Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2016. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2016-07-06T15:09:57Z No. of bitstreams: 1 2016_HarumyAndradeSakata.pdf: 1892272 bytes, checksum: d8e7810d05f175b514efc942f1ba9f33 (MD5) / Approved for entry into archive by Marília Freitas(marilia@bce.unb.br) on 2016-07-30T12:29:34Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_HarumyAndradeSakata.pdf: 1892272 bytes, checksum: d8e7810d05f175b514efc942f1ba9f33 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-30T12:29:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_HarumyAndradeSakata.pdf: 1892272 bytes, checksum: d8e7810d05f175b514efc942f1ba9f33 (MD5) / A deficiência auditiva é a dificuldade em perceber e ou interpretar o som e afeta 5 a cada 100 pessoas ao redor do mundo e pode ser causada por fatores ambientais ou genéticos. A perda auditiva de origem genética pode ser classificada de diversas maneiras, dentre elas como sindrômica, visto que apresenta outras características além da surdez. A deficiência auditiva sindrômica frequentemente apresenta quadros complexos e de difícil diagnóstico com base em observações clínicas. Muitas das mais de 400 síndromes descritas não possuem causa genética bem estabelecida e o diagnóstico molecular está frequentemente atrelado a uma suspeita diagnóstica clínica. Sabe-se que a presença de variações no número de cópias (CNVs), microduplicações ou microdeleções, está associada a várias síndromes. Diante do exposto, o objetivo principal desse trabalho foi investigar a ocorrência de microarranjos que possam auxiliar o entendimento da etiologia dos quadros clínicos investigados, de forma a contribuir com a compreensão da biologia da doença. Para isso, foram selecionados 16 indivíduos atendidos pelo serviço de genética clínica do Hospital Universitário de Brasília (HUB) com quadro de perda auditiva sindrômica e sem diagnóstico definido. Os materiais genéticos desses pacientes passaram por análise cromossômica por microarray (CMA). Em cinco casos (31,25%) foram observadas variações raras que potencialmente podem explicar os quadros apresentados, sendo um caso de perda de heterozigose e as demais CNVs. Em três desses casos, observou-se quatro alterações provavelmente patogênicas, uma duplicação em 1p36.32 e três deleções em 2q13, 10q11.22 e 10q26.2, que incluem genes relacionados ao desenvolvimento craniofacial, como o FOXI2, PRDM16, TMEM87B e FBLN7. As demais variações raras observadas indicaram genes já previamente associadas aos quadros dos pacientes, como o ESRRB e RHOA. Esses resultados mostram que a investigação genética da deficiência auditiva sindrômica por técnicas de microrearranjos é efetiva, principalmente quando a anamnese clínica é inconclusiva para alguma síndrome, ou para tentar estabelecer um efeito genético causal à doença. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Hearing loss is the difficulty in understanding and or interpret sound and affecting 5 in every 100 people around the world and may be caused by environmental or genetic factors. Hearing loss of genetic origin may be classified in various ways, among them as syndromic, since it presents other characteristics beyond deafness. The syndromic hearing loss often presents complex cases and a difficult diagnose based on clinical observations. Many from more than 400 syndromes described do not have well-established genetic causes and molecular diagnosis is often linked to a clinical diagnostic purpose. It is known that the presence of copy number variations (CNVs), microduplications ou microdeletions, is associated with several syndromes. Based on what was exposed, the main aim of this study was to investigate the microarrays occurrence that may help the understanding of the etiology of cases investigated in order to contribute to the knowledge of biology disease. Thus, we selected 16 patients treated by the clinical genetics service of the Hospital Universitário de Brasilia (HUB) with syndromic hearing loss and without a defined diagnosis. The Genetical materials of these patients were tested by chromosomal microarray analysis. In 31.25% of cases, it was observed rare variations that