l'utilisation de la mémoire, nous utilisons des structures de données optimisées spécifiquement pour la tâche d'assemblage. Ces notions sont implémentées dans un nouvel assembleur de novo, Monument. Enfin, le dernier chapitre de cette thèse est consacré à des concepts d'assemblage dépassant l'assemblage de novo classique. / In this thesis, we discuss computational methods (theoretical models and algorithms) to perform the reconstruction (de novo assembly) of DNA sequences produced by high-throughput sequencers. This problem is challenging, both theoretically and practically. The theoretical difficulty arises from the complex structure of genomes. The assembly process has to deal with reconstruction ambiguities. The output of sequencing predicts up to an exponential number of reconstructions, yet only one is correct. To deal with this problem, only a fragmented approximation of the genome is returned. The practical difficulty stems from the huge volume of data produced by sequencers, with high redundancy. Significant computing power is required to process it. As larger genomes and meta-genomes are being sequenced, the need for efficient computational methods for de novo assembly is increasing rapidly. This thesis introduces novel contributions to genome assembly, both in terms of incorporating more information to improve the quality of results, and efficiently processing data to reduce the computation complexity. Specifically, we propose a novel algorithm to quantify the maximum theoretical genome coverage achievable by sequencing data (paired reads), and apply this algorithm to several model genomes. We formulate a set of computational problems that take into account pairing information in assembly, and study their complexity. Then, two novel concepts that cover practical aspects of assembly are proposed: localized assembly and memory-efficient reads indexing. Localized assembly consists in constructing and traversing a partial assembly graph. These ingredients are implemented in a complete de novo assembly software package, the Monument assembler. Monument is compared with other state of the art assembly methods. Finally, we conclude with a series of smaller projects, exploring concepts beyond classical de novo assembly.

Over the past thirty-five years, anthropogenic disturbances around Bayou Lacombe have altered its fish assemblage. In 2005, the impact of Hurricane Katrina on southeast Louisiana presented me with a unique opportunity to explore the effects of a catastrophic storm on the Bayou. I explored the effects of natural and human disturbances on the Bayou's fish assemblage by electrofishing six historically sampled stations. My research goals were to determine: 1) which Bayou Lacombe fish assemblages were most resilient to the multiple effects of Hurricane Katrina, 2) if there were significant differences in the Bayou's fish assemblages over the past 35 years based on historical fish assemblage data, and 3) what are the drivers of fish assemblage change in Bayou Lacombe. I found significant differences in upstream fish assemblages before and after Hurricane Katrina in the Bayou. I also documented the disappearance of nearly all cyprinid species over the past 35 years.

Dans un assemblage précontraint, des efforts sont transmis entre les pièces par mobilisation du frottement suite à l'application d'une contrainte de compression normale. L'objectif de ce travail était de transposer ce principe de transmission des efforts au matériau bois. A partir de résultats existants, une étude expérimentale préliminaire a été menée sur des chaumes de bambou. L'intérêt de cette « graminée » par rapport au bois est sa résistance importante en compression transversale. Pour appliquer ce principe à des avivés de bois, il a été nécessaire de les densifier par compression localisée à froid au-delà de leur limite élastique. Une caractérisation de Picea abies en compression transversale au-delà de sa limite élastique a été réalisée. Cette analyse a abouti à une loi de comportement fonction de la densité de l'éprouvette. De plus, l'influence de la densification du bois sur sa résistance en traction longitudinale a été mesurée. Il s'avère que cette résistance est constante puis chute à partir d'un taux de densification critique fonction de la masse volumique du bois. La phase de mise en place de la précontrainte dans les assemblages bois et bambou testés a été modélisée par éléments finis. L'orthotropie des matériaux a été pris en compte par la superposition d'un modèle mousse (comportement non-linéaire transversal) et d'un modèle poutre (direction longitudinale) créant une structure dont la taille des éléments ne descend pas en dessous de celle des cernes. Ce modèle structural mésoscopique a permis de simuler les phases de densification, charge, décharge de l'assemblage et d'atteindre la limite à rupture, permettant d'aller jusqu'à une démarche d'optimisation. / In a pre-stressed fastener, forces are transmitted between two elements by friction which is made possible by the application of transversal compression forces. The aim of this work was to apply this principle to timber fasteners. Thanks to former results, a preliminary experimental study was done on stubbles of bamboo. This “grass” has a higher transversal compression resistance than wood. In order to transpose the principle of pre-stress from bamboo to timber, it was necessary to increase the compression resistance of timber. The idea proposed here is the densification of wood by localised cold compression beyond its elastic limit. Picea abies was characterized in transversal compression beyond its elastic limit. This analysis gave stress-strain curves which depend on the density of the wood. The influence of the densification on the resistance in longitudinal tension was also measured. This resistance is constant and then it decreases rapidly from a critical densification rate function of the density of the wood. The pre-stress of the tested timber and bamboo fasteners was modelled by a finite elements model. The anisotropy of the materials was taken into account by the superposition of a crushable foam model (non linear behaviour in transversal direction) and beams (longitudinal direction). This structural mesoscopic model allowed simulating the densification, the loading and unloading of the fasteners until their failure which lead to an optimization of the connectors.

