Made available in DSpace on 2015-07-22T20:50:22Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-05-04. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:26:26Z : No. of bitstreams: 1 Publico-304.pdf: 908273 bytes, checksum: fde22ebc553f8fa63d900f7873b29d41 (MD5) / Introdução: Acinetobacter spp. e Pseudomonas aeruginosa constituem importantes patógenos causadores de infecções relacionadas à assistência à saúde em hospitais brasileiros e tem se tornado, cada vez mais, resistentes a praticamente todos os antimicrobianos disponíveis. Dessa forma, a indicação clínica do uso parenteral das polimixinas tem sido restabelecida nos últimos anos. Consequentemente, os laboratórios de microbiologia devem estar aptos a realizar testes de sensibilidade que forneçam resultados confiáveis. Objetivo: Avaliar a influência dos métodos de sensibilidade aos antimicrobianos no uso clínico das polimixinas. Material e métodos: Foram testadas nove amostras de P. aeruginosa e 10 de Acinetobacter spp., quanto à sensibilidade à polimixina B e colistina. Foram comparados os resultados obtidos por diluição em ágar, microdiluição em caldo e Etest, realizados conforme recomendações do CLSI. Para cada metodologia foi avaliada a influência do meio de cultura, concentração de cálcio, concentração do inóculo e tempo de incubação, na determinação da CIM. Resultados: Houve uma boa correlação entre as distintas técnicas de sensibilidade às polimixinas para Acinetobacter spp., diferente de P. aeruginosa. Foi observado 100% de concordância entre os resultados obtidos com meio Iso-Sensitest e o meio Mueller-Hinton, por diluição em agar e Etest, para Acinetobacter spp. Já pela metodologia de microdiluição em caldo, essa correlação foi menor: 90% e 60% para polimixina B e colistina, respectivamente. Para P. aeruginosa, a metodologia de Etest foi a que mais sofreu variação nas CIMs, quando utilizados diferentes meios de cultura para realização dos testes de sensibilidade. Em geral, com o meio BHI foram obtidas CIMs mais baixas do que com o meio Müeller-Hinton. O aumento da concentração de cálcio no meio de cultura promoveu a elevação em ±1Log2 nas CIMs de ambas espécies, sendo a metodologia de Etest a que mais sofreu influência dessa variável, sendo que, 55,6% e 88,9% de erros leve foram observados para polimixina B e colistina, respectivamente. Além disso, 11,1% de erro grave foi observado em testes com polimixina B. A metodologia de diluição em ágar sofreu maior influencia do tamanho do inóculo do que microdiluição em caldo, apresentando taxas de erro leve de erros leve de 10% (polimixina B) e 30% (colistina), para Acinetobacter spp.; e 33,3% (polimixina B) e 66,6% (colistina), para P. aeruginosa. Quando realizada leitura com diferentes tempos de incubação, só foi observada diferenças nas CIMs entre os isolados de P. aeruginosa, sendo a metodologia de Etest a que sofreu maior influência dessa variável, onde foram observadas taxas de erro leve de 33,3% (polimixina B) e 44,4% (colistina). Pela metodologia de diluição em ágar ocorreu 11,1% de erro leve. A metodologia de microdiluição em caldo não sofreu influência dessa variável. / Introduction: Acinetobacter spp. e Pseudomonas aeruginosa are important pathogens that cause infections in Brazilian hospitals and have become resistant to almost every available antimicrobial. Thereby, the clinical indication of parenteral use of polymyxin has been reestablished in recent years. Therefore, the clinical laboratory of microbiology need be able to perform reliable susceptibility antimicrobial tests. Objective: Analyze the influence of susceptibility antimicrobial tests in the clinical use of polymyxins. Material and Methods: Nine P. aeruginosa and 10 Acinetobacter spp. strains were tested to polymyxin susceptibility. The results of agar dilution, broth microdilution and Etest were compared, according CSLI. The influence of culture medium, calcium concentration, inoculum concentration and incubation time in the susceptibility antimicrobial test was evaluated. Results: There was good agreement between different polymyxin antimicrobial susceptibility methods for Acinetobacter spp isolates, but not for P. aeruginosa. It was observed 100% of agreement between Iso-sensitest and Müeller-Hinton medium through agar dilution and Etest for Acinetobacter spp. isolates. Through broth microdilution occurred 90% of agreement for polymyxin B and 60% for colistin. Between P. aeruginosa isolates, Etest had greater MIC variation when using different culture mediuns. In general, BHI medium had low MICs comparing with Müller- Hinton. The calcium concentration increase in the culture medium promoted MICs elevation in ±1Log2 of dilution, for both microrganisms. Etest had 55,6% (polymyxin B) and 88,9% (colistin) of minor error, and 11,1% of major error in polymyxin B. Inoculum size had greater influence in agar dilution, with minor error rates of 10% (polymyxin B) and 30% (colistin) for Acinetobacter spp. isolates, and 33,3% (polymyxin B) and 66,6% (colistin) for P. aeruginosa isolates. Different time incubations caused MICs variation only between P. aeruginosa isolates. Etest method had 33,3% (polymyxin B) and 44,4%(colistin) of minor error. Through agar dilution, the minor error rate was 11,1% with incubation time variation. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

