Orientadores: Fernando Ferreira Costa, Anderson Ferreira da Cunha / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-16T20:38:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Brugnerotto_AnaFlavia_M.pdf: 5508751 bytes, checksum: b177c8643fd6a6d948194049324253a1 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: As síndromes talassêmicas compreendem um grupo heterogêneo de doenças hereditárias em que existe uma redução no ritmo de síntese de uma ou mais cadeias polipeptídicas da hemoglobina. Nas talassemias ß ocorre a supressão total ou parcial da produção de cadeias ß. O estado homozigótico da maioria das variantes genéticas da talassemia ß produz o quadro clínico da talassemia maior. Esses pacientes apresentam acentuada anemia e necessitam de transfusões sanguíneas regulares para sobreviverem. Os indivíduos heterozigotos para a talassemia ß apresentam, com raras exceções, apenas discreta anemia. Existem ainda alguns quadros clínicos não tão graves quanto à forma homozigótica clássica, geralmente não dependem de transfusões, que são denominados de talassemia intermediária. Os genes responsáveis pela síntese das cadeias da ß globina estão organizados em um cluster localizado no braço curto do cromossomo 11. Quase 200 alelos de talassemia ß já foram caracaterizados. Destes, 125 representam mutações pontuais em regiões funcionalmente importantes do gene, uma de particular interesse ao nosso estudo, é a mutação Cd 39 (C--T). Este trabalho teve como objetivo analisar o perfil global de expressão gênica de células CD 34+ de pacientes com talassemia ß, portadores da mesma mutação genética (Cd 39), mas com evoluções clínicas distintas, maior e intermediária, pelo método de SAGE (Serial Analysis of Gene Expression). Foram gerados 2718 trancritos únicos para o perfil de talassemia ß intermediária e 3052 para o perfil de talassemia ß maior, os quais foram classificados como genes identifcados, no matches, ESTs e outras sequências preditas e anotadas. As expressões de 14 genes foram quantificadas pela reação em cadeia da polimerase em tempo real nas amostras de células CD34+ dos pacientes talassêmicos intermediário e maior, com intuito de validar os resultados obtidos pelo SAGE. As expressões foram concordantes em 57,14% dos genes (ABCB10, APEX1, APOC1, EYA3, HMBS, OAZ1, SRGN, TAGLN2) e discordantes nos demais 42,85% (EIF5a, GRIN2C, HMGB1, NAE1, PCBP2, RAD23B). Quando ambos os perfis foram comparados entre si, 42 transcritos foram ditos como diferencialmente expresso (p<0,05). A análise funcional comparativa dos 42 transcritos diferencialmente expressos foi realizada de acordo com o Gene Ontology Consortium afim de obtermos a classificação funcional destes transcritos. Em conjunto, os resultados podem colaborar na identificação de transcritos importantes, que possam auxiliar na melhor compreensão da fisiopatologia desta doença e desempenhar papéis moduladores no fenótipo em talassemia ß / Abstract: Thalassemia syndromes are a heterogeneous group of hereditary diseases in which there is a reduction in the synthesis of one or more hemoglobin chains. In ß-thalassemia there is a reduction or total suppression of the expression of ß globin genes. The homozygous state of most ß-thalassemia genetic variants produces the clinical evolution of thalassemia major. These patients present severe anemia and require regular blood transfusions in order to survive. Heterozygous individuals present, with exceptions, discret anemia. There are some clinical evolutions that are not as severe as the classic homozygous form, which are often blood transfusion independent, named ß-thalassemia intemedia. The gene responsible for the synthesis of ß the globin chain is arranged in a cluster located on the short arm of cromossome 11. Nearly 200 ß-thalassemia alleles have been characterized. Of these, 125 represent mutations in functionally-important regions of the gene. A nonsense mutation, ie base substitution, which introduces a premature stop codon, destroying the normal reading and interfering in mRNA translation, is of particular interest to our study, especially the Cd 39 mutations (C--T). The aim of this study was to evaluate the global gene expression pattern of CD34+ culture