Carbapenem resistance in Acinetobacter baumannii is a growing public health concern and represents a serious problem for treatment of the infection. Several carbapenem-hydrolysing &beta / -lactamases have been identified from A. baumannii so far. In this study carbapenem resistance in A.baumannii strains recovered from intensive care units of Gulhane Military Medical Academy, Turkey, were investigated via multiplex PCR and with parallel phenotypic tests. From June 2006 to January 2010, 138 clinical A. baumannii isolates were collected. Identification and antimicrobial susceptibility tests of the isolates were performed. The MICs of imipenem and meropenem were determined by using E-test method. Carbapenem resistant A. baumannii strains were included for further study. Firstly, the presence of carbapenemases were determined. The presence of Metallo-beta-lactamase (MBL) were also investigated. Detection of the four groups of OXA carbapenemases (OXA- 23, OXA-24, OXA-51 and OXA-58) was carried out using a multiplex PCR assay. Sequence analyses were performed. Non-duplicate, multidrug resistant 61 clinical A. baumannii isolates were found to be resistant to imipenem and meropenem. In the 61 isolates, the MIC50 of imipenem and meropenem were 16 and &gt / 32 / MIC90 were 192 and &gt / 32 respectively. Modified Hodge Tests (MHT) were positive for all 61 A. baumannii strains. None of these isolates showed MBL activity. As determined through multiplex PCR, all of the 61 isolates had blaOXA-51 genes, 50 isolates had blaOXA-23, and 11 isolated had blaOXA-58 genes. Alleles encoding OXA-24-like enzymes were not detected in any isolates. This study indicated that the clinical isolates in our region contained blaOXA-51, blaOXA-23, and blaOXA-58 resistance genes. However, blaOXA-24 gene was either absent or occur in very low frequency.

Este trabalho recebeu a Menção Honrosa no Prêmio Capes de Teses 2014 / Made available in DSpace on 2014-09-09T12:30:32Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 16.pdf: 6304996 bytes, checksum: 71c341f48f8e1ace48b22de15c0ccb89 (MD5) Previous issue date: 2013 / Acinetobacter baumannii é um patógeno oportunista com crescente importância em infecções relacionadas a assistência em saúde. No Brasil é particularmente problemático devido à sua alta prevalência e multirresistência, com as carbapenemases tipo OXA representando o principal mecanismo responsável por esta resistência. Esse trabalho teve como objetivo determinar a diversidade genética, caracterizar fenotípica e molecularmente a resistência a antimicrobianos e avaliar fatores de virulência em Acinetobacter baumannii isolados de 10 hospitais públicos e privados no Rio de Janeiro no período de 2005 a 2007. Durante este período foram estudados 141 isolados de A. baumannii coletados de pacientes internados em UTIs ou enfermarias cirúrgicas. A identificação da espécie foi confirmada através da detecção do gene intrínseco blaOXA-51.Os 110 isolados de A. baumannii resistentes ao imipenem apresentaram perfil de multirresistência com taxas superiores a 98,2% para 8 dos 10 antimicrobianos testados e 98(87,3%) produziram a carbapenemase OXA-23. Não houve produto de amplificação para os genes blaOXA-24, blaOXA-58, blaIMP, blaVIM e Int1 pela técnica de PCR. As drogas com atividade in vitro foram a polimixina B e tigeciclina. Observou-se uma diversidade clonal, com a presença de 5 genótipos tipados por PFGE, com prevalência dos genótipos A (71,8%) e B(22,7%), presente em 7 e 5 hospitais, respectivamente. Dentre os 96 isolados produtores de OXA-23, fori selecionada uma cepa representativa de cada genótipo que foram submetidos a métodos de tipagem baseados em sequenciamento... / Acinetobacter baumannii is an opportunistic pathogen with increasing importance in hospital infections. In Brazil, it is particularly problematic because of its high prevalence and multidrug resistance, with the OXA-type carbapenemases representing the main mechanism responsible for such resistance. This study aimed to determine the genetic diversity, as well as phenotypic and molecular characterization of antimicrobial resistance and evaluation of virulence factors in Acinetobacter baumannii isolated from 10 public and private hospitals in Rio de Janeiro from 2005 to 2007. During this period 141 isolates of A. baumannii collected from patients admitted to ICUs or surgical wards have been studied. Species identification has been confirmed by detection of gene intrinsic blaOXA-51. The 110 isolates of A. baumannii resistant to imipenem showed multidrug resistance profile with rates above 98.2% for 8 of the 10 antibiotics tested and 98 (87.3%) produced the carbapenemase OXA-23. There was no amplification product for genes blaOXA-24, blaOXA-58, blaIMP, blaVIM and Int1 by PCR. The drugs with in vitro activity were polymyxin B and tigecycline. There was a clonal diversity, the presence of five genotypes typed by PFGE, with a prevalence of genotypes A (71.8%) and B (22.7%), present in 7 and 5 hospitals, respectively. Among the 96 strains producing OXA-23, one representative for each genotype that were subjected to typing methods based on sequencing was selected. By MLST (related to the database Oxford) four new STs were detected: ST131, ST132, ST133 and ST134 and when using the MLST-IP (developed by Institut Pasteur) the ST79, ST15 and two new allelic profiles were detected. Four SGs (SG1, SG4 and two new profiles) have been identified, allowing the association of 70% of isolates with the European Clone II. Sequencing of the blaOXA-51-like gene revealed the presence of blaOXA-66, blaOXA-95 and blaOXA-132. The blaOXA-23 gene was consistently found associated with the transposon Tn2006 and was chromosomally encoded in all isolates. Of 31 isolates susceptible to imipenem, 5 showed the blaOXA-23 gene and the insertion sequence ISAba1. However, the association of this sequence to the gene blaOXA-23 was detected only in isolates resistant to imipenem used as controls. The ISAba4 insertion sequence was not found in any isolated. These isolates were susceptible to imipenem and meropenem, with MICs ε 4 mg / mL for both antimicrobials. These isolates producing blaOXA-23 have been grouped into four distinct genotypes (B, C, G and I). Most isolates included in this study had plasmid (83.7%), with profiles ranging from 1 to 4. In search of biofilm production by colorimetric assay using crystal violet it was possible to observe the production of biofilm in 96.5% of isolates. Two representative isolates of the prevalent genotypes were evaluated for the degree of association at monolayer of A-549 cells by flow cytometry, and fluorescence optical microscopy. The adhesion was observed in all methodologies, with low rates of association for genotype A (11.9%) and genotype B (9.7%). The search for quorum-sensing carried out with representative isolates of the same prevalent genotypes were negative for the production of AHL inducer using Agrobacterium tumefaciens strain NT1. While the extract of the supernatant of the positive control of P. aeruginosa PAO1 and the reference standard AHL-C8 and AHL -C12 were positive. Data from this study are relevant to public health because they allow the knowledge of the molecular epidemiology of this species, as well as some of the virulence factors, which have been rarely described in Brazil, thus enhancing the monitoring and implementing control measures.

