Orientador: Ricardo da Fonseca / Banca: Leonardo de Oliveira Seno / Banca: Francisco Ribeiro de Araújo Neto / Banca: Fernando Sebastián Baldi Rey / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Resumo: As características ligadas à eficiência reprodutiva são as que apresentam maior valor econômico na maioria dos sistemas de criação de carne ovina, pois estão intimamente ligadas à disponibilidade do produto final. Estimativas confiáveis de parâmetros genéticos são essenciais para a definição de índices de seleção e para determinar a resposta correlacionada sobre as demais características presentes no índice de seleção. Assim, esse trabalho teve por objetivo estimar componentes de (co)variância e parâmetros genéticos para características reprodutivas em ovinos da raça Santa Inês. Foram utilizados dados de 4.742 ovelhas pertencentes ao Programa de Melhoramento Genético da raça Santa Inês da Associação Sergipana de Criadores de Caprinos e Ovinos em parceria com a Universidade de São Paulo. Para o estudo foram consideradas as características: Idade ao primeiro parto (IPP), Intervalo de partos (IDP), Número de cordeiros nascidos por ovelha parida (NCN), Número de cordeiros desmamados por ovelha parida (NCD) e Habilidade de criação por ovelha parida (HC) definido como a razão entre NCN e NCD. Os componentes de (co)variância foram estimados por meio de análises bivariadas, sob modelo animal linear para IPP e IDP e limiar (threshold) para as demais características, utilizando o método da amostragem de Gibbs do programa THRGIBBS1F90. O número de iterações, tamanho do descarte e intervalo de descarte considerados foram 1.500.000, 500.000 e 250, respectivamente. As herdabilidades estimadas à posteriori foram de 0,239 ± 0,053 para IPP, 0,056 ± 0,022 para IDP, 0,098 ± 0,047 para NCN, 0,016 ± 0,01 para NCD e 0,019 ± 0,011 para HC. As correlações genéticas estimadas à posteriori entre as características variaram -0,62 entre NCN e HC a 0,82 entre NCD e HC. As correlações fenotípicas à posteriori entre IPP e IDP e cada uma com as demais características foram de baixa magnitude, próximas a... / Abstract: Reproductive efficiency traits are of significant economic importance as they relate to the source income of sheep meat enterprise. Reliable genetic parameters are essential for selection index design and to determine the correlated response to selection that will occur in other traits in a selection index. Thus, the aim of this study was to estimate (co)variance components and parameter genetics for reproductive traits in Santa Inês sheep. Data included records of 4,742 Santa Inês sheep from Santa Inês Breeding Program of Sergipe State Sheep and Goats Breeders Association and University of São Paulo. In the first part, studied traits were age at first lambing (AFL), Lambing Interval (LI), Litter size at birth per ewe lambing(LSB), Litter size at weaning per ewe lambing and Ewe rearing ability per ewe lambing (RA) defined as lambs weaned per lamb born. The (co)variance components were estimated by bivariate analysis using Gibbs sampling methodology with THRGIBBS1F90 software and number of iterations, length of burn-in and sampling interval were 1,500,000, 500,000 and 250, respectively. For AFL and LI, a linear model was applied and for LSB, LSW and RA, a threshold model. Posterior means of heritability were 0.239 ± 0.053 for AFL, 0.056 ± 0.022 for LI, 0.098 ± 0.047 for LSB, 0.016 ± 0.01 for LSW and 0.019 ± 0.011 for RA. Posterior means of genetic correlation among reproductive traits ranged from -0.62 between LSB and RA to 0,82 between LSW and RA. Posterior means of phenotypic correlation between AFL and LI and each one among the others were low, close to zero. The phenotypic correlation were positive and medium between LSB and LSW (0.44 ± 0.02), medium and negative between LSB and RA (0.37 ± 0.02) and were high and positive between LSW and RA (0.98 ± 0.00). Reasonable genetic progress can be obtained in sexual precocity using age at first lambing as selection criteria. Large influences of environmental effects on LI, LSB ... / Doutor

