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Análise cromossômica por microarranjo em pacientes com mielofibrose

Paula Junior, Milton Rego de 09 May 2018 (has links)
Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Programa de Pós-Graduação em Ciências Médicas, 2018. / Submitted by Fabiana Santos (fabianacamargo@bce.unb.br) on 2018-10-02T21:33:20Z No. of bitstreams: 1 2018_MiltonRegodePaulaJunior.pdf: 8442618 bytes, checksum: 6b582db99e5fe3171d556dff5616c008 (MD5) / Approved for entry into archive by Fabiana Santos (fabianacamargo@bce.unb.br) on 2018-10-09T18:34:49Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2018_MiltonRegodePaulaJunior.pdf: 8442618 bytes, checksum: 6b582db99e5fe3171d556dff5616c008 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-10-09T18:34:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2018_MiltonRegodePaulaJunior.pdf: 8442618 bytes, checksum: 6b582db99e5fe3171d556dff5616c008 (MD5) Previous issue date: 2018-10-09 / A Mielofibrose (MF), conhecida também como Metaplasia Mielóide Agnogênica ou Mielofibrose Crônica Idiopática, é a menos frequente das neoplasias mieloproliferativas, sendo uma doença clonal ocasionada pela transformação neoplásica de célula hematopoiética pluripotente acompanhada de alterações reacionais intensas do estroma medular com fibrose colagênica, osteoesclrose e angiogênese. A MF é caracterizada por citopenias e/ou leucocitose, leucoeritroblastose, fibrose progressiva da medula óssea e hematopoiese extramedular com esplenomegalia. A patogênese molecular ainda é desconhecida e envolve várias alterações citogenéticas. O principal objetivo deste estudo foi investigar a presença de rearranjos cromossômicos em pacientes com MF. A análise cromossômica por microarranjos (CMA) permitiu ampliar o alcance e a sensibilidade na detecção de deleções e duplicações submicroscópicas para a compreensão de seus papéis que podem influenciar o diagnósitico, prognóstiico e evolução da MF e tem revelado alterações associadas à MF. Foram selecionados 16 pacientes, sendo 13 com mielofibrose primária e 3 pacientes com MF pós TE (MF pós trombocitemia Essencial). Em todos eles foi realizada uma investigação de alterações cromossômicas submicroscópicas por meio da CMA utilizando a plataforma Affymetrix CytoScan™750k (Affymetrix, EUA) e CytoScan HD. A citogenética convencional revelou anormalidades cromossômicas em 3 dos 16 casos (18,75%), enquanto que a análise de microarranjos cromossômicos detectou variações no número de cópias (CNV) ou segmentos de perda de heterozigose (LOH) em 10 de 16 (62,5%) pacientes. Estes incluíram 48 LOHs, 14 deleções, uma trissomia e uma duplicação. Dez pacientes apresentaram anormalidades cromossômicas múltiplas, variando de duas a treze CNVs ou LOHs. As alterações incluíam um total de 6196 genes, sendo 69 já associados com cânceres e 17 descritos em neoplasias hematológicas. Considerando que a maioria das CNV identificadas foram menores do que a resolução do cariotipo e a alta freqüência de LOHs em nosso estudo, propomos que as plataformas de microarranjo cromossômico que combinem oligos e polimorfismo de único nucleotídeo (SNP) devem ser investigadas como um teste genético de primeira linha para auxiliar o diagnóstico em pacientes com mielofibrose. / Myelofibrosis (PM), also known as Agnogenic Myeloid Metaplasia or Idiopathic Chronic Myelofibrosis, is the least frequent of myeloproliferative neoplasms. It is characterized by a clonal disease caused by the neoplastic transformation of pluripotent hematopoietic cells accompanied by intense reactional alterations of the medullary stroma with collagen fibrosis, osteosclerosis and angiogenesis. It is characterized by cytopenias and / or leukocytosis, leukoeritroblastosis, progressive fibrosis of the bone marrow and extramedullary hematopoiesis with splenomegaly. Molecular pathogenesis is still unknown and involves several cytogenetic changes. The main goal of this study was to investigate the presence of chromosomal rearrangements in patients with MF Chromosome Microarray Analysis (CMA) has allowed increasing the sensitivity in the detection of submicroscopic deletions and duplications and the understanding of their roles in the pathogenic processes and has revealed alterations associated with MF. Sixteen patients were selected, 13 of whom had primary myelofibrosis and 3 patients with myelofibrosis pos- ET. In all of them, an investigation of submicroscopic chromosomal alterations was performed using the Affymetrix CytoScan ™ 750k (Affymetrix, USA) and CytoScan HD platform. Conventional cytogenetics revealed chromosomal abnormalities in 3 of the 16 cases (18.7%), whereas the analysis of chromosomal microarrays detected variations in number of copies (CNV) or loss of heterozygosity change (LOH) in 10 of 16 (66,5%) patients. These included 48 LOHs, 14 deletions, one trisomy and one duplication. Ten patients had multiple chromosomal abnormalities, ranging from two to thirteen CNVs or LOHs. The alterations encompassed a total of 6196 genes, 69 asociated to cancers and 17 described in hematological malignancies. Considering that most of the CNVs identified were smaller than the resolution of the karyotype and the high frequency of LOHs in our study, we propose that chromosomal microarray platforms that combine oligos and single nucleotide polymorphism (SNP) should be used as a genetic test of the first line to aid the diagnosis in patients with myelofibrosis.
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Avaliação do desempenho na pré e pós-desmama para diferentes grupos genéticos em uma população multirracial Aberdeen Angus-Nelore. / Evaluation of the performance in the daily pay and after weans for different genetic groups in a multiracial population Aberdeen Angus-Nelore.