Introdução: A pressão de colonização (PC) representa a estimativa da probabilidade de transmissão cruzada de microrganismos entre pacientes dentro de uma unidade ou hospital. Pouco se sabe sobre a influência das bactérias Gram negativas na pressão de colonização comparativamente às Gram positivas. Ainda assim, alguns estudos realizados com pacientes que adquiriram Acinetobacter baumannii multirresistente (ACMR) em Centros de Terapia Intensiva (CTIs) demonstram a PC como fator de risco associado à aquisição desta bactéria. Além da PC e de outros fatores de risco tradicionais, como presença de comorbidades, procedimentos invasivos e antibioticoterapia prévia, a própria colonização por ACMR representa um fator de risco associado ao desenvolvimento de infecção. A identificação de pacientes portadores de ACMR pode servir tanto como marcador para o desenvolvimento de infecções clínicas subsequentes como para identificar potenciais transmissores desta bactéria a outros pacientes. No entanto, a implantação de estratégias de vigilância sistemática ainda apresenta limitações como a baixa sensibilidade dos métodos de rastreamento e a determinação do melhor sítio anatômico a ser pesquisado. Nosso estudo investigou o papel da PC e outros fatores preditores para aquisição de (ACMR) e também estimou a sensibilidade das culturas de rastreamento e a prevalência de ACMR entre pacientes adultos internados em Centros de Terapia Intensiva (CTI) com baixa endemicidade. Métodos: Estudo realizado com os pacientes internados no CTI adulto de hospital universitário terciário, no período de junho de 2009 a maio de 2012. Para estimar a sensibilidade dos rastreamentos e prevalência de ACMR foi realizado estudo transversal incluindo todos os pacientes adultos consecutivos, admitidos no CTI durante o período, submetidos pelo menos, a um rastreamento semanal para ACMR. As amostras foram coletadas através de swabs, de pelo menos três sítios anatômicos: orofaringe, pele e região perianal. No caso de pacientes em ventilação mecânica, o sítio orofaringe era substituído pela aspiração de secreção traqueal e se houvesse ferida operatória e/ou cateter, era coletado um swab de ferida operatória e um swab do sítio de inserção do cateter. Para estimar a sensibilidade foram selecionados os pacientes que, além de submetidos pelo menos a um rastreamento semanal, apresentaram uma cultura positiva para ACMR proveniente de amostra clínica recente, obtida até 10 dias antes ou até 7 dias depois da coleta dos swabs para rastreamento. Para investigar a PC e fatores preditores para aquisição de ACMR foi realizada coorte retrospectiva incluindo-se todos os pacientes adultos, maiores de 18 anos, consecutivamente admitidos no CTI durante o período, submetidos pelo menos a uma oportunidade de rastreamento semanal para pesquisa de ACMR durante o período da internação e sem diagnóstico prévio de colonização/infecção por ACMR no momento da admissão. Pacientes em que ACMR foi isolado nas primeiras 48 horas de internação ou com tempo de permanência no CTI igual ou inferior a 48 horas foram excluídos do estudo. Para este delineamento, considerada somente a primeira internação de cada paciente durante o período avaliado. A PC foi estimada em nível individual como a proporção mensal de pacientes-dia identificados como portadores de ACMR no CTI X 100 no mês em que ocorreu a aquisição de ACMR, óbito ou alta da unidade. Além da PC, fatores como a presença de comorbidades, idade, sexo, escore APACHE II, cirurgia, uso de cateter vascular central, sonda vesical de demora, ventilação mecânica, antibioticoterapia com carbapenêmicos e/ou quinolonas e tempo de permanência no CTI foram investigados como preditores durante a hospitalização mediante análise univariável e multivariável. Resultados: Durante o período do estudo, 2561 pacientes foram admitidos no CTI e 1706 (66,6%) foram rastreados para pesquisa de ACMR. Foram realizados 14.638 rastreamentos ao total, dos quais 192 foram positivos (1,3%), identificados em 118 pacientes. A prevalência de pacientes colonizados ou infectados por ACMR no CTI foi de 9,5% (163/1706 pacientes), considerando isolados obtidos de amostras de rastreamento e amostras clínicas. A prevalência de pacientes colonizados ou infectados estimada somente por amostras de rastreamento foi de 6,9% (118/1706 pacientes) e a prevalência de pacientes colonizados foi 3,7% (64/1706 pacientes). Os sítios que apresentaram maior sensibilidade foram: aspirado traqueal (41,5%), orofaringe (40%) e ferida operatória (37,5%). A menor sensibilidade constatada foi quanto ao sítio de inserção de cateter (14,5%). A sensibilidade total do método foi de 60%, considerando a abordagem de rastreamento de múltiplos sítios. Entre os 1706 pacientes rastreados para pesquisa de ACMR e incluídos no estudo transversal, 1375 perfizeram os critérios de elegibilidade para o estudo de coorte. Destes, 75 (5,4%) adquiriram ACMR durante a internação no CTI. A densidade de incidência de ACMR no CTI variou entre zero a 10,6 casos/1000 pacientes-dia e os valores mensais da PC entre zero a 26,8%. Manifestações do trato digestivo (RR = 2,13; IC 1,22 – 3,69), diagnóstico de trauma e complicações relacionadas ao mesmo (RR = 2,39; IC 1,01 – 5,66) e a pressão de colonização (RR = 1,08; IC 1,06 – 1,10) foram identificados como fatores de risco independentes para aquisição de ACMR na análise multivariada. Conclusões: Em nosso estudo, o método utilizado para realizar o rastreamento de portadores de ACMR no CTI apresentou baixa sensibilidade, o que deve certamente subestimar a real prevalência desta bactéria. A pressão de colonização por ACMR esteve associada a risco de aquisição da bactéria em pacientes adultos submetidos à terapia intensiva mesmo num contexto de baixos níveis endêmicos, mesmo considerando-se a presença de outros fatores de risco já tradicionalmente conhecidos. / Introduction: Colonization pressure (CP) can represent an estimation of the probability of cross-transmission of a particular organism within a defined hospital unit or hospital. Few studies have assessed the role of gram-negative bacteria risk of acquisition in CP in comparison to the gram-positive. Some of these studies that are performed on patients who acquired Acinetobacter baumannii multiresistant (MRAB) in intensive care units, have showed that CP is associated at risk to acquire this bacteria. Besides CP and others traditional risk factors like comorbidities, invasive procedures and therapy with antibiotic, colonization by MRAB can be a risk factor to develop an infection. Establishing infection control measures to limit the crosstransmission is recommended when a MRAB carriage is identified and thus reduces the risk of development of clinical infections. The implementation of a screening surveillance policy to MRAB has some limitations including the low sensitivity of the method and the best anatomic site to be screened. The aim of this study is to evaluate the role of CP and other risk factors in the acquisition of multiresitant Acinetobacter baumannii (MRAB), estimate the sensitivity of surveillance cultures and estimate the prevalence of MRAB in adult patients admitted at intensive care unit (ICU) with low endemic levels of the bacteria. Methods: This study was conducted in the ICU at a tertiary hospital from June 2009 to May 2012. A cross-sectional study conducted to estimate the sensitivity of surveillance cultures and the prevalence of MRAB. We included all consecutive adult patients admitted to ICU, who had at least 1weekly surveillance cultures performed during their ICU stay. The samples were collected by swabs at least 3 body sites: pharynx, skin and rectum. In case of mechanical ventilation tracheal aspiration was collected instead of pharynx site. If patient had a surgery wound and/or catheter, a swab of surgical wound and insertion catheter site would be collected. Bacterial cultures of clinical specimens were performed by medical criteria. Patients whom MRAB isolated from a clinical specimen in the preceding 10 days or 7 days after performing surveillance cultures were selected to estimate the sensitivity of surveillance cultures. A retrospective cohort study was conducted to evaluate the role of CP and others risk factors in the acquisition of MRAB. We included all consecutive adult patients admitted to ICU without previous diagnosis of MRAB colonization/infection, who had at least 1 weekly surveillance cultures performed during their stay at ICU. Patients who stayed in the ICU for less than 48 hours, as well as those in whom MRAB was detected within the first 48 hours in the unit, were excluded from the cohort. Only the first ICU admission per patient was included in the analysis. CP was estimated individually as a monthly proportion of the number of patient-days positive to MRAB in ICU X100 in the month of MRAB acquisition, death or discharge. Multivariate analysis to determine risk factors for the MRAB acquisition was performed including additional variables such as patients’ demographic data, comorbidities, APACHE II score, performance of surgery, duration of ICU admission, quinolones or carbapenems antibiotic exposure and the use of mechanical ventilation, arterial/central venous catheter and/or urinary catheter. Results: During the study period, 2,561 patients were admitted to ICU and 1706 (66,6%) were screened to MRAB. A total of 14,638 surveillance cultures were performed, 192 were positive (1.3%) of 118 patients. The true prevalence of MRAB colonized or infected patients in ICU was 9.5% (163/1706 patients), while the prevalence estimated by the surveillance cultures was 6.9% (118/1706 patients). The most sensitivity site was tracheal aspirate (41.5%), pharynx (40%) and surgery wound (37.5%). The less sensitivity was obtained by a swab at the catheter insertion site (14.5%). The overall sensitivity of multisite surveillance approach was 60%. Out of the 1706 patients screened to surveillance cultures and included in a crosssectional study, 1375 met inclusion criteria for the cohort study. Of which, 75 (5.45%) acquired MRAB during ICU stay. The incident rates of MRAB ranged from 0 to 10.6 cases/1000 patient-days. CP ranged from 0 to 26.8%. Trauma (RR = 2.39; IC 1.01 – 5.66), gastrointestinal diseases (RR = 2.13; IC 1.22 – 3.69) and the CP (RR = 1.08; IC 1.06 – 1.10) were identified as independent risk factors for acquisition of MRAD at multivariate analysis. Conclusion: In our study, surveillance cultures to screening MRAB carriages showed low sensitivity. Thus, the true prevalence of MRAB in ICU may be underestimated. The CP was associated to the risk of acquisition of MRAB by the patients admitted to ICU despite the low endemic levels and other risk traditional factors included in the multivariate analysis.