A resistência bacteriana a antibióticos é um grave e crescente problema de saúde pública de âmbito mundial. O principal, e mais eficiente, mecanismo de resistência aos &#946-lactâmicos em bacilos Gram-negativos é a produção de &#946-lactamases, que possuem a capacidade de hidrolisar o anel &#946-lactâmicos e consequentemente inativar essa classe de antibióticos. Vale ressaltar, que atualmente os antibióticos &#946-lactâmicos são os mais utilizados clinicamente, particularmente em infecções graves. Dentre as &#946-lactamases existentes destacam-se as carbapenemases, enzimas capazes de inativar a maioria dos antibióticos &#946-lactâmicos. Uma grande preocupação é o fato dessas enzimas, em sua maioria, serem codificadas por plasmídeos, o que propicia a disseminação desses genes de resistência; portanto, é de extrema importância a realização de um rápido e efetivo monitoramento da presença de patógenos portadores desses genes de resistência, para que assim se possa prevenir a disseminação desses determinantes. Foram incluídos neste estudo 230 amostras únicas de Acinetobacter e Pseudomonas aeruginosa resistentes a imipenem detectados em pacientes internados em hospitais privados da cidade de São Paulo durante o período de fevereiro a outubro de 2013. As amostras foram avaliadas quanto à hidrólise de imipenem por espectrofotometria, quanto à presença de genes de carbapenemases por PCR e sequenciamento, e quanto à clonalidade por eletroforese em campos pulsados (PFGE) ou ERIC-PCR. Foram realizados ensaios de conjugação, transformação e sequenciamento completo de plasmídeos. Dentre as amostras de Acinetobacter spp. 80% (88) foram capazes de hidrolisar o imipenem. Dentre esses 76,1% (67) foram positivos para blaOXA-51-like, 19,3% (17) foram positivos para blaOXA-72. blaOXA-23, blaOXA-482 e blaIMP-1 foram detectados isoladamente em isolados distintos. O gene blaIMP-1 foi detectado em A. ursingii inserido em integron de classe 1 e representa a primeira descrição no Brasil. Uma nova carbapenemase OXA-482-like foi detectada em A. baumanii. Utilizando-se ERIC-PCR, observou-se uma grande diversidade de grupos clonais, com o máximo de quatro isolados por grupo. Dentre as amostras de P. aeruginosa, apenas 35,3% foram capazes de hidrolisar o imipenem. Dessas amostras, 14 possuíam o gene blaSPM-1, e isolados únicos possuíam, individualmente, os genes blaIMP, blaVIM, blaKPC-2 ou blaGES-23. O gene blaKPC-2 foi detectado inserido em contexto genético diferente dos descritos anteriormente, em plasmídeo IncU de 32 Kb, mobilizável, mas não conjugativo. Esta é a primeira descrição da sequencia completa de plasmídeo albergando o gene blaKPC-2 em P. aeruginosa no Brasil. Nas demais amostras (20) com atividade hidrolítica, não foram detectados genes de carbapenemase conhecidos, o que sugere a presença de genes de carbapenemase ainda não descritos. Em três amostras foi possível obter transformantes com plasmídeos, resistentes a carbapenêmicos. As amostras com blaSPM-1 apresentaram perfis de PFGE estreitamente relacionados. Em contraste, os perfis de PFGE das amostras com potenciais novas carbapenemases apresentaram índice de similaridade de Dice inferior ix a 80%, evidenciando grande diversidade clonal. Nossos achados evidenciam que a carbapenemase não intrínseca predominante em Acinetobacterem hospitais privados da cidade de São Paulo é OXA-72, e em hospitais privados há uma grande diversidade clonal. Em P. aeruginosa, a carbapenemase predominante é SPM-1, cuja disseminação é mediada por um único clone. Há potencialmente um número significativo de novas carbapenemases em Acinetobacter e P. aeruginosa, algumas delas mediadas por plasmídeos. / Bacterial resistance to antibiotics is a serious and growing public health problem worldwide. The main and most efficient mechanism of resistance to &#946-lactams in Gram-negative bacilli is the production of &#946-lactamases, which have the ability to hydrolyze the &#946-lactam ring and consequently inactivate this class of antibiotics. It is worth mentioning that currently &#946-lactam antibiotics are the most used clinically, particularly in severe infections. Among the existing &#946-lactamases, carbapenemases are capable of inactivating most &#946-lactam antibiotics. A major concern is that these enzymes are mostly encoded by plasmids, which facilitates the spread of these resistance genes; therefore, it is of extreme importance to carry out a rapid and effective monitoring of the presence of pathogens bearing these resistance genes, in order to prevent the dissemination of these determinants. This study included 230 unique samples of imipenem-resistant Acinetobacterand Pseudomonas aeruginosa detected in patients hospitalized in private hospitals in the city of São Paulo during the period from February to October 2013. The samples were evaluated for the imipenem hydrolysis by spectrophotometry, the presence of carbapenemase genes by PCR and sequencing, and concerning clonality by pulsed field electrophoresis (PFGE) or ERIC-PCR. Conjugation, transformation and complete sequencing of plasmids were performed. Among Acinetobacter spp. samples, 80% (88) were able to hydrolyze imipenem. Among these, 76.1% (67) were positive for blaOXA-51-like genes and 19.3% (17) were positive for blaOXA-72. The blaOXA-23, blaOXA-482 and blaIMP-1 genes were detected alone in distinct isolates. The blaIMP-1 gene was detected in A. ursingii inserted in class 1 integron and represents the first description in Brazil. A novel OXA-482-like carbapenemase was detected in A. baumanii. Using ERIC-PCR, a great diversity of clonal groups was observed, with a maximum of four isolates per group. Among P. aeruginosa samples, only 