La méiose chez les femelles est un processus de réduction du génome permettant la formation d'un gamète haploïde, l'ovocyte. Dans la plupart des espèces animales, l'ovogénèse est associée à une élimination des centrioles, composants des centrosomes, qui sont les centres organisateurs des microtubules (MTOCs) canoniques. En l'absence de centrioles, le fuseau méiotique est assemblé grâce à la large contribution des MTOCs. Cependant, leur origine, l'importance de leur organisation et de la régulation de leur activité sont peu comprises. J'ai démontré que les MTOCs sont déjà présents dans les ovocytes précurseurs et sont progressivement rassemblés sur l'enveloppe nucléaire chez les ovocytes compétents pour les divisions méiotique. A l'entrée en méiose, les MTOCs sont distribués autour des chromosomes qui se condensent de façon strictement régulée au cours du temps. La perturbation de l'organisation des MTOCs par une surexpression de la kinase Polo-like 4 (Plk4) altère l'activité de nucléation des microtubules à l'entrée en méiose. L'activité anormale de ces MTOCs conduit à la formation de fuseaux non fonctionnels et à l'arrêt méiotique. / Female meiosis is a fundamental process of genome reduction leading to formation of a haploid gamete, the oocyte. In most animal species, oogenesis is associated with elimination of centrioles, constituents of centrosomes, which are canonical Microtubule Organizing Centers (MTOCs). In the absence of centrioles, meiotic spindle is assembled with a large contribution of acentriolar MTOCs. However, their origins, importance of organization and regulation of activity are poorly understood. I have shown that MTOCs pre-exist in the oocyte precursors and that they are progressively gathered on the nuclear envelope as oocytes gain competency for meiotic divisions. At entry into meiosis, MTOCs are redistributed around the condensing chromosomes in a strictly regulated timely fashion. Perturbation of such MTOC organization by transgenic overexpression of Polo-like kinase 4 (Plk4) leads to altered MT-nucleating activity at meiotic entry. Such abnormally active MTOCs mediate the formation of large and non-functional spindles and meiotic arrest.

Dans le cadre du développement de nouvelles technologies pour la protection environnementale, et tout particulièrement pour la dépollution de l’eau ou de l’air, le présent travail de thèse porte sur la mise en œuvre de matériaux semiconducteurs à morphologies contrôlées, susceptibles d’activités photocatalytiques permettant la dégradation ou la transformation de molécules en milieux aqueux. Plusieurs types de synthèses conduisant à des morphologies diversifiées ont été mises en œuvre. Chaque matériau a été caractérisé par diffraction de rayons X, microscopies électroniques à balayage et en transmission, et parspectroscopie Raman. La réflectance diffuse a été utilisée pour déterminer les énergies de bandes interdites des matériaux. Compte tenu des propriétés déjà connues pour les tungstates de type MWO4, notre choix s’est orienté vers trois matériaux : le trioxyde WO3, le tungstate SrWO4 et un nouveau tungstate NaCe(WO4)2 ou Na0,5Ce0,5WO4. L’oxyde WO3 a été choisi comme matériau de référence. Pour ce matériau, deux types de morphologies ont été obtenues : des nanoplaquettes et des nanosphères. Le tungstate SrWO4 de structure scheelite a été synthétisé sous deux formes microstructurales : des sphères et des navettes. Un nouveau matériau a été synthétisé et caractérisé : le tungstate double Na0,5Ce0,5WO4 de structure scheelite. Pour cette nouvelle phase, trois morphologies 3D hiérarchisées ont été élaborées en utilisant la méthode hydrothermale en présence d’EDTA. Pour chaque morphologie observée, un mécanisme de germination-croissance est proposé. Les performances photocatalytiques des différentes formes morphologiques ont été évaluées lors de la dégradation de la rhodamine B (RhB) et du bleu de méthylène (BM), sous rayonnements UV et visible. L’efficacité photocatalytique des différentes microstructures a été étudiée en fonction du pH du milieu réactionnel. À partir des résultats obtenus, nous avons pu montrer la forte corrélation entre largeur de bande interdite et réactivité photocatalytique, mais aussi entre morphologies, tailles et propriétés photocatalytiques. Il est apparu que la dégradation reposesur deux mécanismes complémentaires : l’adsorption des molécules due à la porosité des microstructures et à leur morphologie, et la réaction photocatalytique due aux radicaux actifs générés par les paires e-/h+ photogénérées. Ainsi, la RhB se décompose en présence de SrWO4 et WO3 sous UV-C (254 nm) et UV-Vis (365 nm) respectivement. Le bleu de méthylène se dégrade en présence de NaCe(WO4)2 sous rayonnement solaire UV-Vis. / In the framework of the development of new technologies for environmental protection, andmore specially for the depollution of water or air, this work deals with the implementation ofsemiconductor materials with controlled morphologies, likely photocatalytic activities andtheir enabling the degradation or transformation of organic molecules in aqueous media.Several types of syntheses leading to diversified morphologies have been implemented. Eachmaterial was characterized by X-ray diffraction, scanning and transmission electronmicroscopies, and Raman spectroscopy. Diffuse reflectance was used to determine the bandgap of the materials. Given the properties already known for MWO4 tungstates, we chosethree materials: WO3 trioxide, SrWO4 tungstate and a new tungstate NaCe(WO4)2 orNa0.5Ce0.5WO4. The oxide WO3 was chosen as the reference material. For this material, twotypes of morphologies were obtained: nanoplates and nanospheres. The tungstate SrWO4 withscheelite structure was synthesized in two microstructural forms: spindles and spheres. A newmaterial was synthesized and characterized: double tungstate of Na0.5Ce0.5WO4 with scheelitestructure. For this new phase, three hierarchical 3D morphologies were developed using thehydrothermal method in the presence of EDTA. For each observed morphology, agermination-growth mechanism is proposed. The photocatalytic performances of the differentmorphological forms were evaluated during the degradation of rhodamine B (RhB) andmethylene blue (MB), under UV and visible radiation. The photocatalytic efficiency of thedifferent microstructures was studied as a function of the pH of the reaction medium. Fromthe results obtained, we have been able to show the strong correlation between band gap andphotocatalytic reactivity, but also between morphologies, sizes and photocatalytic properties.It has been shown that the degradation is based on two complementary mechanisms: theadsorption of molecules due to the porosity of the microstructures and their morphology, andthe photocatalytic reaction due to the active radicals generated by the photogenerated e-/ h+pairs. Thus, RhB decomposes in the presence of SrWO4 and WO3 under UV-C (254 nm) andUV-Vis (365 nm) respectively. Methylene blue degrades in the presence of NaCe(WO4)2under UV-Vis solar radiation.