cells from patients with ß-thalassemia, carrying the same genetic mutation (Cd 39) but with different phenotypes (major and intermedia), using Serial Analysis of Gene Expression (SAGE). Two SAGE profiles were gerated: INT and MAIOR. Comparison of the 2718 an 3052 distinct tags from the INT and MAIOR profiles, represented by identified trnacripts and novel tags, 42 tags demonstrated with a differential expression at a statistically significant level (p<0,05) and corresponded to known genes, ESTs or no matches. The expression of 14 genes was further investigated by the real-time polymerase chain reaction in cells cultured from patients with ß-thalassemia intermedia and major, with the purpose of to validating the results obtained by the SAGE method. Similar expressions were seen in 57.14% (ABCB10, APEX1, APOC1, EYA3, HMBS, OAZ1, SRGN, TAGLN2) and discordant expressions were seen in 42.85% (EIF5a, GRIN2C, HMGB1, NAE1, PCBP2, RAD23B). The functional classification was performed according to the Gene Ontology Consortium and a total of a 42 transcripts were submitted to functional classification. Together, our results may contribute to identify important transcripts that may play roles in modulating phenotype in ß-thalassemia and to better understand the pathophysiology of this disease / Mestrado / Ciencias Basicas / Mestre em Clinica Medica

Orientadores: Carmem Silvia Passos Lima, Fernando Ferreira Costa / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-09T04:25:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ortega_ManoelaMarques_D.pdf: 8882093 bytes, checksum: 7322fec26906786406c5385e9ac32926 (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: O mieloma múltiplo (MM) é uma doença neoplásica caracterizada pelo acúmulo de plasmócitos na medula óssea (MO) com conseqüente osteólise, comprometimento da hematopoese e da síntese das imunoglobulinas normais e com a produção de imunoglobulina monoclonal ou de seus fragmentos. A sobrevida observada para pacientes com a doença varia de alguns meses a dez anos ou mais, o que impõe a busca de fatores prognósticos para a identificação de grupos que devam receber tratamento mais agressivo para o controle da doença. As anormalidades do cariótipo foram descritas, em geral, como fatores com valor prognóstico desfavorável. Por outro lado, não se encontram suficientemente estabelecidos os valores prognósticos das anormalidades numéricas do cromossomo 17 e das deleções e mutações do gene p53 em pacientes com MM. Frente ao exposto, estes constituíram os objetivos deste estudo. Para cumprir tais objetivos, foram avaliados 60 pacientes com MM no período de março de 1999 a dezembro de 2000. A avaliação das anormalidades numéricas do cromossomo 17 foi realizada por meio da análise citogenética convencional e do método de hibridização in situ com fluorescência (FISH), enquanto que a avaliação das deleções do gene foi realizada por meio do método FISH. As mutações do gene p53 foram investigadas por meio da reação em cadeia da polimerase, do polimorfismo de conformação em hélice simples e de seqüenciamento. Não foram identificadas mutações do gene p53 em qualquer dos pacientes incluídos no estudo. Em contraste, as deleções do gene, predominantemente monoalélicas, foram identificadas em 15,7% deles. Observamos ainda, que os pacientes com a deleção do gene p53 apresentaram menor probabilidade de sobrevida do que aqueles sem a deleção do gene (P= 0,0006). A mediana dos tempos de sobrevida global de pacientes do primeiro grupo foi menor do que a observada em pacientes do segundo grupo (7,5 e 17,0 meses, respectivamente; P= 0,05). Frente a estes resultados, pudemos concluir que a deleção do gene p53 constituiu um fator preditivo de menor sObrevida,em nossos casos / Abstract: Multiple myeloma (MM) is a neoplastic disease characterized by the accumulation of plasma cells in the bone marrow (BM) with consequent osteolysis, comprimising hematopoiesis and the synthesis of normal immunoglobins and the production of monoclonal immunoglobin or its fragments. The survival observed for patients with the disease varies from a few months to ten years or more, which makes the search for prognostic factors for the identification of