Introdução: A pressão de colonização (PC) representa a estimativa da probabilidade de transmissão cruzada de microrganismos entre pacientes dentro de uma unidade ou hospital. Pouco se sabe sobre a influência das bactérias Gram negativas na pressão de colonização comparativamente às Gram positivas. Ainda assim, alguns estudos realizados com pacientes que adquiriram Acinetobacter baumannii multirresistente (ACMR) em Centros de Terapia Intensiva (CTIs) demonstram a PC como fator de risco associado à aquisição desta bactéria. Além da PC e de outros fatores de risco tradicionais, como presença de comorbidades, procedimentos invasivos e antibioticoterapia prévia, a própria colonização por ACMR representa um fator de risco associado ao desenvolvimento de infecção. A identificação de pacientes portadores de ACMR pode servir tanto como marcador para o desenvolvimento de infecções clínicas subsequentes como para identificar potenciais transmissores desta bactéria a outros pacientes. No entanto, a implantação de estratégias de vigilância sistemática ainda apresenta limitações como a baixa sensibilidade dos métodos de rastreamento e a determinação do melhor sítio anatômico a ser pesquisado. Nosso estudo investigou o papel da PC e outros fatores preditores para aquisição de (ACMR) e também estimou a sensibilidade das culturas de rastreamento e a prevalência de ACMR entre pacientes adultos internados em Centros de Terapia Intensiva (CTI) com baixa endemicidade. Métodos: Estudo realizado com os pacientes internados no CTI adulto de hospital universitário terciário, no período de junho de 2009 a maio de 2012. Para estimar a sensibilidade dos rastreamentos e prevalência de ACMR foi realizado estudo transversal incluindo todos os pacientes adultos consecutivos, admitidos no CTI durante o período, submetidos pelo menos, a um rastreamento semanal para ACMR. As amostras foram coletadas através de swabs, de pelo menos três sítios anatômicos: orofaringe, pele e região perianal. No caso de pacientes em ventilação mecânica, o sítio orofaringe era substituído pela aspiração de secreção traqueal e se houvesse ferida operatória e/ou cateter, era coletado um swab de ferida operatória e um swab do sítio de inserção do cateter. Para estimar a sensibilidade foram selecionados os pacientes que, além de submetidos pelo menos a um rastreamento semanal, apresentaram uma cultura positiva para ACMR proveniente de amostra clínica recente, obtida até 10 dias antes ou até 7 dias depois da coleta dos swabs para rastreamento. Para investigar a PC e fatores preditores para aquisição de ACMR foi realizada coorte retrospectiva incluindo-se todos os pacientes adultos, maiores de 18 anos, consecutivamente admitidos no CTI durante o período, submetidos pelo menos a uma oportunidade de rastreamento semanal para pesquisa de ACMR durante o período da internação e sem diagnóstico prévio de colonização/infecção por ACMR no momento da admissão. Pacientes em que ACMR foi isolado nas primeiras 48 horas de internação ou com tempo de permanência no CTI igual ou inferior a 48 horas foram excluídos do estudo. Para este delineamento, considerada somente a primeira internação de cada paciente durante o período avaliado. A PC foi estimada em nível individual como a proporção mensal de pacientes-dia identificados como portadores de ACMR no CTI X 100 no mês em que ocorreu a aquisição de ACMR, óbito ou alta da unidade. Além da PC, fatores como a presença de comorbidades, idade, sexo, escore APACHE II, cirurgia, uso de cateter vascular central, sonda vesical de demora, ventilação mecânica, antibioticoterapia com carbapenêmicos e/ou quinolonas e tempo de permanência no CTI foram investigados como preditores durante a hospitalização mediante análise univariável e multivariável. Resultados: Durante o período do estudo, 2561 pacientes foram admitidos no CTI e 1706 (66,6%) foram rastreados para pesquisa de ACMR. Foram realizados 14.638 rastreamentos ao total, dos quais 192 foram positivos (1,3%), identificados em 118 pacientes. A prevalência de pacientes colonizados ou infectados por ACMR no CTI foi de 9,5% (163/1706 pacientes), considerando isolados obtidos de amostras de rastreamento e amostras clínicas. A prevalência de pacientes colonizados ou infectados estimada somente por amostras de rastreamento foi de 6,9% (118/1706 pacientes) e a prevalência de pacientes colonizados foi 3,7% (64/1706 pacientes). Os sítios que apresentaram maior sensibilidade foram: aspirado traqueal (41,5%), orofaringe (40%) e ferida operatória (37,5%). A menor sensibilidade constatada foi quanto ao sítio de inserção de cateter (14,5%). A sensibilidade total do método foi de 60%, considerando a abordagem de rastreamento de múltiplos sítios. Entre os 1706 pacientes rastreados para pesquisa de ACMR e incluídos no estudo transversal, 1375 perfizeram os critérios de elegibilidade para o estudo de coorte. Destes, 75 (5,4%) adquiriram ACMR durante a internação no CTI. A densidade de incidência de ACMR no CTI variou entre zero a 10,6 casos/1000 pacientes-dia e os valores mensais da PC entre zero a 26,8%. Manifestações do trato digestivo (RR = 2,13; IC 1,22 – 3,69), diagnóstico de trauma e complicações relacionadas ao mesmo (RR = 2,39; IC 1,01 – 5,66) e a pressão de colonização (RR = 1,08; IC 1,06 – 1,10) foram identificados como fatores de risco independentes para aquisição de ACMR na análise multivariada. Conclusões: Em nosso estudo, o método utilizado para realizar o rastreamento de portadores de ACMR no CTI apresentou baixa sensibilidade, o que deve certamente subestimar a real prevalência desta bactéria. A pressão de colonização por ACMR esteve associada a risco de aquisição da bactéria em pacientes adultos submetidos à terapia intensiva mesmo num contexto de baixos níveis endêmicos, mesmo considerando-se a presença de outros fatores de risco já tradicionalmente conhecidos. / Introduction: Colonization pressure (CP) can represent an estimation of the probability of cross-transmission of a particular organism within a defined hospital