Cette thèse propose une méthode et un système d'identification d'entités (personnes, lieux, organisations) mentionnées au sein des contenus textuels produits par l'Agence France Presse dans la perspective de l'enrichissement automatique de ces contenus. Les différents domaines concernés par cette tâche ainsi que par l'objectif poursuivi par les acteurs de la publication numérique de contenus textuels sont abordés et mis en relation : Web Sémantique, Extraction d'Information et en particulier Reconnaissance d'Entités Nommées (\ren), Annotation Sémantique, Liage d'Entités. À l'issue de cette étude, le besoin industriel formulé par l'Agence France Presse fait l'objet des spécifications utiles au développement d'une réponse reposant sur des outils de Traitement Automatique du Langage. L'approche adoptée pour l'identification des entités visées est ensuite décrite : nous proposons la conception d'un système prenant en charge l'étape de \ren à l'aide de n'importe quel module existant, dont les résultats, éventuellement combinés à ceux d'autres modules, sont évalués par un module de Liage capable à la fois (i) d'aligner une mention donnée sur l'entité qu'elle dénote parmi un inventaire constitué au préalable, (ii) de repérer une dénotation ne présentant pas d'alignement dans cet inventaire et (iii) de remettre en cause la lecture dénotationnelle d'une mention (repérage des faux positifs). Le système \nomos est développé à cette fin pour le traitement de données en français. Sa conception donne également lieu à la construction et à l'utilisation de ressources ancrées dans le réseau des \ld ainsi que d'une base de connaissances riche sur les entités concernées.

Pour demeurer compétitives, de plus en plus d'entreprises sont amenées à collaborer dans le cadre des entreprises étendues ou des réseaux d'entreprises. Ce type d'organisation nécessite l'interconnexion d'une multitude de systèmes d'entreprises, hétérogènes que ce soit par les fonctions qu'ils assurent ou par leurs conceptions (modèles, architectures, ...). Typiquement, ceci renvoie au concept de l'interopérabilité, définie par la capacité des systèmes ou des organisations à fournir ou à accepter des services et à utiliser ces services pour opérer efficacement ensemble. L'échange de l'information et le partage des connaissances (interopérabilité technique) entre les différents systèmes d'information sont désormais des atouts majeurs pour favoriser l'activité collaborative de création de valeur. Le développement de nouvelles technologies et la mise en place de standards a contribué à résoudre (partiellement au moins) ce problème d'interopérabilité technique. Cependant, ce n'est pas suffisant pour garantir l'interopérabilité à un niveau conceptuel : c'est-à-dire garantir que les modèles issus d'une ingénierie peuvent être partagés et compris par rapport à une sémantique commune, et utilisés par les différents systèmes d'entreprise pour réaliser une mission globale. L'approche de gestion du cycle de vie du produit (PLM) est considérée comme une solution essentielle pour faciliter le partage de modèles relatifs à des produits fabriqués. Elle vise à fournir une plate-forme commune qui rassemble les différents systèmes de l'entreprise à chaque étape du cycle de vie du produit dans ou à travers les entreprises. Bien que les principaux éditeurs de logiciels fassent des efforts pour créer des outils offrant un ensemble complet et intégré de modèles, la plupart d'entre eux n'intègrent pas une gestion cohérente des connaissances formalisées dans ces modèles spécifiques à chaque métier. L'hétérogénéité tant syntaxique que sémantique de ces modèles est souvent source d'une interprétation erronée des spécifications produites par chaque environnement de modélisation. L'objectif de cette thèse est ainsi de proposer une méthode, une formalisation et des outils pour prendre en compte, tout au long du cycle de vie d'un produit, l'ensemble des connaissances tacites et explicites sous la forme d'annotations sémantiques formelles qui peuvent favoriser la compréhension partagée ainsi qu'une vérification de cohérence des modèles produits, dans un contexte PLM.

La thèse décrit un processus d’extraction d’informations causales dans les textes économiques qui, contrairement à l’économétrie, se fonde essentiellement sur des ressources linguistiques. En effet, l’économétrie appréhende la notion causale selon des modèles mathématiques et statistiques qui aujourd’hui sont sujets à controverses. Aussi, notre démarche se propose de compléter ou appuyer les modèles économétriques. Il s’agit d’annoter automatiquement des segments textuels selon la méthode de l’exploration contextuelle (EC). L’EC est une stratégie linguistique et computationnelle qui vise à extraire des connaissances selon un point de vue. Par conséquent, cette contribution adopte le point de vue discursif de la causalité où les catégories sont structurées dans une carte sémantique permettant l’élaboration des règles abductives implémentées dans les systèmes EXCOM2 et SEMANTAS. / The thesis describes a process of extraction of causal information, which contrary to econometric, is essentially based on linguistic knowledge. Econometric exploits mathematic or statistic models, which are now, subject of controversy. So, our approach intends to complete or to support the econometric models. It deals with to annotate automatically textual segments according to Contextual Exploration (CE) method. The CE is a linguistic and computational strategy aimed at extracting knowledge according to points of view. Therefore, this contribution adopts the discursive point of view of causality where the categories are structured in a semantic map. These categories allow to elaborate abductive rules implemented in the systems EXCOM2 and SEMANTAS.