35.3% were able to hydrolyze imipenem. Of these samples, 14 had the blaSPM-1 gene, and single isolates individually possessed the blaIMP, blaVIM, blaKPC-2 or blaGES-23 genes. The blaKPC-2 gene was found inserted in a genetic context different from those described previously, in a mobilizable, but not conjugative, 32 Kb IncU plasmid. This is the first description of the complete nucleotide sequence of a plasmid harboring the blaKPC-2 gene in P. aeruginosa in Brazil. In the remaining samples (20) with hydrolytic activity, no known carbapenemase genes were detected, suggesting the presence of carbapenemase genes not yet described. In three samples it was possible to obtain transformants with plasmids, resistant to carbapenems. Samples with blaSPM-1 showed closely related PFGE profiles. In contrast, the PFGE profiles of the samples with potential new carbapenemases showed Dice similarity index lower than 80%, evidencing a great clonal diversity. Our findings show that the predominant non-intrinsic carbapenemase in Acinetobacter in the city of São Paulo is OXA-72, and in private hospitals there is great clonal diversity. In P. aeruginosa, the predominant carbapenemase is SPM-1, the spread of this enzyme is mediated by a single clone. There are potentially a significant number of new carbapenemases in Acinetobacter and P. aeruginosa, some of them plasmid mediated.

Espécies do gênero Acinetobacter são patógenos oportunistas que têm sido associados a várias infecções relacionadas à assistência em saúde acometendo principalmente, pacientes hospitalizados em centros de tratamento intensivo. A. baumannii , Acinetobacter genoespécie 3 e Acinetobacter genoespécie 13TU constituem o complexo A. baumannii e são consideradas as espécies de maior importância clínica. O objetivo deste trabalho foi identificar em nível de espécie, avaliar o perfil de resistência e analisar a diversidade genética de 102 amostras de Acinetobacter spp. isoladas de hemoculturas de pacientes internados em quatro hospitais do estado do Rio de Janeiro. Após a utilização de duas técnicas moleculares, 87 (85,3%) amostras foram identificadas como A. baumannii, sete (6,9%) como A. genoespécie 3, duas (1,9%) A. genoespécie 13TU e seis (5,9%) não foram identificadas em nível de espécie. A maioria das amostras de A. baumannii apresentou caráter multirresistente mostrando percentuais de resistência acima de 70% para ceftazidima, cefotaxima e ciprofloxacina. A resistência aos carbapenêmicos variou de 59% a 91%. Foi encontrada uma grande variedade de antibiotipos entre as amostras de A. baumannii, sendo prevalente dois multirresistentes. Um deles, caracterizado pela sensibilidade apenas aos aminoglicosídeos, ocorreu em 20,7% das amostras e o outro observado em 14,9% das amostras , foi caracterizado pela resistência a todos os antimicrobianos testados. Através da PCR, foi observado que 77% das amostras de A. baumannii apresentaram produto de amplificação compatível com gene blaOXA-23-like e destas, 64 mostraram-se resistentes tanto a imipenem quanto a meropenem. Em contrapartida, todas as amostras de A. baumannii OXA-23 negativas mostraram-se sensíveis aos carbapenens. Em relação às amostras de A. genoespécie 3 e 13TU, foram observados baixos percentuais de resistência frente aos antimicrobianos testados e apenas uma amostra de Acinetobacter genoespécie 3 apresentou produto de amplificação compatível com gene blaOXA-23-like, sendo esta sensível aos carbapenens. Não foram detectados os genes blaOXA-40-like e blaOXA-58-like nas 102 amostras de Acinetobacter spp.. A análise do polimorfismo genético das amostras de A. baumannii por PFGE mostrou a presença de 35 clones distribuídos entre os hospitais. Um clone (designado A), presente em 32 amostras (36,9%), foi encontrado nos quatro hospitais, sendo prevalente em três. Em 93,8% das amostras do clone A foi detectado o gene blaOXA-23-like. A disseminação de um clone de A. baumannii multirresistente produtor de OXA-23 entre os hospitais estudados evidencia a importância de medidas de controle de infecções mais eficazes, visando minimizar a morbidade e a mortalidade causadas por este importante patógeno. Além disso, como outras espécies também podem estar associadas a infecções, destacamos a importância da identificação correta das amostras em nível de espécie, visando o conhecimento da patogenicidade, do perfil de resistência e dados epidemiológicos des outras espécies, principalmente as pertencentes ao complexo A. baumannii / Acinetobacter species are opportunistic pathogens that have been associated with wide variety infections related to health care affects mainly patients hospitalized in intensive care units. A. baumannii and its phenotypically related species (Acinetobacter genoespécie 3 and genoespécie 13TU), together forming the A.baumannii complex and are considered species of greatestclinical importance. The objective of this study was to identify at the species level, to know the resistance profile and analyze the genetic diversity of 102 samples of Acinetobacter spp. isolated from blood cultures of patients admitted to four hospitals in the state of Rio de Janeiro. After using two molecular techniques, 87 (85.3%) were identified as A. baumannii, seven (6.9%) as A. genoespécie 3, two (1.9%) A. genoespécie 13TU and six (5.9%) were not identified at the species level. The most specimens of A. baumannii presented multidrug resistance, showing resistance rates above 70% for ceftazidime, cefotaxime and ciprofloxacin. The carbapenem resistance