Orientador: Humberto Tonhati / Coorientador: Rusbel Raul Aspilcueta Borquis / Banca: Newton Tamassia Pégolo / Banca: Francisco Ribeiro de Araújo Neto / Banca: Danísio Prado Munari / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Resumo: A expansão dos programas de melhoramento de gado de corte buscam animais com maior peso ao abate em idades mais jovens associados a diversidade de climas aumentou o interesse por estudos com interação genótipo ambiente (G x A). Uma alternativa para identificar animais de maior potencial genético em idade jovens é a inclusão das informações genômicas nas avaliações genéticas. Com este trabalho objetivou-se analisar modelos de normas de reação com a inclusão da informação genômica por meio da matriz de relacionamento com pedigree e genótipos e identificar regiões genômicas associadas com o peso ao sobreano. Foram utilizados registros de peso de bovinos da raça Nelore com aproximadamente 520 dias de idade. Foram genotipados 5.091 animais com um painel de 777.962 SNPs (Illumina BovineHD Beadchip). As estimativas dos componentes de variância foram obtidas pela máxima verossimilhança restrita para os modelos com a matriz A-1 e H-1. Para comparar a habilidade de predição dos métodos no gradiente ambiental (GA) foram calculadas: a correlação entre o valor genômico (GEBV) e o fenótipo predito; a correlação foi dividida pela raiz quadrada da herdabilidade referente ao GA. A população de validação foi composta por animais nascidos entre 2009 e 2011. Os resultados das análises de associação genômica ampla foram apresentados com base na proporção de variância explicada em janelas de 200 SNPs adjacentes, e foram consideradas as duas janelas de maior valor. No Capítulo 2, os GAs foram considerados por fazenda e ano de nascimento dos animais. Os resultados para os parâmetros genéticos indicam que houve G x A, e que o modelo com a matriz H foi, em média, 19% superior ao modelo com a matriz A. Os cromossomos 14 e 27 se destacaram nos GAs. No capítulo 3, foi utilizado um processo iterativo proposto na literatura na definição dos GA. Os resultados dos componentes... / Abstract: The growing of beef cattle breeding programs and the demand for animals for slaughter at young ages related with variety of climates conduced researches in genotype environmental interaction (GxE). The way to choose the top animals in young ages is include the genomic information on genetic evaluations. The aim of this study was to examine reaction norm models with genomic information by the relationship matrix with pedigree plus genotypes and looking for related genes with the yearling weight. The yearling weights from Nellore animals with about 520 days of age were used. A total of 5.091 animals were genotyped with a panel of 777,962 SNPs (IlluminaBovineHDBeadchip). The variance components were estimated through restricted maximum likelihood with A -1 and H -1 matrix. To compare the predictive ability of the methods, the following procedures were used: correlation between the genomic values (GEBV) and the predicted phenotypes and the correlation value divided by the square root of the heritability for each GA. Genotyped animals born between 2009 and 2011 were the test population. The results of the genome association analysis (GWAS) have been presented based on the proportion of variance explained by windows of 200 adjacent SNPs; and the top of two windows were studied. In chapter 2 the environmental gradients (EG) were composed by farm and birth age effects. Estimates of genetic parameters suggest the GxE; and the model with H matrix was 19% higher compared with the model with only pedigree on relationship matrix. Chromosomes 14 and 27 were the most important on the EG. In chapter 3 the EG were based on iterative process proposed in prior researches. The results of variance components for intercept and slope were almost the same for both models. The CSDM3 was the most important gene identified on reaction norm slope, because it was found in beef cattle before / Doutor