La formalisation des données cliniques est réalisée et adoptée dans plusieurs domaines de la santé comme la prévention des erreurs médicales, la standardisation, les guides de bonnes pratiques et de recommandations. Cependant, la communauté n'arrive pas encore à tirer pleinement profit de la valeur de ces données. Le problème majeur reste la difficulté à intégrer ces données et des services sémantiques associés au profit de la qualité de soins. Objectif L'objectif méthodologique de ce travail consiste à formaliser, traiter et intégrer les connaissances d'histopathologie et d'imagerie basées sur des protocoles standardisés, des référentiels et en utilisant les langages du web sémantique. L'objectif applicatif est de valoriser ces connaissances dans une plateforme pour faciliter l'exploration des lames virtuelles (LV), améliorer la collaboration entre pathologistes et fiabiliser les systèmes d'aide à la décision dans le cadre spécifique du diagnostic du cancer du sein. Il est important de préciser que notre but n'est pas de remplacer le clinicien, mais plutôt de l'accompagner et de faciliter ses lourdes tâches quotidiennes : le dernier mot reste aux pathologistes. Approche Nous avons adopté une approche transversale pour la représentation formelle des connaissances d'histopathologie et d'imagerie dans le processus de gradation du cancer. Cette formalisation s'appuie sur les technologies du web sémantique. / Semantic modelling of a histopathology image exploration and analysis tool. Recently, anatomic pathology (AP) has seen the introduction of several tools such as high-resolution histopathological slide scanners, efficient software viewers for large-scale histopathological images and virtual slide technologies. These initiatives created the conditions for a broader adoption of computer-aided diagnosis based on whole slide images (WSI) with the hope of a possible contribution to decreasing inter-observer variability. Beside this, automatic image analysis algorithms represent a very promising solution to support pathologist’s laborious tasks during the diagnosis process. Similarly, in order to reduce inter-observer variability between AP reports of malignant tumours, the College of American Pathologists edited 67 organ-specific Cancer Checklists and associated Protocols (CAP-CC&P). Each checklist includes a set of AP observations that are relevant in the context of a given organ-specific cancer and have to be reported by the pathologist. The associated protocol includes interpretation guidelines for most of the required observations. All these changes and initiatives bring up a number of scientific challenges such as the sustainable management of the available semantic resources associated to the diagnostic interpretation of AP images by both humans and computers. In this context, reference vocabularies and formalization of the associated knowledge are especially needed to annotate histopathology images with labels complying with semantic standards. In this research work, we present our contribution in this direction. We propose a sustainable way to bridge the content, features, performance and usability gaps between histopathology and WSI analysis.

L’objectif de cette thèse est d’instrumentaliser des moyens, centrés utilisateur, de représentation, d’acquisition, d’enrichissement et d’exploitation des métadonnées décrivant des documents multimédias socio-personnels. Afin d’atteindre cet objectif, nous avons proposé un modèle d’annotation, appelé SeMAT avec une nouvelle vision du contexte de prise de vue. Nous avons proposé d’utiliser des ressources sémantiques externes telles que GeoNames , et Wikipédia pour enrichir automatiquement les annotations partant des éléments de contexte capturés. Afin d’accentuer l’aspect sémantique des annotations, nous avons modélisé la notion de profil social avec des outils du web sémantique en focalisant plus particulièrement sur la notion de liens sociaux et un mécanisme de raisonnement permettant d’inférer de nouveaux liens sociaux non explicités. Le modèle proposé, appelé SocialSphere, construit un moyen de personnalisation des annotations suivant la personne qui consulte les documents (le consultateur). Des exemples d’annotations personnalisées peuvent être des objets utilisateurs (e.g. maison, travail) ou des dimensions sociales (e.g. ma mère, le cousin de mon mari). Dans ce cadre, nous avons proposé un algorithme, appelé SQO, permettant de suggérer au consultateur des dimensions sociales selon son profil pour décrire les acteurs d’un document multimédia. Dans la perspective de suggérer à l’utilisateur des évènements décrivant les documents multimédias, nous avons réutilisé son expérience et l’expérience de son réseau de connaissances en produisant des règles d’association. Dans une dernière partie, nous avons abordé le problème de correspondance (ou appariement) entre requête et graphe social. Nous avons proposé de ramener le problème de recherche de correspondance à un problème d’isomorphisme de sous-graphe partiel. Nous avons proposé un algorithme, appelé h-Pruning, permettant de faire une correspondance rapprochée entre les nœuds des deux graphes : motif (représentant la requête) et social. Pour la mise en œuvre, nous avons réalisé un prototype à deux composantes : web et mobile. La composante mobile a pour objectif de capturer les éléments de contexte lors de la création des documents multimédias socio-personnels. Quant à la composante web, elle est dédiée à l’assistance de l’utilisateur lors de son annotation ou consultation des documents multimédias socio-personnels. L’évaluation a été effectuée en se servant d’une collection de test construite à partir du service de médias sociaux Flickr. Les tests ont prouvé : (i) l’efficacité de notre approche de recherche dans le graphe social en termes de temps d’exécution ; (ii) l’efficacité de notre approche de suggestion des événements (en effet, nous avons prouvé notre hypothèse en démontrant l’existence d’une cooccurrence entre le contexte spatio-temporel et les événements) ; (iii) l’efficacité de notre approche de suggestion des dimensions sociales en termes de temps d’exécution. / The overall objective of this thesis is to exploit a user centric means of representation, acquisition, enrichment and exploitation of multimedia document metadata. To achieve this goal, we proposed an annotation model, called SeMAT with a new vision of the snapshot context. We proposed the usage of external semantic resources (e.g. GeoNames ,, Wikipedia , etc.) to enrich the annotations automatically from the snapshot contextual elements. To accentuate the annotations semantic aspect, we modeled the concept of ‘social profile’ with Semantic web tools by focusing, in particular, on social relationships and a reasoning mechanism to infer a non-explicit social relationship. The proposed model, called SocialSphere is aimed to exploit a way to personalize the annotations to the viewer. Examples can be user’s objects (e.g. home, work) or user’s social dimensions (e.g. my mother, my husband's cousin). In this context, we proposed an algorithm, called SQO to suggest social dimensions describing actors in multimedia documents according to the viewer’s social profile. For suggesting event annotations, we have reused user experience and the experience of the users in his social network by producing association rules. In the last part, we addressed the problem of pattern matching between query and social graph. We proposed to steer the problem of pattern matching to a sub-graph isomorphism problem. We proposed an algorithm, called h-Pruning, for partial sub-graph isomorphism to ensure a close matching between nodes of the two graphs: motive (representing the request) and the social one. For implementation, we realized a prototype having two components: mobile and web. The mobile component aims to capture the snapshot contextual elements. As for the web component, it is dedicated to the assistance of the user during his socio-personnel multimedia document annotation or socio-personnel multimedia document consultation. The evaluation have proven: (i) the effectiveness of our exploitation of social graph approach in terms of execution time, (ii) the effectiveness of our event suggestion approach (we proved our hypothesis by demonstrating the existence of co-occurrence between the spatio-temporal context and events), (iii) the effectiveness of our social dimension suggestion approach in terms of execution time.