unit or hospital. Few studies have assessed the role of gram-negative bacteria risk of acquisition in CP in comparison to the gram-positive. Some of these studies that are performed on patients who acquired Acinetobacter baumannii multiresistant (MRAB) in intensive care units, have showed that CP is associated at risk to acquire this bacteria. Besides CP and others traditional risk factors like comorbidities, invasive procedures and therapy with antibiotic, colonization by MRAB can be a risk factor to develop an infection. Establishing infection control measures to limit the crosstransmission is recommended when a MRAB carriage is identified and thus reduces the risk of development of clinical infections. The implementation of a screening surveillance policy to MRAB has some limitations including the low sensitivity of the method and the best anatomic site to be screened. The aim of this study is to evaluate the role of CP and other risk factors in the acquisition of multiresitant Acinetobacter baumannii (MRAB), estimate the sensitivity of surveillance cultures and estimate the prevalence of MRAB in adult patients admitted at intensive care unit (ICU) with low endemic levels of the bacteria. Methods: This study was conducted in the ICU at a tertiary hospital from June 2009 to May 2012. A cross-sectional study conducted to estimate the sensitivity of surveillance cultures and the prevalence of MRAB. We included all consecutive adult patients admitted to ICU, who had at least 1weekly surveillance cultures performed during their ICU stay. The samples were collected by swabs at least 3 body sites: pharynx, skin and rectum. In case of mechanical ventilation tracheal aspiration was collected instead of pharynx site. If patient had a surgery wound and/or catheter, a swab of surgical wound and insertion catheter site would be collected. Bacterial cultures of clinical specimens were performed by medical criteria. Patients whom MRAB isolated from a clinical specimen in the preceding 10 days or 7 days after performing surveillance cultures were selected to estimate the sensitivity of surveillance cultures. A retrospective cohort study was conducted to evaluate the role of CP and others risk factors in the acquisition of MRAB. We included all consecutive adult patients admitted to ICU without previous diagnosis of MRAB colonization/infection, who had at least 1 weekly surveillance cultures performed during their stay at ICU. Patients who stayed in the ICU for less than 48 hours, as well as those in whom MRAB was detected within the first 48 hours in the unit, were excluded from the cohort. Only the first ICU admission per patient was included in the analysis. CP was estimated individually as a monthly proportion of the number of patient-days positive to MRAB in ICU X100 in the month of MRAB acquisition, death or discharge. Multivariate analysis to determine risk factors for the MRAB acquisition was performed including additional variables such as patients’ demographic data, comorbidities, APACHE II score, performance of surgery, duration of ICU admission, quinolones or carbapenems antibiotic exposure and the use of mechanical ventilation, arterial/central venous catheter and/or urinary catheter. Results: During the study period, 2,561 patients were admitted to ICU and 1706 (66,6%) were screened to MRAB. A total of 14,638 surveillance cultures were performed, 192 were positive (1.3%) of 118 patients. The true prevalence of MRAB colonized or infected patients in ICU was 9.5% (163/1706 patients), while the prevalence estimated by the surveillance cultures was 6.9% (118/1706 patients). The most sensitivity site was tracheal aspirate (41.5%), pharynx (40%) and surgery wound (37.5%). The less sensitivity was obtained by a swab at the catheter insertion site (14.5%). The overall sensitivity of multisite surveillance approach was 60%. Out of the 1706 patients screened to surveillance cultures and included in a crosssectional study, 1375 met inclusion criteria for the cohort study. Of which, 75 (5.45%) acquired MRAB during ICU stay. The incident rates of MRAB ranged from 0 to 10.6 cases/1000 patient-days. CP ranged from 0 to 26.8%. Trauma (RR = 2.39; IC 1.01 – 5.66), gastrointestinal diseases (RR = 2.13; IC 1.22 – 3.69) and the CP (RR = 1.08; IC 1.06 – 1.10) were identified as independent risk factors for acquisition of MRAD at multivariate analysis. Conclusion: In our study, surveillance cultures to screening MRAB carriages showed low sensitivity. Thus, the true prevalence of MRAB in ICU may be underestimated. The CP was associated to the risk of acquisition of MRAB by the patients admitted to ICU despite the low endemic levels and other risk traditional factors included in the multivariate analysis.

Herein 47 2,4-disubstituted quinazolines were synthesized and tested against Leishmania donovani intracellular amastigotes. A structure-activity relationship was conducted and lead to the identification of quinazolines with EC50s in the single digit and high nanomolar range with favorable antileishmanial selectivity indexes. Quinazoline 2.6 and 2.31 underwent in vivo efficacy studies in murine models of visceral leishmaniasis, reducing liver parasitemia by 12 % and 24 %, respectively, when given by the intraperitoneal route at 15 mg/kg/day x 5 days. The antileishmanial efficacy and easy of synthesis make the 2,4-disubstituted quinazoline compound series a suitable platform for the future development of antileishmanial agents. A similar series of 50 N2,N4-disubstituted quinazoline-2,4-diamines has also been synthesized and tested against multi-drug resistant strains of Acinetobacter baumannii. Quinazolines with MICs in the single digit micromolar range were identified within the structure-activity relationship. The observed potencies of the top compounds and the easy of synthesis lend to the further investigation of in vivo efficacy studies and could be considered a suitable platform for the future development of anti-bacterial agents against A. baumannii.