Made available in DSpace on 2016-03-07T19:20:44Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-07-30. Added 1 bitstream(s) on 2016-03-07T19:24:22Z : No. of bitstreams: 1 000858101.pdf: 926291 bytes, checksum: 660d4582b79e99e824b748dfc9ba03c3 (MD5) / As características ligadas à eficiência reprodutiva são as que apresentam maior valor econômico na maioria dos sistemas de criação de carne ovina, pois estão intimamente ligadas à disponibilidade do produto final. Estimativas confiáveis de parâmetros genéticos são essenciais para a definição de índices de seleção e para determinar a resposta correlacionada sobre as demais características presentes no índice de seleção. Assim, esse trabalho teve por objetivo estimar componentes de (co)variância e parâmetros genéticos para características reprodutivas em ovinos da raça Santa Inês. Foram utilizados dados de 4.742 ovelhas pertencentes ao Programa de Melhoramento Genético da raça Santa Inês da Associação Sergipana de Criadores de Caprinos e Ovinos em parceria com a Universidade de São Paulo. Para o estudo foram consideradas as características: Idade ao primeiro parto (IPP), Intervalo de partos (IDP), Número de cordeiros nascidos por ovelha parida (NCN), Número de cordeiros desmamados por ovelha parida (NCD) e Habilidade de criação por ovelha parida (HC) definido como a razão entre NCN e NCD. Os componentes de (co)variância foram estimados por meio de análises bivariadas, sob modelo animal linear para IPP e IDP e limiar (threshold) para as demais características, utilizando o método da amostragem de Gibbs do programa THRGIBBS1F90. O número de iterações, tamanho do descarte e intervalo de descarte considerados foram 1.500.000, 500.000 e 250, respectivamente. As herdabilidades estimadas à posteriori foram de 0,239 ± 0,053 para IPP, 0,056 ± 0,022 para IDP, 0,098 ± 0,047 para NCN, 0,016 ± 0,01 para NCD e 0,019 ± 0,011 para HC. As correlações genéticas estimadas à posteriori entre as características variaram -0,62 entre NCN e HC a 0,82 entre NCD e HC. As correlações fenotípicas à posteriori entre IPP e IDP e cada uma com as demais características foram de baixa magnitude, próximas a... / Reproductive efficiency traits are of significant economic importance as they relate to the source income of sheep meat enterprise. Reliable genetic parameters are essential for selection index design and to determine the correlated response to selection that will occur in other traits in a selection index. Thus, the aim of this study was to estimate (co)variance components and parameter genetics for reproductive traits in Santa Inês sheep. Data included records of 4,742 Santa Inês sheep from Santa Inês Breeding Program of Sergipe State Sheep and Goats Breeders Association and University of São Paulo. In the first part, studied traits were age at first lambing (AFL), Lambing Interval (LI), Litter size at birth per ewe lambing(LSB), Litter size at weaning per ewe lambing and Ewe rearing ability per ewe lambing (RA) defined as lambs weaned per lamb born. The (co)variance components were estimated by bivariate analysis using Gibbs sampling methodology with THRGIBBS1F90 software and number of iterations, length of burn-in and sampling interval were 1,500,000, 500,000 and 250, respectively. For AFL and LI, a linear model was applied and for LSB, LSW and RA, a threshold model. Posterior means of heritability were 0.239 ± 0.053 for AFL, 0.056 ± 0.022 for LI, 0.098 ± 0.047 for LSB, 0.016 ± 0.01 for LSW and 0.019 ± 0.011 for RA. Posterior means of genetic correlation among reproductive traits ranged from -0.62 between LSB and RA to 0,82 between LSW and RA. Posterior means of phenotypic correlation between AFL and LI and each one among the others were low, close to zero. The phenotypic correlation were positive and medium between LSB and LSW (0.44 ± 0.02), medium and negative between LSB and RA (0.37 ± 0.02) and were high and positive between LSW and RA (0.98 ± 0.00). Reasonable genetic progress can be obtained in sexual precocity using age at first lambing as selection criteria. Large influences of environmental effects on LI, LSB ...