ranged from 59% to 91%. There was a wide variety of antibiotype between samples of A. baumannii, with two prevalent multiresistant antibiotypes. One, characterized by sensitivity only to aminoglycosides occurred in 20.7% of the samples and the other (14.9% of the samples) characterized by resistance to all antimicrobials tested. By PCR, we observed that 77% of the samples of A. baumannii showed amplification product consistent with gene blaOXA-23-like and of these, 64 were resistant to both imipenem and meropenem. In contrast, all samples of A. baumannii OXA-23 negative were sensitive to carbapenems. In samples of A. genoespécie 3 and 13TU were observed low percentages of resistance against the tested antimicrobials and only a sample of Acinetobacter genoespécie 3 showed amplification product consistent with blaOXA-23-like, which was sensitive to carbapenens. The genes blaOXA-40-like and blaOXA-58-like were not detected in 102 samples of Acinetobacter spp.. Analysis of genetic polymorphism of the samples of A. baumannii by PFGE showed the presence of 35 clones distributed among the hospitals. A clone (designated A), present in 32 samples (36.9%) was found in four hospitals. In 93.8% of the samples inclued clone A were detected the gene blaOXA-23-like. The spread of a clone multidrug-resistant A. baumannii producing the OXA-23 enzyme in the four hospitals showed the importance of infections control measures more effective, in order to minimize morbidity and mortality caused by this important pathogen. Moreover, as other species may also can be associated with infections, we showed the importance of correct identification of the samples at the species level, for the knowledge of the pathogenicity.The resistance profile and epidemiological study of species of Acinetobacter other than A. baumannii, especially those belonging to the Complex A. baumannii

Espécies do gênero Acinetobacter são patógenos oportunistas que têm sido associados a várias infecções relacionadas à assistência em saúde acometendo principalmente, pacientes hospitalizados em centros de tratamento intensivo. A. baumannii , Acinetobacter genoespécie 3 e Acinetobacter genoespécie 13TU constituem o complexo A. baumannii e são consideradas as espécies de maior importância clínica. O objetivo deste trabalho foi identificar em nível de espécie, avaliar o perfil de resistência e analisar a diversidade genética de 102 amostras de Acinetobacter spp. isoladas de hemoculturas de pacientes internados em quatro hospitais do estado do Rio de Janeiro. Após a utilização de duas técnicas moleculares, 87 (85,3%) amostras foram identificadas como A. baumannii, sete (6,9%) como A. genoespécie 3, duas (1,9%) A. genoespécie 13TU e seis (5,9%) não foram identificadas em nível de espécie. A maioria das amostras de A. baumannii apresentou caráter multirresistente mostrando percentuais de resistência acima de 70% para ceftazidima, cefotaxima e ciprofloxacina. A resistência aos carbapenêmicos variou de 59% a 91%. Foi encontrada uma grande variedade de antibiotipos entre as amostras de A. baumannii, sendo prevalente dois multirresistentes. Um deles, caracterizado pela sensibilidade apenas aos aminoglicosídeos, ocorreu em 20,7% das amostras e o outro observado em 14,9% das amostras , foi caracterizado pela resistência a todos os antimicrobianos testados. Através da PCR, foi observado que 77% das amostras de A. baumannii apresentaram produto de amplificação compatível com gene blaOXA-23-like e destas, 64 mostraram-se resistentes tanto a imipenem quanto a meropenem. Em contrapartida, todas as amostras de A. baumannii OXA-23 negativas mostraram-se sensíveis aos carbapenens. Em relação às amostras de A. genoespécie 3 e 13TU, foram observados baixos percentuais de resistência frente aos antimicrobianos testados e apenas uma amostra de Acinetobacter genoespécie 3 apresentou produto de amplificação compatível com gene blaOXA-23-like, sendo esta sensível aos carbapenens. Não foram detectados os genes blaOXA-40-like e blaOXA-58-like nas 102 amostras de Acinetobacter spp.. A análise do polimorfismo genético das amostras de A. baumannii por PFGE mostrou a presença de 35 clones distribuídos entre os hospitais. Um clone (designado A), presente em 32 amostras (36,9%), foi encontrado nos quatro hospitais, sendo prevalente em três. Em 93,8% das amostras do clone A foi detectado o gene blaOXA-23-like. A disseminação de um clone de A. baumannii multirresistente produtor de OXA-23 entre os hospitais estudados evidencia a importância de medidas de controle de infecções mais eficazes, visando minimizar a morbidade e a mortalidade causadas por este importante patógeno. Além disso, como outras espécies também podem estar associadas a infecções, destacamos a importância da identificação correta das amostras em nível de espécie, visando o conhecimento da patogenicidade, do perfil de resistência e dados epidemiológicos des outras espécies, principalmente as pertencentes ao complexo A. baumannii / Acinetobacter species are opportunistic pathogens that have been associated with wide variety infections related to health care affects mainly patients hospitalized in intensive care units. A. baumannii and its phenotypically related species (Acinetobacter genoespécie 3 and genoespécie 13TU), together forming the A.baumannii complex and are considered species of greatestclinical importance. The objective of this study was to identify at the species level, to know the resistance profile and analyze the genetic diversity of 102 