Submitted by Ray Andra Pinheiro (andraray304@gmail.com) on 2018-08-27T14:16:46Z No. of bitstreams: 1 MARCILENE.pdf: 494238 bytes, checksum: a4d7c74268dd986254a649368e4766af (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-08-27T15:52:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 MARCILENE.pdf: 494238 bytes, checksum: a4d7c74268dd986254a649368e4766af (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-08-27T15:56:03Z (GMT) No. of bitstreams: 1 MARCILENE.pdf: 494238 bytes, checksum: a4d7c74268dd986254a649368e4766af (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-27T15:56:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 MARCILENE.pdf: 494238 bytes, checksum: a4d7c74268dd986254a649368e4766af (MD5) Previous issue date: 2013-09-19 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Acinetobacter baumannii is the most common species of the isolated genus from clinical specimens and hospital environment, often affecting patients in intensive care units ( ICUs ). It is a bacterium which seems to have a propensity to develop antimicrobial resistance extremely fast. Practices as the quite higher use of antibiotics in patient in ICUs contribute to develop the A. Baumannii resistance. It is getting importance because it is related to nasocomiais infections in units where patients are using invasive procedures, immunoimpaired, elderly or treated with broad-spectrum antibiotics. For the reasons above, it was decided to do this study in patients hospitalized at Santa Casa de Misericordia do Pará (FSCMP) to verify the cases of infeccion by Acinetobacter baumannii related to health care epidemiology isolayting clinical specimens with emphasis on sensitivity profile in a period from 2007 to 2011. Having such results, 48.39% of cases of bloodstream infection as the site of infection by A. Baumannii, followed by infection of the urinary tract and trachea, 12.9% each, with the largest number of cases in adult and neonatal ICUs. The A.baumannii showed significant resistance to cephalosporins 3rd and 4th generation, with troubling resistance to carbapenems, with annual growth from 6.25% to 30%. Concluding that there was a change in resistance profile of A. Baumannii in five years, and evidenced a rich field of research regarding the epidemiology of Acinetobacter baumannii, showing the necessity of new approaches to aspects such as clinical findings, duration of hospitalization, previous antibiotic use, and others, as a contribution to the clinical intervention against nosocomial infections caused by the under study agent. / O Acinetobacter baumannii é a espécie mais comum do gênero isolado de amostras clínicas e de ambiente hospitalar, frequentemente afetando pacientes em unidades de tratamento intensivo (UTIs). É uma bactéria que parece ter uma propensão para desenvolvimento de resistência antimicrobiana extremamente rápida. Práticas como, o uso significativamente alto de antimicrobianos por paciente em UTIs contribuem para o desenvolvimento da resistência da A. Baumannii.. Ganhando importância por estar relacionado a infecções nasocomiais em pacientes em uso de procedimentos invasivos além de pacientes imunocomprometidos, idosos e tratados com antibióticos de amplo espectro. Foi realizado estudo em pacientes internados na Fundação Santa Casa de Misericórdia do Pará (FSCMP) para se verificar a epidemiologia dos casos de infecção relacionada à assistência à saúde por Acinetobacter baumannii isolado de espécimes clínicos com ênfase no perfil de sensibilidade num período de 2007 a 2011. Do total de 63 casos de IRAS por A. baumannii, 48,39% representaram infecção de corrente sanguínea, seguidos pela infecção de trato urinário e infecção de foco pulmonar, com 12,9% cada, sendo um maior número de casos oriundos das UTIs adulto e neonatal. O A.baumannii demonstrou alta taxa de resistência, com destaque para Cefatzidima (100%), Cefepime (52,38%), Piperacilina-Tazobactam (52,46%), com emergente resistência para os carbapenêmicos, com progressão anual de 6,25% a 30%. Conclusão: A vigilância de 5 anos do perfil de suscetibilidade demonstrou um rápido aumento das cepas multirresistentes de A. baumannii, particularmente nos dois últimos anos do estudo. O monitoramento do padrão de resistência poderá ajudar na otimização da terapia empírica destas infecções, sendo necessários esforços nas medidas intervencionais de controle de infecção na instituição.