Kippert, Carlos Junior 23 February 2006 (has links)
The objective of this study was to evaluate the breed additive genetic and heterozygotic effects, direct and maternal, on the weight and the average daily gain for a multibreed population Aberdeen Angus-Nellore. They were studied the characteristics adjusted weight to 205 days of age (P205) and to 550 days of age (P550) and average daily gain from birth to weaning (GMD_ND) and from weaning to 550 days of age (GMD_DS). The data was furnished by Gensys Consultores Associados S/C Ltda. and Natura Genética Sul Americana, and it contained records on 121,241 animals sired by 1,359 bulls and 84,465 cows, raised in 104 farms in differents brazilians states from 1986 to 2002. The data was analyzed by two different methodologies: Genetic Group Model (MGG) and Multiple Regression Method (MRM). In paper number one, pre-weaning period, it were used records on 96,502 animals, sired by 962 bulls and 67,231 cows, grouped in 2,542 contemporaneous groups (GC) and 45 genetic groups (GG). The model used for the analysis by MGG, included as fixed, the effects of contemporaneous group-GC (including the animals born at the same farm, year and season and belonging to the same sex and management group), genetic group-GG (genetic additive effect of the animal individual breed, paternal and maternal), and the covariables age of the animal at weaning (IDD) and age of the cow at parturition (IVP), as linear and quadratic effects. For the MRM analysis, the data was firstly adjusted for the effects of GC, and for the covariables IDD and IVP, linear and quadratic. After that, it was performed a MRM considering the direct and maternal additive genetic effect of the breed and the direct and maternal heterozigosity. In the paper number two, post-weaning period, it were evaluated performances of 40,310 animals, sired by 720 bulls and 31,136 cows, distributed in 650 contemporaneous groups and 33 genetic groups. The model adopted by MGG considered as fixed, the effects of contemporaneous group (including the animals born at the same farm, year and season and belonging to the same sex and management group at 550 days of age) and the covariables IVP, linear and quadratic effects and the age of the animal to the age standard of 550 days was done (ISA), as linear effect. The MRM analysis was performed at the same way that for paper one. For the pre-weaning period, the results of this work alloud us to conclude that the direct additive genetic effects from Aberdeen Angus breed in relation to Nellore breed give better performances; the direct and maternal heterozygosity effect were high and significant, suggesting that crossed calves and cows can perform better than the pure breeds. For the pre-weaning period the estimatives obtained by MRM were similar to those obtained by MGG. In relation to the post-weaning period it were observed differences in the performances of the animals, showing a better efficiency of Aberdeen Angus breed additive genes in relation to the Nellore breed. By the regression coefficient for direct and maternal effects it is possible to conclude that exist a bigger influence of the direct in relation to the maternal effect, suggesting that, in this phase, the animal performance depends most of its breed composition than of the influence of it mother. In spite of to exist similarities among the estimatives obtained by MGG and MRM, it is not recommended the use of MRM because of the inconsistencies observed in the results by this method. / O presente estudo teve por objetivo avaliar os efeitos genéticos aditivos raciais e heterozigóticos, diretos e maternos, sobre o desempenho ponderal de uma população multirracial Aberdeen Angus-Nelore. Foram estudadas as variáveis peso ajustado aos 205 dias de idade (P205), ganho médio diário do nascimento a desmama (GMD_ND), peso ajustado aos 550 dias de idade (P550) e ganho médio diário da desmama ao sobreano. O arquivo de dados foi fornecido pelas empresas Gensys Consultores Associados S/C Ltda. e Natura Genética Sul Americana, e continha informações de desempenho de 121.241 animais filhos de 1.359 touros e 84.465 vacas, criados em 104 fazendas, em diferentes estados brasileiros, coletadas no período entre 1986 e 2002. Os dados foram analisados através de dois modelos: Modelo de Grupo Genético (MGG) e Regressão Múltipla (MRM). No artigo 1, que abrangeu a fase prédesmama, foram utilizadas observações de 96.502 animais, filhos de 962 touros e de 67.231 vacas, agrupados em 2.542 grupos de contemporâneos e 45 grupos genéticos diferentes. O modelo utilizado para a análise através do MGG continha os efeitos fixos de grupo de contemporâneos (fazenda, ano de nascimento, sexo, estação de nascimento e grupo de manejo até a desmama) e grupo genético (efeito aditivo de raça individual, paterno e materno), além das covariáveis idade do bezerro a desmama e idade da vaca ao parto, incluídas como efeito linear e quadrático. Para o modelo de regressão múltipla, os dados foram inicialmente ajustados para o efeito GC, e das covariáveis idade do bezerro a desmama e idade da vaca ao parto, incluídas como efeito linear e quadrático, e então, foi conduzida a análise de regressão múltipla num modelo que considerou o efeito aditivo direto de raça, efeito aditivo materno de raça, heterozigose direta e heterozigose materna. No artigo 2, foi estudada a fase de pós-desmama, avaliando o desempenho de 40.310 animais, filhos de 720 touros e 31.136 vacas, distribuídos em 650 grupos de contemporâneos e 33 diferentes grupos genéticos, onde o modelo utilizado para o MGG continha os seguintes efeitos fixos de grupo de contemporâneos (fazenda, ano e estação de nascimento, sexo e grupo de manejo ao sobreano) e grupo genético, além das covariáveis a idade da vaca ao parto (efeito linear e quadrático) e idade do bezerro ao sobreano (efeito linear). A análise de regressão múltipla foi conduzida de forma similar ao artigo 1. Para a fase pré-desmama conclui-se que os efeitos aditivos diretos da raça Angus em relação à raça Nelore determinaram melhores desempenhos; os efeitos de heterozigose direta e materna foram altos e significativos, indicando um maior desempenho de vacas e bezerros cruzados. Para esta fase as estimativas geradas através de RM foram semelhantes àquelas encontradas através do MGG. Em relação a fase pós-desmama foi possível evidenciar que as diferenças observadas no desempenho dos animais, evidenciam a maior eficiência dos genes de efeito aditivo da raça Angus em contraste com os da raça Nelore e, através dos coeficientes de regressão para os efeitos diretos e maternos, é possível inferir que existe grande influência do efeito direto em relação ao materno, sugerindo que, nesta fase, o desempenho dos animais depende mais da sua própria composição genética racial do que da composição da mãe. Ainda que existam semelhanças entre os métodos de RM e MGG, para esta fase, não se aconselha a utilização da RM, visto da inconstância dos resultados obtidos através deste método.
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Composição corporal, perfil metabólico e inflamatório na heterozigose para uma mutação no gene do receptor do GHRH

Pereira, Rossana Maria Cahino 16 April 2007 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Different forms of isolated GH deficiency (IGHD) have an autosomal recessive mode of inheritance. The most common one (type IB) is often caused by bi-allelic mutations in the GHRH receptor (GHRHR) gene (GHRHR). Although heterozygous carriers of GHRHR mutations appear normal, the small size of most of the families and the fact that stature is a complex and polygenic trait prevented so far a careful analysis of their phenotype. To test the hypothesis that heterozygosity for a GHRHR mutation may be associated with a mild phenotype, we studied large Brazilian kindred with familial IGHD (Itabaianinha cohort). In this population, GHD is caused by a homozygous null mutation of the GHRHR. Adults and children with GHD have severe short stature, reduced lean mass, increased % fat mass, increased waist to hip (W/H) ratio, increased total and LDL-cholesterol and C-reactive protein (CRPus), increased systolic blood pressure, and increased insulin sensitivity. We studied 77 adult subjects (age 25-75) heterozygous for the mutation (WT/MT) and compared them with age and sex-matched controls homozygous for the wild-type allele (WT/WT) from the same population. Genotyping was performed by denaturing gradient gel electrophoresis from genomic DNA. We found no difference in adult height; blood pressure and standard deviation score for serum IGF-I between the two groups. Body weight, body mass index, skin folds, waist, hip, lean and fat mass were all reduced in WT/MT subjects. %FM and W/P ratio were similar in the two groups. Fasting insulin and in HOMAIR were lower in WT/M than in WT/WT. The other biochemical parameters (total and fractionated cholesterol, triglycerides, Lp (a), CRPus) were not different between the two groups. Our data shows that heterozygosity for a null GHRHR mutation is not associated with reduction in adult stature or reduction in serum IGF-I, but it causes a parallel decline in fat and lean mass, and an increase in insulin sensitivity. Heterozygosis for a null GHRHR mutation is not associated with reduction in adult stature or in serum IGF-I, but is causes changes in body composition and increase in HOMAIR. These effects do not seem to be modulated by changes circulating IGF-I. / Diferentes formas de Deficiência Isolada do Hormônio do Crescimento (DIGH) são de herança autossômica recessiva. A mais comum (tipo IB) é freqüentemente causada por mutações bi-alélicas no gene do receptor de GHRH (GHRHR). Embora portadores heterozigotos da mutação do gene do GHRHR pareçam normais, o tamanho pequeno da maior parte das famílias e o fato que a estatura é um complexo determinado por características poligênicas levaram-nos a analisar cuidadosamente a hipótese de um fenótipo para a heterozigose. Para testar a hipótese de que a heterozigose para uma mutação do GHRHR poderia estar associado a um fenótipo intermediário foi estudada uma extensa família com DIGH familial (Coorte de Itabaianinha/Sergipe). Nesta população a DIGH é causada por uma mutação nula em homozigose do gene do receptor do GHRHR. Os adultos e crianças com DIGH têm severa baixa estatura, massa magra reduzida e aumento de: percentagem (%) de massa gorda (% MG), cintura, relação cintura/quadril, Colesterol total, LDL Colesterol, Proteína C Reativa alta sensibilidade (PCRas) e a diminuição do Modelo Homeostático do Índice de Resistência à Insulina (HOMAIR). Nós estudamos 76 indivíduos adultos entre 25 e 75 anos de idade heterozigotos (WT/MT) para esta mutação e comparamos pareados para a idade e sexo com 77 indivíduos controles homozigotos para o alelo normal (WT/WT) da mesma população. O DNA genômico foi genotipado através da técnica de Eletroforese em gel com gradiente de desnaturação (DGGE). Não foi encontrada nenhuma diferença entre os indivíduos na altura dos adultos e níveis séricos de IGF-I entre os dois grupos. O peso, o índice de massa corpórea (IMC), dobras cutâneas, circunferência da cintura e quadril e massa magra (MM) estavam reduzidos no grupo de indivíduos WT/MT. A % de MG e a relação cintura/quadril foram semelhantes entre os dois grupos. A insulina e o HOMAIR foram mais baixos no grupo WT/MT. Os outros parâmetros bioquímicos (colesterol total e frações, Triglicérides, Lipoproteína (a) (LP (a)), Proteína C Reativa alta sensibilidade (PCRas) não foram diferentes entre os dois grupos. Em conclusão, a heterozigose para uma mutação nula no gene do receptor do GHRH não é associada com redução da estatura final nem nos níveis séricos de IGF-I, mas, causa alterações na composição corporal e aumento do HOMAIR. Estes efeitos parecem não ser modulados por alterações nas concentrações séricas de IGF-I).