Quand des entreprises collaborent entre elles pour atteindre leurs objectifs métiers, des problèmes d'interopérabilité seront rencontrés. Afin de résoudre ces problèmes, nous étudions les domaines suivants : les processus métier collaboratifs, MDA, SOA, ESB et l'ontologie. Nous proposons alors un cadre intégrant ces cinq domaines pour les solutions TI (technologies de l’'information) aux problèmes d'interopérabilité. Pour construire ce cadre, nous proposons une Méthode Basée sur des Processus pour l'Interopérabilité d'Entreprise (MBPIE), qui utilise des processus collaboratifs pour représenter des exigences de collaboration. MBPIE transforme des processus collaboratifs en plusieurs processus d'interopérabilité exécutables par des transformations de modèles. En MBPIE, l'ontologie est utilisée pour annoter les processus collaboratifs. Pendant la transformation des processus, de nouvelles informations ontologiques sont ajoutées dans les processus pour les rendre exécutables. Nous avons conçu un bus de services sémantiques Basé sur l'Ontologie et Dirigé par des Buts (BODB) pour supporter l'exécution des processus d'interopérabilité. Ce bus est basé sur un mécanisme symétrique pour l'invocation de services sémantiques. Ce mécanisme utilise l’extension de SOAP (Simple Object Access Protocol) qui est composée de trois parties : le format des messages BODB, le module BODB et le modèle de traitement BODB. Ce mécanisme a trois propriétés de transparence (emplacement, sémantique et technique) qui sont essentielles à l'exécution des processus d'interopérabilité. Ensemble, MBPIE et le bus constituent une approche fédérée pour résoudre les problèmes d'interopérabilité. / When enterprises collaborate with others to achieve business objectives, enterprise interoperability problems will be encountered. In order to solve the problems, in this thesis, we analyze the five related research domains: collaborative business process, MDA, SOA, ESB and ontology. Consequently, we propose a framework for IT solutions to interoperability problems, which integrates the above five domains together. In order to realize the framework, we propose a Process-Based Method for Enterprise Interoperability (PBMEI), which employs collaborative processes to represent collaboration requirements between enterprises. PBMEI transforms collaborative processes into multiple executable interoperability processes through model transformations. In PBMEI, ontology is used to annotate collaborative processes. During model transformation, new ontology information will be added into processes. Such information will contribute to process execution. In order to support execution of interoperability processes, an ontology-based and goal-driven (OBGD) semantic service bus is designed. This bus is based on a symmetric mechanism for OBGD service invocation. The mechanism is designed according to OBGD Simple Object Access Protocol (SOAP) which is composed of three parts: OBGD message format, OBGD module and OBGD processing model. This mechanism has three properties: location transparency, semantics transparency and technique transparency, which are critical to execution of interoperability processes. The bus also supports federated deployment for inter-enterprise interoperability. PBMEI and the OBGD bus together constitute a federated approach for solving interoperability problems.