could potentially explain the presented cases, being one case of loss of heterozygosity, and others by CNVs. In three of these cases, we observed probably four pathogenic changes, a duplication in 1p36.32 and three deletions in 10q11.22, 10q26.2 and 2q13, which include mainly genes related to craniofacial development, such as FOXI2, PRDM16, and TMEM87B FBLN7. Other rare variations observed indicated genes previously associated with patients features, such as ESRRB and RHOA. These results show that genetic research of syndromic hearing loss by microarrays techniques is effective, especially when the clinical anamnse is inconclusive for any syndrome, or to try to establish a genetic effect that can cause the disease.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde, 2015. / Submitted by Ana Cristina Barbosa da Silva (annabds@hotmail.com) on 2015-04-10T16:32:01Z No. of bitstreams: 1 2015_RosanaSilvaFaria.pdf: 1986184 bytes, checksum: 241118376c7859d1c3525aadfc4247a4 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2015-04-17T18:54:22Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_RosanaSilvaFaria.pdf: 1986184 bytes, checksum: 241118376c7859d1c3525aadfc4247a4 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-17T18:54:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_RosanaSilvaFaria.pdf: 1986184 bytes, checksum: 241118376c7859d1c3525aadfc4247a4 (MD5) / Os cromossomos marcadores são definidos como cromossomos estruturalmente anormais, extranuméricos e formados por reordenamentos complexos. Os fenótipos associados a um cromossomo marcador são muito variados, sendo os mais comuns deficiência intelectual, malformações e infertilidade. A variabilidade fenotípica pode ser explicada por diversos fatores, como diferentes graus de mosaicismo, conteúdo gênico da região adicional, cromossomo de origem e possibilidade de dissomia uniparental. O surgimento de novas técnicas para a investigação dos pontos de quebra tem permitido identificar os mecanismos envolvidos na formação dos rearranjos e correlacionar os rearranjos cromossômicos com as manifestações clínicas, sendo úteis para o diagnóstico, provendo informações relevantes para o prognóstico e contribuindo para a identificação de regiões candidatas. O objetivo deste estudo foi caracterizar cromossomos marcadores quanto à sua origem e conteúdo gênico por meio da análise cromossômica por microarray. Foram analisados nove pacientes que apresentaram cromossomos marcadores identificados pelo cariótipo com bandamento G e depois analisados por microarray. Em sete pacientes a análise por microarray permitiu a identificação do rearranjo: inv dup 15 (2 casos), tetrassomia 18p (2 casos), trissomia 9p, trissomia 21q, microduplicação 22q e perda de heterozigose na região pericentromérica do cromossomo 9. Dois pacientes não apresentaram alterações na análise cromossômica por microarray e, portanto o cromossomo marcador deve ser constituído apenas de heterocromatina. A análise por microarray permitiu a identificação do marcador em 78% dos casos além de ter permitido visualizar o rearranjo detalhadamente, revelando detalhes de sua complexidade que não seriam identificados por outras metodologias. / Marker chromosomes are defined as being structurally abnormal, extranumerical and formed by complex rearrangements. There are several phenotypes associated with a marker chromosome. The most common ones are: intellectual disability, malformations, and human infertility. The phenotypic variability may be explained through several factors such as different degrees of mosaicism, gene content of the additional region, chromosomal origin and possibility of uniparental disomy. The development of new techniques for the investigation of breakpoint regions has enabled the identification of mechanisms involved in the formation of rearrangements, and correlation of chromosomal rearrangements to clinical manifestations, hence coming in handy for diagnosis, supplying relevant data for prognosis, and contributing to identifying candidate regions. This study aimed at characterizing the origin and gene content of marker chromosomes through chromosomal analysis with the use of microarray. A total