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Composição corporal, perfil metabólico e inflamatório na heterozigose para uma mutação no gene do receptor do GHRH

Pereira, Rossana Maria Cahino 16 April 2007 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Different forms of isolated GH deficiency (IGHD) have an autosomal recessive mode of inheritance. The most common one (type IB) is often caused by bi-allelic mutations in the GHRH receptor (GHRHR) gene (GHRHR). Although heterozygous carriers of GHRHR mutations appear normal, the small size of most of the families and the fact that stature is a complex and polygenic trait prevented so far a careful analysis of their phenotype. To test the hypothesis that heterozygosity for a GHRHR mutation may be associated with a mild phenotype, we studied large Brazilian kindred with familial IGHD (Itabaianinha cohort). In this population, GHD is caused by a homozygous null mutation of the GHRHR. Adults and children with GHD have severe short stature, reduced lean mass, increased % fat mass, increased waist to hip (W/H) ratio, increased total and LDL-cholesterol and C-reactive protein (CRPus), increased systolic blood pressure, and increased insulin sensitivity. We studied 77 adult subjects (age 25-75) heterozygous for the mutation (WT/MT) and compared them with age and sex-matched controls homozygous for the wild-type allele (WT/WT) from the same population. Genotyping was performed by denaturing gradient gel electrophoresis from genomic DNA. We found no difference in adult height; blood pressure and standard deviation score for serum IGF-I between the two groups. Body weight, body mass index, skin folds, waist, hip, lean and fat mass were all reduced in WT/MT subjects. %FM and W/P ratio were similar in the two groups. Fasting insulin and in HOMAIR were lower in WT/M than in WT/WT. The other biochemical parameters (total and fractionated cholesterol, triglycerides, Lp (a), CRPus) were not different between the two groups. Our data shows that heterozygosity for a null GHRHR mutation is not associated with reduction in adult stature or reduction in serum IGF-I, but it causes a parallel decline in fat and lean mass, and an increase in insulin sensitivity. Heterozygosis for a null GHRHR mutation is not associated with reduction in adult stature or in serum IGF-I, but is causes changes in body composition and increase in HOMAIR. These effects do not seem to be modulated by changes circulating IGF-I. / Diferentes formas de Deficiência Isolada do Hormônio do Crescimento (DIGH) são de herança autossômica recessiva. A mais comum (tipo IB) é freqüentemente causada por mutações bi-alélicas no gene do receptor de GHRH (GHRHR). Embora portadores heterozigotos da mutação do gene do GHRHR pareçam normais, o tamanho pequeno da maior parte das famílias e o fato que a estatura é um complexo determinado por características poligênicas levaram-nos a analisar cuidadosamente a hipótese de um fenótipo para a heterozigose. Para testar a hipótese de que a heterozigose para uma mutação do GHRHR poderia estar associado a um fenótipo intermediário foi estudada uma extensa família com DIGH familial (Coorte de Itabaianinha/Sergipe). Nesta população a DIGH é causada por uma mutação nula em homozigose do gene do receptor do GHRHR. Os adultos e crianças com DIGH têm severa baixa estatura, massa magra reduzida e aumento de: percentagem (%) de massa gorda (% MG), cintura, relação cintura/quadril, Colesterol total, LDL Colesterol, Proteína C Reativa alta sensibilidade (PCRas) e a diminuição do Modelo Homeostático do Índice de Resistência à Insulina (HOMAIR). Nós estudamos 76 indivíduos adultos entre 25 e 75 anos de idade heterozigotos (WT/MT) para esta mutação e comparamos pareados para a idade e sexo com 77 indivíduos controles homozigotos para o alelo normal (WT/WT) da mesma população. O DNA genômico foi genotipado através da técnica de Eletroforese em gel com gradiente de desnaturação (DGGE). Não foi encontrada nenhuma diferença entre os indivíduos na altura dos adultos e níveis séricos de IGF-I entre os dois grupos. O peso, o índice de massa corpórea (IMC), dobras cutâneas, circunferência da cintura e quadril e massa magra (MM) estavam reduzidos no grupo de indivíduos WT/MT. A % de MG e a relação cintura/quadril foram semelhantes entre os dois grupos. A insulina e o HOMAIR foram mais baixos no grupo WT/MT. Os outros parâmetros bioquímicos (colesterol total e frações, Triglicérides, Lipoproteína (a) (LP (a)), Proteína C Reativa alta sensibilidade (PCRas) não foram diferentes entre os dois grupos. Em conclusão, a heterozigose para uma mutação nula no gene do receptor do GHRH não é associada com redução da estatura final nem nos níveis séricos de IGF-I, mas, causa alterações na composição corporal e aumento do HOMAIR. Estes efeitos parecem não ser modulados por alterações nas concentrações séricas de IGF-I).