groups which require more aggressive treatment for the control of the disease. Abnormalities of the karyotype have been described, in general, as factors with desfavorable prognostic value. On the other hand, the prognostic values of the numerical abnormalities of chromosome 17, and of the deletions and mutations of the p53 gene have not been sufficientJy established as prognostic values in patients with MM.Thus, these were the objectives of this study. To view these objectives, 60 patients with MM were evaluated in the period of March, 1999 to December, 2000. The evaluation of the numerical abnormalities of chromossome 17 was performed by cytogenetic analysis and by the fluorescence in situ hybridization method (FISH), whilst the evaluation of p53 deletions was performed by FISH. The evaluation of p53 gene mutations was carried out using polymerase chain reaction, single strand conformation polymorphism and the sequencing. No mutations in the p53 gene were detected in any of the patients enroled in the study. In contrast, deletions of the gene, predominantly monoallelic, were identified in 15.7% of them. Furthermore, we observed that patients with p53 deletions demonstrated a lower probability of survival than those without gene deletion (P=0.0006). The median survival time of the patients of the first group was lower than that observed in the second group of patients (7.5 and 17.0 months, respectively; P= 0.05). From these results, we may condude that deletion of the p53 gene constituted a predictive factor of shorter survival, in our cases / Doutorado / Ciencias Basicas / Doutor em Clínica Médica

Orientadores: Fernando Ferreira Costa, Anderson Ferreira da Cunha / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-22T17:06:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Branco_DianaSantos_D.pdf: 12860329 bytes, checksum: 5c5da209d2a41c9596907283c3c9e5e8 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: Os mecanismos moleculares envolvidos no perfil de expressão durante a eritropoese tem sido objeto de numerosas investigações como, por exemplo, o estudo da regulação gênica em células de linhagem eritroide. Esses estudos permitem a identificação de novos genes com potencial participação nesse processo e, adicionalmente, possibilitam um melhor entendimento dos genes já identificados na maturação das células eritroides e que possam estar envolvidos na produção de hemoglobinas. Nosso grupo de pesquisa identificou os diversos genes diferencialmente expressos durante a eritropoese. Dentre eles, os fatores de transcrição, EYA3 e HES6 e a latexina, LX, apresentaram maior expressão na fase final da eritropoese in vitro. Nossos dados sugerem participação dos genes EYA3 e LX, nas fases intermediaria e final da diferenciação eritroide, na expressão dos genes das globinas alfa e gama e na produção de HbF in vitro. Adicionalmente, no modelo in vivo zebrafish, os genes eya1, eya2, eya3, eya4, hes6 e hes13 apresentaram padrão de expressão ubíquo, enquanto que o gene lxn apresentou expressão especifica na ICM, tornando-o o candidato mais promissor para ser silenciado. O silenciamento desse gene em zebrafish apresentou fenótipo anêmico em embriões 72hpf, mas não em 48hpf, sugerindo que a anemia e decorrente de um processo no final da diferenciação eritroide, corroborando os dados encontrados em cultura in vitro. Estudos adicionais são necessários para compreensão dos mecanismos e vias envolvidos na participação do gene LX, durante o processo de diferenciação eritroide. Outros genes com potencial participação no processo de eritropoese são CLPX, TRAK2 E GFI. O gene CLPX codifica a caseinolytic peptidase X, uma proteína xvii altamente conservada durante a evolução e que apresenta função de chaperona dependente de ATP. Os dados deste trabalho mostram que o silenciamento do gene clpx1 reduziu significativamente os níveis de hemoglobinizacao e produção de eritrócitos em zebrafish. Contudo, estudos adicionais para o gene clpx2 precisam ser realizados para melhor compreender a possível função desses genes na produção de Heme. O gene TRAK2, por sua vez, e uma Trafficking Protein, Kinesin-Binding 2, envolvida no movimento da mitocôndria ao longo dos microtubulos. Os