of nine patients were analysed, all presenting marker chromosomes based on G-banding analysis, and latter microarray analysis. To seven, the microarray analyses allowed determination of the rearrangement: inv dup 15 (2 cases), tetrasomy 18p (2 cases), trisomy 9p, trisomy 21q, microduplication 22p and loss of heterozygosity in the pericentromeric region of chromosome 9. Two patients did not present alterations in chromosomal analysis by microarray, which meant that the marker chromosome probably originated from heterochromatin. Chromosome microarray analysis allowed the identification of the rearrangement in 78% of the cases allowing a detailed visualization of the rearrangement and revealing details of its complexity that would not be identified by other methods.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Programa de Pós-Graduação em Ciências Médicas, 2018. / Submitted by Fabiana Santos (fabianacamargo@bce.unb.br) on 2018-10-02T21:33:20Z No. of bitstreams: 1 2018_MiltonRegodePaulaJunior.pdf: 8442618 bytes, checksum: 6b582db99e5fe3171d556dff5616c008 (MD5) / Approved for entry into archive by Fabiana Santos (fabianacamargo@bce.unb.br) on 2018-10-09T18:34:49Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2018_MiltonRegodePaulaJunior.pdf: 8442618 bytes, checksum: 6b582db99e5fe3171d556dff5616c008 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-10-09T18:34:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2018_MiltonRegodePaulaJunior.pdf: 8442618 bytes, checksum: 6b582db99e5fe3171d556dff5616c008 (MD5) Previous issue date: 2018-10-09 / A Mielofibrose (MF), conhecida também como Metaplasia Mielóide Agnogênica ou Mielofibrose Crônica Idiopática, é a menos frequente das neoplasias mieloproliferativas, sendo uma doença clonal ocasionada pela transformação neoplásica de célula hematopoiética pluripotente acompanhada de alterações reacionais intensas do estroma medular com fibrose colagênica, osteoesclrose e angiogênese. A MF é caracterizada por citopenias e/ou leucocitose, leucoeritroblastose, fibrose progressiva da medula óssea e hematopoiese extramedular com esplenomegalia. A patogênese molecular ainda é desconhecida e envolve várias alterações citogenéticas. O principal objetivo deste estudo foi investigar a presença de rearranjos cromossômicos em pacientes com MF. A análise cromossômica por microarranjos (CMA) permitiu ampliar o alcance e a sensibilidade na detecção de deleções e duplicações submicroscópicas para a compreensão de seus papéis que podem influenciar o diagnósitico, prognóstiico e evolução da MF e tem revelado alterações associadas à MF. Foram selecionados 16 pacientes, sendo 13 com mielofibrose primária e 3 pacientes com MF pós TE (MF pós trombocitemia Essencial). Em todos eles foi realizada uma investigação de alterações cromossômicas submicroscópicas por meio da CMA utilizando a plataforma Affymetrix CytoScan™750k (Affymetrix, EUA) e CytoScan HD. A citogenética convencional revelou anormalidades cromossômicas em 3 dos 16 casos (18,75%), enquanto que a análise de microarranjos cromossômicos detectou variações no número de cópias (CNV) ou segmentos de perda de heterozigose (LOH) em 10 de 16 (62,5%) pacientes. Estes incluíram 48 LOHs, 14 deleções, uma trissomia e uma duplicação. Dez pacientes apresentaram anormalidades cromossômicas múltiplas, variando de duas a treze CNVs ou LOHs. As alterações incluíam um total de 6196 genes, sendo 69 já associados com cânceres e 17 descritos em neoplasias hematológicas. Considerando que a maioria das CNV identificadas foram menores do que a resolução do cariotipo e a alta freqüência de LOHs em nosso estudo, propomos que as plataformas de microarranjo cromossômico que combinem oligos e polimorfismo de único nucleotídeo (SNP) devem ser investigadas como um teste genético de primeira linha para auxiliar o diagnóstico em pacientes com mielofibrose. / Myelofibrosis (PM), also known as Agnogenic Myeloid Metaplasia or Idiopathic Chronic Myelofibrosis, is the least frequent of myeloproliferative neoplasms. It is characterized by a clonal disease caused by the neoplastic transformation of pluripotent hematopoietic cells accompanied by intense reactional alterations