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Intensidades de emissão de gás metano de bovinos Nelore terminados a pasto e cruzados em confinamento / Methane emission intensities from beef cattle Nellore finished on pasture and crossbred in feedlot

Sakamoto, Leandro Sannomiya 07 August 2018 (has links)
O aumento das emissões de gases de efeito estufa (GEE) por ações antrópicas vem contribuindo para o aquecimento global que causam as mudanças climáticas. O setor agropecuário tem participação nessas emissões, principalmente devido a produção de alimentos necessária para suprir a demanda crescente da população, sendo a emissão de metano (CH4) entérico pelos bovinos o foco das discussões. Diante desta realidade, o objetivo deste trabalho foi avaliar as intensidades de emissão de CH4 de bovinos Nelore em sistemas de pastagem e bovinos cruzados em confinamento na fase de terminação. Foram avaliados 48 animais da raça Nelore de duas safras, sendo 24 por safra, distribuídos nos 4 sistemas de produção em pastagem: sob manejo intensivo irrigado com alta lotação (IAL), sob manejo intensivo de sequeiro com alta lotação (SAL), em recuperação sob manejo de sequeiro com lotação animal moderada (SML) e degradada com baixa lotação animal (DEG). A mensuração de metano foi feita pela técnica do gás traçador hexafluoreto de enxofre (SF6). Também foram avaliados 63 animais cruzados provenientes de vários grupos genéticos, agrupados em proporção de Adaptado de 25,00% e 37,50% (1A), de 43,75% e 50,00% (2A) e de 56,25%, 62,50%, 68,75% e 75% (3A), em proporção de Bos taurus: 31,25%, 50,00%, 56,25% e 75,00%, e segundo a porcentagem de Heterozigose: 50,00% e 62,50% (1H), 81,25% (2H), e 100% (3H). A mensuração do metano foi através dos cochos automatizados (Greenfeed). Todos os animais avaliados eram castrados. Amostras das pastagens foram analisadas e o consumo dos animais Nelore foram estimados, já no confinamento o consumo foi mensurado através do equipamento GrowSafe. Em ambos experimentos foram registrados dados de desempenho animal (peso vivo, ganho de peso, conversão alimentar), de carcaça (área de olho de lombo do músculo Longissimus, espessura de gordura, peso de carcaça quente (PCQ) e rendimentos de carcaça (RendC) e do ganho (RendG)) e variáveis relacionadas ao metano. Foram apresentados também dados por hectare nos sistemas a pasto. Os dados foram analisados pelo procedimento MIXED do programa SAS 9.3. Sistemas mais intensificados apresentaram melhores resultados da qualidade de forragem comparados com o DEG, isto refletiu nos resultados de consumo e desempenho desses animais que apresentaram piores resultados. O DEG foi o menos produtivo de todos. Algumas variáveis relacionadas ao CH4 apresentaram diferenças entre os tratamentos: 1) a emissão em relação ao ganho de peso diário (CH4GPD) foi menor para o sistema IAL (371 g CH4/kg GPD) comparado aos sistemas DEG (478,4) e SAL (484,5), o sistema SML (404,0) não diferenciou dos IAL e DEG; 2) a energia bruta perdida na forma de CH4 (YM) apresentou maiores valores para os sistemas SAL e DEG comparado aos IAL e SML. Os sistemas mais intensificados apresentaram maior taxa de lotação (p <,0001) e maior ganho de peso e carcaça (p <,0001) por hectare. O SAL apresentou menor intensidade de emissão (IE) calculada pelo RendG que o DEG (p = 0,0269). Entretanto os sistemas não apresentaram diferenças na IE por ganho de peso (p = 0,3602) e por kg de carcaça calculado pelo RendC (p = 0,1567), apesar das diferenças parciais encontradas nas emissões por ano e por taxa de lotação (p <,0001) com valores mais altos para os sistemas intensificados, mostrando a possibilidade de maior produção de carne com uma mesma IE, considerando apenas a emissão de metano entérico. Os agrupamentos dos animais confinados apresentaram diferenças nas variáveis de desempenho, porém apenas a classificação pela heterozigose apresentou diferenças nas variáveis de metano. Animais 3H apresentaram melhores resultados de desempenho em relação aos animais 1H. Para as variáveis relacionadas a carcaça, não houve diferença no PCQ (p = 0,5842), porém animais 2H apresentaram maior rendimento cárneo que animais 1H (p = 0,0177), e carcaça mais magra que os demais (p = 0,0007). Em relação ao metano, animais 2H apresentaram melhores resultados em comparação aos animais 3H, porém os dois grupos apresentaram uma IE calculada pelo RendC menor que animais 1H (p = 0,0173). Apesar das diferenças encontradas entre os níveis de intensificação das pastagens ou entre os grupos genéticos estudados, é importante avaliar o sistema como um todo, como o sequestro de carbono dos solos, a emissão de óxido nitroso, produção de dejetos, entre outros e não apenas a emissão de metano dos animais. Podemos concluir com este estudo que sistemas mais intensificados produzem mais carne. Animais com porcentagens de heterozigose acima de 81,25% podem apresentar menor IE de metano que animais com heterozigose abaixo de 62,5% na fase de terminação em confinamento. Além disso, carcaças mais magras com maior rendimento cárneo podem ser obtidas em animais com 81,25% de heterozigose. Para definir qual sistema de produção, grupo genético bovino, tipo de dieta, nível de intensificação utilizar, é importante verificar os que melhor se encaixam em sua estrutura visando uma produção sustentável. Os impactos ambientais causados pela atividade podem até serem neutralizados se o planejamento e a execução forem adequados ao seu objetivo. / Increase in greenhouse gas (GHG) emissions from anthropogenic actions has contributed to global warming that is responsible for climate change. The agricultural sector has participation in these emissions, mainly due to the food production necessary to supply the growing demand of the population, therefore the enteric methane (CH4) emission by cattle becomes the focus of the discussions. In view of this reality, the aim of this study was to evaluate methane emission intensities of Nellore cattle in pasture systems and crossbred cattle in feedlot, both in the finishing phase. Forty-eight animals from two production cycles were evaluated, with twentyfour in each cycle, distributed across four different pasture production systems: intensively managed irrigated pasture with high stocking rate (IHS), intensively managed dry land pasture with high stocking rate (DHS), recovering dry land pasture with moderate stocking rate (DMS) and degraded pasture with low stocking rate (DP). Methane emission was measured using the sulfur hexafluoride (SF6) gas tracer technique. We also evaluated sixty-three crossbreed animals from several genetic groups, grouped in proportion to Adapted of 25% and 37.5% (1A), 43.75% and 50% (2A) and 56.25%, 62.5%, 68.75% and 75% (3A), in proportion to Bos taurus: 31.25%, 50%, 56.25% and 75%, and according to the percentage of heterozygosis: 50% and 62.5% (1H), 81.25% (2H), and 100% (3H). Methane emission was measured through automated troughs (Greenfeed). All animals evaluated were castrated. Pasture samples were analyzed and Nellore animals\' intake was estimated, and in feedlot the intake was measured through the GrowSafe machine. In both experiments, animal performance (live weight, weight gain, feed conversion), carcass (Longissimus loin eye muscle area, fat thickness, hot carcass weight (HCW) and carcass yield (CY) and gain yield (GY)) data and variables related to methane were recorded. Data per hectare were also recorded in pasture systems. The data were analyzed using the MIXED process of the SAS 9.3 program. The more intensely managed systems presented higher yields of better quality forage, as well as superior animal performance when compared to the DP. Some variables related to CH4 showed differences between treatments: 1) emissions in relation to average daily weight gain (CH4ADG) were lower in the IHS system (371 gCH4/kgADG) compared to the DP (478.4) and DHS (484.5) systems; the DMS system (404.0) did not differ significantly from the IHS and DP; 2) gross energy lost in the form of CH4 (YM) demonstrated higher energy expenditure for the DHS and DP systems compared to the IHS and DMS. Intensified systems had higher stocking rate (p <.0001) and weight and carcass gain (p <.0001) per hectare. SAL presented lower emission intensity (EI) calculated by the GY than the DEG (p = 0.0269). However, the systems did not present differences in emission intensities per weight gain (p = 0.3602) and per kg of carcass calculated by carcass yield (p = 0.1567), despite the partial differences observed in emissions per year and per stocking rate (p <.0001) with higher values recorded for the intensified systems, showing the possibility of higher meat production with the same emission intensity, considering only the enteric methane emission. Groups of confined animals presented some differences in the performance variables, but only the classification by heterozygosity showed differences in the methane variables. Animals classified as 3H showed better performance compared to 1H animals. For variables related to the carcass, there was no difference in PCQ (p = 0.5842), but 2H animals presented higher carcass yield than 1H animals (p = 0.0177), and leaner carcass compared to the others (p = 0.0007). In relation to methane, 2H animals presented better results compared to 3H animals, but two groups had a lower EI calculated by the CY than 1H animals (p = 0.0173). Despite the differences found between pasture intensification levels or between genetic groups studied, it is important to evaluate the system as a whole, such as soil carbon sequestration, nitrous oxide emission, waste production, among others and not only methane emissions from animals. We can conclude from this study that intensified systems produce more meat. Animals with heterozygous percentages above 81.25% may presented lower emission intensity of methane than animals with heterozygosis below 62.5% in the feedlot finishing phase. In addition, leaner carcasses with higher beef yield may be obtained in animals with 81.25% heterozygosity. In order to define which production system, bovine genetic group, type of diet, level of intensification to use, it is important to verify the ones that fit best in its structure aiming a sustainable production. The environmental impacts caused by the activity can even be neutralized if planning and execution are appropriate to its objective.