Introdução: A pressão de colonização (PC) representa a estimativa da probabilidade de transmissão cruzada de microrganismos entre pacientes dentro de uma unidade ou hospital. Pouco se sabe sobre a influência das bactérias Gram negativas na pressão de colonização comparativamente às Gram positivas. Ainda assim, alguns estudos realizados com pacientes que adquiriram Acinetobacter baumannii multirresistente (ACMR) em Centros de Terapia Intensiva (CTIs) demonstram a PC como fator de risco associado à aquisição desta bactéria. Além da PC e de outros fatores de risco tradicionais, como presença de comorbidades, procedimentos invasivos e antibioticoterapia prévia, a própria colonização por ACMR representa um fator de risco associado ao desenvolvimento de infecção. A identificação de pacientes portadores de ACMR pode servir tanto como marcador para o desenvolvimento de infecções clínicas subsequentes como para identificar potenciais transmissores desta bactéria a outros pacientes. No entanto, a implantação de estratégias de vigilância sistemática ainda apresenta limitações como a baixa sensibilidade dos métodos de rastreamento e a determinação do melhor sítio anatômico a ser pesquisado. Nosso estudo investigou o papel da PC e outros fatores preditores para aquisição de (ACMR) e também estimou a sensibilidade das culturas de rastreamento e a prevalência de ACMR entre pacientes adultos internados em Centros de Terapia Intensiva (CTI) com baixa endemicidade. Métodos: Estudo realizado com os pacientes internados no CTI adulto de hospital universitário terciário, no período de junho de 2009 a maio de 2012. Para estimar a sensibilidade dos rastreamentos e prevalência de ACMR foi realizado estudo transversal incluindo todos os pacientes adultos consecutivos, admitidos no CTI durante o período, submetidos pelo menos, a um rastreamento semanal para ACMR. As amostras foram coletadas através de swabs, de pelo menos três sítios anatômicos: orofaringe, pele e região perianal. No caso de pacientes em ventilação mecânica, o sítio orofaringe era substituído pela aspiração de secreção traqueal e se houvesse ferida operatória e/ou cateter, era coletado um swab de ferida operatória e um swab do sítio de inserção do cateter. Para estimar a sensibilidade foram selecionados os pacientes que, além de submetidos pelo menos a um rastreamento semanal, apresentaram uma cultura positiva para ACMR proveniente de amostra clínica recente, obtida até 10 dias antes ou até 7 dias depois da coleta dos swabs para rastreamento. Para investigar a PC e fatores preditores para aquisição de ACMR foi realizada coorte retrospectiva incluindo-se todos os pacientes adultos, maiores de 18 anos, consecutivamente admitidos no CTI durante o período, submetidos pelo menos a uma oportunidade de rastreamento semanal para pesquisa de ACMR durante o período da internação e sem diagnóstico prévio de colonização/infecção por ACMR no momento da admissão. Pacientes em que ACMR foi isolado nas primeiras 48 horas de internação ou com tempo de permanência no CTI igual ou inferior a 48 horas foram excluídos do estudo. Para este delineamento, considerada somente a primeira internação de cada paciente durante o período avaliado. A PC foi estimada em nível individual como a proporção mensal de pacientes-dia identificados como portadores de ACMR no CTI X 100 no mês em que ocorreu a aquisição de ACMR, óbito ou alta da unidade. Além da PC, fatores como a presença de comorbidades, idade, sexo, escore APACHE II, cirurgia, uso de cateter vascular central, sonda vesical de demora, ventilação mecânica, antibioticoterapia com carbapenêmicos e/ou quinolonas e tempo de permanência no CTI foram investigados como preditores durante a hospitalização mediante análise univariável e multivariável. Resultados: Durante o período do estudo, 2561 pacientes foram admitidos no CTI e 1706 (66,6%) foram rastreados para pesquisa de ACMR. Foram realizados 14.638 rastreamentos ao total, dos quais 192 foram positivos (1,3%), identificados em 118 pacientes. A prevalência de pacientes colonizados ou infectados por ACMR no CTI foi de 9,5% (163/1706 pacientes), considerando isolados obtidos de amostras de rastreamento e amostras clínicas. A prevalência de pacientes colonizados ou infectados estimada somente por amostras de rastreamento foi de 6,9% (118/1706 pacientes) e a prevalência de pacientes colonizados foi 3,7% (64/1706 pacientes). Os sítios que apresentaram maior sensibilidade foram: aspirado traqueal (41,5%), orofaringe (40%) e ferida operatória (37,5%). A menor sensibilidade constatada foi quanto ao sítio de inserção de cateter (14,5%). A sensibilidade total do método foi de 60%, considerando a abordagem de rastreamento de múltiplos sítios. Entre os 1706 pacientes rastreados para pesquisa de ACMR e incluídos no estudo transversal, 1375 perfizeram os critérios de elegibilidade para o estudo de coorte. Destes, 75 (5,4%) adquiriram ACMR durante a internação no CTI. A densidade de incidência de ACMR no CTI variou entre zero a 10,6 casos/1000 pacientes-dia e os valores mensais da PC entre zero a 26,8%. Manifestações do trato digestivo (RR = 2,13; IC 1,22 – 3,69), diagnóstico de trauma e complicações relacionadas ao mesmo (RR = 2,39; IC 1,01 – 5,66) e a pressão de colonização (RR = 1,08; IC 1,06 – 1,10) foram identificados como fatores de risco independentes para aquisição de ACMR na análise multivariada. Conclusões: Em nosso estudo, o método utilizado para realizar o rastreamento de portadores de ACMR no CTI apresentou baixa sensibilidade, o que deve certamente subestimar a real prevalência desta bactéria. A pressão de colonização por ACMR esteve associada a risco de aquisição da bactéria em pacientes adultos submetidos à terapia intensiva mesmo num contexto de baixos níveis endêmicos, mesmo considerando-se a presença de outros fatores de risco já tradicionalmente conhecidos. / Introduction: Colonization pressure (CP) can represent an estimation of the probability of cross-transmission of a particular organism within a defined hospital unit or hospital. Few studies have assessed the role of gram-negative bacteria risk of acquisition in CP in comparison to the gram-positive. Some of these studies that are performed on patients who acquired Acinetobacter baumannii multiresistant (MRAB) in intensive care units, have showed that CP is associated at risk to acquire this bacteria. Besides CP and others traditional risk factors like comorbidities, invasive procedures and therapy with antibiotic, colonization by MRAB can be a risk factor to develop an infection. Establishing infection control measures to limit the crosstransmission is recommended when a MRAB carriage is identified and thus reduces the risk of development of clinical infections. The implementation of a screening surveillance policy to MRAB has some limitations including the low sensitivity of the method and the best