samples of Acinetobacter spp. isolated from blood cultures of patients admitted to four hospitals in the state of Rio de Janeiro. After using two molecular techniques, 87 (85.3%) were identified as A. baumannii, seven (6.9%) as A. genoespécie 3, two (1.9%) A. genoespécie 13TU and six (5.9%) were not identified at the species level. The most specimens of A. baumannii presented multidrug resistance, showing resistance rates above 70% for ceftazidime, cefotaxime and ciprofloxacin. The carbapenem resistance ranged from 59% to 91%. There was a wide variety of antibiotype between samples of A. baumannii, with two prevalent multiresistant antibiotypes. One, characterized by sensitivity only to aminoglycosides occurred in 20.7% of the samples and the other (14.9% of the samples) characterized by resistance to all antimicrobials tested. By PCR, we observed that 77% of the samples of A. baumannii showed amplification product consistent with gene blaOXA-23-like and of these, 64 were resistant to both imipenem and meropenem. In contrast, all samples of A. baumannii OXA-23 negative were sensitive to carbapenems. In samples of A. genoespécie 3 and 13TU were observed low percentages of resistance against the tested antimicrobials and only a sample of Acinetobacter genoespécie 3 showed amplification product consistent with blaOXA-23-like, which was sensitive to carbapenens. The genes blaOXA-40-like and blaOXA-58-like were not detected in 102 samples of Acinetobacter spp.. Analysis of genetic polymorphism of the samples of A. baumannii by PFGE showed the presence of 35 clones distributed among the hospitals. A clone (designated A), present in 32 samples (36.9%) was found in four hospitals. In 93.8% of the samples inclued clone A were detected the gene blaOXA-23-like. The spread of a clone multidrug-resistant A. baumannii producing the OXA-23 enzyme in the four hospitals showed the importance of infections control measures more effective, in order to minimize morbidity and mortality caused by this important pathogen. Moreover, as other species may also can be associated with infections, we showed the importance of correct identification of the samples at the species level, for the knowledge of the pathogenicity.The resistance profile and epidemiological study of species of Acinetobacter other than A. baumannii, especially those belonging to the Complex A. baumannii

Les Acinetobacter sont des bactéries opportunistes impliquées dans les infections nosocomiales.Le but de ce travail était d’étudier leur épidémiologie et écologie au Liban.Tout d’abord, nous avons analysé 119 souches d’A.baumannii isolées de plusieurs hôpitaux. 76.5 % étaient résistantes aux carbapénèmes et le gène OXA-23 était le plus fréquemment trouvé. Le typage par Multilocus sequence typing a montré que le clone international II était majoritairement détecté. L’électrophorèse en champ pulsé a révélé que 72.6% des souches appartenant au ST2 ont été classées dans un même cluster qui semble être prédominant à Beirut et Tripoli. Ensuite, les réservoirs extrahospitaliers ont été investigués sur 2361 prélèvements collectés au Liban. Au total, 171 souches ont été isolées dans l’environnement, les produits alimentaires ainsi que chez l’homme et les animaux. La majorité de ces souches, globalement sensibles aux antibiotiques, était des Acinetobacter non baumannii, Seuls 15 A.baumannii, de 14 STs différents dont 10 nouveaux ont été isolés. Enfin, nous avons conduit une étude taxonomique approfondie sur plusieurs souches d’Acinetobacter non identifiées au rang d’espèce et retrouvées dans notre étude. Nous avons ainsi caractérisé une nouvelle espèce, nommée « Acinetobacter lebanonensis ».Ce travail a montré que le Liban était un pays à forte endémie d’A.baumannii résistants aux carbapénèmes. Nous n’avons toutefois pas mis en évidence de lien entre les souches cliniques et extrahospitalières, les clones correspondants étant globalement différents. D’autres études sont nécessaires pour élucider l’origine des souches multi-résistantes émergeant dans les hôpitaux. / Acinetobacter spp are opportunistic bacteria widely involved in nosocomial infections. The aim of this work was to study the epidemiology and the ecology of these bacteria in Lebanon. First, we have analyzed 119 clinical strains of A.baumannii. 76.5% of them were resistant to carbapenems and the production of OXA-23 was the main mechanism. Multi-locus sequence typing revealed the predominance of international clone II. Pulsed field gel electrophoresis showed that 72.6% of strains belonging to ST2 were classified in the same cluster which appeared to be predominant in Beirut and Tripoli. On the other hands, Acinetobacter reservoirs were investigated on 2361 samples collected in Lebanon. A total number of 171 strains have been isolated in the environment, food, humans and animals. The majority of these strains was identified as non baumannii Acinetobacter and was susceptible to antibiotics. Besides, typing of A.baumannii revealed the presence of 14 STs including 10 new ones. Finally, we have described a novel species called “Acinetobacter lebanonensis” by conducting a taxonomic study on several strains isolated in Lebanon and other countries. Although the data may be limited, this work has shown the endemic situation of carbapenem resistant A.baumannii circulating in the Lebanese hospitals while the extra hospital ones were different. However, further studies are needed to elucidate the origin of these emerging multidrug resistant strains.