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Efeito da idade no fenótipo em heterozigose para mutação nula no gene do receptor do hormônio liberador do GH / Effect of age on phenotype in heterozygous null mutation on in receptor gene in GH hormone releasing receptor gene

Pereira, Rossana Maria Cahino 24 February 2014 (has links)
Several recessive diseases present heterozygous phenotype. In Itabaianinha, Brazil, there is a big cohort with the homozygous mutation c.57 +1 G> A in the GHRH receptor (GHRHR) gene, leading to severe short stature. Previous study shows that heterozygous individuals (MUT/N) exhibit similar height, insulin like growth factor type 1 (IGF - I) and percentage of fat mass, but reduced weight, body mass index (BMI) and muscle mass. However, only 10 % of these were 60 or more years old. Moderate reduction in the GH/ IGF-I axis activity may have a greater impact on the aging period, when the activity of this axis naturally decreases. We question whether the study of heterozygosity for the mutation would result in a partial phenotype in the elderly cohort individuals. 843 individuals were analyzed in a cross sectional study by height, weight, systolic and diastolic blood pressure and BMI in two groups (young, 20-40 years of age) and old (60-80 years) of MUT/N individuals, and compared to a large number of individuals of normal genotype (N/N). SDS weight was lower [-0.13 (1.4) and -0.56 (1.8), p=0.03], and BMI had a trend toward reduction [0.08 (1.40) and 0.33 (1.4), p=0.060] in young MUT/N in comparison to young N/N. SDS height was lower in older MUT/N individual vs. N/N [-2.79 (1.1) and -2.37(1.0), p=0.04], corresponding to a reduction of 4.16 cm. We conclude the previous data reduction in weight and BMI in young and show reduced stature in older MUT/N subjects, suggesting different effects of heterozygosis through the ages. The reduction of muscle mass already present at young age, aggravated by aging may contribute to this reduction in height. Heterozygous GHRHR mutations may be a factor contributing to frailty in elderly. / Várias doenças recessivas cursam com fenótipo em heterozigose. Em Itabaianinha, Sergipe, reside uma grande coorte com a mutação homozigótica c.57 +1 G>A no gene do receptor do GHRH (GHRHR) cursando com baixa estatura acentuada. Estudo prévio mostrou que os indivíduos heterozigotos adultos (MUT/N) para esta mutação apresentam altura, fator de crescimento semelhante à insulina tipo 1 (IGF-I) e percentual de massa gorda similares, mas redução de peso, do índice de massa corpórea (IMC) e da massa muscular (MM). Contudo apenas 10% destes tinham mais de 60 anos. Redução moderada na atividade do eixo GH-IGF-I pode ter um impacto maior no período de envelhecimento, quando a atividade deste eixo naturalmente diminui. Questionamos se a heterozigose para a referida mutação traduziria em um fenótipo parcial nos indivíduos idosos dessa coorte. Realizamos um estudo transversal em 843 indivíduos divididos em dois grupos (jovens, 20-40anos de idade, e idosos, 60-80 anos de idade) de indivíduos heterozigotos (MUT/N) e controles normais (N/N). A altura (cm), peso (Kg), pressão arterial diastólica e sistólica (PAD e PAS mmHg) e o IMC (Kg/m2) foram analizados. Os dados foram expressos em média, desvio padrão e escore desvio padrão (EDP). O EDP do peso foi menor [0,13 (1,40) e -0,56 (1,80), p=0,03], e IMC apresentou uma tendência de redução [0,08 (1,40) e 0,33 (1,40), p=0,060] no grupo MUT/N jovem em comparação N/N jovem. O EDP da altura foi menor nos indivíduos MUT/N idosos em comparação aos N/N idosos [-2,79 (1,10) e -2,37(1,00), p=0,04], correspondendo a uma redução de 4,16 cm. Estes achados reforçam os dados anteriores de redução no peso e IMC em adultos jovens MUT/N e mostram redução na estatura em indivíduos idosos, sugerindo efeitos diferentes da heterozigose nos diferentes grupos etários. A redução da massa muscular já presente em adultos jovens, agravada pelo envelhecimento, pode contribuir para esta redução estatural. A mutação heterozigótica pode ser um fator contribuinte para fragilidade no idoso.
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Intensidades de emissão de gás metano de bovinos Nelore terminados a pasto e cruzados em confinamento / Methane emission intensities from beef cattle Nellore finished on pasture and crossbred in feedlot

Leandro Sannomiya Sakamoto 07 August 2018 (has links)
O aumento das emissões de gases de efeito estufa (GEE) por ações antrópicas vem contribuindo para o aquecimento global que causam as mudanças climáticas. O setor agropecuário tem participação nessas emissões, principalmente devido a produção de alimentos necessária para suprir a demanda crescente da população, sendo a emissão de metano (CH4) entérico pelos bovinos o foco das discussões. Diante desta realidade, o objetivo deste trabalho foi avaliar as intensidades de emissão de CH4 de bovinos Nelore em sistemas de pastagem e bovinos cruzados em confinamento na fase de terminação. Foram avaliados 48 animais da raça Nelore de duas safras, sendo 24 por safra, distribuídos nos 4 sistemas de produção em pastagem: sob manejo intensivo irrigado com alta lotação (IAL), sob manejo intensivo de sequeiro com alta lotação (SAL), em recuperação sob manejo de sequeiro com lotação animal moderada (SML) e degradada com baixa lotação animal (DEG). A mensuração de metano foi feita pela técnica do gás traçador hexafluoreto de enxofre (SF6). Também foram avaliados 63 animais cruzados provenientes de vários grupos genéticos, agrupados em proporção de Adaptado de 25,00% e 37,50% (1A), de 43,75% e 50,00% (2A) e de 56,25%, 62,50%, 68,75% e 75% (3A), em proporção de Bos taurus: 31,25%, 50,00%, 56,25% e 75,00%, e segundo a porcentagem de Heterozigose: 50,00% e 62,50% (1H), 81,25% (2H), e 100% (3H). A mensuração do metano foi através dos cochos automatizados (Greenfeed). Todos os animais avaliados eram castrados. Amostras das pastagens foram analisadas e o consumo dos animais Nelore foram estimados, já no confinamento o consumo foi mensurado através do equipamento GrowSafe. Em ambos experimentos foram registrados dados de desempenho animal (peso vivo, ganho de peso, conversão alimentar), de carcaça (área de olho de lombo do músculo Longissimus, espessura de gordura, peso de carcaça quente (PCQ) e rendimentos de carcaça (RendC) e do ganho (RendG)) e variáveis relacionadas ao metano. Foram apresentados também dados por hectare nos sistemas a pasto. Os dados foram analisados pelo procedimento MIXED do programa SAS 9.3. Sistemas mais intensificados apresentaram melhores resultados da qualidade de forragem comparados com o DEG, isto refletiu nos resultados de consumo e desempenho desses animais que apresentaram piores resultados. O DEG foi o menos produtivo de todos. Algumas variáveis relacionadas ao CH4 apresentaram diferenças entre os tratamentos: 1) a emissão em relação ao ganho de peso diário (CH4GPD) foi menor para o sistema IAL (371 g CH4/kg GPD) comparado aos sistemas DEG (478,4) e SAL (484,5), o sistema SML (404,0) não diferenciou dos IAL e DEG; 2) a energia bruta perdida na forma de CH4 (YM) apresentou maiores valores para os sistemas SAL e DEG comparado aos IAL e SML. Os sistemas mais intensificados apresentaram