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-05-10T18:44:12Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 437834 bytes, checksum: a9362b709e4bab8e60ce9fbd5d55af52 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-10T18:44:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 437834 bytes, checksum: a9362b709e4bab8e60ce9fbd5d55af52 (MD5) Previous issue date: 2002-02-25 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O presente trabalho utilizou dados simulados pelo programa GENESYS, com o objetivo de verificar o efeito das diferentes combinações de fatores de ponderação sobre características de alta, média e baixa herdabilidade, utilizando-se BLUP, seleção individual e índice de seleção. Nesse sentido, foi simulado um genoma constituído de três características quantitativas, governadas por 250 locos por característica, distribuídos em 20 pares de cromossomos de tamanho aleatório. A partir deste genoma, foi simulada uma população-base, constituída de 1.000 animais (500 machos e 500 fêmeas), considerando-se três características, com herdabilidades alta (0,60), média (0,30) e baixa (0,10). Dessa forma, a população inicial foi constituída de 10 machos, 100 fêmeas e 5 filhos/fêmea tomados ao acaso da população. Nesta população iniciou-se o processo de avaliações genéticas, utilizando os três métodos de seleção por 10 gerações de seleção. O processo de seleção foi repetido para cada método 10 vezes, com o propósito de avaliar o efeito da flutuação genética atribuída à amostragem gamética. Foram avaliadas as combinações de fatores de ponderação para as características de alta, média e baixa herdabilidade: 0,00-0,00-1,00; 0,05-0,05-0,90; 0,10-0,10- 0,80; 0,10-0,20-0,70; 0,20-0,30-0,50; e 0,33-0,33-0,34. Os resultados de ganhos fenotípicos para a característica de baixa herdabilidade, obtidos através do índice de seleção, revelou aumento de até 615% quando a seleção focalizou somente essa característica, características; de média e alta herdabilidade apresentaram perdas em seus ganhos fenotípicos de 97 e 92%, respectivamente. As variações observadas para ganhos e perdas por fixação de alelos favoráveis e desfavoráveis foram relativamente pequenas e atribuídas, possivelmente, às oscilações gênicas. Da mesma forma, a redução na variabilidade genética foi mais acentuada para as combinações estudadas ao final das 10 gerações de seleção. A seleção individual também apresentou acréscimos nos ganhos fenotípicos à medida que maiores valores foram atribuídos às características. Os valores fenotípicos observados foram altos para a característica de baixa herdabilidade quando o BLUP foi utilizado. A maior variação, de 445%, foi verificada entre as combinações 0,10-0,10-0,80 e 0,10-0,20-0,70. O estudo também revelou que grande parte dos ganhos fenotípicos na característica de baixa herdabilidade foi perdida para as demais características apenas pela perda de uma unidade no fator de ponderação para esta característica. Comparando os três métodos de seleção dentro de cada combinação de fatores de ponderação, verificou-se a superioridade do BLUP na maioria dos casos, para todas as características estudadas. / The data simulated by the “Genesys” program in the present study were used to verify the effects from different combinations of the weighing factors on the traits for high, medium and low heritabilities, by using the BLUP, individual selection, and selection index methods. So, a simulation was performed for a genome consisting of three qualitative traits each one governed by 250 loci distributed into 20 pairs of randomly sized chromosomes. A base-population constituted by 1.000 animals (500 males and 500 females) was simulated from this genome, by considering three traits with high (0.60), medium (0.30) and low (0.10) heritabilities. Thus, the initial population consisted of 10 males, 100 females and 5 offsprings/female randomly taken from the population. The genetic evaluation process was began in this population, by using those three selection methods for each 10 selected generations. The selection process was repeated 10 times for each method in order to evaluate the effects of the genetic fluctuations attributed to the gamete sampling. The combinations of the weighing factors, that is, 0.00- 0.00-1.00; 0.05-0.05-0.90; 0.10-0.10-0.80; 0.10-0.20-0.70; 0.20-0.30-0.50, and 0.33-0.33-0.34 were evaluated for the traits of high, medium, and low heritabilities. The results of the phenotypic gains for low heritability, obtained through selection index, showed an increase up to 615% when the selection focused only upon this trait, while the medium and high heritabilities presented losses of 97% and 92% in their phenotypic gains, respectively. The variation observed in the gains