anatomic site to be screened. The aim of this study is to evaluate the role of CP and other risk factors in the acquisition of multiresitant Acinetobacter baumannii (MRAB), estimate the sensitivity of surveillance cultures and estimate the prevalence of MRAB in adult patients admitted at intensive care unit (ICU) with low endemic levels of the bacteria. Methods: This study was conducted in the ICU at a tertiary hospital from June 2009 to May 2012. A cross-sectional study conducted to estimate the sensitivity of surveillance cultures and the prevalence of MRAB. We included all consecutive adult patients admitted to ICU, who had at least 1weekly surveillance cultures performed during their ICU stay. The samples were collected by swabs at least 3 body sites: pharynx, skin and rectum. In case of mechanical ventilation tracheal aspiration was collected instead of pharynx site. If patient had a surgery wound and/or catheter, a swab of surgical wound and insertion catheter site would be collected. Bacterial cultures of clinical specimens were performed by medical criteria. Patients whom MRAB isolated from a clinical specimen in the preceding 10 days or 7 days after performing surveillance cultures were selected to estimate the sensitivity of surveillance cultures. A retrospective cohort study was conducted to evaluate the role of CP and others risk factors in the acquisition of MRAB. We included all consecutive adult patients admitted to ICU without previous diagnosis of MRAB colonization/infection, who had at least 1 weekly surveillance cultures performed during their stay at ICU. Patients who stayed in the ICU for less than 48 hours, as well as those in whom MRAB was detected within the first 48 hours in the unit, were excluded from the cohort. Only the first ICU admission per patient was included in the analysis. CP was estimated individually as a monthly proportion of the number of patient-days positive to MRAB in ICU X100 in the month of MRAB acquisition, death or discharge. Multivariate analysis to determine risk factors for the MRAB acquisition was performed including additional variables such as patients’ demographic data, comorbidities, APACHE II score, performance of surgery, duration of ICU admission, quinolones or carbapenems antibiotic exposure and the use of mechanical ventilation, arterial/central venous catheter and/or urinary catheter. Results: During the study period, 2,561 patients were admitted to ICU and 1706 (66,6%) were screened to MRAB. A total of 14,638 surveillance cultures were performed, 192 were positive (1.3%) of 118 patients. The true prevalence of MRAB colonized or infected patients in ICU was 9.5% (163/1706 patients), while the prevalence estimated by the surveillance cultures was 6.9% (118/1706 patients). The most sensitivity site was tracheal aspirate (41.5%), pharynx (40%) and surgery wound (37.5%). The less sensitivity was obtained by a swab at the catheter insertion site (14.5%). The overall sensitivity of multisite surveillance approach was 60%. Out of the 1706 patients screened to surveillance cultures and included in a crosssectional study, 1375 met inclusion criteria for the cohort study. Of which, 75 (5.45%) acquired MRAB during ICU stay. The incident rates of MRAB ranged from 0 to 10.6 cases/1000 patient-days. CP ranged from 0 to 26.8%. Trauma (RR = 2.39; IC 1.01 – 5.66), gastrointestinal diseases (RR = 2.13; IC 1.22 – 3.69) and the CP (RR = 1.08; IC 1.06 – 1.10) were identified as independent risk factors for acquisition of MRAD at multivariate analysis. Conclusion: In our study, surveillance cultures to screening MRAB carriages showed low sensitivity. Thus, the true prevalence of MRAB in ICU may be underestimated. The CP was associated to the risk of acquisition of MRAB by the patients admitted to ICU despite the low endemic levels and other risk traditional factors included in the multivariate analysis.

Abstract Acinetobacter baumannii is a prevalent nosocomial where infections are typically secondary infections to patients that already have an infection or other source of being immunocompromised. Like many other infectious bacteria, A. baumannii is increasingly considered a multi-drug resistant pathogen. This eliminates the ability to treat A. baumannii infections with traditional antibiotics, hence the need for another method of treating A. baumannii. This research study was designed to find a way to affect the survival of A. baumannii such that it can be applied to a hospital setting to prevent further infections to immunocompromised patients. One mechanism potentially used by A. baumannii to persist on hospital surfaces is through the use of the bacterial second messenger cyclic-di-GMP (c-di-GMP). This nucleotide signal is regulated in response to environmental conditions, and then activates c-di-GMP-binding proteins that induce phenotypic changes. I hypothesized that by deleting these c-di-GMP-binding proteins that it will produce measurable differences in phenotype like biofilm formation, motility, and desiccation survival. Reducing phenotypes such as these may alter A. baumannii’s ability to persist on hospital surfaces, and potentially lead to future surface eradication. A. baumannii encodes two potential c-di-GMP-binding proteins of particular interest, one that contains a sole PilZ domain and another that pairs a PilZ domain with a hydrolase domain. PilZ domains bind c-di-GMP within a conserved binding site, regulating the conformational structure of the protein, and are named for the first studied PilZ domain within the pilus-associated PilZ protein. Pili are used in pilus-mediated motility and surface attachment, and they are A. baumannii’s primary method of motility due to not having flagellum. I hypothesized that by removing these c-di-GMP-binding proteins, I would interrupt the c-di-GMP signaling that might regulate motility. I am testing two A. baumannii strains: 5075, a recent military hospital isolate and 17978, an older lab strain. A notable difference between these two strains is that 5075 demonstrates twitching motility where it utilizes type IV pili, but 17978 demonstrates swarming motility that has unknown mechanisms. Both c-di-GMP-binding proteins were tested for their role in twitching or swarming motility of the respective strains. I found that swarming motility of 17978 is regulated by both c-di-GMP-binding proteins. While I am still generating the deletion strain for the c-di-GMP-binding hydrolase enzyme, the sole PilZ domain protein is also required for twitching motility in the 5075 strain. These results suggest c-di-GMP regulates both forms of motility in A. baumannii. Future plans include determining the role of the c-di-GMP-binding hydrolase enzyme in twitching motility and identifying the role that these proteins play through binding of c-di-GMP.

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