maior taxa de lotação (p <,0001) e maior ganho de peso e carcaça (p <,0001) por hectare. O SAL apresentou menor intensidade de emissão (IE) calculada pelo RendG que o DEG (p = 0,0269). Entretanto os sistemas não apresentaram diferenças na IE por ganho de peso (p = 0,3602) e por kg de carcaça calculado pelo RendC (p = 0,1567), apesar das diferenças parciais encontradas nas emissões por ano e por taxa de lotação (p <,0001) com valores mais altos para os sistemas intensificados, mostrando a possibilidade de maior produção de carne com uma mesma IE, considerando apenas a emissão de metano entérico. Os agrupamentos dos animais confinados apresentaram diferenças nas variáveis de desempenho, porém apenas a classificação pela heterozigose apresentou diferenças nas variáveis de metano. Animais 3H apresentaram melhores resultados de desempenho em relação aos animais 1H. Para as variáveis relacionadas a carcaça, não houve diferença no PCQ (p = 0,5842), porém animais 2H apresentaram maior rendimento cárneo que animais 1H (p = 0,0177), e carcaça mais magra que os demais (p = 0,0007). Em relação ao metano, animais 2H apresentaram melhores resultados em comparação aos animais 3H, porém os dois grupos apresentaram uma IE calculada pelo RendC menor que animais 1H (p = 0,0173). Apesar das diferenças encontradas entre os níveis de intensificação das pastagens ou entre os grupos genéticos estudados, é importante avaliar o sistema como um todo, como o sequestro de carbono dos solos, a emissão de óxido nitroso, produção de dejetos, entre outros e não apenas a emissão de metano dos animais. Podemos concluir com este estudo que sistemas mais intensificados produzem mais carne. Animais com porcentagens de heterozigose acima de 81,25% podem apresentar menor IE de metano que animais com heterozigose abaixo de 62,5% na fase de terminação em confinamento. Além disso, carcaças mais magras com maior rendimento cárneo podem ser obtidas em animais com 81,25% de heterozigose. Para definir qual sistema de produção, grupo genético bovino, tipo de dieta, nível de intensificação utilizar, é importante verificar os que melhor se encaixam em sua estrutura visando uma produção sustentável. Os impactos ambientais causados pela atividade podem até serem neutralizados se o planejamento e a execução forem adequados ao seu objetivo. / Increase in greenhouse gas (GHG) emissions from anthropogenic actions has contributed to global warming that is responsible for climate change. The agricultural sector has participation in these emissions, mainly due to the food production necessary to supply the growing demand of the population, therefore the enteric methane (CH4) emission by cattle becomes the focus of the discussions. In view of this reality, the aim of this study was to evaluate methane emission intensities of Nellore cattle in pasture systems and crossbred cattle in feedlot, both in the finishing phase. Forty-eight animals from two production cycles were evaluated, with twentyfour in each cycle, distributed across four different pasture production systems: intensively managed irrigated pasture with high stocking rate (IHS), intensively managed dry land pasture with high stocking rate (DHS), recovering dry land pasture with moderate stocking rate (DMS) and degraded pasture with low stocking rate (DP). Methane emission was measured using the sulfur hexafluoride (SF6) gas tracer technique. We also evaluated sixty-three crossbreed animals from several genetic groups, grouped in proportion to Adapted of 25% and 37.5% (1A), 43.75% and 50% (2A) and 56.25%, 62.5%, 68.75% and 75% (3A), in proportion to Bos taurus: 31.25%, 50%, 56.25% and 75%, and according to the percentage of heterozygosis: 50% and 62.5% (1H), 81.25% (2H), and 100% (3H). Methane emission was measured through automated troughs (Greenfeed). All animals evaluated were castrated. Pasture samples were analyzed and Nellore animals\' intake was estimated, and in feedlot the intake was measured through the GrowSafe machine. In both experiments, animal performance (live weight, weight gain, feed conversion), carcass (Longissimus loin eye muscle area, fat thickness, hot carcass weight (HCW) and carcass yield (CY) and gain yield (GY)) data and variables related to methane were recorded. Data per hectare were also recorded in pasture systems. The data were analyzed using the MIXED process of the SAS 9.3 program. The more intensely managed systems presented higher yields of better quality forage, as well as superior animal performance when compared to the DP. Some variables related to CH4 showed differences between treatments: 1) emissions in relation to average daily weight gain (CH4ADG) were lower in the IHS system (371 gCH4/kgADG) compared to the DP (478.4) and DHS (484.5) systems; the DMS system (404.0) did not differ significantly from the IHS and DP; 2) gross energy lost in the form of CH4 (YM) demonstrated higher energy expenditure for the DHS and DP systems compared to the IHS and DMS. Intensified systems had higher stocking rate (p <.0001) and weight and carcass gain (p <.0001) per hectare. SAL presented lower emission intensity (EI) calculated by the GY than the DEG (p = 0.0269). However, the systems did not present differences in emission intensities per weight gain (p = 0.3602) and per kg of carcass calculated by carcass yield (p = 0.1567), despite the partial differences observed in emissions per year and per stocking rate (p <.0001) with higher values recorded for the intensified systems, showing the possibility of higher meat production with the same emission intensity, considering only the enteric methane emission. Groups of confined animals presented some differences in the performance variables, but only the classification by heterozygosity showed differences in the methane variables. Animals classified as 3H showed better performance compared to 1H animals. For variables related to the carcass, there was no difference in PCQ (p = 0.5842), but 2H animals presented higher carcass yield than 1H animals (p = 0.0177), and leaner carcass compared to the others (p = 0.0007). In relation to methane, 2H animals presented better results compared to 3H animals, but two groups had a lower EI calculated by the CY than 1H animals (p = 0.0173). Despite the differences found between pasture intensification levels or between genetic groups studied, it is important to evaluate the system as a whole, such as soil carbon sequestration, nitrous oxide emission, waste production, among others and not only methane emissions from animals. We can conclude from this study that intensified systems produce more meat. Animals with heterozygous percentages above 81.25% may presented lower emission intensity of methane than animals with heterozygosis below 62.5% in the feedlot finishing phase. In addition, leaner carcasses with higher beef yield may be obtained in animals with 81.25% heterozygosity. In order to define which production system, bovine genetic group, type of diet, level of intensification to use, it is important to verify the ones that fit best in its structure aiming a sustainable production. The environmental impacts caused by the activity can even be neutralized if planning and execution are appropriate to its objective.