and losses by fixation of both favorable and unfavorable alleles were relatively low and probably is due to gene oscillations. After 10 selected generations, a higher reduction occurred in the genetic variability. The individual selection also presented increments in the phenotypic gains as higher values were attributed to the traits. High phenotypic values were observed for low heritability, when using the BLUP method. The highest variation (445%) was found among the combinations 0.10-0.10-0.80 and 0.10-0.20-0.70. This study also showed that a great part of the phenotypic gains in the trait of low heritability was lost for the other traits, just due to a lost unit in the weighing factor for this trait. When comparing those three selection methods within each combination of the weighing factors, the superiority of the BLUP method was shown in most cases for all studied traits. / Tese importada do Alexandria

O objetivo da presente pesquisa foi fornecer subsídios, visando ao controle de Diatraea saccharalis (Fabricius, 1794) em milho, com o parasitóide de ovos Trichogramma galloi Zucchi, 1988. Foram realizados estudos do parasitóide, incluindo seleção de linhagens, efeito de fatores abióticos (temperatura e alimento) sobre parâmetros biológicos e de parasitismo, bem como comportamento de postura de D. saccharalis em milho. A seleção de linhagens foi conduzida nas temperaturas de 25 e 30°C e o efeito da temperatura sobre a longevidade e a capacidade de parasitismo foi estudado em 15 condições térmicas (na faixa de 10 a 38°C). O efeito de quatro tipos de alimentos foi avaliado sobre a longevidade e a capacidade de parasitismo. O comportamento de postura de D. saccharalis foi observado em dois níveis de infestação (dois e dez casais por planta). Constatou-se que a linhagem G16080 foi a mais adequada para liberações visando ao controle de D. saccharalis, com base na capacidade de parasitismo e na duração do ciclo e por ter apresentado desempenho equivalente na faixa de 25 a 30°C. A maior capacida de de parasitismo de T. galloi linhagem G16080 ocorreu entre 20 e 28°C, embora ten ha havido parasitismo em todas as temperaturas na faixa de 10 a 38ºC. Não houve correlação entre a longevidade e parasitismo, havendo uma concentração deste parasitismo quando o inseto viveu menos. A presença do hospedeiro interferiu na longevidade de T. galloi linhagem G16080. Considerando-se o parasitismo, mel puro e a solução de pólen são os alimentos mais adequados para T. galloi linhagem G16080. Com ou sem o hospedeiro, mel + pólen foi o alimento que proporcionou a maior longevidade para T. galloi linhagem G16080. Independentemente do nível populacional de D. saccharalis, houve uma acentuada preferência pela região do colmo para postura, em relação às folhas de milho de 45 dias de idade, o que pode definir a amostragem e a forma de liberação do parasitóide. / The objective of this study was to provide information aiming to control Diatraea saccharalis (Fabricius, 1794) in corn with the egg parasitoid Trichogramma galloi Zucchi, 1988. Studies realized on the parasitoid included strain selection; effect of abiotic factors (temperature and food) on biological parameters and parasitism as well as oviposition behavior of D. saccharalis in corn. Strain selection was conducted at a temperature of 25 and 30°C and the effect of temper ature on longevity and parasitism capacity was studied at 15 temperature conditions (in the range of 10 to 38°C). The effect of four types of food sources was evaluated on longevity and parasitism capacity. The oviposition behavior of D. saccharalis was observed in two levels of infestation (two and ten couples per plant). It was verified that the strain G16080 was more suitable for release with the aim to control D. saccharalis based on the parasitism capacity and duration of the life cycle and having equivalent performance at a temperature range of 25 to 30°C. The highest rate of parasitism by the T. galloi strain G16080 occurred between 20 and 28°C, althoug h there was parasitism in all other temperature ranges of 10 to 38ºC. There was no correlation between longevity and parasitism, with concentration of this parasitism when the insect lived less. The presence of the host interfered with longevity of the T. galloi strain G16080. Considering parasitism, pure honey and the pollen solution are more suitable as food for T. galloi strain G16080. With or without the host, honey + pollen was the food that produced the highest longevity for T. galloi strain G16080. Irrespective of the population level of D. saccharalis, there was a clear preference for oviposition on the stem in relation to 45 day old corn leaves that could define sampling and the form of release of the parasitoid.