Acinetobacter baumannii, microorganisme responsable d'infections nosocomiales survenant le plus souvent par épidémies, pose un problème émergent de multi-résistance aux antibiotiques, notamment aux carbapénèmes. Cette résistance aux carbapénèmes est le plus souvent liée à l'acquisition et à l'expression de gènes codant pour des b-lactamases de classe D à activité de carbapénèmase (CHDLs). Le réservoir de ces gènes de résistance est inconnu.Nous avons montré que l'espèce bactérienne Acinetobacter radioresistens, espèce proche de A. baumannii, est le progéniteur du déterminant de résistance aux carbapénèmes le plus prévalent dans le monde chez A. baumannii : le gène blaOXA-23. Nous avons identifié l'espèce Acinetobacter lwoffii comme progéniteur d'un gène codant pour une nouvelle CHDL : OXA-134. Nous avons identifié les CHDLs naturelles des espèces Acinetobacter johnsonii, Acinetobacter calcoaceticus et Acinetobacter haemolyticus, dénommées respectivement OXA-211, OXA-213 et OXA-214. Nous avons ensuite étudié l'expression des gènes codant pour ces CHDLs naturelles en prenant l'exemple du gène naturel blaOXA-51/-66 de A. baumannii et nous avons démontré que ce gène était impliqué dans la réduction de sensibilité aux carbapénèmes chez A. baumannii, notamment lorsque la séquence d'insertion (IS) ISAba1 était présente en amont de ce gène. Nous avons ensuite identifié une nouvelle IS, ISAba9, à l'origine de la surexpression du gène blaOXA-51 naturel de A. baumannii. Enfin, nous avons identifié VIM-4, b-lactamase de classe B capable d'hydrolyser les carbapénèmes, dans une souche de Acinetobacter non-baumannii, Acinetobacter genomic species 16.

Os carbapenêmicos são os antimicrobianos mais amplamente utilizados no tratamento empírico de infecções graves por bacilos Gram-negativos. A pressão seletiva gerada pelo uso desses antimicrobianos ao longo das últimas três décadas contribuiu para a disseminação de enterobactérias e Gram-negativos não fermentadores produtores de carbapenemases, particularmente as do tipo KPC e NDM. Os genes que codificam essas enzimas usualmente estão localizados em plasmídeos e/ou transpósons. A hipótese atualmente mais aceita é que o gene blaNDM-1 seja uma quimera criada em Acinetobacter baumannii. A NDM-1 foi descrita em paciente proveniente da Índia e subsequentemente evidenciou-se sua ampla disseminação nesse país. A epidemiologia que tem sido observada nos casos detectados na Europa e Estados Unidos tem sido viagem à Índia, ou seja, sem casos autóctones. No Brasil, os primeiros casos foram identificados no Rio Grande do Sul, e a seguir no Rio de Janeiro e em São Paulo. Diferentemente dos casos da Europa e América do Norte, os casos do Brasil não tem relação epidemiológica com a Índia. O sequenciamento integral dos plasmídeos e cromossomos albergando o gene blaNDM permitirá entender como ocorre a disseminação desse mecanismo de resistência no Brasil. Para isso, foi avaliado o perfil de susceptibilidade dos isolados, bem como a capacidade conjugativa e clonalidade. Das vinte e oito amostras utilizadas neste trabalho, treze delas pertencem à espécie Enterobacter hormaechei, uma à espécie Citrobacter freundii, sete à espécie Escherichia coli, quatro à Klebsiella pneumoniae e três ao gênero Acinetobacter spp. Os primeiros isolados incluídos neste estudo (Escherichia coli e Enterobacter hormaechei produzindo NDM-1) foram isolados em agosto de 2013, de uma mesma amostra de swab retal de um paciente do Rio de Janeiro que nunca viajou para o exterior. O sequenciamento completo do DNA plasmidial utilizando a plataforma Illumina e a anotação de ambos os plasmídeos albergando o gene blaNDM-1 revelou que estes pertencem a grupos de incompatibilidade diferentes, IncFIIK (E. hormaechei) e IncX3 (E. coli), e abrigam um novo transpóson composto designado Tn3000. A comparação da sequência nucleotídica do Tn3000 com aquelas disponíveis no GenBank evidencia que a mesma estrutura está presente em plasmídeos de isolados da cidade de Porto Alegre e também em diferentes continentes. As espécies de Acinetobacter (A. radioresistens, A. ursingii e A. guillouiae) isoladas em São Paulo e Porto Alegre, possuem o gene blaNDM-1 albergados em um mesmo plasmídeo não tipável de 41.087 pb. A avaliação da clonalidade