of the medullary stroma with collagen fibrosis, osteosclerosis and angiogenesis. It is characterized by cytopenias and / or leukocytosis, leukoeritroblastosis, progressive fibrosis of the bone marrow and extramedullary hematopoiesis with splenomegaly. Molecular pathogenesis is still unknown and involves several cytogenetic changes. The main goal of this study was to investigate the presence of chromosomal rearrangements in patients with MF Chromosome Microarray Analysis (CMA) has allowed increasing the sensitivity in the detection of submicroscopic deletions and duplications and the understanding of their roles in the pathogenic processes and has revealed alterations associated with MF. Sixteen patients were selected, 13 of whom had primary myelofibrosis and 3 patients with myelofibrosis pos- ET. In all of them, an investigation of submicroscopic chromosomal alterations was performed using the Affymetrix CytoScan ™ 750k (Affymetrix, USA) and CytoScan HD platform. Conventional cytogenetics revealed chromosomal abnormalities in 3 of the 16 cases (18.7%), whereas the analysis of chromosomal microarrays detected variations in number of copies (CNV) or loss of heterozygosity change (LOH) in 10 of 16 (66,5%) patients. These included 48 LOHs, 14 deletions, one trisomy and one duplication. Ten patients had multiple chromosomal abnormalities, ranging from two to thirteen CNVs or LOHs. The alterations encompassed a total of 6196 genes, 69 asociated to cancers and 17 described in hematological malignancies. Considering that most of the CNVs identified were smaller than the resolution of the karyotype and the high frequency of LOHs in our study, we propose that chromosomal microarray platforms that combine oligos and single nucleotide polymorphism (SNP) should be used as a genetic test of the first line to aid the diagnosis in patients with myelofibrosis.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-07-08T12:15:45Z No. of bitstreams: 1 2016_RafaeladeCesareParmezanToledo.pdf: 1710484 bytes, checksum: 869534a64f9c6a097c94e96d4b719ca9 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-08-03T18:05:51Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_RafaeladeCesareParmezanToledo.pdf: 1710484 bytes, checksum: 869534a64f9c6a097c94e96d4b719ca9 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-03T18:05:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_RafaeladeCesareParmezanToledo.pdf: 1710484 bytes, checksum: 869534a64f9c6a097c94e96d4b719ca9 (MD5) / O câncer é uma doença de herança complexa, com taxa de letalidade variável em decorrência do tipo. De modo geral, a incidência tem aumentado insistentemente ao longo das últimas décadas. Há um grande interesse da comunidade médica em formas eficientes de prevenção e diagnóstico. Neste trabalho buscou-se entender se há conexão entre dois fenótipos de determinação complexa: hipodontia e câncer. A odontogênese humana é resultado da expressão coordenada de mais de 300 genes, dentre os quais genes cujos produtos participam de vias metabólicas envolvidas em vários módulos biológicos. Diante de descrições na literatura de ocorrências de câncer e agenesia dentária, hipotetizou-se a possibilidade de haver associação entre agenesia dentária e marcadores genéticos descritos como associados a câncer de ovário - rs1516982, rs10088218, rs10098821 e rs7576183- e desses mesmos marcadores com outros tipos de câncer. Foi conduzido um estudo de associação onde definiu-se como caso-controle i. mulheres com hipodontia e sem hipodontia e ii. mulheres com e sem histórico familiar de câncer. As frequências alélicas dos marcadores genéticos nessa população assemelha-se a de outras populações mundiais, cujos dados foram acessados a partir do banco de dados do 1000 Genomes Project avaliados. As amostras dos grupos caso e controle são pertencentes à mesma grande população e não apresenta diferenças de frequências alélicas nem genotípicas. A análise de Odds Ratio mostrou não haver associação entre hipodontia e esses marcadores em uma amostra de 33 casos e 70 controles da população brasileira. Quanto a busca de associação entre os citados marcadores e câncer em geral, foi obtido um resultado limítrofe