resultados obtidos em colaboração com o pesquisador Jeffrey Miller, M.D. (NIH/NIDDK) mostraram envolvimento desse gene na eritropoese em modelo in vitro de cultura primaria. No presente estudo, dentre os ortologos para o gene TRAK2 humano avaliados, apenas o trak1.1 parece ter sua função conservada nos teleósteos. O silenciamento desse gene gerou fenótipo anêmico nos embriões avaliados, corroborando os dados obtidos originalmente em cultura de células primaria. Finalmente, os fatores de transcrição de zebrafish gfi1aa, gfi1ab e gfi1b, ortologos aos fatores de transcrição da família Grow Factor Independence (GFI) em humanos também tiveram seu papel avaliado na hematopoese. Nossos dados mostram participação de gf1aa fase inicial de hematopoese e de gf1b na hematopoese definitiva. Também foi determinada a relação epistática entre os fatores gfi e os fatores de transcrição chave hematopoiéticos, mostrando que gfi1aa e gfi1b, juntamente com lmo2, scl, runx-1 e c-myb atuam como reguladores de HSPC em teleósteos / Abstract: Molecular mechanisms involved in expression profile during erythropoiesis have been the subject of numerous investigations such study of gene regulation in erythroid cell culture. These studies allow us to identify new genes potentially involved in erythroid differentiation and additionally to investigate genes already known as regulators of red blood cells and hemoglobin production. Our research group identified several genes differentially expressed during erythropoiesis. Among them, the transcription factors, EYA3 and HES6 and the latexin, LX, were found to have higher expression in the final phase of the in vitro erythropoiesis. Our data suggest that EYA3 and LX, are involved in the intermediate and final stages of erythropoiesis, expression pattern of alfa and gama globin and HbF production in vitro. Additionally in zebrafish model, eya1, eya2, eya3, eya4, hes6 and hes13 showed a ubiquitous expression pattern, while lxn showed specific expression in the ICM, making it the most promising candidate to be knockdowned. lxn knockdown in zebrafish showed anemic phenotype at 72hpf embryos, but not at 48hpf, suggesting that the anemia results is due to a process in the end of the erythroid differentiation, corroborating the results found for in vitro cultures. Additional studies are necessary to understand the mechanisms and pathways involved in the participation of the LX, gene during the process of erythroid differentiation. CLPX, TRAK2 and GFI transcription factors are also potentially candidates to be involved in erythropoiesis. CLPX gene codes for caseinolytic peptidase X, a protein highly conserved during evolution, which presents an ATP-dependent chaperone function. Data from this study showed that clpx1 knockdown reduced significantly hemoglobinization levels and erythroid production in zebrafish. However, future studies xv for the clpx2 gene is needed to better understand the function of these genes in the heme production. TRAK2 gene, in turn, is a Trafficking Protein, Kinesin-Binding 2, involved in mitochondrial movement along microtubules. Results obtained in collaboration with the researcher Jeffrey Miller, M.D. (NIH/NIDDK), showed the involvement of this gene in erythropoiesis in primary culture in vitro models. In this study, from the orthologs for the human TRAK2 gene analyzed, only trak1.1 appears to have its function conserved in teleosts. The silencing of this gene generated anemic phenotype in the embryos tested, corroborating the original results obtained in primary cell culture. Finally, gfi1aa, gfi1ab and gfi1b zebrafish transcription factors, orthologous to the Grow Factor Independence (GFI) family transcription factors in humans, also had their function evaluated in hematopoiesis. Our data suggest is involved in the initial phase of hematopoiesis while gf1b has a role in the definite hematopoiesis. The epistatic relation between the gfi and the hematopoietic key transcription factors was also determined, showing that gfi1aa and gfi1b, together with lmo2, scl, runx-1 and c-myb also act as regulators of HSPC in teleosts / Doutorado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Doutora em Genética e Biologia Molecular