Cette thèse propose une méthodologie permettant d’analyser les mécanismes d’innovation au sein du secteur des services ainsi que leurs implications en matière de développement territorial. Cette méthodologie se présente en trois temps. Dans un premier temps, une analyse des processus d’innovation au sein du secteur des services est élaborée afin de mieux comprendre le fonctionnement des modes d’innovation et les logiques de localisation au sein de ce secteur. Dans un second temps, une étude économétrique comparative des déterminants de l’innovation dans les services et l’industrie est réalisée à partir d’une enquête communautaire sur l’innovation (CIS2008). Cette étude permet de mieux appréhender, d’une part, les facteurs à l’origine de l’innovation dans le secteur des services et, d’autre part, les principales divergences en matière d’innovation entre les services et l’industrie. Dans un troisième temps, une étude descriptive et économétrique des déterminants de l’innovation dans les services est effectuée à l’échelle de 31 agglomérations françaises. Cette étude permet de confronter sur données localisées l’impact des déterminants de l’innovation selon les types d’innovations développées (technologique et non technologique).Au final, ce travail, initialement entrepris sur la base d’une analyse globale des activités de services, s’est progressivement centré sur les Services à Forte Intensité de Connaissances (informatiques, R&D, architecture, publicité, etc.) au vue de leur poids économique (en termes d’emploi et de valeur ajoutée) et de leur pertinence en matière d’innovation. / This thesis proposes a methodology to analyze the mechanisms of innovation in the service sector and their implications for regional development. This methodology is presented in three stages. As a first step, an analysis of the innovation process in the service sector is performed to better understand the functioning of innovation patterns and location choices within the sector. In a second step, a comparative econometric study of the determinants of innovation in services and industry conducted on the basis of Community Innovation Survey (CIS2008) data. This study provides insight on the one hand, the factors driving innovation in the service sector and, secondly, the main differences in innovation between services and industry. In a third step, a descriptive and econometric analysis of the determinants of innovation in services is performed for 31 French cities. This study allows to compare the impact of the determinants of different types of innovation (technological and non-technological) on the basis of local data.Finally, this work was originally undertaken on the basis of a comprehensive analysis of service activities, gradually focusing on Knowledge Intensive Service (IT, R & D, advertising, etc.) In view of their economic impact (in terms of employment and value added) and their relevance for innovation.