para o genótipo AA do marcador rs7576183 (OR=6,299, p=0,007 e IC=1,431 – 38,972). Esse resultado sugere que esse marcador genético possa também estar associado com outros tipos de cânceres, além do de ovário. Além da relação de marcadores bialélicos ao fenótipos complexo de câncer, a literatura também relata a associação de marcadores multialélicos do tipo variação no número de cópias (CNV) a vários fenótipos complexos, entre eles vários tipos de cânceres. Foi também realizada a análise cromossômica de microaaranjos (CMA) na procura de CNVs no genoma de quatro pacientes com hipodontia e agenesia dentária familiar. Duas pacientes apresentaram resultados normais, enquanto duas pacientes, ambas afetadas por câncer, apresentaram resultados similares de duplicação na banda 10q11.22, a qual foi considerada possivelmente patogênica. Uma área de 1,2 Mb de coincidência entre os achados citogenéticos foi determinada, que também se apresentou coincidente a um mapa genômico de agenesia dentária em população chinesa. Apesar dos fenótipos não serem possíveis de uma comparação detalhada por falta de descrição das pacientes na literatura, foi sugerido que o 1,2Mb na região 10q11.22 contém gene que participa da expressão do fenótipo de agenesia dentária. Além disso, dentre a lista de genes da área congruente, destacou-se o gene LINC00842 como possivelmente participante da determinação fenotípica de hipodontia e câncer. Como conclusão do trabalho sugere-se que a estratégia de análise de CMA seja mais eficiente e viável para entendimento de fenótipos complexos que a análise caso-controle. _______________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Cancer is a complex inheritance disorder, with a variable death rate according to different types of the disease. In a general way, death rates has been increasing worldwide for the past few decades, therefore there is a great interest in medical field for more effective ways of prevention and diagnostics, which is key to fight this disease. We aimed to verify if there is a connection between two conditions of complex inheritance: dental agenesis and cancer. Human odontogenesis results from the coordinated expression of more than 300 genes, among which many are involved in considerable number of metabolic pathways important to several biological modules. The co-occurrence of dental agenesis and cancer was described previously in literature, suggesting a connection between hypodontia and epithelial ovarian cancer (EOC). Hence we hypothesized the possibility of existing association between previously EOC related markers – rs1516982, rs10088218, rs10098821 and rs7576183 – and hypodontia. A case-control study was conducted with i. women diagnosed with and without hypodontia and ii. women with and without cancer family history. The allelic frequencies found are similar to those described in other populations, accessed at 1000 Genomes Project. We have observed that samples from case and control groups belong to a single population, this way they don´t show neither allelic, nor genotypic difference in frequency. Odds Ration analysis showed no association between hypodontia and these genetic markers in a sample made of Brazilian women – 33 cases and 70 controls. We obtained a borderline result for AA genotype from rs7576183 and cancer family history (OR=6.299, p=0.007 e CI=1.431 – 38.972). This result suggests that rs7576183 may be associated with other types of cancers, beyond EOC. In addition to biallelic markers associated with complex phenotypes like cancer, literature also indicates that copy number variation (CNV) multiallelic markers could be related to several types of cancer. We performed chromosome analysis microarray to evaluate CNVs in four patients with hypodontia and family history of hypodontia. Two patients presented non-pathogenic results, while two patients presented the same possibly pathogenic duplication at 10q11.22 and both affected by cancer. We identified a 1,2 Mb coincidental area between the patients, which is also overlaps with genomic map of non-syndromic tooth agenesis in a Chinese population. Even though is not possible to compare the phenotypes in detail, we suggest that the gene involved in dental agenesis is located in the 1,2 Mb at 10q11.22 region. Furthermore, among the genes listed in the coincidental area LINC00842 is likely to take part in the phenotypic expression of dental agenesis and cancer. In conclusion, we believe that CMA analysis is more effective for understanding phenotype x genotype relationship than case-control strategies.