dos isolados de Enterobacter hormaechei \"subsp. oharae\" mostrou dois perfis diferentes através da técnica de PFGE, sendo que todos os microrganismos foram isolados de um surto no mesmo hospital no Rio de Janeiro. Isolados de Klebsiella pneumoniae de uma mesma paciente internada em hospital em Salvador, de sítios distintos - swab retal, hemocultura e urina, em ordem cronológica - obtiveram o mesmo perfil clonal pela técnica de PFGE. O mesmo ocorreu com três isolados de Escherichia coli, de um mesmo paciente do Rio de Janeiro, em amostras de swab retal. Os achados deste estudo evidenciam que no Brasil, Nepal, Marrocos e Índia há uma disseminação do gene blaNDM-1 mediada por um novo elemento móvel designado Tn3000 em enterobactérias. A detecção de um mesmo plasmídeo em diferentes espécies de Acinetobacter evidencia que neste gênero bacteriano, no Brasil, a disseminação do gene blaNDM-1 ocorre por conjugação. / Carbapenems are the antimicrobials most widely used in the empirical treatment of severe infections caused by Gram-negative bacilli. The selective pressure generated by the use of these antibiotics over the last three decades has contributed to the spread of enterobacteria and Gram-negative non-fermenting producing carbapenemases, mainly KPC and NDM. Genes encoding these enzymes are usually located in plasmids and/or transposons. Currently the most accepted hypothesis is that the blaNDM-1 gene is a chimera created in Acinetobacter baumannii. The NDM-1 was described in a patient from India and subsequently was reported to be broadly disseminate in this country. The epidemiology that has been observed in cases detected in Europe and United States is traveling to India, but no autochthonous cases. In Brazil, the first cases were identified in Rio Grande do Sul, and then in Rio de Janeiro and São Paulo. Differently from the cases described in Europe and North America, the cases from Brazil have no epidemiological link with India. The complete sequencing of plasmids and chromosomes harboring blaNDM gene will understanding how the dissemination of this resistance mechanism in Brazil occurs. In this work we will be evaluate the susceptibility profile of the isolates, and their conjugal capacity and clonality. Of the twenty-eight samples used in this study, thirteen of them belong to the species Enterobacter hormaechei, one to Citrobacter freundii, seven to Escherichia coli, four to Klebsiella pneumoniae and three to the genus Acinetobacter sp. The first two isolates included in this study (Escherichia coli and Enterobacter hormaechei) were isolated in August 2013, from the same rectal swab sample from a patient from Rio de Janeiro that never traveled abroad. Complete sequencing of plasmid DNA using Illumina platform and annotation of both plasmids harboring the blaNDM-1 gene revealed that they belong to different incompatibility groups, IncFIIK (E. hormaechei) and IncX3 (E. coli), and are harbor to a new transposon designated Tn3000. The comparison of the Tn3000 nucleotide sequence with those available at GenBank shows that the same structure is present in plasmids from other Porto Alegre and also in different continents. The Acinetobacter species (A. radioresistens, A. ursingii and A. guillouiae) isolated in São Paulo and Porto Alegre, have the blaNDM-1 gene harbored in a single non-typing plasmid of 41,087 bp. The evaluation of clonal relationship of Enterobacter hormaechei \"subsp. oharae\" showed two different profiles by PFGE technique; of note all microorganisms were isolated from an outbreak in the same hospital in Rio de Janeiro. Isolates of Klebsiella pneumoniae from a single patient hospitalized in Salvador, from different anatomical sites - rectal swab, blood culture and urine, in chronological order - obtained the same clonal profile by the PFGE technique. The same occurred with three Escherichia coli isolates, from the same patient from Rio de Janeiro, in swab rectal strains. Our findings suggest that in Brazil, Nepal, Morocco and India there is a spread of blaNDM-1 gene mediated by Tn3000 in enterobacteria. The detection of a same plasmid in different species of Acinetobacter shows that in this bacterial genus, in Brazil, the dissemination of the blaNDM-1 gene occurs by conjugation.