O objetivo da presente pesquisa foi fornecer subsídios, visando ao controle de Diatraea saccharalis (Fabricius, 1794) em milho, com o parasitóide de ovos Trichogramma galloi Zucchi, 1988. Foram realizados estudos do parasitóide, incluindo seleção de linhagens, efeito de fatores abióticos (temperatura e alimento) sobre parâmetros biológicos e de parasitismo, bem como comportamento de postura de D. saccharalis em milho. A seleção de linhagens foi conduzida nas temperaturas de 25 e 30°C e o efeito da temperatura sobre a longevidade e a capacidade de parasitismo foi estudado em 15 condições térmicas (na faixa de 10 a 38°C). O efeito de quatro tipos de alimentos foi avaliado sobre a longevidade e a capacidade de parasitismo. O comportamento de postura de D. saccharalis foi observado em dois níveis de infestação (dois e dez casais por planta). Constatou-se que a linhagem G16080 foi a mais adequada para liberações visando ao controle de D. saccharalis, com base na capacidade de parasitismo e na duração do ciclo e por ter apresentado desempenho equivalente na faixa de 25 a 30°C. A maior capacida de de parasitismo de T. galloi linhagem G16080 ocorreu entre 20 e 28°C, embora ten ha havido parasitismo em todas as temperaturas na faixa de 10 a 38ºC. Não houve correlação entre a longevidade e parasitismo, havendo uma concentração deste parasitismo quando o inseto viveu menos. A presença do hospedeiro interferiu na longevidade de T. galloi linhagem G16080. Considerando-se o parasitismo, mel puro e a solução de pólen são os alimentos mais adequados para T. galloi linhagem G16080. Com ou sem o hospedeiro, mel + pólen foi o alimento que proporcionou a maior longevidade para T. galloi linhagem G16080. Independentemente do nível populacional de D. saccharalis, houve uma acentuada preferência pela região do colmo para postura, em relação às folhas de milho de 45 dias de idade, o que pode definir a amostragem e a forma de liberação do parasitóide. / The objective of this study was to provide information aiming to control Diatraea saccharalis (Fabricius, 1794) in corn with the egg parasitoid Trichogramma galloi Zucchi, 1988. Studies realized on the parasitoid included strain selection; effect of abiotic factors (temperature and food) on biological parameters and parasitism as well as oviposition behavior of D. saccharalis in corn. Strain selection was conducted at a temperature of 25 and 30°C and the effect of temper ature on longevity and parasitism capacity was studied at 15 temperature conditions (in the range of 10 to 38°C). The effect of four types of food sources was evaluated on longevity and parasitism capacity. The oviposition behavior of D. saccharalis was observed in two levels of infestation (two and ten couples per plant). It was verified that the strain G16080 was more suitable for release with the aim to control D. saccharalis based on the parasitism capacity and duration of the life cycle and having equivalent performance at a temperature range of 25 to 30°C. The highest rate of parasitism by the T. galloi strain G16080 occurred between 20 and 28°C, althoug h there was parasitism in all other temperature ranges of 10 to 38ºC. There was no correlation between longevity and parasitism, with concentration of this parasitism when the insect lived less. The presence of the host interfered with longevity of the T. galloi strain G16080. Considering parasitism, pure honey and the pollen solution are more suitable as food for T. galloi strain G16080. With or without the host, honey + pollen was the food that produced the highest longevity for T. galloi strain G16080. Irrespective of the population level of D. saccharalis, there was a clear preference for oviposition on the stem in relation to 45 day old corn leaves that could define sampling and the form of release of the parasitoid.