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, Programa de Pós-graduação em Ciências da Saúde, 2014. / Submitted by Ruthléa Nascimento (ruthleanascimento@bce.unb.br) on 2014-05-20T13:13:42Z No. of bitstreams: 1 2014_PollyannaAlmeidaCostadosSantos.pdf: 3822000 bytes, checksum: bf7c29f498ed44424aa1ba40647463b4 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2014-05-26T11:49:01Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_PollyannaAlmeidaCostadosSantos.pdf: 3822000 bytes, checksum: bf7c29f498ed44424aa1ba40647463b4 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-05-26T11:49:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_PollyannaAlmeidaCostadosSantos.pdf: 3822000 bytes, checksum: bf7c29f498ed44424aa1ba40647463b4 (MD5) / O espectro óculo-aurículo-vertebral (OAVS) caracteriza-se por malformações congênitas envolvendo o primeiro e segundo arcos branquiais, de origem genética, ambiental ou uma associação de ambas, que ocorrem durante a sétima semana de gestação. Os pacientes podem apresentar dermóides epibulbares ou lipodermóides, apêndices pré-auriculares, anotia ou microtia, assimetria mandibular e anormalidades nas vértebras cervicais. O objetivo deste estudo foi identificar genes ou regiões cromossômicas relacionadas a OAVS utilizando as técnicas de MLPA e análise cromossômica por microarray. Foram estudados 27 casos, sendo 20 isolados e sete familiais. Foram testados dez pacientes por MLPA, utilizando sondas para os genes GSC, PPM1A, WNT5B, NKD2, OTX2, DAAM, SIX1, SIX6, GSC2, MAPK1 e BAPX1, sendo que todos apresentaram resultados normais. Pela análise cromossômica por microarray, foram testados 26 pacientes. Dentre eles, 14 (53,8%) não apresentaram anormalidades além daquelas já descritas como CNVs polimórficas. Os outros 12 pacientes apresentaram rearranjos cromossômicos diversos: del22q11.2, del12q24.21, LOH 3p26.3-14.3, del2p25.3 e dup2p25.3, dup4q21.1, dup20p12.3-12.2, dup1q31.1 e dup10q23.31, dup11p15.5, LOH 12q15-q22, dup12p12.1, dup6q21. Dentre os microrrearranjos encontrados, três foram de novo, um de herança materna e um de herança paterna. Nos outros sete pacientes a origem do rearranjo ainda não foi determinada. As alterações cromossômicas identificadas são não recorrentes reforçando a heterogeneidade da síndrome. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The oculo-auriculo-vertebral spectrum (OAVS), is characterized by malformations involving the first and second branchial arches, and can be genetic and/or caused by environmental effects that occur during the seventh week of pregnancy. Patients may present epibulbar or lipodermoids, preauricular tags, anotia or microtia, mandibular asymmetry and abnormalities of cervical vertebrae. The aim of this study was to identify genes or chromosomal regions related to OAVS using MLPA and chromosome microarray analysis. Twenty-seven cases were studied, being 20 sporadic and seven familial. Ten patients were tested by MLPA, using probes for GSC, PPM1A, WNT5B, NKD2, OTX2, DAAM, SIX1, SIX6, GSC2, MAPK1 and BAPX1 genes, and all presented normal results. Twenty-six patients were tested by chromosome microarray analysis. Among these, 14 (53.8 %) had no chromosomal abnormalities other than already described polymorphic CNVs. The other 12 patients showed various chromosome rearrangements: del22q11.2, del12q24.21, LOH 3p26.3-14.3, del2p25.3 and dup2p25.3, dup4q21.1, dup20p12.3-12.2, dup1q31.1 and dup10q23.31, dup11p15.5, LOH 12q15-q22, dup12p12.1, dup6q21. Between these rearrangements, , three were de novo, one maternally inherited and one paternally inherited. In the other seven patients the origin of the rearrangements have not been determined yet. The chromosome abnormalities identified are non-recurrent, reinforcing the heterogeneity of the syndrome.