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Sensibilidade insulínica e função da célula beta em indivíduos heterozigóticos para uma mutação no gene do receptor do GHRH

Rocha, ívina Elaine dos Santos 09 May 2011 (has links)
GH and the insulin like growth factor type I (IGF-I) have synergistic functions on protein synthesis and muscle mass. In adipose tissue, GH stimulates lipolysis and lipid oxidation, while IGF-I stimulates the differentiation of pre adipocytes to adipocytes. In glucose metabolism , GH and IGF-I have antagonist opposite actions, been GH antagonist and IGF-I synergetic to insulin sensitivity (IS). Heterozygous adults individuals for the mutation c.104 = 1G> A in the GH releasing hormone receptor gene (MUT/N), present a mild reduction of GH and normal IGF-I levels accompanied by a significant reduction in lean body mass (Kg), with a tendancy of reduction in fat mass (kg), compared to homozygous normal adults individuals (N/N). IS and the beta cell function are unknown in individuals MUT/ N. To evaluate them, it was performed the oral glucose tolerance test with administration of 75g of glucose and serum glucose and insulin were measured at 0, 30, 60, 90, 120 and 180 minutes in 25 individual MUT/ N (12 M / 13 F, 40.08 ± 10.87 years) and 25 N/N (14 M / F 11; 39.96 ± 12.49 years). There was no difference in height, nevertheless weight, BMI, waist and hip circunferences were lower in individuals MUT/N. IS was assessed by HOMAir, where lower values indicate a greater IS and the QUICKI, OGIS 2 and OGIS 3, where higher values indicate higher SI. The beta cell function was assessed by HOMA-beta, insulinogenic index and area under the curve of insulin / glucose ratio (ASC I/G). ANOVA showed no difference between glucose and insulin responses between the groups. The areas under the curve of glucose and insulin were also similar between the number of patients with pre diabetes and diabetes. No changes were observed in the HOMAir, QUICKI, OGIS 2 and OGIS 3, HOMA beta, insulinogenic index and ASC I/G between the two groups. In conclusion, insulin sensitivity and beta cell function in MUT/N individuals are similar to MUT/N individuals. / GH e o fator de crescimento semelhante à insulina tipo I (IGF-I) apresentam funções sinérgicas sobre a síntese protéica e massa muscular. No tecido adiposo, o GH estimula a lipólise e oxidação lípidica, enquanto o IGF-I estimula a diferenciação dos pré adipócitos em adipócitos. No metabolismo glicídico, GH e IGF-I têm ações opostas, sendo o GH antagônico e o IGF-I sinérgico à sensibilidade insulínica (SI). Indivíduos heterozigóticos adultos para a mutação c.104=1G>A gene do receptor do hormônio liberador do GH (MUT/N) no, apresentam discreta redução do GH e níveis normais de IGF-I acompanhada de redução significativa da massa magra (Kg), com tendência à redução da massa gorda (Kg), em relação aos indivíduos homozigóticos normais (N/N). A SI e a função das células beta são desconhecidas nos indivíduos MUT/N. Para avaliá-las, foi realizado o teste de tolerância oral à glicose com administração de 75g de glicose e dosagens de glicose e insulina nos tempos 0, 30, 60, 90, 120 e 180 minutos em 25 indivíduos MUT/N (12 M/ 13 F; 40,08 ± 10,87 anos) e 25 N/N (14 M/ 11 F; 39,96 ± 12,49 anos). Não houve diferença na altura, contudo o peso, o IMC, a cintura e o quadril foram menores nos indivíduos MUT/N. A sensibilidade à insulina (SI) foi avaliada pelo HOMAir, onde menores valores, indicam maior SI e pelos QUICKI, OGIS 2 e OGIS 3, onde maiores valores, indicam maior SI. A função da célula beta foi avaliada pelo HOMA-beta, índice insulinogênico e área sob a curva da razão insulina/ glicose (ASC I/G). ANOVA indicou que não houve diferença entre as respostas glicêmica e insulinêmica entre os grupos. As áreas sob a curva de glicose e insulina foram semelhantes como também entre o número de pacientes com pré diabetes e diabetes. Não foram verificadas variações no HOMAir, QUICK, OGIS 2 e OGIS 3, HOMA beta, índice insulinogênico e ASC I/G entre os dois grupos. Em conclusão, a sensibilidade insulínica e a função de célula beta nos indivíduos MUT/N são semelhantes a dos indivíduos N/N.
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Perfil de variação no número de cópias do DNA e regiões de perda de heterozigose na susceptibilidade ao lúpus eritematoso sistêmico / DNA copy number variation and loss of heterozygosity profiles in susceptibility to systemic lupus erythematosus

Barbosa, Fernanda Bueno 20 July 2017 (has links)
O lúpus eritematoso sistêmico (LES) é uma doença autoimune com forte componente genético, caracterizada por inflamação crônica e produção de autoanticorpos. O objetivo deste trabalho foi determinar o perfil de variação no número de cópias (CNVs) e de regiões de perda de heterozigose (LOH) na patogênese do LES. A detecção de CNVs e LOH foi feita pela metodologia Cytoscan HD array em pacientes com LES (n = 23) e indivíduos saudáveis (n = 110). Devido à formação tri-híbrida da população brasileira, foi desenvolvido e validado um painel de 345 marcadores informativos de ancestralidade, a partir dados provenientes do próprio array, para estimar as proporções de ancestralidade individual e, em última instância, inseri-las nos modelos de regressão logística como variável de controle nas análises de distribuição de CNVs e LOH. O perfil de CNVs evidenciou que o número e o tamanho de duplicações são maiores nos indivíduos saudáveis do que nos pacientes com LES. Duplicações nos genes FCGR3B e ADAM3A foram descritas como fator de proteção ao LES, quando tais genes foram avaliados por PCR quantitativa em maior grupo amostral de pacientes (n = 135) e controles (n = 200). Além disso, mostrou-se o efeito sinérgico da presença da deleção em ambos os loci FCGR3B e ADAM3A no aumento do risco para desenvolver a doença. Deleções em pacientes com LES envolvendo os genes CFHR4, CFHR5 e HLA-DPB2, previamente descritos em associação com o LES na literatura, foram identificadas por array e confirmadas por PCR digital. O protocolo desenvolvido para identificação de variantes raras, resultou em um conjunto de 21 CNVs raras em pacientes com LES. Em relação às regiões de perda de heterozigose, não foram encontradas evidências de que o número médio e a extensão dos segmentos LOH seja diferente entre pacientes e indivíduos saudáveis. No entanto, os cromossomos 6 e 12 em pacientes exibem regiões de perda de heterozigose em maior quantidade e tamanho do que os de indivíduos saudáveis, além de apresentarem 17 segmentos LOH restritos ao grupo de pacientes com LES. Os resultados aqui descritos evidenciam que novos loci de susceptibilidade ao LES podem ser encontrados quando a distribuição de CNVs é analisada em todo o genoma, em que a investigação de sua relação com a patogênese pode contribuir para a compreensão da base genética da doença. / Systemic lupus erythematosus (SLE) is an autoimmune disease with a strong genetic background characterized by chronic inflammation and autoantibody production. The purpose of this study was to determine the copy number variation (CNV) and loss of heterozygosity (LOH) profiles in the susceptibility to SLE. The detection of CNVs and LOH was performed by the Cytoscan HD array methodology in SLE patients (n = 23) and healthy subjects (n = 110). Due to the tri-hybrid composition of the Brazilian population, a panel of 345 ancestral informative markers was developed and validated, based on data from the array itself, to estimate the proportions of individual ancestry and, ultimately, to insert them into the logistic regression models as a control variable in the analysis of CNV and LOH distribution. The CNVs profile showed that the burden and the size of duplications are higher in healthy individuals than in SLE patients. Duplications in FCGR3B and ADAM3A genes were described as a protective factor for SLE, when these genes were evaluated by quantitative PCR in a larger SLE (n = 135) and control (n = 200) groups. In addition, the synergistic effect of the presence of deletion in both FCGR3B and ADAM3A loci increase the risk of developing the disease. Deletions in SLE patients encompassing the CFHR4, CFHR5 and HLA-DPB2 genes, previously described in the literature in association to SLE, were identified by the array and confirmed by droplet digital PCR. The pipeline developed here for the identification of rare variants resulted in a set of 21 rare CNVs in SLE patients. Regarding the loss of heterozygosity regions, no evidence was found that the mean number and extent of LOH segments is different between patients and healthy individuals. However, the chromosomes 6 and 12 in SLE patients exhibit greater quantity and size of LOH than those of healthy individuals, besides showing 17 LOH segments restricted to the group of SLE. The results described here show that novel susceptibility loci to SLE can be found once the distribution of variants is analyzed throughout the genome, in which the investigation of its relation to the pathogenesis may contribute to the understanding of the genetic basis of the disease.