Os carbapenêmicos são os antimicrobianos mais amplamente utilizados no tratamento empírico de infecções graves por bacilos Gram-negativos. A pressão seletiva gerada pelo uso desses antimicrobianos ao longo das últimas três décadas contribuiu para a disseminação de enterobactérias e Gram-negativos não fermentadores produtores de carbapenemases, particularmente as do tipo KPC e NDM. Os genes que codificam essas enzimas usualmente estão localizados em plasmídeos e/ou transpósons. A hipótese atualmente mais aceita é que o gene blaNDM-1 seja uma quimera criada em Acinetobacter baumannii. A NDM-1 foi descrita em paciente proveniente da Índia e subsequentemente evidenciou-se sua ampla disseminação nesse país. A epidemiologia que tem sido observada nos casos detectados na Europa e Estados Unidos tem sido viagem à Índia, ou seja, sem casos autóctones. No Brasil, os primeiros casos foram identificados no Rio Grande do Sul, e a seguir no Rio de Janeiro e em São Paulo. Diferentemente dos casos da Europa e América do Norte, os casos do Brasil não tem relação epidemiológica com a Índia. O sequenciamento integral dos plasmídeos e cromossomos albergando o gene blaNDM permitirá entender como ocorre a disseminação desse mecanismo de resistência no Brasil. Para isso, foi avaliado o perfil de susceptibilidade dos isolados, bem como a capacidade conjugativa e clonalidade. Das vinte e oito amostras utilizadas neste trabalho, treze delas pertencem à espécie Enterobacter hormaechei, uma à espécie Citrobacter freundii, sete à espécie Escherichia coli, quatro à Klebsiella pneumoniae e três ao gênero Acinetobacter spp. Os primeiros isolados incluídos neste estudo (Escherichia coli e Enterobacter hormaechei produzindo NDM-1) foram isolados em agosto de 2013, de uma mesma amostra de swab retal de um paciente do Rio de Janeiro que nunca viajou para o exterior. O sequenciamento completo do DNA plasmidial utilizando a plataforma Illumina e a anotação de ambos os plasmídeos albergando o gene blaNDM-1 revelou que estes pertencem a grupos de incompatibilidade diferentes, IncFIIK (E. hormaechei) e IncX3 (E. coli), e abrigam um novo transpóson composto designado Tn3000. A comparação da sequência nucleotídica do Tn3000 com aquelas disponíveis no GenBank evidencia que a mesma estrutura está presente em plasmídeos de isolados da cidade de Porto Alegre e também em diferentes continentes. As espécies de Acinetobacter (A. radioresistens, A. ursingii e A. guillouiae) isoladas em São Paulo e Porto Alegre, possuem o gene blaNDM-1 albergados em um mesmo plasmídeo não tipável de 41.087 pb. A avaliação da clonalidade dos isolados de Enterobacter hormaechei \"subsp. oharae\" mostrou dois perfis diferentes através da técnica de PFGE, sendo que todos os microrganismos foram isolados de um surto no mesmo hospital no Rio de Janeiro. Isolados de Klebsiella pneumoniae de uma mesma paciente internada em hospital em Salvador, de sítios distintos - swab retal, hemocultura e urina, em ordem cronológica - obtiveram o mesmo perfil clonal pela técnica de PFGE. O mesmo ocorreu com três isolados de Escherichia coli, de um mesmo paciente do Rio de Janeiro, em amostras de swab retal. Os achados deste estudo evidenciam que no Brasil, Nepal, Marrocos e Índia há uma disseminação do gene blaNDM-1 mediada por um novo elemento móvel designado Tn3000 em enterobactérias. A detecção de um mesmo plasmídeo em diferentes espécies de Acinetobacter evidencia que neste gênero bacteriano, no Brasil, a disseminação do gene blaNDM-1 ocorre por conjugação. / Carbapenems are the antimicrobials most widely used in the empirical treatment of severe infections caused by Gram-negative bacilli. The selective pressure generated by the use of these antibiotics over the last three decades has contributed to the spread of enterobacteria and Gram-negative non-fermenting producing carbapenemases, mainly KPC and NDM. Genes encoding these enzymes are usually located in plasmids and/or transposons. Currently the most accepted hypothesis is that the blaNDM-1 gene is a chimera created in Acinetobacter baumannii. The NDM-1 was described in a patient from India and subsequently was reported to be broadly disseminate in this country. The epidemiology that has been observed in cases detected in Europe and United States is traveling to India, but no autochthonous cases. In Brazil, the first cases were identified in Rio Grande do Sul, and then in Rio de Janeiro and São Paulo. Differently from the cases described in Europe and North America, the cases from Brazil have no epidemiological link with India. The complete sequencing of plasmids and chromosomes harboring blaNDM gene will understanding how the dissemination of this resistance mechanism in Brazil occurs. In this work we will be evaluate the susceptibility profile of the isolates, and their conjugal capacity and clonality. Of the twenty-eight samples used in this study, thirteen of them belong to the species Enterobacter hormaechei, one to Citrobacter freundii, seven to Escherichia coli, four to Klebsiella pneumoniae and three to the genus Acinetobacter sp. The first two isolates included in this study (Escherichia coli and Enterobacter hormaechei) were isolated in August 2013, from the same rectal swab sample from a patient from Rio de Janeiro that never traveled abroad. Complete sequencing of plasmid DNA using Illumina platform and annotation of both plasmids harboring the blaNDM-1 gene revealed that they belong to different incompatibility groups, IncFIIK (E. hormaechei) and IncX3 (E. coli), and are harbor to a new transposon designated Tn3000. The comparison of the Tn3000 nucleotide sequence with those available at GenBank shows that the same structure is present in plasmids from other Porto Alegre and also in different continents. The Acinetobacter species (A. radioresistens, A. ursingii and A. guillouiae) isolated in São Paulo and Porto Alegre, have the blaNDM-1 gene harbored in a single non-typing plasmid of 41,087 bp. The evaluation of clonal relationship of Enterobacter hormaechei \"subsp. oharae\" showed two different profiles by PFGE technique; of note all microorganisms were isolated from an outbreak in the same hospital in Rio de Janeiro. Isolates of Klebsiella pneumoniae from a single patient hospitalized in Salvador, from different anatomical sites - rectal swab, blood culture and urine, in chronological order - obtained the same clonal profile by the PFGE technique. The same occurred with three Escherichia coli isolates, from the same patient from Rio de Janeiro, in swab rectal strains. Our findings suggest that in Brazil, Nepal, Morocco and India there is a spread of blaNDM-1 gene mediated by Tn3000 in enterobacteria. The detection of a same plasmid in different species of Acinetobacter shows that in this bacterial genus, in Brazil, the dissemination of the blaNDM-1 gene occurs by conjugation.