This thesis explores questions of politics and public space through an examination of the experiences of people involved in Occupy protest camps and local officials who were tasked with managing the protests in Eugene, OR and Madison, WI. Using assemblage as an organizing theoretical framework, this work identifies the actors involved in the production of Occupy protest camps and traces the trajectories of two Occupy protests from their beginnings to eviction day. It highlights the role of space in the protests, the ways in which protesters negotiated with local authorities for long-term use of public spaces previously prohibited by law, and some of the factors that contributed to the eviction of the protest camps. Finally, it seeks to reframe the debate on public space and conceptualizes public space as an assemblage that is continually made, unmade, and remade through the interactions of diverse, heterogeneous actors. / 10000-01-01

Ce travail de thèse propose une nouvelle approche pour la préparation de membranes à matrice mixte basée sur l’utilisation de copolymères à blocs et de nanoparticules inorganiques disposant de propriétés magnétiques. Des aggrégats de copolymères ont été préparés avec une morphologie variée (sphères, cylindres et vésicules) à partir du copolymère poly(acide méthacrylique)-b-poly(méthacrylate de méthyle). Ce dernier a été synthétisé par polymérisation radicalaire contrôlée par transfert de chaîne réversible par addition-fragmentation (RAFT) dans l’éthanol à 70°C. Des particules d’oxyde de fer ont, quant à elles, été préparées en présence de différents stabilisants à température variée pour permettre d’atteindre la charge de surface et les propriétés magnétiques recherchées. La structure des copolymères à bloc a permis d’obtenir à la fois des membranes hydrophobes via le procédé de séparation de phase induite par un non-solvant, ainsi que des membranes hydrophiles lorsque que la technique de spin-coating était appliquée aux aggrégats formés par auto-assemblage induit lors de la polymérisation. Grâce à l’étude détaillée des propriétés de filtration des membranes obtenues, la relation structure-propriété a été discutée sous l’action d’un champ magnétique externe. Enfin, la sensibilité au colmatage a été vérifiée via la filtration de solutions de protéines. Il a ainsi été démontré une diminution notable du colmatage sous champ magnétique, ouvrant de belles perspectives pour ces nouvelles membranes. / This thesis presents a new approach to produce mix matrix membranes using block copolymers and inorganic nanoparticles having magnetic properties. The polymeric nanoparticle with different morphologies (linear, Spheres, worms, and vesicles), from poly (methacrylic acid)-b-(methyl methacrylate) diblock copolymer, were synthesized using Reversible addition−fragmentation chain transfer polymerization (RAFT) in ethanol at 70 ֠C. The inorganic counterpart, iron oxide nanoparticles were prepared using different stabilizers at various temperatures to acquire the necessary surface charge and magnetic properties. The chemistry of the particles leads to form both hydrophobic membranes using non-solvent induced phase separation as well as a hydrophilic membrane by using the simple spin coating technique with the particles from polymerization induced self-assembly. By a detailed experimental study of the membrane filtration, the influence of different parameters on the process performance has been investigated with and without magnetic field. Finally, membrane fouling has been studied using protein solution. Also, the membrane performance was examined under magnetic field revealing the successful reduction in the fouling phenomenon making them new performant membranes in the area of membrane technology.