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Presença da mutação Arg337His do supressor tumoral P53 e mapa de deleção do cromossomo 17 em crianças e adultos com tumores adrenocorticais / Presence of the mutation Arg337His of the tumor suppressor P53 and deletion mapping of chromosome 17 in children and adults with adrenocortical tumors

Pinto, Emilia Modolo 10 August 2005 (has links)
A incidência dos tumores adrenocorticais na região sul do Brasil é 10-15 vezes maior que a incidência mundial. Mutações no gene supressor tumoral p53, localizado na região 17p13.1 têm sido identificadas em diversos tumores humanos. Uma distinta mutação germinativa, Arg337His, localizada no domínio de tetramerização da proteína supressora tumoral P53 foi identificada em 35 de 36 crianças da região sul do Brasil. No presente trabalho, investigamos a presença da mutação Arg337His em 71 pacientes não relacionados, 41 adultos e 30 crianças, portadores de tumores adrenocorticais benignos e malignos. Adicionalmente, análise de perda de heterozigose do locus p53, mapa de deleção do cromossomo 17 e instabilidade cromossômica foram estudados em DNA genômico destes pacientes. Nenhum dos pacientes estudados apresentava histórico familial compatível com a síndrome de Li-Fraumeni. Sequenciamento automático permitiu a identificação da mutação Arg337His, em DNA extraído a partir de sangue periférico e/ou tecido tumoral, em 29 (24 crianças e 5 adultos) dos 71 pacientes. Nas 10 famílias em que foi possível analisar o DNA genômico de ambos os pais verificamos que a mutação Arg337His tem caráter hereditário. Por outro lado, esta mutação não foi encontrada em DNA de 160 indivíduos do grupo controle, não relacionados, analisados por sequenciamento automático e/ou digestão enzimática. A análise pareada de DNA gênomico de sangue periférico e de tecido tumoral revelou perda de heterozigose para o locus p53 em 18 de 21 (86%) pacientes portadores da mutação Arg337His. Não observamos correlação entre a presença desta mutação e o comportamento maligno dos tumores. O estudo de dois marcadores polimórficos intragênicos do p53, pelo programa de análise de tamanho de fragmento GeneScan, evidenciou um mesmo haplótipo associado à mutação Arg337His em 91% dos pacientes com tumores adrenocorticais, configurando uma origem comum para esta mutação. O estudo de 6 marcadores polimórficos ao longo do cromossomo 17 (D17S926, VNTRP53, D17S1856, D17S942, D17S1351 e D17S928) em DNA genômico pareado de 29 pacientes demonstrou uma freqüência elevada (81%) de perda do cromossomo 17 em associação à mutação Arg337His. Não observamos correlação entre a perda do cromossomo 17 e a agressividade tumoral nestes pacientes. Instabilidade cromossômica envolvendo os cromossomos 2, 9 e 11 nos 17 pacientes que perderam o cromossomo 17 foi identificada em 47%, 47% e 71%, respectivamente. Perda dos cromossomos 2 e 11 foi evidenciada em tumores benignos e malignos. A perda do cromossomo 9 foi evidenciada exclusivamente nos tumores malignos, assim como a perda concomitante de 3 ou mais cromossomos. Em conclusão, confirmamos uma freqüência elevada da mutação Arg337His em crianças brasileiras com tumores adrenocorticais benignos e malignos. Esta mutação também foi encontrada no grupo de adultos, embora em menor freqüência. Não houve correlação entre sua presença e o comportamento maligno dos tumores adrenocorticais. Efeito fundador para a mutação Arg337His e inativação bialélica do p53, caracterizada pela presença da mutação Arg337His e a perda do cromossomo 17 foram demonstradas na maioria dos casos analisados. Finalmente, a instabilidade cromossômica envolvendo três ou mais cromossomos contribuiu para o diagnóstico de carcinoma adrenocortical / The incidence of adrenocortical tumors in the South region of Brazil is 10 to 15 times higher than the worldwide one. Mutations in the tumor suppressor p53 gene, located in chromosome 17p13.1, have been described in different human tumors. A germline mutation, Arg337His, in the tetramerization domain of the tumor suppressor P53 was identified in 35 of 36 children from the South region of Brazil. In the present study we have searched for Arg337His mutation in genomic DNA of 71 non-related patients, 41 adults and 30 children, with benign or malignant adrenocortical tumors. Additionally, we also analyzed the loss of heterozigosity of p53 locus, deletion mapping of chromosome 17 and chromosome instability, in genomic DNA of these patients. None of the patients had a familial history of Li-Fraumeni syndrome. Automatic sequencing identified the Arg337His mutation in genomic DNA from peripheral leukocytes and/or tumor tissues in 29 (24 children and 5 adults) of these 71 patients. In 10 families in which the study of both parent\'s DNA was possible, the Arg337His mutation was inherited from one of the parents. Sequencing analysis and/or enzymatic restriction showed that this mutation was not present in DNA of 160 non-related control subjects. Paired analysis of genomic DNA of peripheral leukocytes and tumor tissue revealed loss of heterozigosity of p53 locus in 18/21 (86%) patients with Arg337His mutation. There was no correlation between the presence of this mutation and the malignant behavior of these tumors. The study of two intragenic polymorphic markers of p53 through GeneScan software showed the association of the same haplotype with the Arg337His mutation in 91% of patients with adrenocortical tumors, indicating a common origin of this mutation. The study of 6 polymorphic markers along chromosome 17 (D17S926, VNTRP53, D17S1856, D17S942, D17S1351, D17S928) in paired genomic DNA of 29 patients showed an increased frequency (81%) of chromosome 17 loss in association with the presence of the Arg337His mutation. We did not observe any correlation between the loss of chromosome 17 and aggressive tumor behavior in these patients. In the 17 patients who lost chromosome 17, chromosome instability of chromosomes 2, 9 and 11 was identified in 47%, 47% e 71%, respectively. Loss of chromosomes 2 and 11 was observed in benign and malignant tumors, whereas the loss of chromosome 9 was observed exclusively on malignant tumors. Similarly, the concomitant loss of 3 or more chromosomes was only observed in malignant tumors. In conclusion we confirmed an increased frequency of Arg337His mutation in Brazilian children with benign or malignant adrenocortical tumors. This mutation was also found in the adult group, although at a lower frequency. There was no correlation between the presence of the mutation and the malignant behavior of adrenocortical tumor. We demonstrated a founder effect for this mutation and also a biallelic inactivation of p53 characterized by the presence of the Arg337His mutation and the loss of chromosome 17 in most of the cases studied. Finally, chromosome instability involving 3 or more chromosomes contributed for the diagnosis of adrenocortical carcinoma in these

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